BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-217N19
Chromosome5 (Build37)
Map Location 49,384,232 - 49,385,347
singlet/doubletsinglet
Overlap genenone
Upstream geneSlit2, 4933428G09Rik, Kcnip4
Downstream geneLOC100041668, LOC100041659, EG433885, LOC666223, Gpr125
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-217N19.b
ACCGA034146
length1,107
definitionB6Ng01-217N19.b
singlet/doubletsinglet---
BLAST hituniqueno hit data
sequence
gaattccatagttgtatatttattatatgtcatgaagttcatatggtgga
ggatagtacagaagatgaaagtattgcccagagggacattactacacaga
gccataccacacggggagtttatacctaattttagaaaagtcaatacaaa
gaaagaactgtaaaaggaagctttgtttcctctggttgctgaacccctgt
atttctatgatgctttgtggatggtattttcggccagttatcccctagct
caatggtataataaagtgattccagagactatgcgagaatttccctttga
ccttaggaatttgaagtcataaagaacattttttttaaatcaaacccaca
ctataagcttttacactattagaatcatgctgtgaatttttaaaaagtgt
attttatgcatttcccctctaatatgattataatttttctcaccagcata
attgaaaagtttcaatgtcctccttcataaaacatttatatttaggtaaa
tttaaaactatcttaatgaaattttgattaacagtggaagggatatttgt
tttgtaaagacccagattatctacaatatatatgtaaaatttaagactta
tcatctactagtacaatatctttttatataccagtgtctgcttgaccctc
taattgtctattgcatgaaaactgcccttatataaatcagcttgacccct
taaaatcactttccttttgtttaaccactgttcaatttatagagtaacaa
ttatgaacccatagaatgattcagaatttcttaatacatttagaaagaaa
attaaaactctttggtttcacaatcaaagaagtctgtcactggaccacag
tgatgaggataaatgtaatgtctattttactgccatagccaagggttcca
gctatgaccaataatggtcccaatattctgttttcagtgattatcaaaac
aacaagccttccacatttataaactaatctcatctagtctccatggatat
tagcactggtccaatttttacagactttatatataaggtgttaccttgga
atgctgagctattatgtccaagcctgtatcaccaaggcattattcattaa
tgtgtgt
quality valuesOpen.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_49384232_49385347
seq2: B6Ng01-217N19.b_47_1153

seq1  GAATTCCATAGTTGTATATTTATTATATGTCATGAAGTTCATATGGTGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATAGTTGTATATTTATTATATGTCATGAAGTTCATATGGTGGA  50

seq1  GGATAGTACAGAAGATGAAAGTATTGCCCAGAGGGACATTACTACACAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATAGTACAGAAGATGAAAGTATTGCCCAGAGGGACATTACTACACAGA  100

seq1  GCCATACCACACGGGGAGTTTATACCTAATTTTAGAAAAGTCAATACAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATACCACACGGGGAGTTTATACCTAATTTTAGAAAAGTCAATACAAA  150

seq1  GAAAGAACTGTAAAAGGAAGCTTTGTTTCCTCTGGTTGCTGAACCCCTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGAACTGTAAAAGGAAGCTTTGTTTCCTCTGGTTGCTGAACCCCTGT  200

seq1  ATTTCTATGATGCTTTGTGGATGGTATTTTCGGCCAGTTATCCCCTAGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTATGATGCTTTGTGGATGGTATTTTCGGCCAGTTATCCCCTAGCT  250

seq1  CAATGGTATAATAAAGTGATTCCAGAGACTATGCGAGAATTTCCCTTTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGGTATAATAAAGTGATTCCAGAGACTATGCGAGAATTTCCCTTTGA  300

seq1  CCTTAGGAATTTGAAGTCATAAAGAACATTTTTTTTAAATCAAACCCACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAGGAATTTGAAGTCATAAAGAACATTTTTTTTAAATCAAACCCACA  350

seq1  CTATAAGCTTTTACACTATTAGAATCATGCTGTGAATTTTTAAAAAGTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAAGCTTTTACACTATTAGAATCATGCTGTGAATTTTTAAAAAGTGT  400

seq1  ATTTTATGCATTTCCCCTCTAATATGATTATAATTTTTCTCACCAGCATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTATGCATTTCCCCTCTAATATGATTATAATTTTTCTCACCAGCATA  450

seq1  ATTGAAAAGTTTCAATGTCCTCCTTCATAAAACATTTATATTTAGGTAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGAAAAGTTTCAATGTCCTCCTTCATAAAACATTTATATTTAGGTAAA  500

seq1  TTTAAAACTATCTTAATGAAATTTTGATTAACAGTGGAAGGGATATTTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAACTATCTTAATGAAATTTTGATTAACAGTGGAAGGGATATTTGT  550

seq1  TTTGTAAAGACCCAGATTATCTACAATATATATGTAAAATTTAAGACTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTAAAGACCCAGATTATCTACAATATATATGTAAAATTTAAGACTTA  600

seq1  TCATCTACTAGTACAATATCTTTTTATATACCAGTGTCTGCTTGACCCTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCTACTAGTACAATATCTTTTTATATACCAGTGTCTGCTTGACCCTC  650

seq1  TAATTGTCTATTGCATGAAAACTGCCCTTATATAAATCAGCTTGACCCCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTGTCTATTGCATGAAAACTGCCCTTATATAAATCAGCTTGACCCCT  700

seq1  TAAAATCACTTTCCTTTTGTTTAACCACTGTTCAATTTATAGAGTAACAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATCACTTTCCTTTTGTTTAACCACTGTTCAATTTATAGAGTAACAA  750

seq1  TTATGAACCCATAGAATGATTCAGAATTTCTTAATACATTTAGAAAGAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TTATGAACCCATAGAATGATTCAGAATTTCTTAATACATTTAGAAAG-AA  799

seq1  AATTAAAACTCTTTGGTTTCACAATCAAAGAAGTCTGTCACTGGACCACA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAAAACTCTTTGGTTTCACAATCAAAGAAGTCTGTCACTGGACCACA  849

seq1  GTGATGAGGATAAATGTAATGTCTATTTTACTGCCATAGCCAAGGGTTCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATGAGGATAAATGTAATGTCTATTTTACTGCCATAGCCAAGGGTTCC  899

seq1  AGCTATGACCAATAATGGTCCCAATATTCTGTTTTCAGTGATTATCAAAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTATGACCAATAATGGTCCCAATATTCTGTTTTCAGTGATTATCAAAA  949

seq1  ACAAACAAGCCTTCCACATTTATAAACTAATCTCATCTAGTCTTCCATGG  1000
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  --CAACAAGCCTTCCACATTTATAAACTAATCTCATCTAGTC-TCCATGG  996

seq1  AATAATAAGCACTGGTCCAATTTTTACAAGACCTTTTATATATTAAAGTT  1050
      |   || |||||||||||||||||||| ||||  |||||||||  ||| |
seq2  A--TATTAGCACTGGTCCAATTTTTAC-AGAC--TTTATATAT--AAGGT  1039

seq1  GTTACCTTGGAAATGCTGAGCTATTATGTCCCAAGCTGTATCA-CAAAGC  1099
      |||||||||| |||||||||||||||||||| |  |||||||| ||| ||
seq2  GTTACCTTGG-AATGCTGAGCTATTATGTCCAAGCCTGTATCACCAAGGC  1088

seq1  A-TAATCA-TAATGTGTGT  1116
      | || ||| ||||||||||
seq2  ATTATTCATTAATGTGTGT  1107


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |