BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-233E12
Chromosome5 (Build37)
Map Location 46,797,213 - 46,962,825
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG666103
Upstream geneQdpr, EG624224, Lap3, LOC100040762, Med28, 9630031F12Rik, 9630001P10Rik, 1600023N17Rik, Lcorl, LOC100041576
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-233E12.bB6Ng01-233E12.g
ACCGA045388GA045389
length1,1441,062
definitionB6Ng01-233E12.b B6Ng01-233E12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(46,961,661 - 46,962,825)(46,797,213 - 46,798,277)
sequence
gaattcctatgaatatttacaccaaaacctcttagatgaatgcattttta
gtattgtgctacttagattctaacctacaaaccacaatcaatcaatatca
cctgagctcttgttagaactacagtatctccttctagtccatagaatcac
tatgtcagtgattcctacagttgttagaattaagatacagtgctctggtc
cacaatgtattacagaattactaatgatgtgagcaccattgatgaccttc
agaaacccactgagctgctcagcacttcctgtgtaatgcggaataagaca
tgcttgcaggctcctcgctgagccattctcttccagtttgccccatgtgg
aaggttgaagatttattagtaatataaaatcctataagcttttgtaaaat
cttatgggatagcacacatgtcacctctgatcataaaatatcatcttatg
atcccaaattcaattctaacataggcattctccaggatctcaacataacc
ccattgtttcagagctggtgcaggaaaggagaaattgtatttgatgtttg
aatactgagagaaggcagggagtacataagaaagcttttcaaacccatta
gtccatatggttaacatactgtaatttcaggactatttgaaaccttagcc
aacttactggcaatggagaaagaacttgatatagaaactaatagcacctg
aatggagaaaattcatgacttttcagtattgccttaatatgtcccataat
caatgactttttcagaacaattattattccatcttgcagcaggcaaaaca
taagttctatatatgaatgtccagagtcactgataaataagtaataaagg
cctgaacgtgagtttccattatccctggttctattccttgcccctgggcc
actctgattttagcttagctctaagaaggaaacatacttgagtttcagcc
agacttctatgaaggcttatcataactatctgagtctgtttcccatgtat
ttaaaacatattttaatctgctagactgttatgaatcattgcatcaggtt
ataaaatgtactgatcattattgattatgtcattcaggcaaactagagat
tgattactataatgactagaccctctcttatgcgaatctatgca

gaattccgtgaatttagaatgcagcatagatatactatatagggcacagg
ctaatgattttgtagtaatactgcataaaacttacttacattgaaacctg
aaaatagctctgatttaattctaattacatgatttttagttaatacaagt
tgtggtacattaagcatttatttgtgcatcaggacacagcaatagagaac
aaattacagatatagttccaaagagcctattattttctatagaaaataac
tctaaacatgatgtctgcaagaatagagatcgtgagtgattattttaact
taatcatgataagctagcctctgttccaactagcatataaacatcccttc
atttaatactcattaacagctctgtgaatgactataattataaactcaat
ttacagtgaagaaattgaagttcaggaaggtgaggctcttgcctaagtct
acaaagccagaacatgagtcagagattagaacctaaatttgtttcacttt
aatctctaagtgtaaactcttaaaaatacacattaagagtgtaaactcta
aagcatacaatattaatgtggaagacacattaatgagatttcccctgctg
cctccaggggcagtgtggccctgccaaaacttcacttttagatttcaggc
ttttagaggaataggaaaacaaattgtcgctttttaaacccgcccatgtg
gtggtaatttattatggcagtcttgggaaattcatgaacgcagattgtca
gaaatagtaatagaagcttagtaatgaagactttcctacagcctgggttg
agaggaaatttgaggagttaggaacaaaatacaaggtgtaggaaatgtgg
ttctcaggggggatttttttaaagtgtgtgttattgagttgccaggtaga
aaatgaattattcactgtccagtccaataaaacttagtatataatgcaaa
gaactatgtcttctgttgagttatggcttcatttcacatatattaataac
agcatggctattgattttgagtacattctatagccagagattaatcttgc
cttgtttcatgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_46961661_46962825
seq2: B6Ng01-233E12.b_46_1189 (reverse)

seq1  TGCATAGATCTGCAATAAAGGAGAGGTTTTAGTCAAATTTATAGGTAAAA  50
      |||||||||  || ||||  |||||| | ||||||   ||||||    ||
seq2  TGCATAGATTCGC-ATAA--GAGAGGGTCTAGTCA---TTATAG---TAA  41

seq1  TCAATCTCTAGTTTTGGCTGAAATTGACATAATC-ATAATGATTTAAGTT  99
      ||||||||||| |||| |||||  |||||||||| |||||||  | || |
seq2  TCAATCTCTAG-TTTGCCTGAA--TGACATAATCAATAATGA--TCAG-T  85

seq1  ACATTTTAATAAACTTGATTCCAATGATTCATAACAGTCTAGCAGATTAG  149
      ||||||||   ||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  ACATTTTA--TAACCTGA-TGCAATGATTCATAACAGTCTAGCAGATTA-  131

seq1  ATATTGGTTTTAAATTACAATTGGGAAACAAGACTCAGATAGTTTATGAT  199
      | ||  |||||||| ||||  |||||||| |||||||||||| |||||| 
seq2  AAATATGTTTTAAA-TACA--TGGGAAAC-AGACTCAGATAG-TTATGA-  175

seq1  TAAGCCTTCATAGAAGTCTGGCTGAAACTCAAGTATGTTTCCTTCTTAGA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCCTTCATAGAAGTCTGGCTGAAACTCAAGTATGTTTCCTTCTTAGA  225

seq1  GCTAAGCTAAAATCAGAGTGG-CCAGGGGCAAGGAATAGAACCAGGGATA  298
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAGCTAAAATCAGAGTGGCCCAGGGGCAAGGAATAGAACCAGGGATA  275

seq1  ATGGAAACTCACGTTCAGG-CTTTATTACTTATTTATCAGTGACTCTGGA  347
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAAACTCACGTTCAGGCCTTTATTACTTATTTATCAGTGACTCTGGA  325

seq1  CATTCATATATAGAACTTATGTTTTGCCTGCTGCAAGATGGAATAATAAT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCATATATAGAACTTATGTTTTGCCTGCTGCAAGATGGAATAATAAT  375

seq1  TGTTCTG-AAAAGTCATTGATTATGGGACATATTAAGGCAATACTGAAAA  446
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTGAAAAAGTCATTGATTATGGGACATATTAAGGCAATACTGAAAA  425

seq1  GTCATGAATTTTCTCCATTCAGGTGCTATTAGTTTCTATATCAAGTTCTT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATGAATTTTCTCCATTCAGGTGCTATTAGTTTCTATATCAAGTTCTT  475

seq1  TCTCCATTGCCAGTAAGTTGGCTAAGGTTTCAAATAGTCCTGAAATTACA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCATTGCCAGTAAGTTGGCTAAGGTTTCAAATAGTCCTGAAATTACA  525

seq1  GTATGTTAACCATATGGACTAATGGGTTTGAAAAGCTTTCTTATGTACTC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGTTAACCATATGGACTAATGGGTTTGAAAAGCTTTCTTATGTACTC  575

seq1  CCTGCCTTCTCTCAGTATTCAAACATCAAATACAATTTCTCCTTTCCTGC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCCTTCTCTCAGTATTCAAACATCAAATACAATTTCTCCTTTCCTGC  625

seq1  ACCAGCTCTGAAACAATGGGGTTATGTTGAGATCCTGGAGAATGCCTATG  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGCTCTGAAACAATGGGGTTATGTTGAGATCCTGGAGAATGCCTATG  675

seq1  TTAGAATTGAATTTGGGATCATAAGATGATATTTTATGATCAGAGGTGAC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAATTGAATTTGGGATCATAAGATGATATTTTATGATCAGAGGTGAC  725

seq1  ATGTGTGCTATCCCATAAGATTTTACAAAAGCTTATAGGATTTTATATTA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTGCTATCCCATAAGATTTTACAAAAGCTTATAGGATTTTATATTA  775

seq1  CTAATAAATCTTCAACCTTCCACATGGGGCAAACTGGAAGAGAATGGCTC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATAAATCTTCAACCTTCCACATGGGGCAAACTGGAAGAGAATGGCTC  825

seq1  AGCGAGGAGCCTGCAAGCATGTCTTATTCCGCATTACACAGGAAGTGCTG  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGAGGAGCCTGCAAGCATGTCTTATTCCGCATTACACAGGAAGTGCTG  875

seq1  AGCAGCTCAGTGGGTTTCTGAAGGTCATCAATGGTGCTCACATCATTAGT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGCTCAGTGGGTTTCTGAAGGTCATCAATGGTGCTCACATCATTAGT  925

seq1  AATTCTGTAATACATTGTGGACCAGAGCACTGTATCTTAATTCTAACAAC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCTGTAATACATTGTGGACCAGAGCACTGTATCTTAATTCTAACAAC  975

seq1  TGTAGGAATCACTGACATAGTGATTCTATGGACTAGAAGGAGATACTGTA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGGAATCACTGACATAGTGATTCTATGGACTAGAAGGAGATACTGTA  1025

seq1  GTTCTAACAAGAGCTCAGGTGATATTGATTGATTGTGGTTTGTAGGTTAG  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTAACAAGAGCTCAGGTGATATTGATTGATTGTGGTTTGTAGGTTAG  1075

seq1  AATCTAAGTAGCACAATACTAAAAATGCATTCATCTAAGAGGTTTTGGTG  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTAAGTAGCACAATACTAAAAATGCATTCATCTAAGAGGTTTTGGTG  1125

seq1  TAAATATTCATAGGAATTC  1165
      |||||||||||||||||||
seq2  TAAATATTCATAGGAATTC  1144


seq1: chr5_46797213_46798277
seq2: B6Ng01-233E12.g_64_1125

seq1  GAATTCCGTGAATTTAGAATGCAGCATAGATATACTATATAGGGCACAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCGTGAATTTAGAATGCAGCATAGATATACTATATAGGGCACAGG  50

seq1  CTAATGATTTTGTAGTAATACTGCATAAAACTTACTTACATTGAAACCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATGATTTTGTAGTAATACTGCATAAAACTTACTTACATTGAAACCTG  100

seq1  AAAATAGCTCTGATTTAATTCTAATTACATGATTTTTAGTTAATACAAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAGCTCTGATTTAATTCTAATTACATGATTTTTAGTTAATACAAGT  150

seq1  TGTGGTACATTAAGCATTTATTTGTGCATCAGGACACAGCAATAGAGAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGTACATTAAGCATTTATTTGTGCATCAGGACACAGCAATAGAGAAC  200

seq1  AAATTACAGATATAGTTCCAAAGAGCCTATTATTTTCTATAGAAAATAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTACAGATATAGTTCCAAAGAGCCTATTATTTTCTATAGAAAATAAC  250

seq1  TCTAAACATGATGTCTGCAAGAATAGAGATCGTGAGTGATTATTTTAACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAACATGATGTCTGCAAGAATAGAGATCGTGAGTGATTATTTTAACT  300

seq1  TAATCATGATAAGCTAGCCTCTGTTCCAACTAGCATATAAACATCCCTTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCATGATAAGCTAGCCTCTGTTCCAACTAGCATATAAACATCCCTTC  350

seq1  ATTTAATACTCATTAACAGCTCTGTGAATGACTATAATTATAAACTCAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAATACTCATTAACAGCTCTGTGAATGACTATAATTATAAACTCAAT  400

seq1  TTACAGTGAAGAAATTGAAGTTCAGGAAGGTGAGGCTCTTGCCTAAGTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAGTGAAGAAATTGAAGTTCAGGAAGGTGAGGCTCTTGCCTAAGTCT  450

seq1  ACAAAGCCAGAACATGAGTCAGAGATTAGAACCTAAATTTGTTTCACTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGCCAGAACATGAGTCAGAGATTAGAACCTAAATTTGTTTCACTTT  500

seq1  AATCTCTAAGTGTAAACTCTTAAAAATACACATTAAGAGTGTAAACTCTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTCTAAGTGTAAACTCTTAAAAATACACATTAAGAGTGTAAACTCTA  550

seq1  AAGCATACAATATTAATGTGGAAGACACATTAATGAGATTTCCCCTGCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATACAATATTAATGTGGAAGACACATTAATGAGATTTCCCCTGCTG  600

seq1  CCTCCAGGGGCAGTGTGGCCCTGCCAAAACTTCACTTTTAGATTTCAGGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCAGGGGCAGTGTGGCCCTGCCAAAACTTCACTTTTAGATTTCAGGC  650

seq1  TTTTAGAGGAATAGGAAAACAAATTGTCGCTTTTTAAACCCGCCCATGTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAGAGGAATAGGAAAACAAATTGTCGCTTTTTAAACCCGCCCATGTG  700

seq1  GTGGTAATTTATTATGGCAGTCTTGGGAAATTCATGAACGCAGATTGTCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTAATTTATTATGGCAGTCTTGGGAAATTCATGAACGCAGATTGTCA  750

seq1  GAAATAGTAATAGAAGCTTAGTAATGAAGACTTTCCTACAGCCTGGGTTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATAGTAATAGAAGCTTAGTAATGAAGACTTTCCTACAGCCTGGGTTG  800

seq1  AGAGGAAATTTGAGGAGTTAGGAACAAAATACAAGGTGTAGGAAATGTGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGAAATTTGAGGAGTTAGGAACAAAATACAAGGTGTAGGAAATGTGG  850

seq1  TTCTCAGGGGGGATTTTTTTAAAGTGTGTGTTATTGAGTTGCCAGGTAGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCAGGGGGGATTTTTTTAAAGTGTGTGTTATTGAGTTGCCAGGTAGA  900

seq1  AAATGAA-TATTCACTGTCCAGTCCAATAAAACTTAGTATATAATGCAAA  949
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGAATTATTCACTGTCCAGTCCAATAAAACTTAGTATATAATGCAAA  950

seq1  GAACTATGTCTTTCTGTTGAGTTATGGCTTCATTTCACATATAATTTAAT  999
      |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||
seq2  GAACTATGTC-TTCTGTTGAGTTATGGCTTCATTTCACATATA--TTAAT  997

seq1  AACAGCATGGCTATTGATTTTTGAGTACATTCTATAG-CAGAGATTAATC  1048
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AACAGCATGGCTATTGA-TTTTGAGTACATTCTATAGCCAGAGATTAATC  1046

seq1  TTGCCTTTGTTTCATGT  1065
      ||||| |||||||||||
seq2  TTGCC-TTGTTTCATGT  1062


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |