BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-224C23
Chromosome5 (Build37)
Map Location 50,543,713 - 50,688,926
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG637307
Upstream geneLOC100041659, EG433885, LOC666223, Gpr125
Downstream geneLOC100041015, LOC242987, EG624734, LOC666265, LOC100041059
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-224C23.bB6Ng01-224C23.g
ACCGA038717GA038718
length1,2241,094
definitionB6Ng01-224C23.b B6Ng01-224C23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(50,687,699 - 50,688,926)(50,543,713 - 50,544,798)
sequence
gaattctactgagtacacacaaaagtttagcatcaaagacaagtgcagtg
ggatatgcctatggtcccaaatacttggatctatatgagccaactacatt
tggaccagtctcagcaacactgagatagcctttttcagggatctaaaaag
ttctatatgtatctcagaatgtggataaaagatgccaggagtcttcacac
agtacaccctcatggttggagttcacactacattctgaccatctacaata
ataataatcaagcccgtactctcagttgattcttccacaatggcatgaac
tggggagtgtagtgagaacaattgttgcagaattcagaagaatgaatgtc
ttattaagttgaagagactctgcctcagaaaccaagggcaggaagatatt
ggcagccctctcattcaatgactcttgccttgaaagggagactttaagga
gaaggtagtggttctgtgcctgactttctttttatacgaatgaaagaagc
caatgcttagagaagaaaagctatcctgggttaagaggcttttagtgagg
tggtgtaaaatcatgagtagaattgcactatataaatgcactaaatgcat
aagaaaggcatactgataaggaaggtctccttcttttctaacagtgaata
tagaaacagacttctgaatggtttcacccattctgccatccccttgctca
ttacttaagggcatattgagagaaaagcaatcatatgctggacataaaaa
cttaggtaagtatgaccctattcctcagggagcctactaagaactctaca
aataatacagatacacttacaaacagatgaaaatggtaggactacatggt
acagataatgtttagtattttattttaaaatgagatataccaagctggag
agatggcacttaactgctgttcttccagagtgctgagttcatactcagta
gccacctgatagctcacaaccatctctaatgagatctggtacctttttct
ggcacagacaggtagaacactgcatgcaataataaatcaacccttcaatt
accaaataaataagagaatacctaatacccactcttaaaataggcctatt
tgcaagcatgctctaaacaaaatacctaaatagattcaaattaattatga
tgcagccaatttaaggcctatgccactctttaccctactaggcctatgat
tctttaagcctaaccacagctccc
gaattcccttaacttgtacaagccacttaagatatgaaaaacctagaaag
tggttacctaactttgactaatctgtagcagtagtagctgttacttgttt
actgtttggtgtcttcatttctatgaatcttttcaataaagacatttggg
ttgggttgctactatcatataattctcttactttatttcttttctgttat
tttcttcatttgaattgattatagctctttccactttcttccctctcttc
tttctgctccccaccccctctcctattccttttctcccttttattaaaaa
tagattcttttcttatacactgaatcctgattctactttcccttcctttc
acctcttctattgccatgtagcccaagctggccttgaacttgaccccgac
tgcccagattacatatgtgtatcactaggctggtcctcaacttcttcatt
ttcaagttctttgttttactaacatgtacagtttgagtcttaaattattc
tctaagcatttggccatagcctttgactttctatatatagaattttatac
tattaagtagtattaatttcaattatgatttatttttgctcttgtactta
atgtgtgcctaaatgttgtttttagctttgattaatacctcaattatatt
ttggtacaatatgtggtctgtgtgctactgattattttttttaaggtgta
ggtatttgtttttacagttttgcacagggtagggctttctttcctagaca
ttctatcttctccacttgttacagagcttactattcgtattcgtgcagac
tgaatgctgtctattcatacagatttttttttcttgacttatcataacat
cagtcccccagagcaattgcttttcctgaggggcattctgagattaactg
ggacacagctactgtttttgtgtttggatgtgctgctgtccacaccatct
ttcatctctggtggatgagctacactgttttctttctagttctggcattt
ttcttgtcccactaacaatgcacagggctccaagtctatggtactatcac
cactattttttgtagttgacattccccctggctttgaggggatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_50687699_50688926
seq2: B6Ng01-224C23.b_47_1270 (reverse)

seq1  GGGAGCTGTGG-TAGCCT--AAG-ATCATAGACCTAGTAGGTGATAGAGT  46
      ||||||||||| ||| ||  ||| ||||||| |||||||||  | |||||
seq2  GGGAGCTGTGGTTAGGCTTAAAGAATCATAGGCCTAGTAGGGTAAAGAGT  50

seq1  GGCCATAGCCTTTATATTGGCTGGCATCATAATTTAATATTGAATCTATT  96
      || ||||| | ||| ||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||
seq2  GG-CATAGGCCTTAAATTGGCT-GCATCATAA-TTAAT-TTGAATCTATT  96

seq1  AAGGTATTTTGTTTTTAGAGCATGCTTGC--ATAGGCCCTAATTTTAGAG  144
       ||||||||||  ||||||||||||||||  ||||| |||| ||| ||||
seq2  TAGGTATTTTG--TTTAGAGCATGCTTGCAAATAGG-CCTATTTTAAGAG  143

seq1  TGGGTA-TAGGTTATCTCTTATTTAATTTTGGTTAATTGAAGGGTTGATT  193
      |||||| |||||  |||||||||||  ||||| |||||||||||||||||
seq2  TGGGTATTAGGTATTCTCTTATTTA--TTTGG-TAATTGAAGGGTTGATT  190

seq1  TATTA-TGCATGCAGTGTTCTACCTGTCTGTGCCAGAAAAAGGTACCAGA  242
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTATTGCATGCAGTGTTCTACCTGTCTGTGCCAGAAAAAGGTACCAGA  240

seq1  TCTCATTAGAGATGGTTGTGAGCTATCAGGTGGCTACTGAGTATTGAACT  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TCTCATTAGAGATGGTTGTGAGCTATCAGGTGGCTACTGAGTA-TGAACT  289

seq1  CAGCACCTCTGGAAGAACAGCAGTTAAGTGCCATCTCTCCAGCTTGGTAT  342
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCA-CTCTGGAAGAACAGCAGTTAAGTGCCATCTCTCCAGCTTGGTAT  338

seq1  ATCTCATTTTAAAATAAAATACTAAACATTATCTGTACCATGTAGTCCTA  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCATTTTAAAATAAAATACTAAACATTATCTGTACCATGTAGTCCTA  388

seq1  CCATTTTCATCTGTTTGTAAGTGTATCTGTATTATTTGTAGAGTTCTTAG  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTTTCATCTGTTTGTAAGTGTATCTGTATTATTTGTAGAGTTCTTAG  438

seq1  TAGGCTCCCTGAGGAATAGGGTCATACTTACCTAAGTTTTTATGTCCAGC  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCTCCCTGAGGAATAGGGTCATACTTACCTAAGTTTTTATGTCCAGC  488

seq1  ATATGATTGCTTTTCTCTCAATATGCCCTTAAGTAATGAGCAAGGGGATG  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGATTGCTTTTCTCTCAATATGCCCTTAAGTAATGAGCAAGGGGATG  538

seq1  GCAGAATGGGTGAAACCATTCAGAAGTCTGTTTCTATATTCACTGTTAGA  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAATGGGTGAAACCATTCAGAAGTCTGTTTCTATATTCACTGTTAGA  588

seq1  AAAGAAGGAGACCTTCCTTATCAGTATGCCTTTCTTATGCATTTAGTGCA  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAGGAGACCTTCCTTATCAGTATGCCTTTCTTATGCATTTAGTGCA  638

seq1  TTTATATAGTGCAATTCTACTCATGATTTTACACCACCTCACTAAAAGCC  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATATAGTGCAATTCTACTCATGATTTTACACCACCTCACTAAAAGCC  688

seq1  TCTTAACCCAGGATAGCTTTTCTTCTCTAAGCATTGGCTTCTTTCATTCG  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAACCCAGGATAGCTTTTCTTCTCTAAGCATTGGCTTCTTTCATTCG  738

seq1  TATAAAAAGAAAGTCAGGCACAGAACCACTACCTTCTCCTTAAAGTCTCC  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAAAAGAAAGTCAGGCACAGAACCACTACCTTCTCCTTAAAGTCTCC  788

seq1  CTTTCAAGGCAAGAGTCATTGAATGAGAGGGCTGCCAATATCTTCCTGCC  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCAAGGCAAGAGTCATTGAATGAGAGGGCTGCCAATATCTTCCTGCC  838

seq1  CTTGGTTTCTGAGGCAGAGTCTCTTCAACTTAATAAGACATTCATTCTTC  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGTTTCTGAGGCAGAGTCTCTTCAACTTAATAAGACATTCATTCTTC  888

seq1  TGAATTCTGCAACAATTGTTCTCACTACACTCCCCAGTTCATGCCATTGT  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATTCTGCAACAATTGTTCTCACTACACTCCCCAGTTCATGCCATTGT  938

seq1  GGAAGAATCAACTGAGAGTACGGGCTTGATTATTATTATTGTAGATGGTC  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGAATCAACTGAGAGTACGGGCTTGATTATTATTATTGTAGATGGTC  988

seq1  AGAATGTAGTGTGAACTCCAACCATGAGGGTGTACTGTGTGAAGACTCCT  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGTAGTGTGAACTCCAACCATGAGGGTGTACTGTGTGAAGACTCCT  1038

seq1  GGCATCTTTTATCCACATTCTGAGATACATATAGAACTTTTTAGATCCCT  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATCTTTTATCCACATTCTGAGATACATATAGAACTTTTTAGATCCCT  1088

seq1  GAAAAAGGCTATCTCAGTGTTGCTGAGACTGGTCCAAATGTAGTTGGCTC  1142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAAGGCTATCTCAGTGTTGCTGAGACTGGTCCAAATGTAGTTGGCTC  1138

seq1  ATATAGATCCAAGTATTTGGGACCATAGGCATATCCCACTGCACTTGTCT  1192
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAGATCCAAGTATTTGGGACCATAGGCATATCCCACTGCACTTGTCT  1188

seq1  TTGATGCTAAACTTTTGTGTGTACTCAGTAGAATTC  1228
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATGCTAAACTTTTGTGTGTACTCAGTAGAATTC  1224

seq1: chr5_50543713_50544798
seq2: B6Ng01-224C23.g_64_1157

seq1  GAATTCCCTTAACTTGTACAAGCCACTTAAGATATGAAAAACCTAGAAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCTTAACTTGTACAAGCCACTTAAGATATGAAAAACCTAGAAAG  50

seq1  TGGTTACCTAACTTTGACTAATCTGTAGCAGTAGTAGCTGTTACTTGTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTACCTAACTTTGACTAATCTGTAGCAGTAGTAGCTGTTACTTGTTT  100

seq1  ACTGTTTGGTGTCTTCATTTCTATGAATCTTTTCAATAAAGACATTTGGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTTTGGTGTCTTCATTTCTATGAATCTTTTCAATAAAGACATTTGGG  150

seq1  TTGGGTTGCTACTATCATATAATTCTCTTACTTTATTTCTTTTCTGTTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGTTGCTACTATCATATAATTCTCTTACTTTATTTCTTTTCTGTTAT  200

seq1  TTTCTTCATTTGAATTGATTATAGCTCTTTCCACTTTCTTCCCTCTCTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTCATTTGAATTGATTATAGCTCTTTCCACTTTCTTCCCTCTCTTC  250

seq1  TTTCTGCTCCCCACCCCCTCTCCTATTCCTTTTCTCCCTTTTATTAAAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGCTCCCCACCCCCTCTCCTATTCCTTTTCTCCCTTTTATTAAAAA  300

seq1  TAGATTCTTTTCTTATACACTGAATCCTGATTCTACTTTCCCTTCCTTTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATTCTTTTCTTATACACTGAATCCTGATTCTACTTTCCCTTCCTTTC  350

seq1  ACCTCTTCTATTGCCATGTAGCCCAAGCTGGCCTTGAACTTGACCCCGAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCTTCTATTGCCATGTAGCCCAAGCTGGCCTTGAACTTGACCCCGAC  400

seq1  TGCCCAGATTACATATGTGTATCACTAGGCTGGTCCTCAACTTCTTCATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCAGATTACATATGTGTATCACTAGGCTGGTCCTCAACTTCTTCATT  450

seq1  TTCAAGTTCTTTGTTTTACTAACATGTACAGTTTGAGTCTTAAATTATTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAGTTCTTTGTTTTACTAACATGTACAGTTTGAGTCTTAAATTATTC  500

seq1  TCTAAGCATTTGGCCATAGCCTTTGACTTTCTATATATAGAATTTTATAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAGCATTTGGCCATAGCCTTTGACTTTCTATATATAGAATTTTATAC  550

seq1  TATTAAGTAGTATTAATTTCAATTATGATTTATTTTTGCTCTTGTACTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAAGTAGTATTAATTTCAATTATGATTTATTTTTGCTCTTGTACTTA  600

seq1  ATGTGTGCCTAAATGTTGTTTTTAGCTTTGATTAATACCTCAATTATATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTGCCTAAATGTTGTTTTTAGCTTTGATTAATACCTCAATTATATT  650

seq1  TTGGTACAATATGTGGTCTGTGTGCTACTGATTA-TTTTTTTAAGGTGTA  699
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TTGGTACAATATGTGGTCTGTGTGCTACTGATTATTTTTTTTAAGGTGTA  700

seq1  GGTATTTG-TTTTACAGTTTTGCACAGGGTAGGGCTTTCTTTCCTAGACA  748
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATTTGTTTTTACAGTTTTGCACAGGGTAGGGCTTTCTTTCCTAGACA  750

seq1  TTCTATCTTCTCCACTTGTTACAGAGCTTACTATTCGTATTCGTGCAGAC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATCTTCTCCACTTGTTACAGAGCTTACTATTCGTATTCGTGCAGAC  800

seq1  TGAATGCTGTCTATTCATACAGA--TTTTTTTCTTGACTTATCATAACAT  846
      |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGCTGTCTATTCATACAGATTTTTTTTTCTTGACTTATCATAACAT  850

seq1  CAGTCCCCCAGAGCAATTGC-TTTCCTGAGGGGCATTCTGAGATTAACTG  895
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCCCCCAGAGCAATTGCTTTTCCTGAGGGGCATTCTGAGATTAACTG  900

seq1  GAACACAGCTACTGTTTTTGTGTTTGGATGTGCTGCTGTCCACACCATCT  945
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACACAGCTACTGTTTTTGTGTTTGGATGTGCTGCTGTCCACACCATCT  950

seq1  TTCATCTCTGGTGGATGAGCTACACTGTTTTCCTTCCTAGTTCTGGCA-T  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |
seq2  TTCATCTCTGGTGGATGAGCTACACTGTTTT-CTTTCTAGTTCTGGCATT  999

seq1  TTTCTGTTCCCACTAACAATGCACAGGGCTCCAAGTCTATGGTACTATCA  1044
      |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTGTCCCACTAACAATGCACAGGGCTCCAAGTCTATGGTACTATCA  1049

seq1  CCACTATTTTGT-TAGTTGACAT--CCCCTTGGTTTGAGGTGATG  1086
      |||||||||| | ||||||||||  ||||| | ||||||| ||||
seq2  CCACTATTTTTTGTAGTTGACATTCCCCCTGGCTTTGAGGGGATG  1094