BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-220G06
Chromosome5 (Build37)
Map Location 133,413,980 - 133,516,374
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneAuts2
Downstream geneLOC100039731, LOC666038, LOC100039750
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-220G06.bB6Ng01-220G06.g
ACCGA035960GA035961
length1,098618
definitionB6Ng01-220G06.b B6Ng01-220G06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(133,413,980 - 133,415,076)(133,515,757 - 133,516,374)
sequence
gaattcactagctccctacagaaaatcacaaacttggatcacaaacacaa
tgctgttcaccattgacaaacatggtttcatgtgcaaaggtttttaaaat
actttataaaatcactctcaggttacatatgtaatctctctctctctctc
tctctctctctctctctctctgtgtgtgtgtgttcatgtgtgtgttcatg
tgtgcacatgagtctgtgtgcaaagttgtgacatatgtatacatatgtag
atcagaggtcaaccttggataccattcttcagaatggcatccattctgtt
tttttaagaaagggtggactggagctagcttgtctggtaggtttacagac
cagcaagccccagatatttgtctgtctctgcctccctagtgctgggatta
taagcatgtaccaccatgccctgctttaatgtggctttttgctatatatc
agttttcgcagaattaaagcattccctctaggaatgagggtggaggctca
tgagactctggaattgaacaaacgttatgtacctgggaaagctaaaactc
acaagattcaccagggccatccctaaggttagagaagcagtaaataatgt
atagggaaggagactcatcagctgagcttcctagaagagactgtcccagc
tgtaaagggtgaagatgctccaggctgcagcttttgtgagatgtaaccaa
tgctggggccagctatgagtcatctttctgcccataaacaaacccttacc
cctatcttgactagtaaccccaataaggttctgattccccaaactagtct
tcggtgtaacctttaccttgatctgtcctgggtttcctatctgggatgag
tgtaacatgtgtatgttgtatctttcaggaaaagtgtcacacaatagtct
tgggtacttattaacgccaggggattaaggagcatcaagtcctcaggctt
cttgcaataagcactttgcagtgtggagctaattcatcccagcatgattt
gacatcttgagcacaagcaccttcagtaaacactgtgtgcactatttttt
tttttttgaatgagtgagtggaattgttgcatggattcaaatacactt

gaattcttgtaacatccctcatgacatcatttaacctgagtcacttccag
aaagcattattttcaatggcccctttaaagcctttgccttcaacatttcc
acaaagagaagccttagtccacaaaagtcatttttaagcactcggccttt
agacctctatggacggaagcaaactgactcagcctttgctctgtaaccta
gggagatcaactaccttctctgtgcctcgccttcactatctgtataatat
tattggtcactgcacacatataggtagcatgcatatgcatttatttactt
aatcctgactcctgctctataaggtgttgtcataaagtctgttctagacg
gttgtggtggcgcacttgggtaggatttgctgaaggaggcagaggcagga
ggatcacaagttcgaggccagcctggcctacacattttgataaagtctgt
tctctatattaatgatcagaaagctatagaatggatagctaggaaatttt
ccccaatccatacattttttttaacataagaagtgcttaaaactagatgt
gaggtaataaaatctgctgtcatgtatatgtgtgtgaggggttgtgttaa
tgtgtatatatgtatgta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_133413980_133415076
seq2: B6Ng01-220G06.b_45_1142

seq1  GAATTCACTAGCTCCCTACAGAAAATCACAAACTTGGATCACAAACACAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTAGCTCCCTACAGAAAATCACAAACTTGGATCACAAACACAA  50

seq1  TGCTGTTCACCATTGACAAACATGGTTTCATGTGCAAAGGTTTTTAAAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTTCACCATTGACAAACATGGTTTCATGTGCAAAGGTTTTTAAAAT  100

seq1  ACTTTATAAAATCACTCTCAGGTTACATATGTAATCTCTCTCTCTCTCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTATAAAATCACTCTCAGGTTACATATGTAATCTCTCTCTCTCTCTC  150

seq1  TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTGTGTGTGTGTTCATGTGTGTGTTCATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTGTGTGTGTGTTCATGTGTGTGTTCATG  200

seq1  TGTGCACATGAGTCTGTGTGCAAAGTTGTGACATATGTATACATATGTAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCACATGAGTCTGTGTGCAAAGTTGTGACATATGTATACATATGTAG  250

seq1  ATCAGAGGTCAACCTTGGATACCATTCTTCAGAATGGCATCCATTCTGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGAGGTCAACCTTGGATACCATTCTTCAGAATGGCATCCATTCTGTT  300

seq1  TTTTTAAGAAAGGGTGGACTGGAGCTAGCTTGTCTGGTAGGTTTACAGAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTAAGAAAGGGTGGACTGGAGCTAGCTTGTCTGGTAGGTTTACAGAC  350

seq1  CAGCAAGCCCCAGATATTTGTCTGTCTCTGCCTCCCTAGTGCTGGGATTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAAGCCCCAGATATTTGTCTGTCTCTGCCTCCCTAGTGCTGGGATTA  400

seq1  TAAGCATGTACCACCATGCCCTGCTTTAATGTGGCTTTTTGCTATATATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCATGTACCACCATGCCCTGCTTTAATGTGGCTTTTTGCTATATATC  450

seq1  AGTTTTCGCAGAATTAAAGCATTCCCTCTAGGAATGAGGGTGGAGGCTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTCGCAGAATTAAAGCATTCCCTCTAGGAATGAGGGTGGAGGCTCA  500

seq1  TGAGACTCTGGAATTGAACAAACGTTATGTACCTGGGAAAGCTAAAACTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGACTCTGGAATTGAACAAACGTTATGTACCTGGGAAAGCTAAAACTC  550

seq1  ACAAGATTCACCAGGGCCATCCCTAAGGTTAGAGAAGCAGTAAATAATGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGATTCACCAGGGCCATCCCTAAGGTTAGAGAAGCAGTAAATAATGT  600

seq1  ATAGGGAAGGAGACTCATCAGCTGAGCTTCCTAGAAGAGACTGTCCCAGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGGAAGGAGACTCATCAGCTGAGCTTCCTAGAAGAGACTGTCCCAGC  650

seq1  TGTAAAGGGTGAAGATGCTCCAGGCTGCAGCTTTTGTGAGATGTAACCAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAAGGGTGAAGATGCTCCAGGCTGCAGCTTTTGTGAGATGTAACCAA  700

seq1  TGCTGGGGCCAGCTATGAGTCATCTTTCTGCCCATAAACAAACCCTTACC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGGGGCCAGCTATGAGTCATCTTTCTGCCCATAAACAAACCCTTACC  750

seq1  CCTATCTTGACTAGTAACCCCAATAAGGTTCTGATTCCCCAAACTAGTCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATCTTGACTAGTAACCCCAATAAGGTTCTGATTCCCCAAACTAGTCT  800

seq1  TCGGTGTAACCTTTACCTTGATCTGTCCTGGGTTTCCTATCTGGGATGAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGTGTAACCTTTACCTTGATCTGTCCTGGGTTTCCTATCTGGGATGAG  850

seq1  TGTAACATGTGTATGTTGTATCTTTCAGGAAAAGTGTCACACAATAGTCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAACATGTGTATGTTGTATCTTTCAGGAAAAGTGTCACACAATAGTCT  900

seq1  TGGGTAC-TATTAACGCCA-GGGATT-AGGAGCATCAGGTCCTCAGGCTT  947
      ||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||
seq2  TGGGTACTTATTAACGCCAGGGGATTAAGGAGCATCAAGTCCTCAGGCTT  950

seq1  C-TGCAATAGGCACTTTGCAGTGT-GAGCTAATTCATCCCAGCATGATTT  995
      | ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCAATAAGCACTTTGCAGTGTGGAGCTAATTCATCCCAGCATGATTT  1000

seq1  GAACATCTTGAGCAACAAGCACCTTCAGTAAACACTGTGTGCACTATTTT  1045
      | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  G-ACATCTTGAGC-ACAAGCACCTTCAGTAAACACTGTGTGCACTATTTT  1048

seq1  TTTTTTTTTGAATGAGTTGAGTGGAATTTGTTGCATGGTTTCAAATACAC  1095
      |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||
seq2  TTTTTTTTTGAATGAG-TGAGTGGAA-TTGTTGCATGGATTCAAATACAC  1096

seq1  TT  1097
      ||
seq2  TT  1098


seq1: chr5_133515757_133516374
seq2: B6Ng01-220G06.g_64_681 (reverse)

seq1  TACATACATATATACACATTAACACAACCCCTCACACACATATACATGAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATACATATATACACATTAACACAACCCCTCACACACATATACATGAC  50

seq1  AGCAGATTTTATTACCTCACATCTAGTTTTAAGCACTTCTTATGTTAAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGATTTTATTACCTCACATCTAGTTTTAAGCACTTCTTATGTTAAAA  100

seq1  AAAATGTATGGATTGGGGAAAATTTCCTAGCTATCCATTCTATAGCTTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGTATGGATTGGGGAAAATTTCCTAGCTATCCATTCTATAGCTTTC  150

seq1  TGATCATTAATATAGAGAACAGACTTTATCAAAATGTGTAGGCCAGGCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCATTAATATAGAGAACAGACTTTATCAAAATGTGTAGGCCAGGCTG  200

seq1  GCCTCGAACTTGTGATCCTCCTGCCTCTGCCTCCTTCAGCAAATCCTACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCGAACTTGTGATCCTCCTGCCTCTGCCTCCTTCAGCAAATCCTACC  250

seq1  CAAGTGCGCCACCACAACCGTCTAGAACAGACTTTATGACAACACCTTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTGCGCCACCACAACCGTCTAGAACAGACTTTATGACAACACCTTAT  300

seq1  AGAGCAGGAGTCAGGATTAAGTAAATAAATGCATATGCATGCTACCTATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCAGGAGTCAGGATTAAGTAAATAAATGCATATGCATGCTACCTATA  350

seq1  TGTGTGCAGTGACCAATAATATTATACAGATAGTGAAGGCGAGGCACAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGCAGTGACCAATAATATTATACAGATAGTGAAGGCGAGGCACAGA  400

seq1  GAAGGTAGTTGATCTCCCTAGGTTACAGAGCAAAGGCTGAGTCAGTTTGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGTAGTTGATCTCCCTAGGTTACAGAGCAAAGGCTGAGTCAGTTTGC  450

seq1  TTCCGTCCATAGAGGTCTAAAGGCCGAGTGCTTAAAAATGACTTTTGTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCGTCCATAGAGGTCTAAAGGCCGAGTGCTTAAAAATGACTTTTGTGG  500

seq1  ACTAAGGCTTCTCTTTGTGGAAATGTTGAAGGCAAAGGCTTTAAAGGGGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAGGCTTCTCTTTGTGGAAATGTTGAAGGCAAAGGCTTTAAAGGGGC  550

seq1  CATTGAAAATAATGCTTTCTGGAAGTGACTCAGGTTAAATGATGTCATGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGAAAATAATGCTTTCTGGAAGTGACTCAGGTTAAATGATGTCATGA  600

seq1  GGGATGTTACAAGAATTC  618
      ||||||||||||||||||
seq2  GGGATGTTACAAGAATTC  618


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |