BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-212K14
Chromosome5 (Build37)
Map Location 78,484,512 - 78,641,977
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039398
Upstream gene1700023E05Rik, Hod, Spink2, Rest, 2610024G14Rik, Polr2b, Igfbp7, Pea15b, LOC669227
Downstream geneMthfr-ps1, EG384187
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-212K14.bB6Ng01-212K14.g
ACCGA030402GA030403
length1,1961,144
definitionB6Ng01-212K14.b B6Ng01-212K14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(78,484,512 - 78,485,720)(78,640,826 - 78,641,977)
sequence
gaattctaacctcttatgtggctgtatctggtagtaggaacctttgggag
gtaattcagatgagagtgaaccttatgaatgtagttcagctctcatgaaa
gagagcctagatagtcctctactacttctttattgcgtatgagcataaag
tgagtggctgacagattgaaatcacatgaaagctacagaaggaattgact
ttgctagctccatcttcttaaacatccacttttagactgtggaagaaaat
tcatggttcagagtcacatacaaaccactcaaagacataccatactctaa
caaacccccctcccaactcaataagggagagactaacaaaggaatatgca
ttgtgacaggaaaagactgctttataaatgagcatctaaaatctagcctg
aggtaagggaagatgttggaactaaagaagcagcaaaaggaaaactttgg
agattagatttgattgttatccagggctttggtttccgtcttaatacttc
taagatgatgattcttgatcagctggatctttttgacactctgtgttgat
atgcttgatcttaatttttcatccttgaatgataacaattgtagaataca
ggctctaacttctcaaatggacattacaatctaagattcattctaagaac
tcatttgttacactaggtctgggaaaacacacttctggcatttcaccaat
ttatttgacttggcaagggatagttcagagttatgtttctgtcctggtgt
ttccatttctagtttatctcaagaattcaaccactgaattttaatggagc
agcagggctgataagggaaaatcaaaactttcaaatgattttattcttta
cccaaaagaaactggagaaaacaagcaaagactatttgagaaaattggat
tcctctcatttaggaaattccaatttgctgcatgttgacatcacatagag
ggatacatacaatagcattatattttgcctctgtactatgtaaaatactg
gaagaaatgagcctcaagttattatatttgatctgtttacatgatcagat
catttgagagatcagtagatcatagttagtatgcatactctactagcaat
tgcacacacagatggtagctatgattcaagccaaacgtatctccatcaca
ttaagccaggcgtaagagtataaattagtcaacagggaggttcatt
gaattccttagctaactgtcattttcaaaaaaggaaactcattttacaga
catcacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacac
acacacacacacagacttcttacatattttcacatatactttctagtgtc
agagttgaaattcgtttattctagggaaaagctatctagttcacatatga
ttttaaaccaatgtctgtattttatttgcactgtagcttatgcatggcca
aacatctcagcagtcaataaaacaaaaaccatcaaaatcatatatttatt
gcacagtgataaagattatcactctccccttcaatattttctgagtgaat
ttccagaaactttgaaacaaataagatgtaagtaattttcagtttctaca
gcacttcactgcattgtttaattgccaaattgagcgtgaaggtaaaatat
tttatggctatcccaaagtattgagcccctaaatcaaaagcaaagacttg
caatttgcacatcttaaggtagcaaagattcatttgtgcagccaatttga
tccaggaattttctggtatttttagattcacatcagcaatgtgctttctc
ttctcttctaattgtatctcattgtttttcttggggagtgaactatgaag
aacgcttttgtttattgacagaaacagaactggagaatattttcatggaa
gatttatggtacatagccaattacatctggattgcagatactaaattagt
tttgaatttgtcttattctaaaactattgacaagtgtgattcatcataat
aatttttcagagaaatcaaaggagatcattgccttcaccacaagcggctc
tgtgtcacaatctatcttgattatatagtggcccaggggttagatgagca
agaatttggagtggtaagtaaatagtaataatcagatttatacatcaagt
agggaggagttgcctatggttatcctaacgcatttgtatcataaggctaa
ttattgggttttggatgtattaagggctcctaaagttttcacttctaaat
tatataaacaaactcttgctagctatagctattctggactgataccctat
ttaatgattgtaggggttatcagtccttatatacaccactaaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_78484512_78485720
seq2: B6Ng01-212K14.b_48_1243

seq1  GAATTCTAACCTCTTATGTGGCTGTATCTGGTAGTAGGAACCTTTGGGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAACCTCTTATGTGGCTGTATCTGGTAGTAGGAACCTTTGGGAG  50

seq1  GTAATTCAGATGAGAGTGAACCTTATGAATGTAGTTCAGCTCTCATGAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATTCAGATGAGAGTGAACCTTATGAATGTAGTTCAGCTCTCATGAAA  100

seq1  GAGAGCCTAGATAGTCCTCTACTACTTCTTTATTGCGTATGAGCATAAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGCCTAGATAGTCCTCTACTACTTCTTTATTGCGTATGAGCATAAAG  150

seq1  TGAGTGGCTGACAGATTGAAATCACATGAAAGCTACAGAAGGAATTGACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTGGCTGACAGATTGAAATCACATGAAAGCTACAGAAGGAATTGACT  200

seq1  TTGCTAGCTCCATCTTCTTAAACATCCACTTTTAGACTGTGGAAGAAAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTAGCTCCATCTTCTTAAACATCCACTTTTAGACTGTGGAAGAAAAT  250

seq1  TCATGGTTCAGAGTCACATACAAACCACTCAAAGACATACCATACTCTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGGTTCAGAGTCACATACAAACCACTCAAAGACATACCATACTCTAA  300

seq1  CAAACCCCCCTCCCAACTCAATAAGGGAGAGACTAACAAAGGAATATGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACCCCCCTCCCAACTCAATAAGGGAGAGACTAACAAAGGAATATGCA  350

seq1  TTGTGACAGGAAAAGACTGCTTTATAAATGAGCATCTAAAATCTAGCCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGACAGGAAAAGACTGCTTTATAAATGAGCATCTAAAATCTAGCCTG  400

seq1  AGGTAAGGGAAGATGTTGGAACTAAAGAAGCAGCAAAAGGAAAACTTTGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAAGGGAAGATGTTGGAACTAAAGAAGCAGCAAAAGGAAAACTTTGG  450

seq1  AGATTAGATTTGATTGTTATCCAGGGCTTTGGTTTCCGTCTTAATACTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTAGATTTGATTGTTATCCAGGGCTTTGGTTTCCGTCTTAATACTTC  500

seq1  TAAGATGATGATTCTTGATCAGCTGGATCTTTTTGACACTCTGTGTTGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGATGATGATTCTTGATCAGCTGGATCTTTTTGACACTCTGTGTTGAT  550

seq1  ATGCTTGATCTTAATTTTTCATCCTTGAATGATAACAATTGTAGAATACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTGATCTTAATTTTTCATCCTTGAATGATAACAATTGTAGAATACA  600

seq1  GGCTCTAACTTCTCAAATGGACATTACAATCTAAGATTCATTCTAAGAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCTAACTTCTCAAATGGACATTACAATCTAAGATTCATTCTAAGAAC  650

seq1  TCATTTGTTACACTAGGTCTGGGAAAACACACTTCTGGCATTTCACCAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTGTTACACTAGGTCTGGGAAAACACACTTCTGGCATTTCACCAAT  700

seq1  TTATTTGACTTGGCAAGGGATAGTTCAGAGTTATGTTTCTGTCCTGGTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTGACTTGGCAAGGGATAGTTCAGAGTTATGTTTCTGTCCTGGTGT  750

seq1  TTCCATTTCTAGTTTATCTCAAGAATTCAACCACTGAATTTTAATGGAGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCATTTCTAGTTTATCTCAAGAATTCAACCACTGAATTTTAATGGAGC  800

seq1  AGCAGGGCTGATAAGGGAAAATCAAAACTTTCAAATGATTTTATTCTTTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGGGCTGATAAGGGAAAATCAAAACTTTCAAATGATTTTATTCTTTA  850

seq1  CCCAAAAGAAACTGGAGAAAACAAGCAAAGACTATTTGAGAAAATTGGAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAAAGAAACTGGAGAAAACAAGCAAAGACTATTTGAGAAAATTGGAT  900

seq1  TCCTCTCATTTAGGAAATTCCAATTTGCTGCATGTTGACATCACATAGAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTCATTTAGGAAATTCCAATTTGCTGCATGTTGACATCACATAGAG  950

seq1  GGATACAATACAATAGCA-TATA-TTTGCCTCTGTACCTTATGTAAAATA  998
      |||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||  |||||||||||
seq2  GGATAC-ATACAATAGCATTATATTTTGCCTCTGTAC--TATGTAAAATA  997

seq1  CTGGAAGAAATGAG-CTCAGGTTA-TATATTTGATCTGTTTACCATGATC  1046
      |||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||| |||||||
seq2  CTGGAAGAAATGAGCCTCAAGTTATTATATTTGATCTGTTTA-CATGATC  1046

seq1  AGATTCATTTGAGAAGGATCAGTAGATCATAGTTTAGTATGCCATACCTC  1096
      ||| ||||||||||  |||||||||||||||| |||||||| |||| |||
seq2  AGA-TCATTTGAGA--GATCAGTAGATCATAG-TTAGTATG-CATA-CTC  1090

seq1  TACTAGGAATATGCACACACAGATGAGTAGCTATGAATCAGGCAAAACGT  1146
      |||||| ||| |||||||||||||| |||||||||| ||| || ||||||
seq2  TACTAGCAAT-TGCACACACAGATG-GTAGCTATGATTCAAGCCAAACGT  1138

seq1  ATCTCCATCAGCATTTTAAGCAGGGCTGAAAGAGTGATAAATATAGTCAA  1196
      |||||||||| ||  ||||||  ||| | |||||| |||||| |||||||
seq2  ATCTCCATCA-CA--TTAAGCCAGGC-GTAAGAGT-ATAAAT-TAGTCAA  1182

seq1  CA-GGAGGTTCATT  1209
      || |||||||||||
seq2  CAGGGAGGTTCATT  1196

seq1: chr5_78640826_78641977
seq2: B6Ng01-212K14.g_67_1210 (reverse)

seq1  TCTTAGTGGTG-ATATAA-GACTGATAACACCCTACCAAATCATTTAAAT  48
      ||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||  ||||| ||||||
seq2  TCTTAGTGGTGTATATAAGGACTGATAAC-CCCTAC--AATCA-TTAAAT  46

seq1  AGGGGTTATCATGTCAGAAATTAGCTAATAGCTTAGC-AGAGTTTTGTTT  97
      ||||  |||||   |||||  ||||| ||||| |||| |||| |||||||
seq2  AGGG--TATCAGTCCAGAA--TAGCT-ATAGC-TAGCAAGAG-TTTGTTT  89

seq1  ATATATTTTAG-AGTGAAAACTTTAGGAGCCCCTAATACATTCCAAAACC  146
      ||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||
seq2  ATATAATTTAGAAGTGAAAACTTTAGGAGCCCTTAATACA-TCCAAAACC  138

seq1  CAATATTTAGCCTTATTGATACAAATGCGTTAGGATAACCATAGGCAACT  196
      ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAATTAGCCTTA-TGATACAAATGCGTTAGGATAACCATAGGCAACT  187

seq1  CTCCCCTACTTGATGTATAAATCTGATTATTACTATTTACTTACCACTCC  246
      |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCTACTTGATGTATAAATCTGATTATTACTATTTACTTACCACTCC  237

seq1  AAATTCTTGCTCATCTAACCCCT-GGCCACTATATAATCAAGATAGATTG  295
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTCTTGCTCATCTAACCCCTGGGCCACTATATAATCAAGATAGATTG  287

seq1  TGACACAGAGCCGCTTGTGGTGAAGGCAATGATCTCCTTTGATTTCTCTG  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACACAGAGCCGCTTGTGGTGAAGGCAATGATCTCCTTTGATTTCTCTG  337

seq1  AAAAATTATTATGATGAATCACACTTGTCAATAGTTTTAGAATAAGACAA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATTATTATGATGAATCACACTTGTCAATAGTTTTAGAATAAGACAA  387

seq1  ATTCAAAACTAATTTAGTATCTGCAATCCAGATGTAATTGGCTATGTACC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAAAACTAATTTAGTATCTGCAATCCAGATGTAATTGGCTATGTACC  437

seq1  ATAAATCTTCCATGAAAATATTCTCCAGTTCTGTTTCTGTCAATAAACAA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATCTTCCATGAAAATATTCTCCAGTTCTGTTTCTGTCAATAAACAA  487

seq1  AAGCGTTCTTCATAGTTCACTCCCCAAGAAAAACAATGAGATACAATTAG  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCGTTCTTCATAGTTCACTCCCCAAGAAAAACAATGAGATACAATTAG  537

seq1  AAGAGAAGAGAAAGCACATTGCTGATGTGAATCTAAAAATACCAGAAAAT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGAAGAGAAAGCACATTGCTGATGTGAATCTAAAAATACCAGAAAAT  587

seq1  TCCTGGATCAAATTGGCTGCACAAATGAATCTTTGCTACCTTAAGATGTG  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGATCAAATTGGCTGCACAAATGAATCTTTGCTACCTTAAGATGTG  637

seq1  CAAATTGCAAGTCTTTGCTTTTGATTTAGGGGCTCAATACTTTGGGATAG  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATTGCAAGTCTTTGCTTTTGATTTAGGGGCTCAATACTTTGGGATAG  687

seq1  CCATAAAATATTTTACCTTCACGCTCAATTTGGCAATTAAACAATGCAGT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATAAAATATTTTACCTTCACGCTCAATTTGGCAATTAAACAATGCAGT  737

seq1  GAAGTGCTGTAGAAACTGAAAATTACTTACATCTTATTTGTTTCAAAGTT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTGCTGTAGAAACTGAAAATTACTTACATCTTATTTGTTTCAAAGTT  787

seq1  TCTGGAAATTCACTCAGAAAATATTGAAGGGGAGAGTGATAATCTTTATC  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGAAATTCACTCAGAAAATATTGAAGGGGAGAGTGATAATCTTTATC  837

seq1  ACTGTGCAATAAATATATGATTTTGATGGTTTTTGTTTTATTGACTGCTG  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTGCAATAAATATATGATTTTGATGGTTTTTGTTTTATTGACTGCTG  887

seq1  AGATGTTTGGCCATGCATAAGCTACAGTGCAAATAAAATACAGACATTGG  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGTTTGGCCATGCATAAGCTACAGTGCAAATAAAATACAGACATTGG  937

seq1  TTTAAAATCATATGTGAACTAGATAGCTTTTCCCTAGAATAAACGAATTT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAATCATATGTGAACTAGATAGCTTTTCCCTAGAATAAACGAATTT  987

seq1  CAACTCTGACACTAGAAAGTATATGTGAAAATATGTAAGAAGTCTGTGTG  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTCTGACACTAGAAAGTATATGTGAAAATATGTAAGAAGTCTGTGTG  1037

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  1087

seq1  TGTGATGTCTGTAAAATGAGTTTCCTTTTTTGAAAATGACAGTTAGCTAA  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGATGTCTGTAAAATGAGTTTCCTTTTTTGAAAATGACAGTTAGCTAA  1137

seq1  GGAATTC  1152
      |||||||
seq2  GGAATTC  1144