BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-225O10
Chromosome5 (Build37)
Map Location 57,433,999 - 57,582,844
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100041349
Upstream geneLOC100041335
Downstream geneLOC666455, LOC625721, EG666465, Pcdh7
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-225O10.bB6Ng01-225O10.g
ACCGA039978GA039979
length1,0911,159
definitionB6Ng01-225O10.b B6Ng01-225O10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(57,433,999 - 57,435,089)(57,581,674 - 57,582,844)
sequence
gaattcagtttgtaatatgtcacaattcgctcctattttattattaagtg
aaatgatatgcaatcaattagagatagtaaaatttgttcactaacactta
aaacatcttttatataaaatagctacatatgtcttattaatatgttccgt
accttatcaatcttggtatatttgtaaacaatttaaataaaactaccaac
tttattttacaaatgcttggttaaagccttcagaaatgaaatttaaccct
ttaaaattcaagtgtttgtgggcttagtatgtagcttactgatacattac
ttgtctgtcatgctgaagacccttgatttaatccacagttttacacacac
acacacacacacacacacacacacacacacacacggagaaggagccatag
agggcctaacaggggaaagaaaggaagaaagaaagaaagagagagaggca
ggaaggaaagagagtgggtgattttaatttttataaaattgcattaacta
catttcagttatttttccatatttttatatcaaatgacactttcacatac
ctattcttttgtgtaagggtgatattcaatgaatattcaatttaaagaat
ttagtcccttttgccaaattgtttttgaaatgagatcactggcaaaatct
cttgtctcctagtcctgattgtatactctaactggtgaccccagttctgg
ggatattgtgtaatttgtaatttgatgtcaactacatagttatgagtgat
agttggcctaattctaggtactgttggagaagagacatagaatcattctg
cttacacctcaaaaatctcatcaaaatgccttatagctccttacatagtg
attgttaagtttttcatgatcattaattcaaaaatatatacacatgtata
ggataacagatgccaagagttgcttgcagataggatcctgatatagctgt
ctcctgagatagtctgccagagcctgacaaatacagaggcagatgcttgc
agccaaccaattggactaaacatgggctccccaatgaagaagttaagaga
aaggactgaagagctgaggggtttgcaactccataggaaaa

gaattcattgtgttcctatttgaactttgattaatctcaaatccatgatt
actagtttttaatctgttgataagatttaaatgataaatttatatatcaa
aataacatatttctagtgaattgcttattttagatatgttttcaaatatt
agtataatgttataattcaattttgatattttacaatctatttttattta
ctatctttagtcattggttatttgaaaataaaataattatataaaatatt
aaatcaatagaaaaatatctaatagtatcaatataattttctgctgtttt
tacttttctgttttttaatttttcagtggtttttagaacatttgatgcac
tttttcaaatttcccccctttcccaccactgagatacatctgtcttgcct
gctcaccaactttgtttaatttttaattcacatcaagtttgattcatact
ccagagtgggcctctgaccacattcgcatcatcacatgctctaagcttgc
atcatgtgttcacagtaaacagaaatttattattgcaatatctcaaagat
gaattcttcatacccatttcagaattcagaaattggattttcaagtgttt
ccttcctattcacttgtgctaaaaattgaatttaggctctctacataagt
aattcatagtgacttaatcaccgtactacactcctacaaatacaatattg
acttttgatataactcatttacctcaacacattattgtcgttgatagatt
cctctttttcaaccaaacttgagttagttactatcctatatacaatccat
agataaaatgctttcatattttttcttccagttctggcaagggatcacat
tgaaactacttctaggcctgtgtgatctggttcaaatagacatgcaccta
attccaggcaacagagtcaagcagatctctgagttcaagccagactggta
ttatccaaattttaggtaaagaaaaatagtctaagtgtgtgatataacaa
cttaatctcagcatgagagacaggcatgcagatctctgagtacagttagc
agttctgtttttgtagtggagtcagagccagtagagaatgatcagtcagt
gcagtagcccgtgcattggagtgagtcagttgcattccagccttgcagca
aggcattga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_57433999_57435089
seq2: B6Ng01-225O10.b_45_1135

seq1  GAATTCAGTTTGTAATATGTCACAATTCGCTCCTATTTTATTATTAAGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTTTGTAATATGTCACAATTCGCTCCTATTTTATTATTAAGTG  50

seq1  AAATGATATGCAATCAATTAGAGATAGTAAAATTTGTTCACTAACACTTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGATATGCAATCAATTAGAGATAGTAAAATTTGTTCACTAACACTTA  100

seq1  AAACATCTTTTATATAAAATAGCTACATATGTCTTATTAATATGTTCCGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATCTTTTATATAAAATAGCTACATATGTCTTATTAATATGTTCCGT  150

seq1  ACCTTATCAATCTTGGTATATTTGTAAACAATTTAAATAAAACTACCAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTATCAATCTTGGTATATTTGTAAACAATTTAAATAAAACTACCAAC  200

seq1  TTTATTTTACAAATGCTTGGTTAAAGCCTTCAGAAATGAAATTTAACCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTTACAAATGCTTGGTTAAAGCCTTCAGAAATGAAATTTAACCCT  250

seq1  TTAAAATTCAAGTGTTTGTGGGCTTAGTATGTAGCTTACTGATACATTAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAATTCAAGTGTTTGTGGGCTTAGTATGTAGCTTACTGATACATTAC  300

seq1  TTGTCTGTCATGCTGAAGACCCTTGATTTAATCCACAGTTTTACACACAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCTGTCATGCTGAAGACCCTTGATTTAATCCACAGTTTTACACACAC  350

seq1  ACACACACACACACACACACACACACACACACACGGAGAAGGAGCCATAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACACACACACACACACACACACGGAGAAGGAGCCATAG  400

seq1  AGGGCCTAACAGGGGAAAGAAAGGAAGAAAGAAAGAAAGAGAGAGAGGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCCTAACAGGGGAAAGAAAGGAAGAAAGAAAGAAAGAGAGAGAGGCA  450

seq1  GGAAGGAAAGAGAGTGGGTGATTTTAATTTTTATAAAATTGCATTAACTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGGAAAGAGAGTGGGTGATTTTAATTTTTATAAAATTGCATTAACTA  500

seq1  CATTTCAGTTATTTTTCCATATTTTTATATCAAATGACACTTTCACATAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTCAGTTATTTTTCCATATTTTTATATCAAATGACACTTTCACATAC  550

seq1  CTATTCTTTTGTGTAAGGGTGATATTCAATGAATATTCAATTTAAAGAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTCTTTTGTGTAAGGGTGATATTCAATGAATATTCAATTTAAAGAAT  600

seq1  TTAGTCCCTTTTGCCAAATTGTTTTTGAAATGAGATCACTGGCAAAATCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTCCCTTTTGCCAAATTGTTTTTGAAATGAGATCACTGGCAAAATCT  650

seq1  CTTGTCTCCTAGTCCTGATTGTATACTCTAACTGGTGACCCCAGTTCTGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTCTCCTAGTCCTGATTGTATACTCTAACTGGTGACCCCAGTTCTGG  700

seq1  GGATATTGTGTAATTTGTAATTTGATGTCAACTACATAGTTATGAGTGAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATATTGTGTAATTTGTAATTTGATGTCAACTACATAGTTATGAGTGAT  750

seq1  AGTTGGCCTAATTCTAGGTACTGTTGGAGAAGAGACATAGAATCATTCTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGGCCTAATTCTAGGTACTGTTGGAGAAGAGACATAGAATCATTCTG  800

seq1  CTTACACCTCAAAAATCTCATCAAAATGCCTTATAGCTCCTTACATAGTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACACCTCAAAAATCTCATCAAAATGCCTTATAGCTCCTTACATAGTG  850

seq1  ATTGTTAAGTTTTTCATGATCATTAATTCAAAAATATATACACATGTATA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTTAAGTTTTTCATGATCATTAATTCAAAAATATATACACATGTATA  900

seq1  GGATAACAGATGCCAAGAGTTGCTTGCAGATAGGATCCTGATATAGCTGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATAACAGATGCCAAGAGTTGCTTGCAGATAGGATCCTGATATAGCTGT  950

seq1  CTCCTGAGATAGTCTGCCAGAGCCTGACAAATACAGAGGCAGATGCTTGC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGAGATAGTCTGCCAGAGCCTGACAAATACAGAGGCAGATGCTTGC  1000

seq1  AGCCAACC-ATTGGACTAAACATGGGCTCCCCAATGAAGAAGTT-AGAGA  1048
      |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  AGCCAACCAATTGGACTAAACATGGGCTCCCCAATGAAGAAGTTAAGAGA  1050

seq1  AAGGACTGAAGGAGCTGGAGGGGTTTGCAACCCCATAGGAAAA  1091
      |||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||
seq2  AAGGACTGAA-GAGCT-GAGGGGTTTGCAACTCCATAGGAAAA  1091


seq1: chr5_57581674_57582844
seq2: B6Ng01-225O10.g_63_1221 (reverse)

seq1  TCAACTGCCTTTGCTGCAAGAGCT-GAATGCAACTGAACTCAACTCCACT  49
      |||| |||| |||||||||| ||| ||||||||||| |||| |||||| |
seq2  TCAA-TGCC-TTGCTGCAAG-GCTGGAATGCAACTG-ACTC-ACTCCAAT  45

seq1  TCACGGGCTACTGCCAACTGACTGATCA-TCTCTACT-GCTCTGAACTCA  97
       |||||||||||||  |||||||||||| |||||||| |||||| |||| 
seq2  GCACGGGCTACTGC--ACTGACTGATCATTCTCTACTGGCTCTG-ACTCC  92

seq1  ACTTACAAAACAGAACTGCCTAACTGTACCTCAGAGATCTGCATGCCTGT  147
      |||   |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  ACTACAAAAACAGAACTG-CTAACTGTA-CTCAGAGATCTGCATGCCTGT  140

seq1  CTTCTCATTGCTGAGATTAAGTTG-TATATCACCACACTTAGACTTATTT  196
      | ||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||   ||
seq2  C-TCTCA-TGCTGAGATTAAGTTGTTATATCA-CACACTTAGACT--ATT  185

seq1  TTTCTTTACCTAAAATTTGGATAATACCAGTCTGGCCTTGAACTCAGAGA  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TTTCTTTACCTAAAATTTGGATAATACCAGTCTGG-CTTGAACTCAGAGA  234

seq1  TCTGCTTGACTCTGTTGCCTGGAATTAGGTGCATGTCTATTTGAACCAGA  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTTGACTCTGTTGCCTGGAATTAGGTGCATGTCTATTTGAACCAGA  284

seq1  TCACACAGGCCTAGAAGTAGTTTCAATGTGATCCCTTGCCAGAACTGGAA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACACAGGCCTAGAAGTAGTTTCAATGTGATCCCTTGCCAGAACTGGAA  334

seq1  GAAAAAATATGAAAGCATTTTATCTATGGATTGTATATAGGATAGTAACT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAAATATGAAAGCATTTTATCTATGGATTGTATATAGGATAGTAACT  384

seq1  AACTCAAGTTTGGTTGAAAAAGAGGAATCTATCAACGACAATAATGTGTT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCAAGTTTGGTTGAAAAAGAGGAATCTATCAACGACAATAATGTGTT  434

seq1  GAGGTAAATGAGTTATATCAAAAGTCAATATTGTATTTGTAGGAGTGTAG  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTAAATGAGTTATATCAAAAGTCAATATTGTATTTGTAGGAGTGTAG  484

seq1  TACGGTGATTAAGTCACTATGAATTACTTATGTAGAGAGCCTAAATTCAA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACGGTGATTAAGTCACTATGAATTACTTATGTAGAGAGCCTAAATTCAA  534

seq1  TTTTTAGCACAAGTGAATAGGAAGGAAACACTTGAAAATCCAATTTCTGA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTAGCACAAGTGAATAGGAAGGAAACACTTGAAAATCCAATTTCTGA  584

seq1  ATTCTGAAATGGGTATGAAGAATTCATCTTTGAGATATTGCAATAATAAA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGAAATGGGTATGAAGAATTCATCTTTGAGATATTGCAATAATAAA  634

seq1  TTTCTGTTTACTGTGAACACATGATGCAAGCTTAGAGCATGTGATGATGC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGTTTACTGTGAACACATGATGCAAGCTTAGAGCATGTGATGATGC  684

seq1  GAATGTGGTCAGAGGCCCACTCTGGAGTATGAATCAAACTTGATGTGAAT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGTGGTCAGAGGCCCACTCTGGAGTATGAATCAAACTTGATGTGAAT  734

seq1  TAAAAATTAAACAAAGTTGGTGAGCAGGCAAGACAGATGTATCTCAGTGG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAATTAAACAAAGTTGGTGAGCAGGCAAGACAGATGTATCTCAGTGG  784

seq1  TGGGAAAGGGGGGAAATTTGAAAAAGTGCATCAAATGTTCTAAAAACCAC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAAAGGGGGGAAATTTGAAAAAGTGCATCAAATGTTCTAAAAACCAC  834

seq1  TGAAAAATTAAAAAACAGAAAAGTAAAAACAGCAGAAAATTATATTGATA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAAATTAAAAAACAGAAAAGTAAAAACAGCAGAAAATTATATTGATA  884

seq1  CTATTAGATATTTTTCTATTGATTTAATATTTTATATAATTATTTTATTT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTAGATATTTTTCTATTGATTTAATATTTTATATAATTATTTTATTT  934

seq1  TCAAATAACCAATGACTAAAGATAGTAAATAAAAATAGATTGTAAAATAT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATAACCAATGACTAAAGATAGTAAATAAAAATAGATTGTAAAATAT  984

seq1  CAAAATTGAATTATAACATTATACTAATATTTGAAAACATATCTAAAATA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATTGAATTATAACATTATACTAATATTTGAAAACATATCTAAAATA  1034

seq1  AGCAATTCACTAGAAATATGTTATTTTGATATATAAATTTATCATTTAAA  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAATTCACTAGAAATATGTTATTTTGATATATAAATTTATCATTTAAA  1084

seq1  TCTTATCAACAGATTAAAAACTAGTAATCATGGATTTGAGATTAATCAAA  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTATCAACAGATTAAAAACTAGTAATCATGGATTTGAGATTAATCAAA  1134

seq1  GTTCAAATAGGAACACAATGAATTC  1171
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAAATAGGAACACAATGAATTC  1159


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |