BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-220A04
Chromosome5 (Build37)
Map Location 38,015,250 - 38,126,621
singlet/doubletdoublet
Overlap geneStk32b
Upstream geneLOC100040278, LOC100040825, Cno, Mrfap1, Man2b2, Ppp2r2c, Wfs1, Jakmip1, EG330070, Gm1043, LOC100040936, Crmp1, Evc, Evc2, LOC100040355, LOC100040988
Downstream geneCytl1, Msx1, Stx18, Nsg1, LOC100040397, Zfp509, Lyar, Tmem128, Otop1, Drd5, 4930487D11Rik, Slc2a9, Wdr1, 4930421P07Rik, 6820424L24Rik, Clnk
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-220A04.bB6Ng01-220A04.g
ACCGA035679GA035680
length1,1501,115
definitionB6Ng01-220A04.b B6Ng01-220A04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(38,015,250 - 38,016,399)(38,125,511 - 38,126,621)
sequence
gaattccttacttcctgatctactaggatgtaacaaggcatgtcactagt
gcccactgcctcagacagagcaccaattcccatccttccatccaatgatg
taattcctcaaactgtgagctgaaactaatcccatcctctctttggttgc
ttttacctgctacttggccaacccaagacggaaagtaacaaagacataca
taattctgggatttagttacagaagaacacatgggaaacacagaaagtag
tcagagaaatctgcatgaaggtgccatggcttggcagctcaacagagcca
gggatcctaggagtcctggcttgtgcacaggactctttgtgttgctcctt
ggtgggctgttgagtccctcggtaatttcttgacacacccagacaatctc
cctggcccagctgcaccactcctgagccttgacttgcagtgtggccactg
gcttcttacacagctctctgagcatcaaggtgcagcttgtgagctgtgtg
gctcacactcagagcccctcctccccattcagaatagcagcccctgacca
tcgcaacaagaatgaaaaccttcctctctctctgtcttctctcctctctc
ttactctctctttctctctagcttctctctctagcttctctctctagccc
cccctctcctgtcttactccctgcatttctataataaagctctaaaacca
tttttttttaaagaatgaaaacctggagtcctcacagcttgagccaaaga
caccaaggacagtgcacatgccaggacagttcaagaaagaaccttaggca
aggcagcacagcctcttcctctgatgctagaggttaccatggtgatgaga
gggagtgtcttagatacatagaagccaatgacatcacaattagagttgta
aaaacctcaccagcattgttcttctatatgtcaggcttgactgggatgcc
cagtccccaggatataatgggtgtttggaatctctctattttatatgaga
gagaataccagagagtcaccgagggaacaaagttgtagcacagtgcttcc
agtgtgaggactgactgttctctctttccagagatagggtgatgattgga
cctcaattccgggtactttttatcttactacagtcacctaggcaacatag

gaattctttcagaaagaagctgtaatgagggggcgggtgcatagttgggg
ggctggaggtacctagaaaggaagcaggcattcactttccaccaggaatt
tctgtcaagacagaaagagcagttgagagggtcagagaggaagcagggag
agatggaagaatgggagactggattagaggccaggaagggcagtgttgcc
cctgggccagagagggaactgcttcctaagactggctgatctcctggagc
agaattcggggtaaaggaggactagggtgcccctaatccttcaagtctgc
tgggcaggacaatatgtagggttggggtccaccagactgcatatagtcat
gcatagagcagccactaaacatgatggagactgttggatgaagctctggg
tctggaggcgaagcttcctctgaacctctggctctctgctgtgtggccac
cactgagtccccactgcaggctccagaggacagagagggaaaagcttgta
tctttttagggctgaaacagtatcgaaggggaaagcactgtactcagata
cggaggggcagactgtgtctatcccctttctggccatagccttggatcaa
tttctttattcatcttcacttcccttaccaagtgcaatgggctgacaagt
atccccagctcaggccacagtatagaagagtcaggttgctgcatgggcca
gcagagcttgtgccaggagcattgccacaccaggagtcaccaagacttct
gagctaatgttatggcctctgccaaagcctgatcctgccataggaggcaa
agtgttccaaggggtgagggtggtactctcaggaccctgatggttgctta
gataccagcacccatcagggtaaccacagatgcaggtgccatgtttcaca
gtaaagcagcgtggtgtgtggttaactctagtcctaagacaagttagagg
gttctctgtagagtatgatagcgggtagtggtgcacactttaagacccat
ggttctggatctgcctggcacaagctttccagctttcagagacttgctgg
agctgcccatgtgggtgaacttcagtgacagaaaacgagccatagcgtct
tgatgcaagcagaac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_38015250_38016399
seq2: B6Ng01-220A04.b_45_1194

seq1  GAATTCCTTACTTCCTGATCTACTAGGATGTAACAAGGCATGTCACTAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTACTTCCTGATCTACTAGGATGTAACAAGGCATGTCACTAGT  50

seq1  GCCCACTGCCTCAGACAGAGCACCAATTCCCATCCTTCCATCCAATGATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCACTGCCTCAGACAGAGCACCAATTCCCATCCTTCCATCCAATGATG  100

seq1  TAATTCCTCAAACTGTGAGCTGAAACTAATCCCATCCTCTCTTTGGTTGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTCCTCAAACTGTGAGCTGAAACTAATCCCATCCTCTCTTTGGTTGC  150

seq1  TTTTACCTGCTACTTGGCCAACCCAAGACGGAAAGTAACAAAGACATACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTACCTGCTACTTGGCCAACCCAAGACGGAAAGTAACAAAGACATACA  200

seq1  TAATTCTGGGATTTAGTTACAGAAGAACACATGGGAAACACAGAAAGTAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTCTGGGATTTAGTTACAGAAGAACACATGGGAAACACAGAAAGTAG  250

seq1  TCAGAGAAATCTGCATGAAGGTGCCATGGCTTGGCAGCTCAACAGAGCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGAAATCTGCATGAAGGTGCCATGGCTTGGCAGCTCAACAGAGCCA  300

seq1  GGGATCCTAGGAGTCCTGGCTTGTGCACAGGACTCTTTGTGTTGCTCCTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATCCTAGGAGTCCTGGCTTGTGCACAGGACTCTTTGTGTTGCTCCTT  350

seq1  GGTGGGCTGTTGAGTCCCTCGGTAATTTCTTGACACACCCAGACAATCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGGCTGTTGAGTCCCTCGGTAATTTCTTGACACACCCAGACAATCTC  400

seq1  CCTGGCCCAGCTGCACCACTCCTGAGCCTTGACTTGCAGTGTGGCCACTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGCCCAGCTGCACCACTCCTGAGCCTTGACTTGCAGTGTGGCCACTG  450

seq1  GCTTCTTACACAGCTCTCTGAGCATCAAGGTGCAGCTTGTGAGCTGTGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCTTACACAGCTCTCTGAGCATCAAGGTGCAGCTTGTGAGCTGTGTG  500

seq1  GCTCACACTCAGAGCCCCTCCTCCCCATTCAGAATAGCAGCCCCTGACCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCACACTCAGAGCCCCTCCTCCCCATTCAGAATAGCAGCCCCTGACCA  550

seq1  TCGCAACAAGAATGAAAACCTTCCTCTCTCTCTGTCTTCTCTCCTCTCTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGCAACAAGAATGAAAACCTTCCTCTCTCTCTGTCTTCTCTCCTCTCTC  600

seq1  TTACTCTCTCTTTCTCTCTAGCTTCTCTCTCTAGCTTCTCTCTCTAGCCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTCTCTCTTTCTCTCTAGCTTCTCTCTCTAGCTTCTCTCTCTAGCCC  650

seq1  CCCCTCTCCTGTCTTACTCCCTGCATTTCTATAATAAAGCTCTAAAACCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTCTCCTGTCTTACTCCCTGCATTTCTATAATAAAGCTCTAAAACCA  700

seq1  TTTTTTTTTAAAGAATGAAAACCTGGAGTCCTCACAGCTTGAGCCAAAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTTTAAAGAATGAAAACCTGGAGTCCTCACAGCTTGAGCCAAAGA  750

