BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-232L23
Chromosome5 (Build37)
Map Location 39,765,528 - 39,881,857
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC384174
Upstream geneSlc2a9, Wdr1, 4930421P07Rik, 6820424L24Rik, Clnk
Downstream geneHs3st1, EG665839, LOC100040502
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-232L23.bB6Ng01-232L23.g
ACCGA045002GA045003
length1,217916
definitionB6Ng01-232L23.b B6Ng01-232L23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(39,880,651 - 39,881,857)(39,765,528 - 39,766,442)
sequence
gaattcagagcaaatgttattggctcctgggacaagttatggaattctag
aacacttatgaagtagatctgcctttgggggcacttggacaatgatcaag
agaacaagagggttattatgaaatggggtggtcctttcaaaaaagtatgc
tggcctacctatcctcaggaagttgcatcagtttacctgttcaaagttac
caatgttcaagagcccaggagataaaatgtgacaggagcattttctctga
gagacaaacctgaatgacacacagtaggtggccagcatgtagagagcagc
tgtctctttgtgtctgatataactacttctgtttctaactcagtgtgaga
ggaaatcttcacagaggagcccttctggatctcagaattagccatgtgga
ttcagtgatatgggaaaggaagaaatgaggcatctcagctacttcctcca
caaggctcagtgggatgcttctaacagaaccagatacacagagattccta
ggggtccaatgagcttagaccaataagcttttctggtgtccttcttcttc
ttggaggtcttactttgtatgcttatgttgtcattctttgcatcatcaag
caaatattgttggcagcttctgcatgctagaccctgggcttccacagaag
aaaacaaacaaacagtcatcactatcttggtacctggagaagagaaaata
gtcaaaagagcaggaagcccaatacccttcctattggaacagagtggagc
tgaggaaatagctggaagtctccaggaggaatccaattggggtagaatta
ggcgatactctccacccaggacagtggacttggtgttggctatatcactc
tccctgttaacatatggagacaataacggaggtcacagtgtgatgacacc
aaaatacagtaaagtggtgggctcttagcatttgggaatctgatatccca
acataaggtcagtgatgaccagtgttgatgaaacttagatatgtatttca
gctatgatgtaatttgggtccttgcatatggacagacagtaagtggcagt
gagtccctttagtggagtggaaagaataccacataagaatatcaaacaaa
aggtggaggttcttatgagagtgacggcactggataagagagatagtagc
acgagtaagttctccttcagctcaggaagagaatgtggtcctcctctgga
tttaagagggttaaccg

gaattcctagtctgtggtgtcctagttgactcagcccaagttcaggggac
ttttccacatggaatagaattctagggctcagtcagccttaatacaccca
ctgtgtggtccagtgagcacaagagtttctgtatgaatcatcgacttaat
ggagaggtagtaggcatttgattgacctcttaaatcacaaacatcaaatg
taaaatgagagatggtgcaagggtgcattttacgtgaacaaaaattacgt
gagaaactgtgtctttaatcattgtaaagtgcagagtgggattaaagtac
tctaattatgtagtagtttctcaaagtgtttttatgtattttaaggcaca
ttcagtcataaatgtgtggtgtatatacatataaatataaatgcttattt
caatgccaccaatgtcaaaattagatgattttgttcacaaagaaaaaata
gcaagacagaatcatttcccatggattagtggttcagttttttgacttgg
gaaaacaaaatgttggtggttctgttgcctgatgtggtgaagtcagtgaa
ctaagatgtggttataaaagttgtgagcaacacatctttttgtaaagatt
gtctcagttcaattttaataaagatcagtgagaatgatagcatcatcctc
tttatacatgacaggcttaacagtcacagaggttgaacacgttgaacaca
tcataatgatcataagtaggagcaaattcaaacttgcctggcactgccat
cttaggtcctcagcttggtaagcacttgatatgttgttgttttggtgaag
agtgggtttaagtcagctcatgattagggttactatttattacagaaaag
aaataaaggcaaaactttgaaatatccagttacacccacagtggagagag
agggggtggaagagat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_39880651_39881857
seq2: B6Ng01-232L23.b_48_1263 (reverse)

seq1  GGTTAA--CTCTTAAA-CAAGAG-----ACACA-TATCTTCCTGTGCTGA  41
      ||||||  |||||||| | ||||      |||| | |||||||| |||||
seq2  GGTTAACCCTCTTAAATCCAGAGGAGGACCACATTCTCTTCCTGAGCTGA  50

seq1  AAGAGAACTTACTCGTTGCCTACTATCTCT-TTATCAGTTCCCTTCCAAC  90
      | ||||||||||||||   ||||||||||| |||||   | || ||  ||
seq2  AGGAGAACTTACTCGT--GCTACTATCTCTCTTATCCAGTGCCGTC--AC  96

seq1  TCTCATAAGAACCTC--ACTTTTGTTTGATA-TCTTATGTGGTTATCTTT  137
      |||||||||||||||   ||||||||||||| |||||||||||  |||||
seq2  TCTCATAAGAACCTCCACCTTTTGTTTGATATTCTTATGTGGTATTCTTT  146

seq1  CCACT-CACT-AAGGGACTCACTGCCACTTACTGTCTGTCCATTATGCAA  185
      ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CCACTCCACTAAAGGGACTCACTGCCACTTACTGTCTGTCCA-TATGCAA  195

seq1  GGACCAAATTTACATCATAGCTGAAATAACATATCTAAGTTTCATCAACA  235
      ||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCCAAATTACATCATAGCTGAAAT-ACATATCTAAGTTTCATCAACA  244

seq1  CTGGTCATCACTGACCTTATGTTGGGATATCAGATTCCCAAATGCTAAGA  285
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTCATCACTGACCTTATGTTGGGATATCAGATTCCCAAATGCTAAGA  294

seq1  GCCCACCACTTTACTGTATTTTGGTGTCATCACACTGTGACCTCCGTTAT  335
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCACCACTTTACTGTATTTTGGTGTCATCACACTGTGACCTCCGTTAT  344

seq1  TGTCTCCATATGTTAACAGGGAGAGTGATATAGCCAACACCAAGTCCACT  385
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTCCATATGTTAACAGGGAGAGTGATATAGCCAACACCAAGTCCACT  394

seq1  GTCCTGGGTGGAGAGTATCGCCTAATTCTACCCCAATTGGATTCCTCCTG  435
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTGGGTGGAGAGTATCGCCTAATTCTACCCCAATTGGATTCCTCCTG  444

seq1  GAGACTTCCAGCTATTTCCTCAGCTCCACTCTGTTCCAATAGGAAGGGTA  485
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACTTCCAGCTATTTCCTCAGCTCCACTCTGTTCCAATAGGAAGGGTA  494

seq1  TTGGGCTTCCTGCTCTTTTGACTATTTTCTCTTCTCCAGGTACCAAGATA  535
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGCTTCCTGCTCTTTTGACTATTTTCTCTTCTCCAGGTACCAAGATA  544

seq1  GTGATGACTGTTTGTTTGTTTTCTTCTGTGGAAGCCCAGGGTCTAGCATG  585
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATGACTGTTTGTTTGTTTTCTTCTGTGGAAGCCCAGGGTCTAGCATG  594

seq1  CAGAAGCTGCCAACAATATTTGCTTGATGATGCAAAGAATGACAACATAA  635
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGCTGCCAACAATATTTGCTTGATGATGCAAAGAATGACAACATAA  644

seq1  GCATACAAAGTAAGACCTCCAAGAAGAAGAAGGACACCAGAAAAGCTTAT  685
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATACAAAGTAAGACCTCCAAGAAGAAGAAGGACACCAGAAAAGCTTAT  694

seq1  TGGTCTAAGCTCATTGGACCCCTAGGAATCTCTGTGTATCTGGTTCTGTT  735
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCTAAGCTCATTGGACCCCTAGGAATCTCTGTGTATCTGGTTCTGTT  744

seq1  AGAAGCATCCCACTGAGCCTTGTGGAGGAAGTAGCTGAGATGCCTCATTT  785
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCATCCCACTGAGCCTTGTGGAGGAAGTAGCTGAGATGCCTCATTT  794

seq1  CTTCCTTTCCCATATCACTGAATCCACATGGCTAATTCTGAGATCCAGAA  835
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTTTCCCATATCACTGAATCCACATGGCTAATTCTGAGATCCAGAA  844

seq1  GGGCTCCTCTGTGAAGATTTCCTCTCACACTGAGTTAGAAACAGAAGTAG  885
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTCCTCTGTGAAGATTTCCTCTCACACTGAGTTAGAAACAGAAGTAG  894

seq1  TTATATCAGACACAAAGAGACAGCTGCTCTCTACATGCTGGCCACCTACT  935
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATCAGACACAAAGAGACAGCTGCTCTCTACATGCTGGCCACCTACT  944

seq1  GTGTGTCATTCAGGTTTGTCTCTCAGAGAAAATGCTCCTGTCACATTTTA  985
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTCATTCAGGTTTGTCTCTCAGAGAAAATGCTCCTGTCACATTTTA  994

seq1  TCTCCTGGGCTCTTGAACATTGGTAACTTTGAACAGGTAAACTGATGCAA  1035
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTGGGCTCTTGAACATTGGTAACTTTGAACAGGTAAACTGATGCAA  1044

seq1  CTTCCTGAGGATAGGTAGGCCAGCATACTTTTTTGAAAGGACCACCCCAT  1085
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTGAGGATAGGTAGGCCAGCATACTTTTTTGAAAGGACCACCCCAT  1094

seq1  TTCATAATAACCCTCTTGTTCTCTTGATCATTGTCCAAGTGCCCCCAAAG  1135
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATAATAACCCTCTTGTTCTCTTGATCATTGTCCAAGTGCCCCCAAAG  1144

seq1  GCAGATCTACTTCATAAGTGTTCTAGAATTCCATAACTTGTCCCAGGAGC  1185
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGATCTACTTCATAAGTGTTCTAGAATTCCATAACTTGTCCCAGGAGC  1194

seq1  CAATAACATTTGCTCTGAATTC  1207
      ||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAACATTTGCTCTGAATTC  1216


seq1: chr5_39765528_39766442
seq2: B6Ng01-232L23.g_65_980

seq1  GAATTCCTAGTCTGTGGTGTCCTAGTTGACTCAGCCCAAGTTCAGGGGAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTAGTCTGTGGTGTCCTAGTTGACTCAGCCCAAGTTCAGGGGAC  50

seq1  TTTTCCACATGGAATAGAATTCTAGGGCTCAGTCAGCCTTAATACACCCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCACATGGAATAGAATTCTAGGGCTCAGTCAGCCTTAATACACCCA  100

seq1  CTGTGTGGTCCAGTGAGCACAAGAGTTTCTGTATGAATCATCGACTTAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTGGTCCAGTGAGCACAAGAGTTTCTGTATGAATCATCGACTTAAT  150

seq1  GGAGAGGTAGTAGGCATTTGATTGACCTCTTAAATCACAAACATCAAATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAGGTAGTAGGCATTTGATTGACCTCTTAAATCACAAACATCAAATG  200

seq1  TAAAATGAGAGATGGTGCAAGGGTGCATTTTACGTGAACAAAAATTACGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATGAGAGATGGTGCAAGGGTGCATTTTACGTGAACAAAAATTACGT  250

seq1  GAGAAACTGTGTCTTTAATCATTGTAAAGTGCAGAGTGGGATTAAAGTAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAACTGTGTCTTTAATCATTGTAAAGTGCAGAGTGGGATTAAAGTAC  300

seq1  TCTAATTATGTAGTAGTTTCTCAAAGTGTTTTTATGTATTTTAAGGCACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAATTATGTAGTAGTTTCTCAAAGTGTTTTTATGTATTTTAAGGCACA  350

seq1  TTCAGTCATAAATGTGTGGTGTATATACATATAAATATAAATGCTTATTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTCATAAATGTGTGGTGTATATACATATAAATATAAATGCTTATTT  400

seq1  CAATGCCACCAATGTCAAAATTAGATGATTTTGTTCACAAAGAAAAAATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGCCACCAATGTCAAAATTAGATGATTTTGTTCACAAAGAAAAAATA  450

seq1  GCAAGACAGAATCATTTCCCATGGATTAGTGGTTCAGTTTTTTGACTTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGACAGAATCATTTCCCATGGATTAGTGGTTCAGTTTTTTGACTTGG  500

seq1  GAAAACAAAATGTTGGTGGTTCTGTTGCCTGATGTGGTGAAGTCAGTGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAACAAAATGTTGGTGGTTCTGTTGCCTGATGTGGTGAAGTCAGTGAA  550

seq1  CTAAGATGTGGTTATAAAAGTTGTGAGCAACACATCTTTTTGTAAAGATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGATGTGGTTATAAAAGTTGTGAGCAACACATCTTTTTGTAAAGATT  600

seq1  GTCTCAGTTCAATTTTAATAAAGATCAGTGAGAATGATAGCATCATCCTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCAGTTCAATTTTAATAAAGATCAGTGAGAATGATAGCATCATCCTC  650

seq1  TTTATACATGACAGGCTTAACAGTCACAGAGGTTGAACACGTTGAACACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATACATGACAGGCTTAACAGTCACAGAGGTTGAACACGTTGAACACA  700

seq1  TCATAATGATCATAAGTAGGAGCAAATTCAAACTTGCCTGGCACTGCCAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAATGATCATAAGTAGGAGCAAATTCAAACTTGCCTGGCACTGCCAT  750

seq1  CTTAGGTCCTCAGCTTGGTAAGCACTTGATATGTTGTTGTTTTGGTGAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGGTCCTCAGCTTGGTAAGCACTTGATATGTTGTTGTTTTGGTGAAG  800

seq1  AGTGGGTTTAAGTCAGCTCATGATTAGGGTTACTATTTATTACAGAAAAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGGTTTAAGTCAGCTCATGATTAGGGTTACTATTTATTACAGAAAAG  850

seq1  AAATAAAGGCAAAACTTTGAAATATCCAGTTACACCCACAGTGGAGAGAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAAGGCAAAACTTTGAAATATCCAGTTACACCCACAGTGGAGAGAG  900

seq1  AGGGGGTGG-AGAGAT  915
      ||||||||| ||||||
seq2  AGGGGGTGGAAGAGAT  916


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |