BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-224E23
Chromosome5 (Build37)
Map Location 67,146,080 - 67,258,641
singlet/doubletdoublet
Overlap gene3732412D22Rik
Upstream gene1700022K14Rik, LOC384261, B3bp, LOC100041809, Rhoh, LOC626641, EG666827, Chrna9, 9130230L23Rik, BC013481, LOC626714, LOC666854, LOC100042394, Nsun7, Apbb2, Uchl1, LOC100041876
Downstream geneLOC624662, Phox2b, Tmem33, Slc30a9, EG666938, C330024D21Rik, D830007B15Rik, Atp8a1, LOC100042458
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-224E23.bB6Ng01-224E23.g
ACCGA038805GA038806
length1,1551,093
definitionB6Ng01-224E23.b B6Ng01-224E23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(67,146,080 - 67,147,227)(67,257,535 - 67,258,641)
sequence
gaattcctttcttgagagaagtgtactgagttccaatggtaatgccaggc
ccagtgctaggatccagcattacaggatgcaaaatgtacatacttccttc
ctttggggaaatcacactgagagaaatgagaataagtgactaacgacaag
ctaagctatatgttctaaggatgaagagtaggttgggtgtggtgatgcat
tcctataagccaatattcaaaatgaatgggtgcgtgaatgaatgaataag
taagtgttgtatggggatgttcaaggtgacagaattcttcctatagataa
gggttcatagtgaaggtaaaatttaagccaagaacattggcaaggttcta
agcaggggtgttagattgctgctgatttgtggcttctactatgatttctt
ttcatttggaactatagctaagtgagagagctcttgtctagggtgaggga
ggttctggttaaacctccagtactaacacacacacacacacacacacaca
cacacacacacacacacacacacaaacacacacacacgcacaatcttaaa
gttctacaagtagggtgaaggtctgtgtgtggagaggggcagggaacgag
gagttgctgaatatgcttgtacgtttcctttcccttccttccttttgact
gtgtactgagcaccaggcacagactctgccactgagctgtggccgtggcc
tccacgagcacattcaggggctacttactcatcgccatcaaccagacccc
tttatccaagtcacagaaaaggctagaattttgttttctaggagaaatgt
cagagatgaccttgagatttacacttcaggattcagggaataaaactcta
gggtaagacagagtttgtagagcctgcctctgtacttcacacgtgagaaa
gaaccggaagcaatctgcctgctttttccaagttgtagcagagtaattgt
gtacagaccttatgtggcaactcactctgctttgggatgctctttggaag
ccccatcaattgtcagcgatctttctcaggtccaatatggatgcgggagt
gcagcacccacaacaccttctccaggcaggggatgagtattcggaaactg
ggagatggcaattggcctcgagagatggccctctggaaaaacatctcttc
tgaca
gaattcaagtttcccttcccgcctgggatgaggtaagcaggctctttcca
ccataaagttagccttccagagcaatctacaggagctcaaggaaaagtgg
gcaccagggctaaccacacccaccggcctcaatttttttccatctccttt
gctctttgtttgctctagtaaaaagaaggaagtctacttttacagttcac
cttaaaaagaaataattcataaggcagaccctgggtaggctatttaagaa
aggaccctctcctgtgggtaaccaaagaaaacactgagaggaaaaaatgg
tggagacaggacatttccacacttcgtcgtgggaaaccagcccacccagc
ttgacagcccatgagaggccatcaaaagatcaaattattacagaacttca
atttgggagctactaaagccccctaaatggcagcaaagcctaagtgagca
tggggctcccccaggaggcaaagcagcagaccagcctcctgccacaccgc
agtttcctgcctgattctaagtcaatccatgtatatgaaatctctccaga
agtcaagagattaagcttttttaagtcaatagaagacttgcatctatcaa
gacatgggatttgcaaggtgggaaaaaccacgccatactggaaatagtta
ttgaatgataattatcctaaaataaatgtcaaacacagttgtgagcagca
tcaagagcagctccaagacccaagatctgtgttatctcaaggtctcaaca
aggacaagagcagatgggacaaggagcccatggctttacaaggagaaaaa
tgttacaaagatggatgagggcaagcacgtttcaaaggcaagatgctggc
aaggctccaagagttccccaagaagactttgtaatcgatgctgagaagaa
cggcttggaaagatcgactgtgcccaagatgctattgatttctgagaacc
agggtccattctactcattggcgagagtcctgtgcactgactgcatgttc
gtgtgtggattttttttttctgcacagagccactggatactcggtctttg
cttagtcccaacttagcgagccatcttcaacaaaagcagtttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_67146080_67147227
seq2: B6Ng01-224E23.b_46_1200

seq1  GAATTCCTTTCTTGAGAGAAGTGTACTGAGTTCCAATGGTAATGCCAGGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTTCTTGAGAGAAGTGTACTGAGTTCCAATGGTAATGCCAGGC  50

seq1  CCAGTGCTAGGATCCAGCATTACAGGATGCAAAATGTACATACTTCCTTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTGCTAGGATCCAGCATTACAGGATGCAAAATGTACATACTTCCTTC  100

seq1  CTTTGGGGAAATCACACTGAGAGAAATGAGAATAAGTGACTAACGACAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGGGGAAATCACACTGAGAGAAATGAGAATAAGTGACTAACGACAAG  150

seq1  CTAAGCTATATGTTCTAAGGATGAAGAGTAGGTTGGGTGTGGTGATGCAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGCTATATGTTCTAAGGATGAAGAGTAGGTTGGGTGTGGTGATGCAT  200

seq1  TCCTATAAGCCAATATTCAAAATGAATGGGTGCGTGAATGAATGAATAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTATAAGCCAATATTCAAAATGAATGGGTGCGTGAATGAATGAATAAG  250

seq1  TAAGTGTTGTATGGGGATGTTCAAGGTGACAGAATTCTTCCTATAGATAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTGTTGTATGGGGATGTTCAAGGTGACAGAATTCTTCCTATAGATAA  300

seq1  GGGTTCATAGTGAAGGTAAAATTTAAGCCAAGAACATTGGCAAGGTTCTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTCATAGTGAAGGTAAAATTTAAGCCAAGAACATTGGCAAGGTTCTA  350

seq1  AGCAGGGGTGTTAGATTGCTGCTGATTTGTGGCTTCTACTATGATTTCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGGGGTGTTAGATTGCTGCTGATTTGTGGCTTCTACTATGATTTCTT  400

seq1  TTCATTTGGAACTATAGCTAAGTGAGAGAGCTCTTGTCTAGGGTGAGGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTTGGAACTATAGCTAAGTGAGAGAGCTCTTGTCTAGGGTGAGGGA  450

seq1  GGTTCTGGTTAAACCTCCAGTACTAACACACACACACACACACACACACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCTGGTTAAACCTCCAGTACTAACACACACACACACACACACACACA  500

seq1  CACACACACACACACACACACACAAACACACACACACGCACAATCTTAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACACACACAAACACACACACACGCACAATCTTAAA  550

seq1  GTTCTACAAGTAGGGTGAAGGTCTGTGTGTGGAGAGGGGCAGGGAACGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTACAAGTAGGGTGAAGGTCTGTGTGTGGAGAGGGGCAGGGAACGAG  600

seq1  GAGTTGCTGAATATGCTTGTACGTTTCCTTTCCCTTCCTTCCTTTTGACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTGCTGAATATGCTTGTACGTTTCCTTTCCCTTCCTTCCTTTTGACT  650

seq1  GTGTACTGAGCACCAGGCACAGACTCTGCCACTGAGCTGTGGCCGTGGCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTACTGAGCACCAGGCACAGACTCTGCCACTGAGCTGTGGCCGTGGCC  700

seq1  TCCACGAGCACATTCAGGGGCTACTTACTCATCGCCATCAACCAGACCCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACGAGCACATTCAGGGGCTACTTACTCATCGCCATCAACCAGACCCC  750

seq1  TTTATCCAAGTCACAGAAAAGGCTAGAA-TTTGTTTTCTAGGAGAAATGT  799
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TTTATCCAAGTCACAGAAAAGGCTAGAATTTTGTTTTCTAGGAGAAATGT  800

seq1  CAGAGATGACCTTGAGATTTACACTTCAGGATTCAGGGATTAAAACTCTA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CAGAGATGACCTTGAGATTTACACTTCAGGATTCAGGGAATAAAACTCTA  850

seq1  GGGTAAGACAGAGTTTGTAGAGCCTGCC-CTGTAC-TCACACGTGAGAAG  897
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| 
seq2  GGGTAAGACAGAGTTTGTAGAGCCTGCCTCTGTACTTCACACGTGAGAAA  900

seq1  GAACCGGAAGCAATCTGCCTGCTTTTTCCAAGTGTAAGCAGAGTAATTGT  947
      |||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||
seq2  GAACCGGAAGCAATCTGCCTGCTTTTTCCAAGTTGTAGCAGAGTAATTGT  950

seq1  GTACAAGACCTTAGGTGGCAACTCACCTCTGCTTTGGGATGCTCTTTGGA  997
      |||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAC-AGACCTTATGTGGCAACTCA-CTCTGCTTTGGGATGCTCTTTGGA  998

seq1  AGCCCCATCAATTGTCAGCGATC-TTCTCAGGGTCCAATATGGATGCCGG  1046
      ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||
seq2  AGCCCCATCAATTGTCAGCGATCTTTCTCA-GGTCCAATATGGATGCGGG  1047

seq1  AGTGCAGCA-CCACAACACC-TCTCCAGGCAGTGGAATGGAGGATTCGG-  1093
      ||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||   ||| |||||| 
seq2  AGTGCAGCACCCACAACACCTTCTCCAGGCAGGGGA--TGAGTATTCGGA  1095

seq1  AACT-GGAGAT-GCAATTGTCCCTGGAGAGAT-GCCTTCTGGAAAA--CT  1138
      |||| |||||| |||||||  ||| ||||||| ||| |||||||||   |
seq2  AACTGGGAGATGGCAATTG-GCCTCGAGAGATGGCCCTCTGGAAAAACAT  1144

seq1  C-CTTCTGACA  1148
      | |||||||||
seq2  CTCTTCTGACA  1155

seq1: chr5_67257535_67258641
seq2: B6Ng01-224E23.g_70_1162 (reverse)

seq1  AAAACTGCTTTTTGTTTGAAGATTGGCCTCGCTTAGGTGGGGACTAAAGC  50
      ||||||||||||   ||||||||  | ||||| || || |||||| ||||
seq2  AAAACTGCTTTT--GTTGAAGAT--GGCTCGC-TAAGTTGGGACT-AAGC  44

seq1  AAAGACCGAGTATCCCAGTGGCCTTCTGTGCAGAAAAAAAAAATCCCACA  100
      ||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||| |||||
seq2  AAAGACCGAGTAT-CCAGTGGC--TCTGTGCAGAAAAAAAAAAT-CCACA  90

seq1  CACGGAAACCATGCCAGGCCAGTGCACAGGACTCTCG-CAATGAGTAGAA  149
      ||||   | |||||   | |||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CACG---AACATGC--AGTCAGTGCACAGGACTCTCGCCAATGAGTAGAA  135

seq1  TGGACCCCTGGTTCTCCAGAAATCAATAGCCTCTT-GGCACAGTCGATCC  198
      |||| |||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||| 
seq2  TGGA-CCCTGGTTCT-CAGAAATCAATAGCATCTTGGGCACAGTCGATCT  183

seq1  TTTCAAGCCGTTC-TCTCAGCATCGATTACAAAGTCTTCTTGGGGAACTC  247
      || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAAGCCGTTCTTCTCAGCATCGATTACAAAGTCTTCTTGGGGAACTC  233

seq1  TTTGGAGCC-TGCCAGCATCTTGCCTTTGAAACGTGCTTGCCCTCATCCA  296
       |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -TTGGAGCCTTGCCAGCATCTTGCCTTTGAAACGTGCTTGCCCTCATCCA  282

seq1  TCTTTGTAACATTTTTCTCCTTGTAAAGCCATGGGCTCCTTGTCCCATCT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGTAACATTTTTCTCCTTGTAAAGCCATGGGCTCCTTGTCCCATCT  332

seq1  GCTCTTGTCCTTGTTGAGACCTTGAGATAACACAGATCTTGGGTCTTGGA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTTGTCCTTGTTGAGACCTTGAGATAACACAGATCTTGGGTCTTGGA  382

seq1  GCTGCTCTTGATGCTGCTCACAACTGTGTTTGACATTTATTTTAGGATAA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCTCTTGATGCTGCTCACAACTGTGTTTGACATTTATTTTAGGATAA  432

seq1  TTATCATTCAATAACTATTTCCAGTATGGCGTGGTTTTTCCCACCTTGCA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCATTCAATAACTATTTCCAGTATGGCGTGGTTTTTCCCACCTTGCA  482

seq1  AATCCCATGTCTTGATAGATGCAAGTCTTCTATTGACTTAAAAAAGCTTA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCCATGTCTTGATAGATGCAAGTCTTCTATTGACTTAAAAAAGCTTA  532

seq1  ATCTCTTGACTTCTGGAGAGATTTCATATACATGGATTGACTTAGAATCA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTTGACTTCTGGAGAGATTTCATATACATGGATTGACTTAGAATCA  582

seq1  GGCAGGAAACTGCGGTGTGGCAGGAGGCTGGTCTGCTGCTTTGCCTCCTG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGGAAACTGCGGTGTGGCAGGAGGCTGGTCTGCTGCTTTGCCTCCTG  632

seq1  GGGGAGCCCCATGCTCACTTAGGCTTTGCTGCCATTTAGGGGGCTTTAGT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAGCCCCATGCTCACTTAGGCTTTGCTGCCATTTAGGGGGCTTTAGT  682

seq1  AGCTCCCAAATTGAAGTTCTGTAATAATTTGATCTTTTGATGGCCTCTCA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCCCAAATTGAAGTTCTGTAATAATTTGATCTTTTGATGGCCTCTCA  732

seq1  TGGGCTGTCAAGCTGGGTGGGCTGGTTTCCCACGACGAAGTGTGGAAATG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCTGTCAAGCTGGGTGGGCTGGTTTCCCACGACGAAGTGTGGAAATG  782

seq1  TCCTGTCTCCACCATTTTTTCCTCTCAGTGTTTTCTTTGGTTACCCACAG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTCTCCACCATTTTTTCCTCTCAGTGTTTTCTTTGGTTACCCACAG  832

seq1  GAGAGGGTCCTTTCTTAAATAGCCTACCCAGGGTCTGCCTTATGAATTAT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGGGTCCTTTCTTAAATAGCCTACCCAGGGTCTGCCTTATGAATTAT  882

seq1  TTCTTTTTAAGGTGAACTGTAAAAGTAGACTTCCTTCTTTTTACTAGAGC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTTTAAGGTGAACTGTAAAAGTAGACTTCCTTCTTTTTACTAGAGC  932

seq1  AAACAAAGAGCAAAGGAGATGGAAAAAAATTGAGGCCGGTGGGTGTGGTT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAAGAGCAAAGGAGATGGAAAAAAATTGAGGCCGGTGGGTGTGGTT  982

seq1  AGCCCTGGTGCCCACTTTTCCTTGAGCTCCTGTAGATTGCTCTGGAAGGC  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCTGGTGCCCACTTTTCCTTGAGCTCCTGTAGATTGCTCTGGAAGGC  1032

seq1  TAACTTTATGGTGGAAAGAGCCTGCTTACCTCATCCCAGGCGGGAAGGGA  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTTTATGGTGGAAAGAGCCTGCTTACCTCATCCCAGGCGGGAAGGGA  1082

seq1  AACTTGAATTC  1107
      |||||||||||
seq2  AACTTGAATTC  1093