BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-225M23
Chromosome5 (Build37)
Map Location 131,150,142 - 131,284,736
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCaln1
Upstream geneZfp11, 1700016K13Rik, Mrps17, Gbas, Psph, Cct6a, LOC100038887, Sumf2, Phkg1, Chchd2, 2410018M08Rik, 4930579G22Rik, Vkorc1l1, Gusb, Asl, Crcp, Tpst1, Kctd7, Rabgef1, 0610007L01Rik, EG625540, Sbds, Tyw1, A330070K13Rik
Downstream geneWbscr17, Auts2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-225M23.bB6Ng01-225M23.g
ACCGA039909GA039910
length1,037861
definitionB6Ng01-225M23.b B6Ng01-225M23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(131,283,704 - 131,284,736)(131,150,142 - 131,150,997)
sequence
gaattctcaagccaaactgtttagtcagatgaatgggtaaaggaattgaa
ggttggtcctgagaatatttagggttggtggacggggctatctagactca
ggtgtgtctgtggtgtttaatactgtcaacttgatgggctctagaatcac
ctagaagacacagctagagacacttaactgaggagggaagatccaccctg
aaagtgggcaaccccatcctataggacagggtcacagactgaacggaaag
gagacagtgaactgagttccagcatccatctctctctgcttcttgcccaa
ggatgcaatgtgaccagctgccatgccttccctaccacccttgaactgtg
acccacaatgaattcctccttccttcggctgcttctgtcagctttttggc
tacagcaatgagagaagacgctaatctagcatcttcatcaggtacatgag
aaaacaagaacaaaaggacgggggcatgttgtagtctttgaccctgatgg
gtatcagttgagatgagctgaattggattcaatgtatggctcagcctctg
ccaagcctcctcagccccatccccggtagacccacctcccagaaggccag
aacagctctgggaaagatgagaactcttaattagacccaaactaagattg
agcacccactgtctaccacagtggaagaaaatttccactggcagcaaagc
ccaaggagcagacacataactctgagcctgaagctaacattgatgcttgg
ctctcaaggcaccatttgaggcaaaacaaggaggaggcccctctggtctc
agcagtgtgctggtagaaccacccagggtagactcctgcatgggtttagt
ctgagccagtggcaagacttccactcctcttctgatacaccatagagcct
gacagggacatggttagtggtttgccctgtctgccctgacccctgaggaa
gtgagggtgagttggtatctcccatctttacttgtatctgccttccttga
agccccacctccaattcccagtgcctgtgtgttgtgt
gaattcttcctactttagaggaaatataaaggtagaggcatttctctaca
tcattgacaagaagtcttactaagcactgagctcatcttcctaattaaat
ctatttcctgatgctctttctttactggagttcattgccaagagtaaaat
aaaatcaactgcgattctgaaaaaaaaaaaaaaaagtcccaacaactatc
tatcacttggtgccagtcctaaaaattatgatctgcagtatttatgcagg
gattgatattagagatggtgaaatttaaccagctgcaccaccatttcctt
cctgagggatttggcctgcaagttgtgttctagatggtctggtccaaacg
gggtatgccgtgcctgccttggaggctcagagtccctggcatccagttca
agagcctcttagatagtaagtcataacttgtaaaaccttggtgtatgtgt
gggtttgtgtacatgtagaagcccaaaggtaacctcagatgtcctaaacc
aacatcctttccttccctccctcccttcttccctccttccctccctcctt
ccttcgctccctcttcctcttcctctccctccctccctccctctctctct
ctctttctctgtctctgcctctctctctctcgctcactctctctctcttt
cactctctctctctttccctctctccatagtctttcatgaccttgtaaaa
tcaccaccatagaatgactgcccagggattcccagagatctccccatctc
tgcttctctggtgctgggatttttcaagtacctgctactgttgttgtttt
ataaaaaagataagggaaaccagggatatgtttggtggaaggcagggtaa
tggtaatgggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_131283704_131284736
seq2: B6Ng01-225M23.b_46_1082 (reverse)

seq1  ACACACACACACAGGCACTGGGAA-TGGAGGTGGGGCTTC-AGGAAGGCA  48
      ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||
seq2  ACACA-ACACACAGGCACTGGGAATTGGAGGTGGGGCTTCAAGGAAGGCA  49

seq1  GATACAAGTAAAGATGGGAGATACCAACTCACCCTCACTTCCTCAGGGGT  98
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACAAGTAAAGATGGGAGATACCAACTCACCCTCACTTCCTCAGGGGT  99

seq1  CA-GGCAGACAGGGC-AACCACT-ACCATGTCCCTGTCAGGCTCTATGGT  145
      || |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGCAGACAGGGCAAACCACTAACCATGTCCCTGTCAGGCTCTATGGT  149

seq1  GTATCAGAAGAGGAGTGGAAGTCTTGCCACTGGCTCAGACTAAACCCATG  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCAGAAGAGGAGTGGAAGTCTTGCCACTGGCTCAGACTAAACCCATG  199

seq1  CAGGAGTCTACCCTGGGTGGTTCTACCAGCACACTGCTGAGACCAGAGGG  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAGTCTACCCTGGGTGGTTCTACCAGCACACTGCTGAGACCAGAGGG  249

seq1  GCCTCCTCCTTGTTTTGCCTCAAATGGTGCCTTGAGAGCCAAGCATCAAT  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCCTCCTTGTTTTGCCTCAAATGGTGCCTTGAGAGCCAAGCATCAAT  299

seq1  GTTAGCTTCAGGCTCAGAGTTATGTGTCTGCTCCTTGGGCTTTGCTGCCA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGCTTCAGGCTCAGAGTTATGTGTCTGCTCCTTGGGCTTTGCTGCCA  349

seq1  GTGGAAATTTTCTTCCACTGTGGTAGACAGTGGGTGCTCAATCTTAGTTT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAAATTTTCTTCCACTGTGGTAGACAGTGGGTGCTCAATCTTAGTTT  399

seq1  GGGTCTAATTAAGAGTTCTCATCTTTCCCAGAGCTGTTCTGGCCTTCTGG  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCTAATTAAGAGTTCTCATCTTTCCCAGAGCTGTTCTGGCCTTCTGG  449

seq1  GAGGTGGGTCTACCGGGGATGGGGCTGAGGAGGCTTGGCAGAGGCTGAGC  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTGGGTCTACCGGGGATGGGGCTGAGGAGGCTTGGCAGAGGCTGAGC  499

seq1  CATACATTGAATCCAATTCAGCTCATCTCAACTGATACCCATCAGGGTCA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACATTGAATCCAATTCAGCTCATCTCAACTGATACCCATCAGGGTCA  549

seq1  AAGACTACAACATGCCCCCGTCCTTTTGTTCTTGTTTTCTCATGTACCTG  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACTACAACATGCCCCCGTCCTTTTGTTCTTGTTTTCTCATGTACCTG  599

seq1  ATGAAGATGCTAGATTAGCGTCTTCTCTCATTGCTGTAGCCAAAAAGCTG  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGATGCTAGATTAGCGTCTTCTCTCATTGCTGTAGCCAAAAAGCTG  649

seq1  ACAGAAGCAGCCGAAGGAAGGAGGAATTCATTGTGGGTCACAGTTCAAGG  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAAGCAGCCGAAGGAAGGAGGAATTCATTGTGGGTCACAGTTCAAGG  699

seq1  GTGGTAGGGAAGGCATGGCAGCTGGTCACATTGCATCCTTGGGCAAGAAG  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTAGGGAAGGCATGGCAGCTGGTCACATTGCATCCTTGGGCAAGAAG  749

seq1  CAGAGAGAGATGGATGCTGGAACTCAGTTCACTGTCTCCTTTCCGTTCAG  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGAGAGATGGATGCTGGAACTCAGTTCACTGTCTCCTTTCCGTTCAG  799

seq1  TCTGTGACCCTGTCCTATAGGATGGGGTTGCCCACTTTCAGGGTGGATCT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGACCCTGTCCTATAGGATGGGGTTGCCCACTTTCAGGGTGGATCT  849

seq1  TCCCTCCTCAGTTAAGTGTCTCTAGCTGTGTCTTCTAGGTGATTCTAGAG  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCCTCAGTTAAGTGTCTCTAGCTGTGTCTTCTAGGTGATTCTAGAG  899

seq1  CCCATCAAGTTGACAGTATTAAACACCACAGACACACCTGAGTCTAGATA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATCAAGTTGACAGTATTAAACACCACAGACACACCTGAGTCTAGATA  949

seq1  GCCCCGTCCACCAACCCTAAATATTCTCAGGACCAACCTTCAATTCCTTT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCGTCCACCAACCCTAAATATTCTCAGGACCAACCTTCAATTCCTTT  999

seq1  ACCCATTCATCTGACTAAACAGTTTGGCTTGAGAATTC  1033
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCATTCATCTGACTAAACAGTTTGGCTTGAGAATTC  1037

seq1: chr5_131150142_131150997
seq2: B6Ng01-225M23.g_69_929

seq1  GAATTCTTCCTACTTTAGAGGAAATATAAAGGTAGAGGCATTTCTCTACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCCTACTTTAGAGGAAATATAAAGGTAGAGGCATTTCTCTACA  50

seq1  TCATTGACAAGAAGTCTTACTAAGCACTGAGCTCATCTTCCTAATTAAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTGACAAGAAGTCTTACTAAGCACTGAGCTCATCTTCCTAATTAAAT  100

seq1  CTATTTCCTGATGCTCTTTCTTTACTGGAGTTCATTGCCAAGAGTAAAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTTCCTGATGCTCTTTCTTTACTGGAGTTCATTGCCAAGAGTAAAAT  150

seq1  AAAATCAACTGCGATTCTGAAAAAAAAAAAAAAAAGTCCCAACAACTATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATCAACTGCGATTCTGAAAAAAAAAAAAAAAAGTCCCAACAACTATC  200

seq1  TATCACTTGGTGCCAGTCCTAAAAATTATGATCTGCAGTATTTATGCAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCACTTGGTGCCAGTCCTAAAAATTATGATCTGCAGTATTTATGCAGG  250

seq1  GATTGATATTAGAGATGGTGAAATTTAACCAGCTGCACCACCATTTCCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGATATTAGAGATGGTGAAATTTAACCAGCTGCACCACCATTTCCTT  300

seq1  CCTGAGGGATTTGGCCTGCAAGTTGTGTTCTAGATGGTCTGGTCCAAACG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAGGGATTTGGCCTGCAAGTTGTGTTCTAGATGGTCTGGTCCAAACG  350

seq1  GGGTATGCCGTGCCTGCCTTGGAGGCTCAGAGTCCCTGGCATCCAGTTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTATGCCGTGCCTGCCTTGGAGGCTCAGAGTCCCTGGCATCCAGTTCA  400

seq1  AGAGCCTCTTAGATAGTAAGTCATAACTTGTAAAACCTTGGTGTATGTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCCTCTTAGATAGTAAGTCATAACTTGTAAAACCTTGGTGTATGTGT  450

seq1  GGGTTTGTGTACATGTAGAAGCCCAAAGGTAACCTCAGATGTCCTAAACC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTTGTGTACATGTAGAAGCCCAAAGGTAACCTCAGATGTCCTAAACC  500

seq1  AACATCCTTTCCTTCCCTCCCTCCCTTCTTCCCTCCTTCCCTCCCTCCTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATCCTTTCCTTCCCTCCCTCCCTTCTTCCCTCCTTCCCTCCCTCCTT  550

seq1  CCTTCGCTCCCTCTTCCTCTTCCTCTCCCTCCCTCCCTCCCTCTCTCTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCGCTCCCTCTTCCTCTTCCTCTCCCTCCCTCCCTCCCTCTCTCTCT  600

seq1  CTCTTTCTCTGTCTCTGCCTCTCTCTCTCTCGCTCACTCTCTCTCTCTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTCTCTGTCTCTGCCTCTCTCTCTCTCGCTCACTCTCTCTCTCTTT  650

seq1  CACTCTCTCTCTCTTTCCCTCTCTCCATAGTCTTTCATGACCTTGTAAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCTCTCTCTCTTTCCCTCTCTCCATAGTCTTTCATGACCTTGTAAAA  700

seq1  TCACCACCATAGAATGACTGCCCAGGGATTCCCAGAGATCTCCCCATCTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCACCATAGAATGACTGCCCAGGGATTCCCAGAGATCTCCCCATCTC  750

seq1  TGCTTCTCTGGTGCTGGGATTTTTCAAGTACCTGCTACTGTTG-TGTTTT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TGCTTCTCTGGTGCTGGGATTTTTCAAGTACCTGCTACTGTTGTTGTTTT  800

seq1  AT-AAAAAGATAAGGGAAACCAGGGATATGTTTGGTGG-AGGCAGGGT-A  846
      || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
seq2  ATAAAAAAGATAAGGGAAACCAGGGATATGTTTGGTGGAAGGCAGGGTAA  850

seq1  TGGT-ATGGGG  856
      |||| ||||||
seq2  TGGTAATGGGG  861