BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-231A14
Chromosome5 (Build37)
Map Location 124,317,585 - 124,458,965
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGpr81, Denr, Ccdc62, Hip1r, Vps37b
Upstream geneRnf34, Fbxl10, LOC100039895, Tmem142a, Morn3, LOC623672, BC022593, Rhof, 4932422M17Rik, Setd1b, Hpd, Psmd9, Wdr66, LOC100042824, Bcl7a, Mlxip, LOC673222, Il31, Lrrc43, B3gnt4, Diablo, Vps33a, Clip1, Zcchc8, Rsrc2, Kntc1, LOC100040005, Gpr109a
Downstream geneAbcb9, Ogfod2, Arl6ip4, Pitpnm2, Mphosph9, 2810006K23Rik, Cdk2ap1, Sbno1, Setd8, BC003324, LOC606492, 6330548G22Rik, 2900002H16Rik, Rpl32-ps5c, Tmed2, Ddx55, Eif2b1, Gtf2h3, 4432405B04Rik, Atp6v0a2, Atp6v0a2, Dnahc10, Ccdc92, Zfp664
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-231A14.bB6Ng01-231A14.g
ACCGA043743GA043744
length1,1341,074
definitionB6Ng01-231A14.b B6Ng01-231A14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(124,317,585 - 124,318,703)(124,457,883 - 124,458,965)
sequence
gaattcaagttctcagcaagaacaagtgctcttaactgagacggacatct
ccagccccttaaacaggcttctgagacagcatctccctatgtatctcagg
ctggcctggcctcactgctggccacgattgtcctgtgtgcacggagtgct
gggattacaggcttatgacacgaacccagatcactgcctcttcctctgca
attgccttgaatgttagctggcattggcacttgcttgccttactgcctgt
gggtgctggtaacccttcctcctggataaatgtgaacttactgagggcat
gtgttttggcttgaaagtaaaagagcccctgcaggctcccaggtttggag
cacttggtccccagcacctgacactgttttgcaagcctggagaactctga
ggatggaagctggtagagaccaatcactaggcctggaaagttatatccac
tttaggttgaggtcggcgctcctctccctccaggtccaggcctgaggcac
cacagactgggctgcttgatgtcacaatggactgtgacacaccaaaacag
atctcttctaagttgtttttgtctggtatttggtcacaacaacaacaaca
acaacaacatgaaagtaacccacacaacacccctgaagtaatcctatggg
gtttgatgaactggagagaaacaactagccctgattgttgctggcatcca
gaatctgaaagggagtctccttcttaagttttagaattgtataaatgtgt
gtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgcgcgtgcgtgccgcgccgcgcgcgcag
taactgaaggctgactgtgagtggcttcttgagctgtttgttgcccacag
aacttcattgtctggccagccaatcccaagagtcaccttgttcttgaccc
caccaaccagcacggggactacagaacacgcattcaccatgccacgactt
catagtgctgtgggagctacctcaagattaagtggtttgcatagcacatc
ctttgttccactaagccaatcgtaccctttaaaattaaaaaaaaaaaaaa
caggtaaggcattaaaactcgaggatcctgttatccttagttcttaaagt
ctgaaagattggaattcaagtctctctcagctct
gaattccagggcagccatagttattagagagaccctgtctcaaaaattaa
acccacaaaacctcaaatcaccttatatgaggtttgcagcaactgtttac
tccagtcctcttggtccctataacgtccttacagttcctgacacccaccc
agattgtaagaaaaagaacgttaaagatttgaataccaagtgctggtgct
ggcaccaccttggaaggcttcttagccaggtcttctaatgcccagggcat
gtcctgtgactcagggccacctgggcctgtccccagtggaaggagacact
gtgtctgcgaggagacaagtacaaacagtggttgattgagtggttttatt
tgtttgtttgtttgtttgttttttacaatgattaagttgaagaataattg
acgtgttcatctgcagagtgcaggctggggtggaatggcagctttgaaaa
gaaagaagtctcaggtatatctctaccatggcagggagatgctgagcgag
aggctggcaggcagtgtcgcatccacgctgtaaaggccagccttgagggt
gagaaggcaagatggagcctctaggaatgtctcatccagcctggcctggt
gggatattgctggagatttattcatgtggtgtttttacttaagattgatt
ttgatgtaggtgtctgtgagtgtatgttacctggcgtgggtgctaggaac
tgaacccaggtcctgtgagccttctctccaacccctcacgctgtttgaat
ctaagaccccaaggcttcaggtgtgtgtgtgtgttgggatgaagttatca
ctcaaaaggaggacgtgctaagggaaagtggctgagagaaaaagtgggaa
atgcacggttggatggtgacaggcctgcaggtgcagccacaggtggattg
caagggttcaggtctacccgaccatgccatcagattgtacagaacataga
ctgggtacgttgtggatagactcatggcaggcttcctgcttacacttgtg
gagcccgtccagtcctcttagtactgggaaaggcttgctgtgactagtga
tgagtcacatatggacactctgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_124317585_124318703
seq2: B6Ng01-231A14.b_45_1178

seq1  GAATTCAAGTTCTCAGCAAGAACAAGTGCTCTTAACTGAGACGGACATCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGTTCTCAGCAAGAACAAGTGCTCTTAACTGAGACGGACATCT  50

seq1  CCAGCCCCTTAAACAGGCTTCTGAGACAGCATCTCCCTATGTATCTCAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCCCCTTAAACAGGCTTCTGAGACAGCATCTCCCTATGTATCTCAGG  100

seq1  CTGGCCTGGCCTCACTGCTGGCCACGATTGTCCTGTGTGCACGGAGTGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCCTGGCCTCACTGCTGGCCACGATTGTCCTGTGTGCACGGAGTGCT  150

seq1  GGGATTACAGGCTTATGACACGAACCCAGATCACTGCCTCTTCCTCTGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATTACAGGCTTATGACACGAACCCAGATCACTGCCTCTTCCTCTGCA  200

seq1  ATTGCCTTGAATGTTAGCTGGCATTGGCACTTGCTTGCCTTACTGCCTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCCTTGAATGTTAGCTGGCATTGGCACTTGCTTGCCTTACTGCCTGT  250

seq1  GGGTGCTGGTAACCCTTCCTCCTGGATAAATGTGAACTTACTGAGGGCAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGCTGGTAACCCTTCCTCCTGGATAAATGTGAACTTACTGAGGGCAT  300

seq1  GTGTTTTGGCTTGAAAGTAAAAGAGCCCCTGCAGGCTCCCAGGTTTGGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTTGGCTTGAAAGTAAAAGAGCCCCTGCAGGCTCCCAGGTTTGGAG  350

seq1  CACTTGGTCCCCAGCACCTGACACTGTTTTGCAAGCCTGGAGAACTCTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTGGTCCCCAGCACCTGACACTGTTTTGCAAGCCTGGAGAACTCTGA  400

seq1  GGATGGAAGCTGGTAGAGACCAATCACTAGGCCTGGAAAGTTATATCCAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGGAAGCTGGTAGAGACCAATCACTAGGCCTGGAAAGTTATATCCAC  450

seq1  TTTAGGTTGAGGTCGGCGCTCCTCTCCCTCCAGGTCCAGGCCTGAGGCAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGGTTGAGGTCGGCGCTCCTCTCCCTCCAGGTCCAGGCCTGAGGCAC  500

seq1  CACAGACTGGGCTGCTTGATGTCACAATGGACTGTGACACACCAAAACAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGACTGGGCTGCTTGATGTCACAATGGACTGTGACACACCAAAACAG  550

seq1  ATCTCTTCTAAGTTGTTTTTGTCTGGTATTTGGTCACAACAACAACAACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTTCTAAGTTGTTTTTGTCTGGTATTTGGTCACAACAACAACAACA  600

seq1  ACAACAACATGAAAGTAACCCACACAACACCCCTGAAGTAATCCTATGGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACAACATGAAAGTAACCCACACAACACCCCTGAAGTAATCCTATGGG  650

seq1  GTTTGATGAACTGGAGAGAAACAACTAGCCCTGATTGTTGCTGGCATCCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGATGAACTGGAGAGAAACAACTAGCCCTGATTGTTGCTGGCATCCA  700

seq1  GAATCTGAAAGGGAGTCTCCTTCTTAAGTTTTAGAATTGTATAAATGTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCTGAAAGGGAGTCTCCTTCTTAAGTTTTAGAATTGTATAAATGTGT  750

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGCGTGCGTG-CGCG-CGCGCGCGCAG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGCGTGCGTGCCGCGCCGCGCGCGCAG  800

seq1  TAACTGAAGGCTGACTGTGAGTGGCTTCTTGAGCTG-TTGTTGCCCACAG  847
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TAACTGAAGGCTGACTGTGAGTGGCTTCTTGAGCTGTTTGTTGCCCACAG  850

seq1  AAC-TCATTGTCTGGCCAGCCAATCCCAAGAGTCA-CTTG-TCTTGACCC  894
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||
seq2  AACTTCATTGTCTGGCCAGCCAATCCCAAGAGTCACCTTGTTCTTGACCC  900

seq1  CACCAACCAGCACGGGGACTACAG-ACACGCA-TCACCATGCC-CGACTT  941
      |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||
seq2  CACCAACCAGCACGGGGACTACAGAACACGCATTCACCATGCCACGACTT  950

seq1  CATAGTGCTGT-GGAGCTAACCTC-AGATAAAGT-GTTTGCATAGCACAT  988
      ||||||||||| |||||| ||||| |||| |||| |||||||||||||||
seq2  CATAGTGCTGTGGGAGCT-ACCTCAAGATTAAGTGGTTTGCATAGCACAT  999

seq1  CCTTTG-TCCACTAAG-CAATCGTACCC-TTAAAATTAAAAAAAAAAAAA  1035
      |||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTGTTCCACTAAGCCAATCGTACCCTTTAAAATTAAAAAAAAAAAAA  1049

seq1  AAAGGTAA-GCATTAAA--CCGAGGATCCTGTAATCC-TAGTTCTTAAGA  1081
      | |||||| ||||||||   |||||||||||| |||| |||||||||| |
seq2  ACAGGTAAGGCATTAAAACTCGAGGATCCTGTTATCCTTAGTTCTTAA-A  1098

seq1  GGCTGAAAGATTTGGAATTCAAGGCCCTTCTCAGCTCT  1119
      | |||||||| |||||||||||| | | ||||||||||
seq2  GTCTGAAAGA-TTGGAATTCAAGTCTC-TCTCAGCTCT  1134

seq1: chr5_124457883_124458965
seq2: B6Ng01-231A14.g_66_1139 (reverse)

seq1  CACAGAGTTGTCCCATATGTGACCCCATCACTAGTCACA-CAGGCTTTCC  49
      ||||||| ||| |||||||||| | |||||||||||||| || || || |
seq2  CACAGAG-TGT-CCATATGTGA-CTCATCACTAGTCACAGCAAGCCTTTC  47

seq1  CCAGTACTAAGGAAGGACTGGACGGGGGCTCCACAAGTGTAAGGCAGGAA  99
      |||||||||||  ||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||
seq2  CCAGTACTAAG--AGGACTGGAC--GGGCTCCACAAGTGTAA-GCAGGAA  92

seq1  GCCTGCCCCTGAGTTCTATCCACAACGTACCCAGTTCTTATGTTCTGTAC  149
      ||||| || |||| |||||||||||||||||||||   ||||||||||||
seq2  GCCTG-CCATGAG-TCTATCCACAACGTACCCAGT--CTATGTTCTGTAC  138

seq1  AATCTGATGGCATGGTCGGGTAGACCTGAA-CCTTGCAATCCACCTGTGG  198
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  AATCTGATGGCATGGTCGGGTAGACCTGAACCCTTGCAATCCACCTGTGG  188

seq1  CTGCACCTGCAGGCCTGTCACCATCCAACCGTGCATTTCCCACTTTTTCT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCACCTGCAGGCCTGTCACCATCCAACCGTGCATTTCCCACTTTTTCT  238

seq1  CTCAGCCACTTTCCCTTAGCACGTCCTCCTTTTGAGTGATAACTTCAT-C  297
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CTCAGCCACTTTCCCTTAGCACGTCCTCCTTTTGAGTGATAACTTCATCC  288

seq1  CAACACACACACACACCTGAAGCCTTGGGGTCTTAGATTCAAACAGCGTG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACACACACACACACCTGAAGCCTTGGGGTCTTAGATTCAAACAGCGTG  338

seq1  AGGGGTTGGAGAGAAGGCTCACAGGACCTGGGTTCAGTTCCTAGCACCCA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGTTGGAGAGAAGGCTCACAGGACCTGGGTTCAGTTCCTAGCACCCA  388

seq1  CGCCAGGTAACATACACTCACAGACACCTACATCAAAATCAATCTTAAGT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCCAGGTAACATACACTCACAGACACCTACATCAAAATCAATCTTAAGT  438

seq1  AAAAACACCACATGAATAAATCTCCAGCAATATCCCACCAGGCCAGGCTG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACACCACATGAATAAATCTCCAGCAATATCCCACCAGGCCAGGCTG  488

seq1  GATGAGACATTCCTAGAGGCTCCATCTTGCCTTCTCACCCTCAAGGCTGG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAGACATTCCTAGAGGCTCCATCTTGCCTTCTCACCCTCAAGGCTGG  538

seq1  CCTTTACAGCGTGGATGCGACACTGCCTGCCAGCCTCTCGCTCAGCATCT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTACAGCGTGGATGCGACACTGCCTGCCAGCCTCTCGCTCAGCATCT  588

seq1  CCCTGCCATGGTAGAGATATACCTGAGACTTCTTTCTTTTCAAAGCTGCC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGCCATGGTAGAGATATACCTGAGACTTCTTTCTTTTCAAAGCTGCC  638

seq1  ATTCCACCCCAGCCTGCACTCTGCAGATGAACACGTCAATTATTCTTCAA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCACCCCAGCCTGCACTCTGCAGATGAACACGTCAATTATTCTTCAA  688

seq1  CTTAATCATTGTAAAAAACAAACAAACAAACAAACAAATAAAACCACTCA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAATCATTGTAAAAAACAAACAAACAAACAAACAAATAAAACCACTCA  738

seq1  ATCAACCACTGTTTGTACTTGTCTCCTCGCAGACACAGTGTCTCCTTCCA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAACCACTGTTTGTACTTGTCTCCTCGCAGACACAGTGTCTCCTTCCA  788

seq1  CTGGGGACAGGCCCAGGTGGCCCTGAGTCACAGGACATGCCCTGGGCATT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGGACAGGCCCAGGTGGCCCTGAGTCACAGGACATGCCCTGGGCATT  838

seq1  AGAAGACCTGGCTAAGAAGCCTTCCAAGGTGGTGCCAGCACCAGCACTTG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGACCTGGCTAAGAAGCCTTCCAAGGTGGTGCCAGCACCAGCACTTG  888

seq1  GTATTCAAATCTTTAACGTTCTTTTTCTTACAATCTGGGTGGGTGTCAGG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTCAAATCTTTAACGTTCTTTTTCTTACAATCTGGGTGGGTGTCAGG  938

seq1  AACTGTAAGGACGTTATAGGGACCAAGAGGACTGGAGTAAACAGTTGCTG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGTAAGGACGTTATAGGGACCAAGAGGACTGGAGTAAACAGTTGCTG  988

seq1  CAAACCTCATATAAGGTGATTTGAGGTTTTGTGGGTTTAATTTTTGAGAC  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACCTCATATAAGGTGATTTGAGGTTTTGTGGGTTTAATTTTTGAGAC  1038

seq1  AGGGTCTCTCTAATAACTATGGCTGCCCTGGAATTC  1083
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTCTCTCTAATAACTATGGCTGCCCTGGAATTC  1074