BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-214D07
Chromosome5 (Build37)
Map Location 118,614,625 - 118,774,637
singlet/doubletdoublet
Overlap geneHrk, Tmem118, 2410131K14Rik
Upstream geneTaok3, Pebp1, LOC100042313, LOC100039359, BC023744, LOC667175, Wsb2, Rfc5, Ksr2, Nos1, Fbxo21, Tesc, Fbxw8
Downstream geneLOC665162, Thrap2, LOC100039488, EG665194
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-214D07.bB6Ng01-214D07.g
ACCGA031517GA031518
length1,153669
definitionB6Ng01-214D07.b B6Ng01-214D07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(118,773,493 - 118,774,637)(118,614,625 - 118,615,293)
sequence
gaattccagtccagcctgggatacatagtgaagccttgtcagtcagtgct
tgctctgaaagtacaaggacctcagaaaccatgtacctacaatctcagtg
ctgggggcgtggagacagggggattcctgggactcaggccagccagttta
gtttccttggtgagccccaggtcagtgacatacccttctcaaaattcagc
tagacaatagtaaactgtgcccagtgttgacctctggtctgcacgtgcat
gcacaccatacaggtgcatacacaggtgcttaccagacacaggtgcacac
cagacacaggtgcacacctgacacaggagcacacctgacacaggagcaca
ccagacacagctacacaccagacacaggtgcacaccagacacaggtacac
atctgacacaggagcacacctgacacaggtacacaccaaacacaggtgca
caccagacacaggtacacacctgacacaggagcataccagacacaggtac
acaccaggcacaggtacacaccagacacaggagcacaccagacacaggta
cacaccagacacaggtacacacctgacacaggaacataccagacacaggt
gcacaccagacacaggtacacaccagacacaggtgcacaccagacacagg
tacacaccagacacaggtacacacctgacacaggagcataccagacacag
gtacacaccaggcacaggtacacaccagacacaggagcacaccaggcaca
ggtacacaccagacacaggtacacacctgacacaggagcataccagacac
aggtgcacaccagacacaggtacacaccagacacaggtacacaccagaca
caggtgcgcacacctgcaaacaagtactgttgctaagatgtcttccctgg
gaaagacataaacaccacctacccctcctcctgagggcccaaagacaaac
tgagctgcaagccattttcagttcatccaggaagccaatgagttattgag
cttaacctcacaaagcatcgatgaggtgttacagacaggagaagtgggta
accttcaagctgcacattggaagtcttgcacccagcacatcagttgtttt
gccagcagcttgggtagaattagaagtccctttctccttccctcaatcct
ccc
gaattcttcgattcagtactcacagccatctcagtgttaggcttggcatt
cccagcctgtagatgggaaacccgaggcccagagagaagcacaacttgcc
aaggcacccagctgccatttaggatggccgtcacccagctccctctggct
ctccaacttaaatccaacaccctgccatccccagcttcgagtggagaacg
aagggtactgtgagctggctcctggcatcagagctggacttggcacggac
agacgtcttccagaaacacagctgtgtggaagaggcaacagctgtccctt
catttgccgctgacacggccacacacggtaaaacacctgaggaaaggctc
cctggctctcaaacaccagagagagtaaaaaatgtattaatcaatgaaaa
gaactatcaaaccttttccagccccaggacagtgttgtattctgtaggaa
ataaaagactgacctgggcaagacatacgtacgtgtgtatacctgtatat
gcatgcatacatacatacatgtacttataaatgcatacacacagagacac
agttgtatgttattttataacatctccacgtttgtcattgtgtttttaga
atttttaaattgtgtgtatgtatgtgttgtatgtgtatgcatgtttatgt
ggatatgtatgtgtgtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_118773493_118774637
seq2: B6Ng01-214D07.b_51_1203 (reverse)

seq1  GGGAGGA-AGAGGGGAAGAG-AAGGGAC-TCTA--TCTACCC-AGCTGCT  44
      |||||||  ||||| | ||| ||||||| ||||  ||||||| |||||||
seq2  GGGAGGATTGAGGGAAGGAGAAAGGGACTTCTAATTCTACCCAAGCTGCT  50

seq1  GGC-AAACCACTGTTGTTGCTGGGTGCAGACCTTCCAATGTGGCAGCTTG  93
      ||| |||| |||| || |||||||||||   |||||||||| ||||||||
seq2  GGCAAAACAACTGATG-TGCTGGGTGCAAGACTTCCAATGT-GCAGCTTG  98

seq1  AAGGTTACCCAC-TCTCCTGTCTGTAACACCTCATCGATGCTTTGTG-GG  141
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  AAGGTTACCCACTTCTCCTGTCTGTAACACCTCATCGATGCTTTGTGAGG  148

seq1  TTAGCCTC-ATAACTCATTGGCTTCCTGGATGAACTGAAATGGGCTTGCA  190
      |||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||
seq2  TTAAGCTCAATAACTCATTGGCTTCCTGGATGAACTGAAAATGGCTTGCA  198

seq1  GCTCAGTTTGTCTTTGGGCCCTCAGGAGGAGGGGTAGGTGGTGTTTATGT  240
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGTTTGTCTTTGGGCCCTCAGGAGGAGGGGTAGGTGGTGTTTATGT  248

seq1  CTTTCCCAGGGAAGACATCTTAGCAACAGTACTTGTTTGCAGGTGTGCGC  290
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCCAGGGAAGACATCTTAGCAACAGTACTTGTTTGCAGGTGTGCGC  298

seq1  ACCTGTGTCTGGTGTGTACCTGTGTCTGGTGTGTACCTGTGTCTGGTGTG  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGTGTCTGGTGTGTACCTGTGTCTGGTGTGTACCTGTGTCTGGTGTG  348

seq1  CACCTGTGTCTGGTATGCTCCTGTGTCAGGTGTGTACCTGTGTCTGGTGT  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTGTGTCTGGTATGCTCCTGTGTCAGGTGTGTACCTGTGTCTGGTGT  398

seq1  GTACCTGTGCCTGGTGTGCTCCTGTGTCTGGTGTGTACCTGTGCCTGGTG  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACCTGTGCCTGGTGTGCTCCTGTGTCTGGTGTGTACCTGTGCCTGGTG  448

seq1  TGTACCTGTGTCTGGTATGCTCCTGTGTCAGGTGTGTACCTGTGTCTGGT  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACCTGTGTCTGGTATGCTCCTGTGTCAGGTGTGTACCTGTGTCTGGT  498

seq1  GTGTACCTGTGTCTGGTGTGCACCTGTGTCTGGTGTGTACCTGTGTCTGG  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTACCTGTGTCTGGTGTGCACCTGTGTCTGGTGTGTACCTGTGTCTGG  548

seq1  TGTGCACCTGTGTCTGGTATGTTCCTGTGTCAGGTGTGTACCTGTGTCTG  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCACCTGTGTCTGGTATGTTCCTGTGTCAGGTGTGTACCTGTGTCTG  598

seq1  GTGTGTACCTGTGTCTGGTGTGCTCCTGTGTCTGGTGTGTACCTGTGCCT  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTACCTGTGTCTGGTGTGCTCCTGTGTCTGGTGTGTACCTGTGCCT  648

seq1  GGTGTGTACCTGTGTCTGGTATGCTCCTGTGTCAGGTGTGTACCTGTGTC  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTGTACCTGTGTCTGGTATGCTCCTGTGTCAGGTGTGTACCTGTGTC  698

seq1  TGGTGTGCACCTGTGTTTGGTGTGTACCTGTGTCAGGTGTGCTCCTGTGT  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGTGCACCTGTGTTTGGTGTGTACCTGTGTCAGGTGTGCTCCTGTGT  748

seq1  CAGATGTGTACCTGTGTCTGGTGTGCACCTGTGTCTGGTGTGTAGCTGTG  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGTGTACCTGTGTCTGGTGTGCACCTGTGTCTGGTGTGTAGCTGTG  798

seq1  TCTGGTGTGCTCCTGTGTCAGGTGTGCTCCTGTGTCAGGTGTGCACCTGT  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGTGTGCTCCTGTGTCAGGTGTGCTCCTGTGTCAGGTGTGCACCTGT  848

seq1  GTCTGGTGTGCACCTGTGTCTGGTAAGCACCTGTGTATGCACCTGTATGG  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGGTGTGCACCTGTGTCTGGTAAGCACCTGTGTATGCACCTGTATGG  898

seq1  TGTGCATGCACGTGCAGACCAGAGGTCAACACTGGGCACAGTTTACTATT  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCATGCACGTGCAGACCAGAGGTCAACACTGGGCACAGTTTACTATT  948

seq1  GTCTAGCTGAATTTTGAGAAGGGTATGTCACTGACCTGGGGCTCACCAAG  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTAGCTGAATTTTGAGAAGGGTATGTCACTGACCTGGGGCTCACCAAG  998

seq1  GAAACTAAACTGGCTGGCCTGAGTCCCAGGAATCCCCCTGTCTCCACGCC  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACTAAACTGGCTGGCCTGAGTCCCAGGAATCCCCCTGTCTCCACGCC  1048

seq1  CCCAGCACTGAGATTGTAGGTACATGGTTTCTGAGGTCCTTGTACTTTCA  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGCACTGAGATTGTAGGTACATGGTTTCTGAGGTCCTTGTACTTTCA  1098

seq1  GAGCAAGCACTGACTGACAAGGCTTCACTATGTATCCCAGGCTGGACTGG  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAAGCACTGACTGACAAGGCTTCACTATGTATCCCAGGCTGGACTGG  1148

seq1  AATTC  1145
      |||||
seq2  AATTC  1153

seq1: chr5_118614625_118615293
seq2: B6Ng01-214D07.g_69_737

seq1  GAATTCTTCGATTCAGTACTCACAGCCATCTCAGTGTTAGGCTTGGCATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCGATTCAGTACTCACAGCCATCTCAGTGTTAGGCTTGGCATT  50

seq1  CCCAGCCTGTAGATGGGAAACCCGAGGCCCAGAGAGAAGCACAACTTGCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGCCTGTAGATGGGAAACCCGAGGCCCAGAGAGAAGCACAACTTGCC  100

seq1  AAGGCACCCAGCTGCCATTTAGGATGGCCGTCACCCAGCTCCCTCTGGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCACCCAGCTGCCATTTAGGATGGCCGTCACCCAGCTCCCTCTGGCT  150

seq1  CTCCAACTTAAATCCAACACCCTGCCATCCCCAGCTTCGAGTGGAGAACG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAACTTAAATCCAACACCCTGCCATCCCCAGCTTCGAGTGGAGAACG  200

seq1  AAGGGTACTGTGAGCTGGCTCCTGGCATCAGAGCTGGACTTGGCACGGAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGTACTGTGAGCTGGCTCCTGGCATCAGAGCTGGACTTGGCACGGAC  250

seq1  AGACGTCTTCCAGAAACACAGCTGTGTGGAAGAGGCAACAGCTGTCCCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACGTCTTCCAGAAACACAGCTGTGTGGAAGAGGCAACAGCTGTCCCTT  300

seq1  CATTTGCCGCTGACACGGCCACACACGGTAAAACACCTGAGGAAAGGCTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTGCCGCTGACACGGCCACACACGGTAAAACACCTGAGGAAAGGCTC  350

seq1  CCTGGCTCTCAAACACCAGAGAGAGTAAAAAATGTATTAATCAATGAAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGCTCTCAAACACCAGAGAGAGTAAAAAATGTATTAATCAATGAAAA  400

seq1  GAACTATCAAACCTTTTCCAGCCCCAGGACAGTGTTGTATTCTGTAGGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTATCAAACCTTTTCCAGCCCCAGGACAGTGTTGTATTCTGTAGGAA  450

seq1  ATAAAAGACTGACCTGGGCAAGACATACGTACGTGTGTATACCTGTATAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAAGACTGACCTGGGCAAGACATACGTACGTGTGTATACCTGTATAT  500

seq1  GCATGCATACATACATACATGTACTTATAAATGCATACACACAGAGACAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGCATACATACATACATGTACTTATAAATGCATACACACAGAGACAC  550

seq1  AGTTGTATGTTATTTTATAACATCTCCACGTTTGTCATTGTGTTTTTAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGTATGTTATTTTATAACATCTCCACGTTTGTCATTGTGTTTTTAGA  600

seq1  ATTTTTAAATTGTGTGTATGTATGTGTTGTATGTGTATGCATGTTTATGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTAAATTGTGTGTATGTATGTGTTGTATGTGTATGCATGTTTATGT  650

seq1  GTATATGTATGTTTGTGTG  669
      | |||||||||| ||||||
seq2  GGATATGTATGTGTGTGTG  669