BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-213E04
Chromosome5 (Build37)
Map Location 25,176,223 - 25,299,815
singlet/doubletdoublet
Overlap geneXrcc2, LOC435835, Actr3b
Upstream geneNub1, 2810046M22Rik, Crygn, Rheb, Prkag2, Galntl5, E130116L18Rik, Galnt11, Mll3, Gm443
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-213E04.bB6Ng01-213E04.g
ACCGA030842GA030843
length1,1281,162
definitionB6Ng01-213E04.b B6Ng01-213E04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(25,298,699 - 25,299,815)(25,176,223 - 25,177,383)
sequence
gaattcaataagaggacagctattaaatagacaaaaagtaccaagaacag
ctgctgaatgaaaaatctcactgggaatgccacaaccccagagcaccagc
cttaacatgtgtgaagaccttaacatgtgtgaagaccttaacatgtgtga
agaccttaacatgtgtgaagaccttaacatgtgtgaagaccttaacatgt
gtgaagaccttaacatgtgtgaagaccttaacatgtgtgaagacctctcc
atacacacaagcaggcactgacgcaccctaatacaggaagactcggtatt
tttaaataaacatcaaatgttgctaagtccatctgggaatgtattacaaa
ccaaatgtggctaatattgaaggtgggagtagggtctgcagtagtggtga
tgagaagctgaagcacttcacactatcaaaatgttcagcgtgtaaagccc
atttattgtacatccagtaagtgtttaggaatttgacattataaaagcat
tctgcatgcagacatgcacacacacatacaaaattcaatgtagtactata
acaacagcaagacaaaaaaaaaaaaactacaaaacagtgattttttttcg
tatactaaaccccttacatccattcaataagatggcaacccacaatccaa
aggagtgtttgttgttactatcataaacagatacctagtataattgatat
aactgtaagtagttaatatatggttgtgacgtgaggcagtttcacggcac
tgcaaaactgaggtcaagtctcagaactagtcacatgactgcagggaaat
aattacttctctatactcactccatcacctgaagctgctatcttagactt
accatttttggaactattttctaattcaaaaagcaaacacgatctcctca
tttgatgtcatctttgctactcaacagttatcgttatacacttttttttc
ctgatttagacagtctccaacagaatttagtgtctaacaaaccaactttt
tgtgaactgtttacacactgctatttaacatctgcttgcaatatattgga
tgacttactcagtgttgctgatcttgagctattacaggtcatggaggcac
tagcagaagaattcatctaagaatgcac

gaattcactcggcttcctaatgaagcataggtggagggtcatttctgggt
gtctgtgagtcacactgcagtctttacccagcagggatgagggcttcccc
atagcacatagagcccctgtgctggtctttctaacctatacactctagcc
ctttcctgaggtcaattgtgttttcttgattgagacagggtcttatcatg
tagtagcgcgtgatggcttggaactaactctgtagaccaggcttgcctca
agctcagagatctgcctgcttctgtctccggaacactgtgattaaaggtg
cgcaccaccctaccaagccgtatgatgtggcttttcaacatctgagagaa
cactgcctacttcatgtggccaagtgttctccataacatggtgtgtttag
gtttagctctcacatgtaggatctgaattacctttacatttgcaaacttc
agaaaggagaacgtttcttgctgcagaaatgcagtgaagtattccaaagg
ccctgggaacccttgtctgtgaagtgaggataaaaaagcgatgcttactg
gtttgactagtttcttttttatttttaattatggatgagcacgtgtggta
tgtacacatgtgtacaggtgctggcagaggccagaagagggcgttggagc
tcctggagctggagttaacaggtggccatgatgagccttcccaagtgagt
atgagtactcattgccaaacttgggtcttctgcaagagcagagtctccag
ccccttgtttgactcatttcaaatgaggtgaatttgtttctgcagagaac
ctaagaatcccttttctaatggcgatctgcttgtccattacaatacctca
ttgttctaaaggaaggtggctgagtcctatttttgcatggtaaaatagca
gctctgtgggctagtacagaaacaaagaaggcatctcttagaatagattc
acagagcagcctcagagttctggggcaacacatttgcccgtggaatctta
ggagccatcagactaatttccagagccacgttccagagcctggatgaaat
gcatagtctcaggttcctgggtgttgagctagtcggtgcattttgagcag
accggtctcatttgcacgtcactgagctttagacctactgcttgctactg
cagacctgaacc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_25298699_25299815
seq2: B6Ng01-213E04.b_43_1170 (reverse)

