BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-213G13
Chromosome5 (Build37)
Map Location 150,378,860 - 150,549,546
singlet/doubletdoublet
Overlap gene4930434E21Rik, Hsp110, EG433968, B3galtl
Upstream gene2210417A02Rik, LOC100041869, Katnal1, 8430423G03Rik, 1810059H22Rik, LOC667386, LOC100039964, Hmgb1, EG667410, LOC100040006, Uspl1, 2310047D07Rik, Alox5ap, 6330406I15Rik, 4930588N13Rik, LOC100040037, LOC100040062
Downstream geneLOC100040089, Rxfp2, LOC667470, Fry, LOC100042068, Gm5, XM_359419, Brca2, B230342M21Rik, BC037393, Aprin
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-213G13.bB6Ng01-213G13.g
ACCGA030948GA030949
length1,1211,174
definitionB6Ng01-213G13.b B6Ng01-213G13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(150,548,421 - 150,549,546)(150,378,860 - 150,380,042)
sequence
gaattcactctgtagaccaggctggctttgaactcagagatccccctgcc
tctgcctcccaagtgctgggattaaaggcataggccaccacctcctggct
tatctgtctgttttctatttatgtgtcctacaacagccttggtctcctga
gactctcagccccacctctttaatgcaaactatgtaggttccagccagtc
cctcttcctaagcttggtgtagccagaaggcagtcagtggggcagtgacc
tgcttcgtgctgccaaatgttcaatatcttaaaaccaccccatccctgcc
actctgtcaccagaagcagacattgctatcgtcagtcagtcccgggatga
gagggactcttacctacctgattaatgtgtcatcgtccacaatgactaac
catgagattttgttgtgactgtgattcaaaaatttttccaaaatggcaaa
ggtttttccacaatgacctagggaagatgaggagaaaactggcaatgtat
tatttgctttaaaatatgtagcatccatttaattttttttcagtcttaaa
gtggcaggagagcccgaaggttgtcatgcacaataacgggaaactgttct
agaaattagccttcagtgatttccatgtaagctgaaataagccctctcct
ccctgacttttggtcacggtgttttgtcacagcaatagaaactctatttt
atgtatatgaatgtggttctcttcaaacacaccagaagagggcatccgat
ctcattacagatggttgtgagctaccatgaggttgctgggatttgaactc
aggacctcgggaagagcacttagtgctcttaaccgctgagccatctctcc
agcccctaaaacgctaagtaagacaatgtctgtaagcccagcacttttgg
cgggtgtaggaggatcacaactcaagggcagcacgggggctttaagccag
cctgggctacacgaactctttctcgaaccaaaccactctgaaaatgtctt
tcactagtaaacacctggagagctgataagtaactttggtgcctccattc
cagccctgaagaactggtgtggagctgggaaacttcattgctaaggtgtc
agaccatcctctaaatgcaga
gaattctcccctgctagcatgctagtcgggtgcttggcatatgctttgag
tactgtaaggctctctgcaatccacaaacatggacctcattcattacagc
cagctgggaatcaaacctgggacctctggaagagcagccaatgctcttaa
cctctgagccatctccccagccccatgtagcccactcttcatcccctgtt
cttcctcctgactatacaacatgcattcctcctccccgccacagcttctt
ccagggctaaccagtacccatggtccaagacaaagacacagtaaatcctt
agagtgaccgtcatagactgagtgtttcagacactttttcacaacggtga
ctggcttcctgagccccaaataggacctctgtcctccctgtgtcttctct
tgatttgtgaacacaggcatggacgagcttttcttgatccatttgctgta
ctcagaggtcatttcaaggggcctggagatggctcagtggtcactgcaga
gaacttactgctcttgcaaaggactccagttcattttctaatgctcaaat
caaacagctcacaactacctatgactctagttctagcaggcctggcacct
ctggcccttacaggcacctatactcatgtgcataataagcccacacacag
agacacatatacacataactaaaaatatatacacataactaaaattaact
ccacagaaaagcgagcacattttacggcatcgcatgtgacctcgttcttg
gccaccctctccctttctaatctcagtgaagccatgcagccagctagaac
gactcagaaaactcaaatagaggcaaactaaatgatcggtacagccaggc
tcctcagagatctcgagtgcttcactcaagatgccaaaacaccctgctgg
aaagtggaagctgctgccaatcaactctgtttgtcttgcatgataagagt
gtgtagaacaaacagctcacttgattgattccctttggacgcagcgactg
gaaattctgcttgtggcaaaccacaatctcaatcctcctagtgctaacaa
ttagtgctagaatcgtgtcccctgtcttagcccacccgttaacttgctgt
caccattgagctgagcaacccagttactaacctcatttgcaaagctaagc
tctcttcagcatctggaaaggatc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_150548421_150549546
seq2: B6Ng01-213G13.b_46_1166 (reverse)

seq1  TCTGCCATTTAGAAGGGATGGTCTG-CACCTTAGCACTGAGTTTCCCCAG  49
      |||| ||||||||  |||||||||| |||||||||| |||  || |||||
seq2  TCTG-CATTTAGA--GGATGGTCTGACACCTTAGCAATGAAGTTTCCCAG  47

seq1  CTCCACA-CAGTTCCTCAGGGCTGGAATGGGAGGCACC-AAGTTACTTTA  97
      ||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||
seq2  CTCCACACCAGTTCTTCAGGGCTGGAAT-GGAGGCACCAAAGTTAC-TTA  95

seq1  TCAGCTTCTCAGGTTGTTTACTAGTGAAAGACATTTTCAGAGTGGTTTGG  147
      ||||| ||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGC-TCTCCAGGTGTTTACTAGTGAAAGACATTTTCAGAGTGGTTTGG  144

seq1  TTTCGAGAAAGAGTTCGTGTAGCCCAGGCTGGCCTTAAAGCCCCCGTGCT  197
       ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  -TTCGAGAAAGAGTTCGTGTAGCCCAGGCTGG-CTTAAAGCCCCCGTGCT  192

seq1  GCCCTTGAGTTTGTGATCCTCCTACACCCGCC-AAAGTGCTGGGCTTACA  246
      ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GCCCTTGAG-TTGTGATCCTCCTACACCCGCCAAAAGTGCTGGGCTTACA  241

seq1  GACATTGTCTTACTTAGCGTTTTAGGGGCTGGAGAGATGGCTCAGCGGTT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATTGTCTTACTTAGCGTTTTAGGGGCTGGAGAGATGGCTCAGCGGTT  291

seq1  AAGAGCACTAAGTGCTCTTCCCGAGGTCCTGAGTTCAAATCCCAGCAACC  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGCACTAAGTGCTCTTCCCGAGGTCCTGAGTTCAAATCCCAGCAACC  341

seq1  TCATGGTAGCTCACAACCATCTGTAATGAGATCGGATGCCCTCTTCTGGT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGGTAGCTCACAACCATCTGTAATGAGATCGGATGCCCTCTTCTGGT  391

seq1  GTGTTTGAAGAGAACCACATTCATATACATAAAATAGAGTTTCTATTGCT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTGAAGAGAACCACATTCATATACATAAAATAGAGTTTCTATTGCT  441

seq1  GTGACAAAACACCGTGACCAAAAGTCAGGGAGGAGAGGGCTTATTTCAGC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACAAAACACCGTGACCAAAAGTCAGGGAGGAGAGGGCTTATTTCAGC  491

seq1  TTACATGGAAATCACTGAAGGCTAATTTCTAGAACAGTTTCCCGTTATTG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACATGGAAATCACTGAAGGCTAATTTCTAGAACAGTTTCCCGTTATTG  541

seq1  TGCATGACAACCTTCGGGCTCTCCTGCCACTTTAAGACTGAAAAAAAATT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATGACAACCTTCGGGCTCTCCTGCCACTTTAAGACTGAAAAAAAATT  591

seq1  AAATGGATGCTACATATTTTAAAGCAAATAATACATTGCCAGTTTTCTCC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGGATGCTACATATTTTAAAGCAAATAATACATTGCCAGTTTTCTCC  641

seq1  TCATCTTCCCTAGGTCATTGTGGAAAAACCTTTGCCATTTTGGAAAAATT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCTTCCCTAGGTCATTGTGGAAAAACCTTTGCCATTTTGGAAAAATT  691

seq1  TTTGAATCACAGTCACAACAAAATCTCATGGTTAGTCATTGTGGACGATG  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAATCACAGTCACAACAAAATCTCATGGTTAGTCATTGTGGACGATG  741

seq1  ACACATTAATCAGGTAGGTAAGAGTCCCTCTCATCCCGGGACTGACTGAC  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATTAATCAGGTAGGTAAGAGTCCCTCTCATCCCGGGACTGACTGAC  791

seq1  GATAGCAATGTCTGCTTCTGGTGACAGAGTGGCAGGGATGGGGTGGTTTT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGCAATGTCTGCTTCTGGTGACAGAGTGGCAGGGATGGGGTGGTTTT  841

seq1  AAGATATTGAACATTTGGCAGCACGAAGCAGGTCACTGCCCCACTGACTG  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATATTGAACATTTGGCAGCACGAAGCAGGTCACTGCCCCACTGACTG  891

seq1  CCTTCTGGCTACACCAAGCTTAGGAAGAGGGACTGGCTGGAACCTACATA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCTGGCTACACCAAGCTTAGGAAGAGGGACTGGCTGGAACCTACATA  941

seq1  GTTTGCATTAAAGAGGTGGGGCTGAGAGTCTCAGGAGACCAAGGCTGTTG  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGCATTAAAGAGGTGGGGCTGAGAGTCTCAGGAGACCAAGGCTGTTG  991

seq1  TAGGACACATAAATAGAAAACAGACAGATAAGCCAGGAGGTGGTGGCCTA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGACACATAAATAGAAAACAGACAGATAAGCCAGGAGGTGGTGGCCTA  1041

seq1  TGCCTTTAATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGGGGATCTCTGAGTT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTTAATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGGGGATCTCTGAGTT  1091

seq1  CAAAGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAATTC  1126
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAATTC  1121

seq1: chr5_150378860_150380042
seq2: B6Ng01-213G13.g_68_1241

seq1  GAATTCTCCCCTGCTAGCATGCTAGTCGGGTGCTTGGCATATGCTTTGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCCCTGCTAGCATGCTAGTCGGGTGCTTGGCATATGCTTTGAG  50

seq1  TACTGTAAGGCTCTCTGCAATCCACAAACATGGACCTCATTCATTACAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGTAAGGCTCTCTGCAATCCACAAACATGGACCTCATTCATTACAGC  100

seq1  CAGCTGGGAATCAAACCTGGGACCTCTGGAAGAGCAGCCAATGCTCTTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTGGGAATCAAACCTGGGACCTCTGGAAGAGCAGCCAATGCTCTTAA  150

seq1  CCTCTGAGCCATCTCCCCAGCCCCATGTAGCCCACTCTTCATCCCCTGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGAGCCATCTCCCCAGCCCCATGTAGCCCACTCTTCATCCCCTGTT  200

seq1  CTTCCTCCTGACTATACAACATGCATTCCTCCTCCCCGCCACAGCTTCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTCCTGACTATACAACATGCATTCCTCCTCCCCGCCACAGCTTCTT  250

seq1  CCAGGGCTAACCAGTACCCATGGTCCAAGACAAAGACACAGTAAATCCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGGCTAACCAGTACCCATGGTCCAAGACAAAGACACAGTAAATCCTT  300

seq1  AGAGTGACCGTCATAGACTGAGTGTTTCAGACACTTTTTCACAACGGTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTGACCGTCATAGACTGAGTGTTTCAGACACTTTTTCACAACGGTGA  350

seq1  CTGGCTTCCTGAGCCCCAAATAGGACCTCTGTCCTCCCTGTGTCTTCTCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTTCCTGAGCCCCAAATAGGACCTCTGTCCTCCCTGTGTCTTCTCT  400

seq1  TGATTTGTGAACACAGGCATGGACGAGCTTTTCTTGATCCATTTGCTGTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTTGTGAACACAGGCATGGACGAGCTTTTCTTGATCCATTTGCTGTA  450

seq1  CTCAGAGGTCATTTCAAGGGGCCTGGAGATGGCTCAGTGGTCACTGCAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGAGGTCATTTCAAGGGGCCTGGAGATGGCTCAGTGGTCACTGCAGA  500

seq1  GAACTTACTGCTCTTGCAAAGGACTCCAGTTCATTTTCTAATGCTCAAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTTACTGCTCTTGCAAAGGACTCCAGTTCATTTTCTAATGCTCAAAT  550

seq1  CAAACAGCTCACAACTACCTATGACTCTAGTTCTAGCAGGCCTGGCACCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACAGCTCACAACTACCTATGACTCTAGTTCTAGCAGGCCTGGCACCT  600

seq1  CTGGCCCTTACAGGCACCTATACTCATGTGCATAATAAGCCCACACACAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCCCTTACAGGCACCTATACTCATGTGCATAATAAGCCCACACACAG  650

seq1  AGACACATATACACATAACTAAAAATATATACACATAACTAAAATTAACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACACATATACACATAACTAAAAATATATACACATAACTAAAATTAACT  700

seq1  CCACAGAAAAGCGAGCACATTTTACGGCATCGCATGTGACCTCGTTCTTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAGAAAAGCGAGCACATTTTACGGCATCGCATGTGACCTCGTTCTTG  750

seq1  GCCACCCTCTCCCTTTCTAATCTCAGTGAAGCCATGCAGCCAGCTAGAAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACCCTCTCCCTTTCTAATCTCAGTGAAGCCATGCAGCCAGCTAGAAC  800

seq1  GACTCAGAAAACTCAAATAGAGGCAAAACTAAATGATCGGTACAGCCAGG  850
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCAGAAAACTCAAATAGAGGC-AAACTAAATGATCGGTACAGCCAGG  849

seq1  CTCCTCAGAGATCTCGAGTGCTTCACTCAAGATGCCAAAACACCCTGCTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTCAGAGATCTCGAGTGCTTCACTCAAGATGCCAAAACACCCTGCTG  899

seq1  G-AAGTGGAAGCTGCTGCCAATCAAACTCCTGTTTGTTCTGCATGAT-AG  948
      | ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||  |||||||| ||
seq2  GAAAGTGGAAGCTGCTGCCAATC-AACT-CTGTTTGTCTTGCATGATAAG  947

seq1  AGTTGTGTAGAACAAACAGCTCACTTGATTGATTCCCTTTGGAACGCAGC  998
      || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  AG-TGTGTAGAACAAACAGCTCACTTGATTGATTCCCTTTGG-ACGCAGC  995

seq1  GACTGGAAATTCTGCTTTGTGGCAAA-CACAATCTCCAATCT-CTAGTGC  1046
      ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |  || |||||||
seq2  GACTGGAAATTCTGC-TTGTGGCAAACCACAATCTCAATCCTCCTAGTGC  1044

seq1  TAACAATTAGGTGCTAG-ATCGTGTCCCCTGTCCTAGCCCACCC-TATAC  1094
      ||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |  ||
seq2  TAACAATTA-GTGCTAGAATCGTGTCCCCTGTCTTAGCCCACCCGTTAAC  1093

seq1  CTGCTGTCACCCATGAGCTGAGCAACCCAGTTACCTAACCCTCATTTGCA  1144
       ||||||||||  |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||
seq2  TTGCTGTCACCATTGAGCTGAGCAACCCAGTTA-CTAA-CCTCATTTGCA  1141

seq1  AAGCTAAAGCTCCTCTCCCAGCATCTGGGAAAAAGGATC  1183
      ||||| ||||| ||||  ||||||||||   ||||||||
seq2  AAGCT-AAGCT-CTCT-TCAGCATCTGG---AAAGGATC  1174