BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-226C07
Chromosome5 (Build37)
Map Location 106,104,201 - 106,229,578
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLrrc8d, LOC100042335
Upstream geneLOC100041199, LOC666726, C230055K05Rik, LOC100041216, Abcg3, LOC626471, EG545790, 5830443L24Rik, BC057170, Gbp4, LOC675363, LOC626578, Mpa2l, EG634650, Lrrc8b, Lrrc8c
Downstream geneD830014E11Rik, LOC100042349, Zfp326, LOC626723, LOC546882, LOC671295, 4930458A03Rik, Barhl2, EG666892, LOC100042389, Zfp644, LOC100042400, EG666922
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-226C07.bB6Ng01-226C07.g
ACCGA040158GA040159
length1,0851,091
definitionB6Ng01-226C07.b B6Ng01-226C07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(106,228,473 - 106,229,578)(106,104,201 - 106,105,289)
sequence
ctaatgtcacaatcaccggcagaagaaaaagcaggcctgagtttgcacaa
gcacatggagagacagggaggcacagacgtcaattacaggcctcccctgg
atgctgtcatcgaccaacctcagcaagcttcctgccccatcagatctgac
ttaattgcttttcattcctgctgtggaaaagcagacactgagctggctcc
tgccgtcccaggcagcaatatggcagactctcgcacacccctgtatactg
caaagaagcacagccaggttttaaggaaatactaagaagcaggttgatag
tatttttccattggtttaaaaataaagcattcgatgctttgaaggaaaaa
aaaaagtgtctcagaattatggaacaggaagcagcagctggacagagcag
ccttcatttcctctgagagccaccgaggaactctccattgagacaaaagc
aatgctgaggttagccctattctaccccacaacagggtgccagagctgga
tgcaatgtggctggtcacatcaaaaattactgcacaccgtcactcctgca
gcttcagggccccagcatgaagctgcccgtcctccccctacagtctgcct
cctgctcactctggaggcatcaggagccaggcttccggcagtagcctgga
acacactgaagcctagcctgatttccaagcttcttgctgctacccagggt
tacagctgaggctctcaatctcactgtacctcagttctctcctctgtgaa
atggcagtgaggtcacctacttcacagagtaataaagtcacactgaaata
acagactagaataacagtaatatacactcttaatactacaggggcttcct
agtttcaatacttccacaaatgatatcatttcatttgagccttaactgat
acacaggatggggagtaacggtgcagcatcaccaccaccatcatcacacc
actaccatcatcaccacacactacacatcattatcaccacacatcatcat
cacaacacactacatcatcaacacacactacatcatcatcacacactact
acacatcatcacagcacatcatcatcccacatcat
gaattcataagatttgagggttggcagaaaccggacggtcatcttcatca
gcccctacattttgcctcaccagtccgcagatacatacagaacaccgact
tgagatggaggctatgaaaacattttgttttgatttgttttacgtatgga
tgtgtgtggtgtgtgcatgtgtgtgtgcatgcttacacgtgtgtggatcc
atgtatattcgtgtgggtgtataagcttgtggatgcctggggttgactcg
gatgccttccttggctacgcttggcactatagaccaaagcagagtccccc
agctcaatccagagtcaccactctggctagcatggttacctagcttgctc
cagagatgccatgttcctagttgctaaccaggccaagccagctttgtttg
tgggttcttacaaccttgaggctctaaactgtagtcctcagggttgcatg
gcaagtgcagtacccactgagccacctccccagatcctgcttttgttggg
tttgtggttttgagttgagtcagggttacacgtaatctaggctagcctca
aacttgcggtcgagctgaggatggccttgaacttctgctcttcccacctg
cagccctccactccagtgtgggatgacaggtatgtactcttatgcccagt
tcgtgtcatgctggagattgaacccaggggcatctcaaacactaaccaaa
cactctagcaactgagccacatcttcaactctccccaattctttttaata
ttaaaaatggctgtttgagggctggagagatggctcagcagttaagagcg
ctgattactcttccgaaggtacctagttcaaatcccagcaaccacatgaa
aggctcacaacccatctgtacagctacagcattactcatattacattaaa
taaattaataaataaccaaacaaacaaacaaataaataaatcttttttaa
agtggttgtctgagaggtatctgcagttaaggcactactgcttctgcaga
ggatgcaagttcgattaccagcaccacaccgtgggctcctaaatgcctcg
tattccctggtttcaggaatttgatgtcttcttcctggctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_106228473_106229578
seq2: B6Ng01-226C07.b_52_1136 (reverse)

seq1  ATGATGGTGGTGATGATGATGGTGGTGGTGATGATGGTGGTAGTAGTGGT  50
      ||||| |||| ||||||||| ||| | |||||||||   |||||||||  
seq2  ATGAT-GTGG-GATGATGAT-GTGCT-GTGATGATG--TGTAGTAGTG--  42

seq1  GGTGATGATGATGGTAGTGGTGGTGGTGATGATGGTAGTGGTGGTGGTGA  100
       ||||||||||| ||||||   ||| ||||||| ||||||   || ||||
seq2  TGTGATGATGAT-GTAGTG--TGTGTTGATGAT-GTAGTG--TGTTGTGA  86

seq1  TGATGATGGTGGTGGTGATAATGATGGTGGTAGTGGTGGTGGTGATGATG  150
      ||||||||   |||||||||||||||   ||||||   ||||||||||||
seq2  TGATGATG--TGTGGTGATAATGATG--TGTAGTG--TGTGGTGATGATG  130

seq1  GTAGTGGTGGTGATGATGGTGGTGGTGATGCTGCACCGTTACTCCCCATC  200
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTGGT-GTGATGATGGTGGTGGTGATGCTGCACCGTTACTCCCCATC  179

seq1  CTGTGTATCAGTTAAGGCTCAAATGAAATGATATCATTTGTGGAAGTATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTATCAGTTAAGGCTCAAATGAAATGATATCATTTGTGGAAGTATT  229

seq1  GAAACTAGGAAGCCCCTGTAGTATTAAGAGTGTATATTACTGTTATTCTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACTAGGAAGCCCCTGTAGTATTAAGAGTGTATATTACTGTTATTCTA  279

seq1  GTCTGTTATTTCAGTGTGACTTTATTACTCTGTGAAGTAGGTGACCTCAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGTTATTTCAGTGTGACTTTATTACTCTGTGAAGTAGGTGACCTCAC  329

seq1  TGCCATTTCACAGAGGAGAGAACTGAGGTACAGTGAGATTGAGAGCCTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCATTTCACAGAGGAGAGAACTGAGGTACAGTGAGATTGAGAGCCTCA  379

seq1  GCTGTAACCCTGGGTAGCAGCAAGAAGCTTGGAAATCAGGCTAGGCTTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTAACCCTGGGTAGCAGCAAGAAGCTTGGAAATCAGGCTAGGCTTCA  429

seq1  GTGTGTTCCAGGCTACTGCCGGAAGCCTGGCTCCTGATGCCTCCAGAGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTTCCAGGCTACTGCCGGAAGCCTGGCTCCTGATGCCTCCAGAGTG  479

seq1  AGCAGGAGGCAGACTGTAGGGGGAGGACGGGCAGCTTCATGCTGGGGCCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGGAGGCAGACTGTAGGGGGAGGACGGGCAGCTTCATGCTGGGGCCC  529

seq1  TGAAGCTGCAGGAGTGACGGTGTGCAGTAATTTTTGATGTGACCAGCCAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGCTGCAGGAGTGACGGTGTGCAGTAATTTTTGATGTGACCAGCCAC  579

seq1  ATTGCATCCAGCTCTGGCACCCTGTTGTGGGGTAGAATAGGGCTAACCTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCATCCAGCTCTGGCACCCTGTTGTGGGGTAGAATAGGGCTAACCTC  629

seq1  AGCATTGCTTTTGTCTCAATGGAGAGTTCCTCGGTGGCTCTCAGAGGAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATTGCTTTTGTCTCAATGGAGAGTTCCTCGGTGGCTCTCAGAGGAAA  679

seq1  TGAAGGCTGCTCTGTCCAGCTGCTGCTTCCTGTTCCATAATTCTGAGACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGGCTGCTCTGTCCAGCTGCTGCTTCCTGTTCCATAATTCTGAGACA  729

seq1  CTTTTTTTTTTCCTTCAAAGCATCGAATGCTTTATTTTTAAACCAATGGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTTTTTTCCTTCAAAGCATCGAATGCTTTATTTTTAAACCAATGGA  779

seq1  AAAATACTATCAACCTGCTTCTTAGTATTTCCTTAAAACCTGGCTGTGCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATACTATCAACCTGCTTCTTAGTATTTCCTTAAAACCTGGCTGTGCT  829

seq1  TCTTTGCAGTATACAGGGGTGTGCGAGAGTCTGCCATATTGCTGCCTGGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGCAGTATACAGGGGTGTGCGAGAGTCTGCCATATTGCTGCCTGGG  879

seq1  ACGGCAGGAGCCAGCTCAGTGTCTGCTTTTCCACAGCAGGAATGAAAAGC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGCAGGAGCCAGCTCAGTGTCTGCTTTTCCACAGCAGGAATGAAAAGC  929

seq1  AATTAAGTCAGATCTGATGGGGCAGGAAGCTTGCTGAGGTTGGTCGATGA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAAGTCAGATCTGATGGGGCAGGAAGCTTGCTGAGGTTGGTCGATGA  979

seq1  CAGCATCCAGGGGAGGCCTGTAATTGACGTCTGTGCCTCCCTGTCTCTCC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCATCCAGGGGAGGCCTGTAATTGACGTCTGTGCCTCCCTGTCTCTCC  1029

seq1  ATGTGCTTGTGCAAACTCAGGCCTGCTTTTTCTTCTGCCGGTGATTGTGA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGCTTGTGCAAACTCAGGCCTGCTTTTTCTTCTGCCGGTGATTGTGA  1079

seq1  CATTAG  1106
      ||||||
seq2  CATTAG  1085

seq1: chr5_106104201_106105289
seq2: B6Ng01-226C07.g_65_1155

seq1  GAATTCATAAGATTTGAGGGTTGGCAGAAACCGGACGGTCATCTTCATCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATAAGATTTGAGGGTTGGCAGAAACCGGACGGTCATCTTCATCA  50

seq1  GCCCCTACATTTTGCCTCACCAGTCCGCAGATACATACAGAACACCGACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCTACATTTTGCCTCACCAGTCCGCAGATACATACAGAACACCGACT  100

seq1  TGAGATGGAGGCTATGAAAACATTTTGTTTTGATTTGTTTTACGTATGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGATGGAGGCTATGAAAACATTTTGTTTTGATTTGTTTTACGTATGGA  150

seq1  TGTGTGTGGTGTGTGCATGTGTGTGTGCATGCTTACACGTGTGTGGATCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGGTGTGTGCATGTGTGTGTGCATGCTTACACGTGTGTGGATCC  200

seq1  ATGTATATTCGTGTGGGTGTATAAGCTTGTGGATGCCTGGGGTTGACTCG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATATTCGTGTGGGTGTATAAGCTTGTGGATGCCTGGGGTTGACTCG  250

seq1  GATGCCTTCCTTGGCTACGCTTGGCACTATAGACCAAAGCAGAGTCCCCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCCTTCCTTGGCTACGCTTGGCACTATAGACCAAAGCAGAGTCCCCC  300

seq1  AGCTCAATCCAGAGTCACCACTCTGGCTAGCATGGTTACCTAGCTTGCTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCAATCCAGAGTCACCACTCTGGCTAGCATGGTTACCTAGCTTGCTC  350

seq1  CAGAGATGCCATGTTCCTAGTTGCTAACCAGGCCAAGCCAGCTTTGTTTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGATGCCATGTTCCTAGTTGCTAACCAGGCCAAGCCAGCTTTGTTTG  400

seq1  TGGGTTCTTACAACCTTGAGGCTCTAAACTGTAGTCCTCAGGGTTGCATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTTCTTACAACCTTGAGGCTCTAAACTGTAGTCCTCAGGGTTGCATG  450

seq1  GCAAGTGCAGTACCCACTGAGCCACCTCCCCAGATCCTGCTTTTGTTGGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGTGCAGTACCCACTGAGCCACCTCCCCAGATCCTGCTTTTGTTGGG  500

seq1  TTTGTGGTTTTGAGTTGAGTCAGGGTTACACGTAATCTAGGCTAGCCTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGGTTTTGAGTTGAGTCAGGGTTACACGTAATCTAGGCTAGCCTCA  550

seq1  AACTTGCGGTCGAGCTGAGGATGGCCTTGAACTTCTGCTCTTCCCACCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTGCGGTCGAGCTGAGGATGGCCTTGAACTTCTGCTCTTCCCACCTG  600

seq1  CAGCCCTCCACTCCAGTGTGGGATGACAGGTATGTACTCTTATGCCCAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCCTCCACTCCAGTGTGGGATGACAGGTATGTACTCTTATGCCCAGT  650

seq1  TCGTGTCATGCTGGAGATTGAACCCA-GGGCATCTCAAACACTAACCAAA  699
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTGTCATGCTGGAGATTGAACCCAGGGGCATCTCAAACACTAACCAAA  700

seq1  CACTCTAGCAACTGAGCCACATCTTCAACTCTCCCCAATTCTTTTTAATA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCTAGCAACTGAGCCACATCTTCAACTCTCCCCAATTCTTTTTAATA  750

seq1  TTAAAAATGGCTGTTTGAGGGCTGGAGAGATGGCTCAGCAGTTAAGAGCG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAATGGCTGTTTGAGGGCTGGAGAGATGGCTCAGCAGTTAAGAGCG  800

seq1  CTGATTACTCTTCCGAAGGTACCTAGTTCAAATCCCAGCAACCACATG-A  848
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CTGATTACTCTTCCGAAGGTACCTAGTTCAAATCCCAGCAACCACATGAA  850

seq1  AGGCTCACAA-CCATCTGTACAGCTACAGCA-TACTCATA-TACATTAAA  895
      |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||
seq2  AGGCTCACAACCCATCTGTACAGCTACAGCATTACTCATATTACATTAAA  900

seq1  TAAATAAATAAATAAACAAACAAACAAACAAATAAATAAATCTTTTTAAA  945
      ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |
seq2  TAAATTAATAAATAACCAAACAAACAAACAAATAAATAAATCTTTTT-TA  949

seq1  AAGTGGTTGTCTGAGAGGTATCTGCAGTTAAGGGCACTTACTGCTCTTGC  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||  |||
seq2  AAGTGGTTGTCTGAGAGGTATCTGCAGTTAA-GGCAC-TACTGCTTCTGC  997

seq1  AGAGGATGCAGGTTCGATTACCAGCACCCACA-CGTGGGCTCCTAAATG-  1043
      |||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| 
seq2  AGAGGATGCAAGTTCGATTACCAGCA-CCACACCGTGGGCTCCTAAATGC  1046

seq1  CTCGTATTCTCTGGTTCCAGGAGATTTGATGCTTTCTTCCTGGCTC  1089
      ||||||||| |||||| ||||| ||||||||  |||||||||||||
seq2  CTCGTATTCCCTGGTTTCAGGA-ATTTGATGTCTTCTTCCTGGCTC  1091