seq1  GTGCATTCTTAGAATGGAT--CTCTGCTAAGTGCCT-CATGA-CTGT-AT  45
      |||||||||||| ||| ||   |||||| ||||||| ||||| |||| ||
seq2  GTGCATTCTTAG-ATGAATTCTTCTGCT-AGTGCCTCCATGACCTGTAAT  48

seq1  AGCTCAAGATCAGCAACACTGAGTAAGTCAT-CAATATA-TGCAAGCAGA  93
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||
seq2  AGCTCAAGATCAGCAACACTGAGTAAGTCATCCAATATATTGCAAGCAGA  98

seq1  TGTT-AATAGCAGTGTGTAAACAGTTCAC-AAAAGTTGGTTTG-TAGACA  140
      |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||
seq2  TGTTAAATAGCAGTGTGTAAACAGTTCACAAAAAGTTGGTTTGTTAGACA  148

seq1  CTAAATTCTGTTGGAGACTGTCTAAATCAGG-AAAAAAAGTGTATAACGA  189
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CTAAATTCTGTTGGAGACTGTCTAAATCAGGAAAAAAAAGTGTATAACGA  198

seq1  ATACTGTTGAGTAGCAAAGATGACATC-AATGAGGAGATCGTGTTTGCTT  238
        ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTGTTGAGTAGCAAAGATGACATCAAATGAGGAGATCGTGTTTGCTT  248

seq1  TTTGAATTAGAAAATAGTTCC-AAAATGGTAAGTCTAAGATAGCAGCTTC  287
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAATTAGAAAATAGTTCCAAAAATGGTAAGTCTAAGATAGCAGCTTC  298

seq1  AGGTGATGGAGTGAGTATAGAGAAGTAATTATTTCCCTGCAGTCATGTGA  337
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGATGGAGTGAGTATAGAGAAGTAATTATTTCCCTGCAGTCATGTGA  348

seq1  CTAGTTCTGAGACTTGACCTCAGTTTTGCAGTGCCGTGAAACTGCCTCAC  387
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTTCTGAGACTTGACCTCAGTTTTGCAGTGCCGTGAAACTGCCTCAC  398

seq1  GTCACAACCATATATTAACTACTTACAGTTATATCAATTATACTAGGTAT  437
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACAACCATATATTAACTACTTACAGTTATATCAATTATACTAGGTAT  448

seq1  CTGTTTATGATAGTAACAACAAACACTCCTTTGGATTGTGGGTTGCCATC  487
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTATGATAGTAACAACAAACACTCCTTTGGATTGTGGGTTGCCATC  498

seq1  TTATTGAATGGATGTAAGGGGTTTAGTATACGAAAAAAAATCACTGTTTT  537
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTGAATGGATGTAAGGGGTTTAGTATACGAAAAAAAATCACTGTTTT  548

seq1  GTAGTTTTTTTTTTTTTGTCTTGCTGTTGTTATAGTACTACATTGAATTT  587
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTTTTTTTTTTTTTGTCTTGCTGTTGTTATAGTACTACATTGAATTT  598

seq1  TGTATGTGTGTGTGCATGTCTGCATGCAGAATGCTTTTATAATGTCAAAT  637
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGTGTGTGTGCATGTCTGCATGCAGAATGCTTTTATAATGTCAAAT  648

seq1  TCCTAAACACTTACTGGATGTACAATAAATGGGCTTTACACGCTGAACAT  687
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAAACACTTACTGGATGTACAATAAATGGGCTTTACACGCTGAACAT  698

seq1  TTTGATAGTGTGAAGTGCTTCAGCTTCTCATCACCACTACTGCAGACCCT  737
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGATAGTGTGAAGTGCTTCAGCTTCTCATCACCACTACTGCAGACCCT  748

seq1  ACTCCCACCTTCAATATTAGCCACATTTGGTTTGTAATACATTCCCAGAT  787
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCCACCTTCAATATTAGCCACATTTGGTTTGTAATACATTCCCAGAT  798

seq1  GGACTTAGCAACATTTGATGTTTATTTAAAAATACCGAGTCTTCCTGTAT  837
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTTAGCAACATTTGATGTTTATTTAAAAATACCGAGTCTTCCTGTAT  848

seq1  TAGGGTGCGTCAGTGCCTGCTTGTGTGTATGGAGAGGTCTTCACACATGT  887
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGTGCGTCAGTGCCTGCTTGTGTGTATGGAGAGGTCTTCACACATGT  898

seq1  TAAGGTCTTCACACATGTTAAGGTCTTCACACATGTTAAGGTCTTCACAC  937
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGTCTTCACACATGTTAAGGTCTTCACACATGTTAAGGTCTTCACAC  948

seq1  ATGTTAAGGTCTTCACACATGTTAAGGTCTTCACACATGTTAAGGTCTTC  987
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTAAGGTCTTCACACATGTTAAGGTCTTCACACATGTTAAGGTCTTC  998

seq1  ACACATGTTAAGGTCTTCACACATGTTAAGGCTGGTGCTCTGGGGTTGTG  1037
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATGTTAAGGTCTTCACACATGTTAAGGCTGGTGCTCTGGGGTTGTG  1048

seq1  GCATTCCCAGTGAGATTTTTCATTCAGCAGCTGTTCTTGGTACTTTTTGT  1087
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTCCCAGTGAGATTTTTCATTCAGCAGCTGTTCTTGGTACTTTTTGT  1098

seq1  CTATTTAATAGCTGTCCTCTTATTGAATTC  1117
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTTAATAGCTGTCCTCTTATTGAATTC  1128


seq1: chr5_25176223_25177383
seq2: B6Ng01-213E04.g_63_1224

seq1  GAATTCACTCGGCTTCCTAATGAAGCATAGGTGGAGGGTCATTTCTGGGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTCGGCTTCCTAATGAAGCATAGGTGGAGGGTCATTTCTGGGT  50

seq1  GTCTGTGAGTCACACTGCAGTCTTTACCCAGCAGGGATGAGGGCTTCCCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGTGAGTCACACTGCAGTCTTTACCCAGCAGGGATGAGGGCTTCCCC  100

seq1  ATAGCACATAGAGCCCCTGTGCTGGTCTTTCTAACCTATACACTCTAGCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCACATAGAGCCCCTGTGCTGGTCTTTCTAACCTATACACTCTAGCC  150

seq1  CTTTCCTGAGGTCAATTGTGTTTTCTTGATTGAGACAGGGTCTTATCATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCTGAGGTCAATTGTGTTTTCTTGATTGAGACAGGGTCTTATCATG  200

seq1  TAGTAGCGCGTGATGGCTTGGAACTAACTCTGTAGACCAGGCTTGCCTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTAGCGCGTGATGGCTTGGAACTAACTCTGTAGACCAGGCTTGCCTCA  250

seq1  AGCTCAGAGATCTGCCTGCTTCTGTCTCCGGAACACTGTGATTAAAGGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCAGAGATCTGCCTGCTTCTGTCTCCGGAACACTGTGATTAAAGGTG  300

seq1  CGCACCACCCTACCAAGCCGTATGATGTGGCTTTTCAACATCTGAGAGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCACCACCCTACCAAGCCGTATGATGTGGCTTTTCAACATCTGAGAGAA  350

seq1  CACTGCCTACTTCATGTGGCCAAGTGTTCTCCATAACATGGTGTGTTTAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGCCTACTTCATGTGGCCAAGTGTTCTCCATAACATGGTGTGTTTAG  400

seq1  GTTTAGCTCTCACATGTAGGATCTGAATTACCTTTACATTTGCAAACTTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAGCTCTCACATGTAGGATCTGAATTACCTTTACATTTGCAAACTTC  450

seq1  AGAAAGGAGAACGTTTCTTGCTGCAGAAATGCAGTGAAGTATTCCAAAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGGAGAACGTTTCTTGCTGCAGAAATGCAGTGAAGTATTCCAAAGG  500

seq1  CCCTGGGAACCCTTGTCTGTGAAGTGAGGATAAAAAAGCGATGCTTACTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGGGAACCCTTGTCTGTGAAGTGAGGATAAAAAAGCGATGCTTACTG  550

seq1  GTTTGACTAGTTTCTTTTTTATTTTTAATTATGGATGAGCACGTGTGGTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGACTAGTTTCTTTTTTATTTTTAATTATGGATGAGCACGTGTGGTA  600

seq1  TGTACACATGTGTACAGGTGCTGGCAGAGGCCAGAAGAGGGCGTTGGAGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACACATGTGTACAGGTGCTGGCAGAGGCCAGAAGAGGGCGTTGGAGC  650

seq1  TCCTGGAGCTGGAGTTAACAGGTGGCCATGATGAGCCTTCCCAAGTGAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGAGCTGGAGTTAACAGGTGGCCATGATGAGCCTTCCCAAGTGAGT  700

seq1  ATGAGTACTCATTGCCAAACTTGGGTCTTCTGCAAGAGCAGAGTCTCCAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGTACTCATTGCCAAACTTGGGTCTTCTGCAAGAGCAGAGTCTCCAG  750

seq1  CCCCTTGTTTGACTCATTTCAAATGAGGTGAATTTGTTTCTGCAGAGAAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTTGTTTGACTCATTTCAAATGAGGTGAATTTGTTTCTGCAGAGAAC  800

seq1  CTAAGAATCCCTTTTCTAATGGCGATCTGCTTGTCCATTACAATACCTCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGAATCCCTTTTCTAATGGCGATCTGCTTGTCCATTACAATACCTCA  850

seq1  TTGTTCTAAAGGAAGGTGGCTGAGTCCTA-TTTTGCATGGTAAAATAGCA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTCTAAAGGAAGGTGGCTGAGTCCTATTTTTGCATGGTAAAATAGCA  900

seq1  GCTCTGTGGGCTAGTACAGAAACAAAG-AGGCATCTC-TAGAATAGA-TC  946
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||
seq2  GCTCTGTGGGCTAGTACAGAAACAAAGAAGGCATCTCTTAGAATAGATTC  950

seq1  ACAGAGCAGCCTCAGAG-TCTGGGGCACCACA-TTGCCCGTGGAATCTTT  994
      ||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||| ||
seq2  ACAGAGCAGCCTCAGAGTTCTGGGGCAACACATTTGCCCGTGGAATC-TT  999

seq1  AGGAGCCATCAGACTAA-TTCCAGAGCACCGTCCAGGAGCCTGGAAGAAA  1043
      ||||||||||||||||| |||||||||  ||| |  ||||||||| ||||
seq2  AGGAGCCATCAGACTAATTTCCAGAGCCACGTTCCAGAGCCTGGATGAAA  1049

seq1  GGCATAGTCCCAGG-TCCTGGGTGTGAAGCTAAGCCGTGTGCA-TTTGAG  1091
       |||||||| |||| ||||||||||  |||| || || ||||| ||||||
seq2  TGCATAGTCTCAGGTTCCTGGGTGTTGAGCT-AGTCG-GTGCATTTTGAG  1097

seq1  CAGGAACCCGGGCTCATTTGCACAGCCACTGAGC-TTAGGACTACTGC-T  1139
      |||    |||| ||||||||||| | |||||||| ||||  ||||||| |
seq2  CAG---ACCGGTCTCATTTGCAC-GTCACTGAGCTTTAGACCTACTGCTT  1143

seq1  GCAAAACAGCAAGACCTGAACC  1161
      ||   || || |||||||||||
seq2  GC--TACTGC-AGACCTGAACC  1162


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |