BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-222A08
Chromosome5 (Build37)
Map Location 120,382,068 - 120,526,478
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100039488, EG665194, LOC100039529, LOC100039542, Tbx3, EG433945, Tbx5
Downstream geneRbm19, LOC100039609, Lhx5, Sdsl, Sds, 1300012G16Rik, Slc24a6, Tpcn1, Iqcd, 1110008J03Rik, Ddx54, LOC546886, Rasal1, Dtx1, Oas2, Oas3, Oas1e, Oas1c, Oas1b, Oas1f, Oas1h, Oas1g, Oas1a, Oas1d, Oas1i, Rph3a
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-222A08.bB6Ng01-222A08.g
ACCGA037157GA037158
length1,151491
definitionB6Ng01-222A08.b B6Ng01-222A08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(120,525,337 - 120,526,478)(120,382,068 - 120,382,562)
sequence
gaattcttgactcttggaagagctagcaaatgctcgtaacctctgaactg
tcacccctgtaacctggtcctaaatgtcttccaaaggcatatatatgtgt
tggaggctttgtctctagggggatgctattaggaggtaggggaactttac
aaggctatcttggttagagtttctattgttgtgaagagacactatgacca
gggcaactcttataaggacaacatttcattggggctagcttacaagttca
gaggctaagtccattatcatcatagcagggactttggcagtgcacaggta
gacatggtgttggaggagttgagagttctaaatcttgatctgcagacagt
agaaggagtctgtgtgccacatggggtgtagcttgaacatatgagaccac
aaagtcctccctctacagtgacatacttcctgcaaaaaggccacacctcc
cagtactgccactccctgtggccaaacattcaaaccaccacagaggcaga
ggctaataacattggggtctctataacattggggtggtgcctttgatggg
atgtgggttcatggctctctgccccatactcttgtagtgatgtactgtct
cactacaagcctcgagcaatgggcacagttgatcatggataagacacctg
gttctacattctcaagtgcctattgttagctgagtggatcatctccaaac
ttcacaacaacctgccaaatgaccatggtcatcaagccccttcacagtaa
agtgcctttctgatgttacataatggccgacttgggattccagccctgga
ctgattcaggctcaggcctctcccaccaaaaaaatgctctgttcttctta
gccctgtgagtacactggggacaggaccagcagctgttatacatctctat
ccccattaaactcaggtgctcagcttggtggcaggtgctgagccatctgt
cttgtgaaggagacacctggaaactccagtactggtggatggggtcgagg
tagcactgggccctgagtttttttccccagttgtcttagtctgcagaagg
gaagaactacatctcttgcctctcttcaaggtcgcaagggtggcagaagt
ggagaaggaaattgggggatctttgcatgtaacacatgtgcaaggggtga
g
catcccaaggaccaccatgtacttggtgtgtggtgcatgtctgtaactcc
atcatgcaggggatttaggcaggaggatcagaagttcaaggccatccttg
gctgtgtaacaagttcaaggccagcctgaactacatgagaccctgtctta
aaaaataaaatggagccaatgaccaccgagtctctgttgcatgggcccag
gtggttgtgactagccctgtagggccctgtattggatgcaacacagcaca
gagatgtccttcagaccatactccctgctctggcccatgtcactggacat
tgctcccccagggtgcccccaaaacactccccaaggctctcttctctatg
tggtggtggttggtaggatgtctgttgacatcctcagggaggacgtgaga
agagatgaacaagtttgtgaatggagggcagagggtagatatttctgagg
gtgaggttttttctgtcatctccctcttccgaatgcccaca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_120525337_120526478
seq2: B6Ng01-222A08.b_50_1200 (reverse)

seq1  CTCACCCCTTCCCATTGTGCTCCATGGCAAAGGATCCCCACTTTTCCTTC  50
      |||||||||| |   |||| | ||| ||||| |||||||   ||||||||
seq2  CTCACCCCTTGCACATGTGTTACAT-GCAAA-GATCCCCCAATTTCCTTC  48

seq1  TCCACCTCTGCCCACCCCTGCGACCTGGAAGGAAAAGCAAGAGATGT--G  98
      ||||| |||| |||||| |||||||| ||| || | |||||||||||   
seq2  TCCACTTCTG-CCACCCTTGCGACCTTGAA-GAGAGGCAAGAGATGTAGT  96

seq1  TCTTCCC-TCTGCAGACT-AGAC-ACTGGGG-AAAAAACTCAAGGCCCAG  144
      ||||||| |||||||||| |||| ||||||| |||||||||| |||||||
seq2  TCTTCCCTTCTGCAGACTAAGACAACTGGGGAAAAAAACTCAGGGCCCAG  146

seq1  TGCTACCTCG-CCCCA-CCA-CAGTACTGGAGTTCCCA-GTGTCTCCTTC  190
      |||||||||| ||||| ||| ||||||||||||| ||| |||||||||||
seq2  TGCTACCTCGACCCCATCCACCAGTACTGGAGTTTCCAGGTGTCTCCTTC  196

seq1  ACAAGACAGATGGCTCAGCACCTGCCACCAAGCTGAGCACCTGAGTTTAA  240
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGACAGATGGCTCAGCACCTGCCACCAAGCTGAGCACCTGAGTTTAA  246

seq1  T-GGGATAGAGATGTATAACAGCTGCTGGTCCTGT-CCCAGTGTACTCAC  288
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TGGGGATAGAGATGTATAACAGCTGCTGGTCCTGTCCCCAGTGTACTCAC  296

seq1  AGGGCTAAGAAGAACAGAGCA-TTTTTTGGTGGGAGAGGCCTGAGCCTGA  337
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCTAAGAAGAACAGAGCATTTTTTTGGTGGGAGAGGCCTGAGCCTGA  346

seq1  ATCAGTCCAGGGCTGGAATCCCAAGTCGGCCATTATGTAACATCAGAAAG  387
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGTCCAGGGCTGGAATCCCAAGTCGGCCATTATGTAACATCAGAAAG  396

seq1  GCACTTTACTGTGAAGGGGCTTGATGACCATGGTCATTTGGCAGGTTGTT  437
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTTTACTGTGAAGGGGCTTGATGACCATGGTCATTTGGCAGGTTGTT  446

seq1  GTGAAGTTTGGAGATGATCCACTCAGCTAACAATAGGCACTTGAGAATGT  487
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAGTTTGGAGATGATCCACTCAGCTAACAATAGGCACTTGAGAATGT  496

seq1  AGAACCAGGTGTCTTATCCATGATCAACTGTGCCCATTGCTCGAGGCTTG  537
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACCAGGTGTCTTATCCATGATCAACTGTGCCCATTGCTCGAGGCTTG  546

seq1  TAGTGAGACAGTACATCACTACAAGAGTATGGGGCAGAGAGCCATGAACC  587
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGAGACAGTACATCACTACAAGAGTATGGGGCAGAGAGCCATGAACC  596

seq1  CACATCCCATCAAAGGCACCACCCCAATGTTATAGAGACCCCAATGTTAT  637
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATCCCATCAAAGGCACCACCCCAATGTTATAGAGACCCCAATGTTAT  646

seq1  TAGCCTCTGCCTCTGTGGTGGTTTGAATGTTTGGCCACAGGGAGTGGCAG  687
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCTCTGCCTCTGTGGTGGTTTGAATGTTTGGCCACAGGGAGTGGCAG  696

seq1  TACTGGGAGGTGTGGCCTTTTTGCAGGAAGTATGTCACTGTAGAGGGAGG  737
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGGGAGGTGTGGCCTTTTTGCAGGAAGTATGTCACTGTAGAGGGAGG  746

seq1  ACTTTGTGGTCTCATATGTTCAAGCTACACCCCATGTGGCACACAGACTC  787
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTGTGGTCTCATATGTTCAAGCTACACCCCATGTGGCACACAGACTC  796

seq1  CTTCTACTGTCTGCAGATCAAGATTTAGAACTCTCAACTCCTCCAACACC  837
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTACTGTCTGCAGATCAAGATTTAGAACTCTCAACTCCTCCAACACC  846

seq1  ATGTCTACCTGTGCACTGCCAAAGTCCCTGCTATGATGATAATGGACTTA  887
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTACCTGTGCACTGCCAAAGTCCCTGCTATGATGATAATGGACTTA  896

seq1  GCCTCTGAACTTGTAAGCTAGCCCCAATGAAATGTTGTCCTTATAAGAGT  937
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCTGAACTTGTAAGCTAGCCCCAATGAAATGTTGTCCTTATAAGAGT  946

seq1  TGCCCTGGTCATAGTGTCTCTTCACAACAATAGAAACTCTAACCAAGATA  987
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCTGGTCATAGTGTCTCTTCACAACAATAGAAACTCTAACCAAGATA  996

seq1  GCCTTGTAAAGTTCCCCTACCTCCTAATAGCATCCCCCTAGAGACAAAGC  1037
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTGTAAAGTTCCCCTACCTCCTAATAGCATCCCCCTAGAGACAAAGC  1046

seq1  CTCCAACACATATATATGCCTTTGGAAGACATTTAGGACCAGGTTACAGG  1087
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAACACATATATATGCCTTTGGAAGACATTTAGGACCAGGTTACAGG  1096

seq1  GGTGACAGTTCAGAGGTTACGAGCATTTGCTAGCTCTTCCAAGAGTCAAG  1137
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGACAGTTCAGAGGTTACGAGCATTTGCTAGCTCTTCCAAGAGTCAAG  1146

seq1  AATTC  1142
      |||||
seq2  AATTC  1151

seq1: chr5_120382068_120382562
seq2: B6Ng01-222A08.g_67_563

seq1  GAATTCCATCCCAAGGACCACCATGTACTTGGTGTGTGGTGCATGTCTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATCCCAAGGACCACCATGTACTTGGTGTGTGGTGCATGTCTGT  50

seq1  AACTCCATCATGCAGGGGATTTAGGCAGGAGGATCAGAAGTTCAAGGCCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCCATCATGCAGGGGATTTAGGCAGGAGGATCAGAAGTTCAAGGCCA  100

seq1  TCCTTGGCTGTGTAACAAGTTCAAGGCCAGCCTGAACTACATGAGACCCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTGGCTGTGTAACAAGTTCAAGGCCAGCCTGAACTACATGAGACCCT  150

seq1  GTCTTAAAAAATAAAATGGAGCCAATGACCACCGAGTCTCTGTTGCATGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTAAAAAATAAAATGGAGCCAATGACCACCGAGTCTCTGTTGCATGG  200

seq1  GCCCAGGTGGTTGTGACTAGCCCTGTAGGGCCCTGTATTGGATGCAACAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCAGGTGGTTGTGACTAGCCCTGTAGGGCCCTGTATTGGATGCAACAC  250

seq1  AGCACAGAGATGTCCTTCAGACCATACTCCCTGCTCTGGCCCATGTCACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACAGAGATGTCCTTCAGACCATACTCCCTGCTCTGGCCCATGTCACT  300

seq1  GGACATTGCTCCCCCAGGGTGCCCCCAAAACACTCCCCAAGGCTCTCTTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACATTGCTCCCCCAGGGTGCCCCCAAAACACTCCCCAAGGCTCTCTTC  350

seq1  TCTATGTGGTGGTGGTTGGTAGGATGTCTGTTGACATCCTCAGGGAGGAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATGTGGTGGTGGTTGGTAGGATGTCTGTTGACATCCTCAGGGAGGAC  400

seq1  GTGAGAAGAGATGAACAAG-GTGGGAATGGAGGGCAGAGGGTAGAGATTT  449
      |||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GTGAGAAGAGATGAACAAGTTTGTGAATGGAGGGCAGAGGGTAGATATTT  450

seq1  CTGAGGGTGAGG-TTTTCCTGTCAGCTCCCTCCTCGGCATGCCCACA  495
      |||||||||||| |||| |||||| ||||||| || | |||||||||
seq2  CTGAGGGTGAGGTTTTTTCTGTCATCTCCCTCTTCCGAATGCCCACA  497