BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-223K04
Chromosome5 (Build37)
Map Location 130,915,057 - 131,055,310
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCaln1
Upstream geneSfrs8, Mmp17, EG620248, Zfp11, 1700016K13Rik, Mrps17, Gbas, Psph, Cct6a, LOC100038887, Sumf2, Phkg1, Chchd2, 2410018M08Rik, 4930579G22Rik, Vkorc1l1, Gusb, Asl, Crcp, Tpst1, Kctd7, Rabgef1, 0610007L01Rik, EG625540, Sbds, Tyw1, A330070K13Rik
Downstream geneWbscr17, Auts2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-223K04.bB6Ng01-223K04.g
ACCGA038325GA038326
length1,1011,014
definitionB6Ng01-223K04.b B6Ng01-223K04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(130,915,057 - 130,916,149)(131,054,275 - 131,055,310)
sequence
gaattctcttcattctttcagaaattacaatattttcacaaatatcattg
tgcagctacatatgtaagatgcactttaaacatttaaaatttttttattt
tatttgcacacacacacacacacacacacacacacacacacacacatgca
cacatggttatgtgcatatgtgtaggggtcagataaaaacttgcagaagt
caattttctccttcccctctggtcattccaggattgagctcttgttgtta
ggcccctttatgcactgagccatctcacctgccccataaagggcattctt
agaaaacaaatatattgttagacgtatgtgtgcattccaatttttaattg
gttaattaacaaataaccagtgaaataactaaccagcaatgaaataacta
attgattaaccaaccaacaaataactaattaactaaccatttaactaatt
cattaattgactaattaagtaattaacagagtagttattggtgggttttt
gttttgtttttgtttttgagacagggcttaactctgtagcccaacctaac
ttggaatgtgctgtgtagcccaggcttgtctccaactcagcaccatcctg
tctctgcctcctgtgtgttggatgacagacaggtgagcaccacactgtct
acccaagggacccttcagcaaaatccagccaactgttcccaccagtgagt
acctacctgctggcagacagtttacttccagtcttcacatctgttaagtg
tgaacctaccctggtgcactttccattttagatgtgagctttgtctgtgt
tttttcttttgaaatcctatgagctttcaaatcttctttccctctttcag
tgaattagaaaagtgtacatgcccacccattttggttccacctttaaacc
acttgaaatgctatcatttctattaaactttatcatttgcaaaacaagga
tgctttaatatttgcctgactcttgtggttttttttttccccagacagga
tgtcaactatgtagcccaggctgtcctcaatttcccaggtgaccctccta
gctcagtcttcttccacatgttggaatacacaggcatattcacaacatgt
c
gaattcattattgaatcagagaatatggaaagtcacgaatgtgcctctgt
ttcccacatagctcagtgatgaatggcacatatgctaaaacctcctagta
actatagatgcaaagaagcccagacacaggaacaacagggagaagggcat
ggttacttggttatggacttagaagcagaagatactggcaaggtggttca
gtggataagggcactttgccaaacctgacaaactgagtttgattccccag
ggcccatgaggtggagggagaaaattagctcctgaaaagttgccctctga
ccaccacatgtgccctatgatgtgcacacatgcacacacacacacacaca
catgggggggggacagagacacacaacagatagatagatagatagataga
tagatagatagatagatacatacatacatacatacatacatacatacata
cgtacatacatacatgatagatagatagatagatagatagatagattgat
agatagataatatttttaaagattctactttaaagagattaatggactct
attaagtcaacacttataacctttgactcaataagtgccccccaataaaa
ccatggtcctttagcctcaacaccctccaactagccaaaaggacaagaaa
ggacccaaacagaactggaacctttcttagtttgccattatattctaact
ataatgagaaatgttcattgggctaggagagtgttagctcaatggaaact
tattcaggtctttccaagctggagaagttatctaaggtcaccttgtatta
ggggaaaggtatagagaaaataaagaactccagtaaagactcattgtccc
catctgttccagacacctggacaataactagcagctgtctcttggtgtct
gagcgatatctcttcacagcctagtataaaccagacacccagcacagcag
gataaatgcgcccttggtagaatgaatcactctcgtaaactcactgatag
cagtagccagctct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_130915057_130916149
seq2: B6Ng01-223K04.b_48_1148

seq1  GAATTCTCTTCATTCTTTCAGAAATTACAATATTTTCACAAATATCATTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTTCATTCTTTCAGAAATTACAATATTTTCACAAATATCATTG  50

seq1  TGCAGCTACATATGTAAGATGCACTTTAAACATTTAAAATTTTTTTATTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGCTACATATGTAAGATGCACTTTAAACATTTAAAATTTTTTTATTT  100

seq1  TATTTGCACACACACACACACACACACACACACACACACACACACATGCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTGCACACACACACACACACACACACACACACACACACACACATGCA  150

seq1  CACATGGTTATGTGCATATGTGTAGGGGTCAGATAAAAACTTGCAGAAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGGTTATGTGCATATGTGTAGGGGTCAGATAAAAACTTGCAGAAGT  200

seq1  CAATTTTCTCCTTCCCCTCTGGTCATTCCAGGATTGAGCTCTTGTTGTTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTTTCTCCTTCCCCTCTGGTCATTCCAGGATTGAGCTCTTGTTGTTA  250

seq1  GGCCCCTTTATGCACTGAGCCATCTCACCTGCCCCATAAAGGGCATTCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCCTTTATGCACTGAGCCATCTCACCTGCCCCATAAAGGGCATTCTT  300

seq1  AGAAAACAAATATATTGTTAGACGTATGTGTGCATTCCAATTTTTAATTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAACAAATATATTGTTAGACGTATGTGTGCATTCCAATTTTTAATTG  350

seq1  GTTAATTAACAAATAACCAGTGAAATAACTAACCAGCAATGAAATAACTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAATTAACAAATAACCAGTGAAATAACTAACCAGCAATGAAATAACTA  400

seq1  ATTGATTAACCAACCAACAAATAACTAATTAACTAACCATTTAACTAATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGATTAACCAACCAACAAATAACTAATTAACTAACCATTTAACTAATT  450

seq1  CATTAATTGACTAATTAAGTAATTAACAGAGTAGTTATTGGTGGGTTTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAATTGACTAATTAAGTAATTAACAGAGTAGTTATTGGTGGGTTTTT  500

seq1  GTTTTGTTTTTGTTTTTGAGACAGGGCTTAACTCTGTAGCCCAACCTAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGTTTTTGTTTTTGAGACAGGGCTTAACTCTGTAGCCCAACCTAAC  550

seq1  TTGGAATGTGCTGTGTAGCCCAGGCTTGTCTCCAACTCAGCACCATCCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAATGTGCTGTGTAGCCCAGGCTTGTCTCCAACTCAGCACCATCCTG  600

seq1  TCTCTGCCTCCTGTGTGTTGGATGACAGACAGGTGAGCACCACACTGTCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGCCTCCTGTGTGTTGGATGACAGACAGGTGAGCACCACACTGTCT  650

seq1  ACCCAAGGGACCCTTCAGCAAAATCCAGCCAACTGTTCCCACCAGTGAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAAGGGACCCTTCAGCAAAATCCAGCCAACTGTTCCCACCAGTGAGT  700

seq1  ACCTACCTGCTGGCAGACAGTTTACTTCCAGTCTTCACATCTGTTAAGTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTACCTGCTGGCAGACAGTTTACTTCCAGTCTTCACATCTGTTAAGTG  750

seq1  TGAACCTACCCTGGTGCACTTTCCATTTTAGATGTGAGCTTTGTCTGTG-  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TGAACCTACCCTGGTGCACTTTCCATTTTAGATGTGAGCTTTGTCTGTGT  800

seq1  TTTTTCTTTTGAAATCCTATGAGCTTTCAAATCTTCTTTCCCTC-TTCAG  848
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TTTTTCTTTTGAAATCCTATGAGCTTTCAAATCTTCTTTCCCTCTTTCAG  850

seq1  TGAATTAG-AAAGTGTACATGCCCACCCATTTTGGTTCCACC-TTAAACC  896
      |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TGAATTAGAAAAGTGTACATGCCCACCCATTTTGGTTCCACCTTTAAACC  900

seq1  ACTTGAAATGCTATCATTTCTATTAAACCTTATCATTTGCAAAACAAGGA  946
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGAAATGCTATCATTTCTATTAAACTTTATCATTTGCAAAACAAGGA  950

seq1  TGCTTT-ATATTTGCCTGACTCTTGTGGTTTTTTTTTTCCCCAGACAGGA  995
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTAATATTTGCCTGACTCTTGTGGTTTTTTTTTTCCCCAGACAGGA  1000

seq1  TGTCAACTATGTAGCCCAGGCTGTCCTCAAATTCCCA-GTGACCCTCCTA  1044
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||
seq2  TGTCAACTATGTAGCCCAGGCTGTCCTCAATTTCCCAGGTGACCCTCCTA  1050

seq1  GCTCAGTC-TCCTCCACAATGTTGGGAT-TACAGGCATATTC-CAACATG  1091
      |||||||| || ||||| ||||||| ||  |||||||||||| |||||||
seq2  GCTCAGTCTTCTTCCAC-ATGTTGGAATACACAGGCATATTCACAACATG  1099

seq1  TC  1093
      ||
seq2  TC  1101

seq1: chr5_131054275_131055310
seq2: B6Ng01-223K04.g_67_1080 (reverse)

seq1  AGAGCTGGGCTTACTGCTTATCAGTTGAGGTTTACGGAGAAGGTGATTCA  50
      ||||||||   |||||| |||||| ||| |||||| ||||  ||||||||
seq2  AGAGCTGG--CTACTGC-TATCAG-TGA-GTTTAC-GAGA--GTGATTCA  42

seq1  ATTCCTACAAGGGGCGCATTTTTATCTTGCTGTGCTGGGTGTCTGGTTTA  100
        | |||| | |||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  --TTCTACCAAGGGCGCA--TTTATCCTGCTGTGCTGGGTGTCTGGTTTA  88

seq1  TACTAAGCTGTGAAGAGATATCGCCTCAGACACCAAGAAGACAGCTGCTT  150
      ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| |
seq2  TACTAGGCTGTGAAGAGATATCG-CTCAGACACCAAG-AGACAGCTGC-T  135

seq1  AGTTTATTTGTCCAGGTGTTCTGGAACAGATTGGGGACAAATGAGTCCTT  200
      ||||   ||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||| ||
seq2  AGTT--ATTGTCCAGGTG-TCTGGAACAGA-TGGGGAC-AATGAGTCTTT  180

seq1  ACTTGGAGTTCTTTATTTTCTCTATACCTTTCCCCTAATACAAGGTGACC  250
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AC-TGGAGTTCTTTATTTTCTCTATACCTTTCCCCTAATACAAGGTGACC  229

seq1  TTAGATAACCTTCTCCAGCTTGGAAAGACCTGAATAAGTTTCCATTGAGC  300
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGATAA-CTTCTCCAGCTTGGAAAGACCTGAATAAGTTTCCATTGAGC  278

seq1  TAACACTCTCCTAGCCCAATGAACATTTCTCATTATAGTTAGAATATAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACACTCTCCTAGCCCAATGAACATTTCTCATTATAGTTAGAATATAAT  328

seq1  GGCAAACTAAGAAAGGTTCCAGTTCTGTTTGGGTCCTTTCTTGTCCTTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAACTAAGAAAGGTTCCAGTTCTGTTTGGGTCCTTTCTTGTCCTTTT  378

seq1  GGCTAGTTGGAGGGTGTTGAGGCTAAAGGACCATGGTTTTATTGGGGGGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTAGTTGGAGGGTGTTGAGGCTAAAGGACCATGGTTTTATTGGGGGGC  428

seq1  ACTTATTGAGTCAAAGGTTATAAGTGTTGACTTAATAGAGTCCATTAATC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTATTGAGTCAAAGGTTATAAGTGTTGACTTAATAGAGTCCATTAATC  478

seq1  TCTTTAAAGTAGAATCTTTAAAAATATTATCTATCTATCAATCTATCTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTAAAGTAGAATCTTTAAAAATATTATCTATCTATCAATCTATCTAT  528

seq1  CTATCTATCTATCTATCTATCATGTATGTATGTACGTATGTATGTATGTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCTATCTATCTATCTATCATGTATGTATGTACGTATGTATGTATGTA  578

seq1  TGTATGTATGTATGTATGTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGTATGTATGTATGTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATC  628

seq1  TATCTATCTGTTGTGTGTCTCTGTCCCCCCCCCATGTGTGTGTGTGTGTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTATCTGTTGTGTGTCTCTGTCCCCCCCCCATGTGTGTGTGTGTGTG  678

seq1  TGTGCATGTGTGCACATCATAGGGCACATGTGGTGGTCAGAGGGCAACTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCATGTGTGCACATCATAGGGCACATGTGGTGGTCAGAGGGCAACTT  728

seq1  TTCAGGAGCTAATTTTCTCCCTCCACCTCATGGGCCCTGGGGAATCAAAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGGAGCTAATTTTCTCCCTCCACCTCATGGGCCCTGGGGAATCAAAC  778

seq1  TCAGTTTGTCAGGTTTGGCAAAGTGCCCTTATCCACTGAACCACCTTGCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTTTGTCAGGTTTGGCAAAGTGCCCTTATCCACTGAACCACCTTGCC  828

seq1  AGTATCTTCTGCTTCTAAGTCCATAACCAAGTAACCATGCCCTTCTCCCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATCTTCTGCTTCTAAGTCCATAACCAAGTAACCATGCCCTTCTCCCT  878

seq1  GTTGTTCCTGTGTCTGGGCTTCTTTGCATCTATAGTTACTAGGAGGTTTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTTCCTGTGTCTGGGCTTCTTTGCATCTATAGTTACTAGGAGGTTTT  928

seq1  AGCATATGTGCCATTCATCACTGAGCTATGTGGGAAACAGAGGCACATTC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATATGTGCCATTCATCACTGAGCTATGTGGGAAACAGAGGCACATTC  978

seq1  GTGACTTTCCATATTCTCTGATTCAATAATGAATTC  1036
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACTTTCCATATTCTCTGATTCAATAATGAATTC  1014