seq1  CACCAAGGACAGTGCACATGCCAGGACAGTTCAAGAAAGAACCTTAGGCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAAGGACAGTGCACATGCCAGGACAGTTCAAGAAAGAACCTTAGGCA  800

seq1  AGGCAGCACAGCCTCTTCCTCTGATGCTAGAGGTTACCATGGTGATGAGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGCACAGCCTCTTCCTCTGATGCTAGAGGTTACCATGGTGATGAGA  850

seq1  GGGAGTGTCTTAGATACATAGAAGCCAATGACATCACAATTAGAGTTGTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGTGTCTTAGATACATAGAAGCCAATGACATCACAATTAGAGTTGTA  900

seq1  AAAACCTCACCAGCATTGTTCTTCTATATGTCAGGGCTTGACTGGGATGC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  AAAACCTCACCAGCATTGTTCTTCTATATGTCA-GGCTTGACTGGGATGC  949

seq1  CCAGTCCCCAGGATATAATGGGTGTTTGGAATCTCTCTATTTTAATAATG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||
seq2  CCAGTCCCCAGGATATAATGGGTGTTTGGAATCTCTCTATTTTA--TATG  997

seq1  AGAGAGAATACCAGAGAGTCACCGAGGGAACAAAGTTGTAGCACAGTGCT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAATACCAGAGAGTCACCGAGGGAACAAAGTTGTAGCACAGTGCT  1047

seq1  TCCAGTGTGA-GACTGACTGTTCTCCTCTTCCAGGAAGATAGGGGTGATG  1099
      |||||||||| ||||||||||||||   ||||||  ||||| ||||||||
seq2  TCCAGTGTGAGGACTGACTGTTCTCTCTTTCCAG--AGATA-GGGTGATG  1094

seq1  ATTGGA-CTCAATT-CTGGTAC-TTTTATC-TACTACAG-CACCTAGCAA  1144
      |||||| ||||||| | ||||| ||||||| |||||||| |||||||  |
seq2  ATTGGACCTCAATTCCGGGTACTTTTTATCTTACTACAGTCACCTAGGCA  1144

seq1  ACATAG  1150
      ||||||
seq2  ACATAG  1150

seq1: chr5_38125511_38126621
seq2: B6Ng01-220A04.g_63_1177 (reverse)

seq1  GTTCTGCCTGCATCCAAGACGCTAT-GCTCTGTTTCTGTCACTG-AGGTC  48
      ||||||| ||||| ||||||||||| ||||  |||||||||||| || ||
seq2  GTTCTGCTTGCAT-CAAGACGCTATGGCTCGTTTTCTGTCACTGAAGTTC  49

seq1  A-CCACATGGGCAGCTCAGCCAAGTCTCTGAAAGCTGG-AAGCTTTGGTG  96
      | |||||||||||||||   |||||||||||||||||| ||||||  |||
seq2  ACCCACATGGGCAGCTCCAGCAAGTCTCTGAAAGCTGGAAAGCTT--GTG  97

seq1  CCAGGCAGATCCAGA--CATGGGTCTAAAGTTGTGGCACCACTACCCGCT  144
      |||||||||||||||  ||||||||| ||  ||| |||||||||||||||
seq2  CCAGGCAGATCCAGAACCATGGGTCTTAAAGTGT-GCACCACTACCCGCT  146

seq1  ATCATACTCTACAGAG-ACCCTCT-ACTTGTCTAGGGACTAGAGTTAACC  192
      |||||||||||||||| ||||||| ||||||||  |||||||||||||||
seq2  ATCATACTCTACAGAGAACCCTCTAACTTGTCTTAGGACTAGAGTTAACC  196

seq1  ACACACCACGCTGCTTTACTGTGAAACATGGCACCTGCATCTGTGGTTAC  242
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACCACGCTGCTTTACTGTGAAACATGGCACCTGCATCTGTGGTTAC  246

seq1  CCTGATGGGTGCTGGTATCTAAGCAACCATCAGGGTCCTGAGAGTACCAC  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGATGGGTGCTGGTATCTAAGCAACCATCAGGGTCCTGAGAGTACCAC  296

seq1  CCTCACCCCTTGGAACACTTTGCCTCCTATGGCAGGATCAGGCTTTGGCA  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCACCCCTTGGAACACTTTGCCTCCTATGGCAGGATCAGGCTTTGGCA  346

seq1  GAGGCCATAACATTAGCTCAGAAGTCTTGGTGACTCCTGGTGTGGCAATG  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCCATAACATTAGCTCAGAAGTCTTGGTGACTCCTGGTGTGGCAATG  396

seq1  CTCCTGGCACAAGCTCTGCTGGCCCATGCAGCAACCTGACTCTTCTATAC  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGGCACAAGCTCTGCTGGCCCATGCAGCAACCTGACTCTTCTATAC  446

seq1  TGTGGCCTGAGCTGGGGATACTTGTCAGCCCATTGCACTTGGTAAGGGAA  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGCCTGAGCTGGGGATACTTGTCAGCCCATTGCACTTGGTAAGGGAA  496

seq1  GTGAAGATGAATAAAGAAATTGATCCAAGGCTATGGCCAGAAAGGGGATA  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAGATGAATAAAGAAATTGATCCAAGGCTATGGCCAGAAAGGGGATA  546

seq1  GACACAGTCTGCCCCTCCGTATCTGAGTACAGTGCTTTCCCCTTCGATAC  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACAGTCTGCCCCTCCGTATCTGAGTACAGTGCTTTCCCCTTCGATAC  596

seq1  TGTTTCAGCCCTAAAAAGATACAAGCTTTTCCCTCTCTGTCCTCTGGAGC  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCAGCCCTAAAAAGATACAAGCTTTTCCCTCTCTGTCCTCTGGAGC  646

seq1  CTGCAGTGGGGACTCAGTGGTGGCCACACAGCAGAGAGCCAGAGGTTCAG  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAGTGGGGACTCAGTGGTGGCCACACAGCAGAGAGCCAGAGGTTCAG  696

seq1  AGGAAGCTTCGCCTCCAGACCCAGAGCTTCATCCAACAGTCTCCATCATG  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGCTTCGCCTCCAGACCCAGAGCTTCATCCAACAGTCTCCATCATG  746

seq1  TTTAGTGGCTGCTCTATGCATGACTATATGCAGTCTGGTGGACCCCAACC  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGTGGCTGCTCTATGCATGACTATATGCAGTCTGGTGGACCCCAACC  796

seq1  CTACATATTGTCCTGCCCAGCAGACTTGAAGGATTAGGGGCACCCTAGTC  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACATATTGTCCTGCCCAGCAGACTTGAAGGATTAGGGGCACCCTAGTC  846

seq1  CTCCTTTACCCCGAATTCTGCTCCAGGAGATCAGCCAGTCTTAGGAAGCA  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTTACCCCGAATTCTGCTCCAGGAGATCAGCCAGTCTTAGGAAGCA  896

seq1  GTTCCCTCTCTGGCCCAGGGGCAACACTGCCCTTCCTGGCCTCTAATCCA  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCCTCTCTGGCCCAGGGGCAACACTGCCCTTCCTGGCCTCTAATCCA  946

seq1  GTCTCCCATTCTTCCATCTCTCCCTGCTTCCTCTCTGACCCTCTCAACTG  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCCCATTCTTCCATCTCTCCCTGCTTCCTCTCTGACCCTCTCAACTG  996

seq1  CTCTTTCTGTCTTGACAGAAATTCCTGGTGGAAAGTGAATGCCTGCTTCC  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTCTGTCTTGACAGAAATTCCTGGTGGAAAGTGAATGCCTGCTTCC  1046

seq1  TTTCTAGGTACCTCCAGCCCCCCAACTATGCACCCGCCCCCTCATTACAG  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTAGGTACCTCCAGCCCCCCAACTATGCACCCGCCCCCTCATTACAG  1096

seq1  CTTCTTTCTGAAAGAATTC  1111
      |||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTTCTGAAAGAATTC  1115