BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-234B17
Chromosome5 (Build37)
Map Location 99,715,876 - 99,854,335
singlet/doubletdoublet
Overlap geneA930011G23Rik
Upstream gene1700007G11Rik, Bmp3, Prkg2, LOC100041680, Rasgef1b
Downstream geneLOC100040738, LOC666364, LOC100040763, LOC100040774, Hnrpd, 4930524J08Rik, Hnrpdl, Enoph1, BC062109, LOC666417, Sec31a
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-234B17.bB6Ng01-234B17.g
ACCGA045962GA045963
length1,1631,161
definitionB6Ng01-234B17.b B6Ng01-234B17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(99,715,876 - 99,717,045)(99,853,176 - 99,854,335)
sequence
gaattcttgataattattaacaacgatcaaggccttggtgatgtagcttt
agtaaatgagagactgggttcaggctctatgagagggagaagatggcagc
atgaggagagagaagccaaagaatgagaaggaagaagggatcaaactatc
aagcttaagctgaagttgaagaataaagaatcctaagaaccctcagggaa
ctgagcgaggacctgaagtagcagcttgcatctactactggctccgagtc
attattgaatcagcgctgttcccattcctgcctttctcaggaccctccac
ccactgaggcaggatcttggcactgaaaggacttgaatgtttcctggggg
tgtcaccctgctgtgggacagaataacttgtctctgtggtctttcatacg
tgtggtgatacagtctccctctccccagcactgccacactctgccagtgt
cttacaccatggagcaagcatccctccagagaaaataatcagcagacagt
aaacaatgaaacaaacaagtcagaccattaaaacagggagggtagatagc
attggggtggaaaaacaaactagattttaacaatgatgaccaccaccacc
actaccacaacaacaacaccaacaatagtgttacattcttctttctatgg
tttattccctttgaagcttatgttgcaatttgatgggctgttttgtgagg
tgaggactttaagaagtattaaggacatcaagtgggattcaaacatttct
cagggcaggtttttgtagggcaagagtagcccttgtgttctgactgatct
accctcattcatatacttgcccctctgctttctcccatggagtgaggcaa
aaggaagccttcgctaaaggcagggtgaatgctagcttaccaggttaatg
gtactgggaagtgggctcctgagaggtaattcaatttccatgaggtcaga
aggggaggtgactccagtgacttcattggtgctaagtagtggctgccaag
gacaagcacacttgcttgctctcatgtgacatctcctctattgtagctgc
aatacagcttatcacatgccacaccgcagtcctcagtgtccagactcaga
actgtgggttgaataacctgtttatgttctcacatcgacctcagatgcct
ctggttagcttcg
gaattccattgcaaatagaagacttcaaagagatgatatacatataatca
aatgctccagactgatattcttcaaagtctattctgtgcctgtctcttct
ggtatgtgtatacactcactcaatcacatccagtcagtcttcctcacaca
cactttcacatacaccaccccttcttctctgtcactagacagagaaataa
gctgtaaatccactataccttgggatatacctgtctctatgcctaaaggt
gtcatgtgcagaaaaagatatacttttgggttagttacacttgaatgtga
aacttgagaccaaaaagctctattcatgtcatgttgggagactgaaccac
aggacttttagctgtttatgaggtaattattttataccacaaagctattt
tgaccatgaactgactcatatgggtgtactaaatgaagtattagggacac
aaaatacatttagaaatgacacttggctgtgattatgtatgacatatagc
agggacatgggatgtgggaggggagagagaagctagtcgtccatgaaggc
ttggcatcatgtctggactttacagatttaaaataaggcttaaaagagaa
gccatcttcatactatgcacacatgtgcattcacactcctacccttgcac
catgaggtgaagagaggagacagcagctggggaagactggactgggtgta
agaccgtaaagcttttgagaactgtgaagtgagaatcaaactgttagaag
accaagtgtcactctgccctgatgtcccgttccacaccagcttatataga
aaaggttcaagtaacagttaagatttgattatctttttttaagccctggt
ccttactcctgtcttaactattgtgaatccaatattcataatgtcagatt
agaacatatattgtgccagagttactctaacttgcagatattgccctaaa
taactattttattttcctattgtgttccgacttcctgtttccaagaccag
gactttaccagacagaaaataatcatcacatattattttgtccatagaaa
aaattgttttccgtgaatgagtgcaactaatcagaattttatgctaaaat
atccttcccagtgtttttcaaacctactgaatttaattccttaaggacct
aatatccctta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_99715876_99717045
seq2: B6Ng01-234B17.b_42_1204

seq1  GAATTCTTGATAATTATTAACAACGATCAAGGCCTTGGTGATGTAGCTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGATAATTATTAACAACGATCAAGGCCTTGGTGATGTAGCTTT  50

seq1  AGTAAATGAGAGACTGGGTTCAGGCTCTATGAGAGGGAGAAGATGGCAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAATGAGAGACTGGGTTCAGGCTCTATGAGAGGGAGAAGATGGCAGC  100

seq1  ATGAGGAGAGAGAAGCCAAAGAATGAGAAGGAAGAAGGGATCAAACTATC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGGAGAGAGAAGCCAAAGAATGAGAAGGAAGAAGGGATCAAACTATC  150

seq1  AAGCTTAAGCTGAAGTTGAAGAATAAAGAATCCTAAGAACCCTCAGGGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTTAAGCTGAAGTTGAAGAATAAAGAATCCTAAGAACCCTCAGGGAA  200

seq1  CTGAGCGAGGACCTGAAGTAGCAGCTTGCATCTACTACTGGCTCCGAGTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGCGAGGACCTGAAGTAGCAGCTTGCATCTACTACTGGCTCCGAGTC  250

seq1  ATTATTGAATCAGCGCTGTTCCCATTCCTGCCTTTCTCAGGACCCTCCAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATTGAATCAGCGCTGTTCCCATTCCTGCCTTTCTCAGGACCCTCCAC  300

seq1  CCACTGAGGCAGGATCTTGGCACTGAAAGGACTTGAATGTTTCCTGGGGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTGAGGCAGGATCTTGGCACTGAAAGGACTTGAATGTTTCCTGGGGG  350

seq1  TGTCACCCTGCTGTGGGACAGAATAACTTGTCTCTGTGGTCTTTCATACG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCACCCTGCTGTGGGACAGAATAACTTGTCTCTGTGGTCTTTCATACG  400

seq1  TGTGGTGATACAGTCTCCCTCTCCCCAGCACTGCCACACTCTGCCAGTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGTGATACAGTCTCCCTCTCCCCAGCACTGCCACACTCTGCCAGTGT  450

seq1  CTTACACCATGGAGCAAGCATCCCTCCAGAGAAAATAATCAGCAGACAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACACCATGGAGCAAGCATCCCTCCAGAGAAAATAATCAGCAGACAGT  500

seq1  AAACAATGAAACAAACAAGTCAGACCATTAAAACAGGGAGGGTAGATAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAATGAAACAAACAAGTCAGACCATTAAAACAGGGAGGGTAGATAGC  550

seq1  ATTGGGGTGGAAAAACAAACTAGATTTTAACAATGATGACCACCACCACC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGGGTGGAAAAACAAACTAGATTTTAACAATGATGACCACCACCACC  600

seq1  ACTACCACAACAACAACACCAACAATAGTGTTACATTCTTCTTTCTATGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACCACAACAACAACACCAACAATAGTGTTACATTCTTCTTTCTATGG  650

seq1  TTTATTCCCTTTGAAGCTTATGTTGCAATTTGATGGGCTGTTTTGTGAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTCCCTTTGAAGCTTATGTTGCAATTTGATGGGCTGTTTTGTGAGG  700

seq1  TGAGGACTTTAAGAAGTATTAAGGACATCAAGTGGGATTCAAACATTTCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGACTTTAAGAAGTATTAAGGACATCAAGTGGGATTCAAACATTTCT  750

seq1  CAGGGCAGGTTTTTGTAGGGCAAGAGTAGCCCTTGTGTTCTGACTGATCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGCAGGTTTTTGTAGGGCAAGAGTAGCCCTTGTGTTCTGACTGATCT  800

seq1  ACCCTCATTCATATACTTGCCCCTCTGCTTTCTCCCATGGAGTGAGGCAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTCATTCATATACTTGCCCCTCTGCTTTCTCCCATGGAGTGAGGCAA  850

seq1  AAGGAAGCCTTCGCTAAAGGCAGGGTGAATGCTAGCTTACCAGGTTAATG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAGCCTTCGCTAAAGGCAGGGTGAATGCTAGCTTACCAGGTTAATG  900

seq1  GTACTGGGAAGTGGGCTCCTGAGAGGTAATTCAA-TTCCATGAGGTCAGA  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  GTACTGGGAAGTGGGCTCCTGAGAGGTAATTCAATTTCCATGAGGTCAGA  950

seq1  AGGGGAGGTGACTCCAGTGACTTCATTGGTGCTAAGTAGGTGGCTGCCAA  999
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  AGGGGAGGTGACTCCAGTGACTTCATTGGTGCTAAGTA-GTGGCTGCCAA  999

seq1  GGACAAGCACACTTGCTTGCTCTCATGTGACATCTCCTCCTATTGTAGGC  1049
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||
seq2  GGACAAGCACACTTGCTTGCTCTCATGTGACATCTCCT-CTATTGTA-GC  1047

seq1  TGC-ATACAGCCTTATCACATGCCACACCGCAGTCTTCAGTGTCCCAGAC  1098
      ||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||
seq2  TGCAATACAG-CTTATCACATGCCACACCGCAGTCCTCAGTGT-CCAGAC  1095

seq1  TCCAGAACTGTGGGTTGAATAAACTCCTTTATGTCTTCACCACCCACCCT  1148
      | |||||||||||||||||||| ||  |||||||  ||| || | | |||
seq2  T-CAGAACTGTGGGTTGAATAACCT-GTTTATGTTCTCA-CATCGA-CCT  1141

seq1  CAGATGCCCTCT-GTTAGCTTCG  1170
      |||||| ||||| ||||||||||
seq2  CAGATG-CCTCTGGTTAGCTTCG  1163

seq1: chr5_99853176_99854335
seq2: B6Ng01-234B17.g_64_1224 (reverse)

seq1  TAAGGGATATTA---------------AAACTCAGGATAGTTTTG-AAAA  34
      ||||||||||||               ||| ||||  ||| |||| ||||
seq2  TAAGGGATATTAGGTCCTTAAGGAATTAAATTCAG--TAGGTTTGAAAAA  48

seq1  CACTTGTGAAAGATATTTTAAGCATAAAATTCTGATTAATTTGCACTCAA  84
      ||| || ||| |||||||| ||||||||||||||||| | |||||||| |
seq2  CAC-TGGGAAGGATATTTT-AGCATAAAATTCTGATT-AGTTGCACTC-A  94

seq1  TTCACGGAAAACAATTTTTTCCTATGGGACAAAATATTATGTGATGATTA  134
      |||||||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||
seq2  TTCACGGAAAACAATTTTTT-CTAT-GGACAAAATAATATGTGATGATTA  142

seq1  TTTTCTGGTCTGGTTAAAGTTCCTGGTCTTGGAAACAGGAAGTCGGAAAC  184
      |||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TTTTCT-GTCTGG-TAAAG-TCCTGGTCTTGGAAACAGGAAGTCGG-AAC  188

seq1  ACAAATAGGAAAATAAAATAGTTAATTTAGGGCAATATCTGCAAGTTAGA  234
      || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AC-AATAGGAAAATAAAATAGTT-ATTTAGGGCAATATCTGCAAGTTAGA  236

seq1  GTAACTCTGGCACAATATATGTTCTAATCTTGACATTATGAATATTGGAT  284
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GTAACTCTGGCACAATATATGTTCTAATC-TGACATTATGAATATTGGAT  285

seq1  TCACAATAGTTAAGACAGGAGTAAGGACCAGGGCTTAAAAAAAGATAATC  334
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAATAGTTAAGACAGGAGTAAGGACCAGGGCTTAAAAAAAGATAATC  335

seq1  AAATCTTAACTGTTACTTGAACCTTTTCTATATAAGCTGGTGTGGAACGG  384
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTTAACTGTTACTTGAACCTTTTCTATATAAGCTGGTGTGGAACGG  385

seq1  GACATCAGGGCAGAGTGACACTTGGTCTTCTAACAGTTTGATTCTCACTT  434
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATCAGGGCAGAGTGACACTTGGTCTTCTAACAGTTTGATTCTCACTT  435

seq1  CACAGTTCTCAAAAGCTTTACGGTCTTACACCCAGTCCAGTCTTCCCCAG  484
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGTTCTCAAAAGCTTTACGGTCTTACACCCAGTCCAGTCTTCCCCAG  485

seq1  CTGCTGTCTCCTCTCTTCACCTCATGGTGCAAGGGTAGGAGTGTGAATGC  534
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGTCTCCTCTCTTCACCTCATGGTGCAAGGGTAGGAGTGTGAATGC  535

seq1  ACATGTGTGCATAGTATGAAGATGGCTTCTCTTTTAAGCCTTATTTTAAA  584
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGTGTGCATAGTATGAAGATGGCTTCTCTTTTAAGCCTTATTTTAAA  585

seq1  TCTGTAAAGTCCAGACATGATGCCAAGCCTTCATGGACGACTAGCTTCTC  634
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTAAAGTCCAGACATGATGCCAAGCCTTCATGGACGACTAGCTTCTC  635

seq1  TCTCCCCTCCCACATCCCATGTCCCTGCTATATGTCATACATAATCACAG  684
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCCCTCCCACATCCCATGTCCCTGCTATATGTCATACATAATCACAG  685

seq1  CCAAGTGTCATTTCTAAATGTATTTTGTGTCCCTAATACTTCATTTAGTA  734
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGTGTCATTTCTAAATGTATTTTGTGTCCCTAATACTTCATTTAGTA  735

seq1  CACCCATATGAGTCAGTTCATGGTCAAAATAGCTTTGTGGTATAAAATAA  784
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCATATGAGTCAGTTCATGGTCAAAATAGCTTTGTGGTATAAAATAA  785

seq1  TTACCTCATAAACAGCTAAAAGTCCTGTGGTTCAGTCTCCCAACATGACA  834
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCTCATAAACAGCTAAAAGTCCTGTGGTTCAGTCTCCCAACATGACA  835

seq1  TGAATAGAGCTTTTTGGTCTCAAGTTTCACATTCAAGTGTAACTAACCCA  884
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATAGAGCTTTTTGGTCTCAAGTTTCACATTCAAGTGTAACTAACCCA  885

seq1  AAAGTATATCTTTTTCTGCACATGACACCTTTAGGCATAGAGACAGGTAT  934
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTATATCTTTTTCTGCACATGACACCTTTAGGCATAGAGACAGGTAT  935

seq1  ATCCCAAGGTATAGTGGATTTACAGCTTATTTCTCTGTCTAGTGACAGAG  984
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCAAGGTATAGTGGATTTACAGCTTATTTCTCTGTCTAGTGACAGAG  985

seq1  AAGAAGGGGTGGTGTATGTGAAAGTGTGTGTGAGGAAGACTGACTGGATG  1034
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGGGGTGGTGTATGTGAAAGTGTGTGTGAGGAAGACTGACTGGATG  1035

seq1  TGATTGAGTGAGTGTATACACATACCAGAAGAGACAGGCACAGAATAGAC  1084
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTGAGTGAGTGTATACACATACCAGAAGAGACAGGCACAGAATAGAC  1085

seq1  TTTGAAGAATATCAGTCTGGAGCATTTGATTATATGTATATCATCTCTTT  1134
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAAGAATATCAGTCTGGAGCATTTGATTATATGTATATCATCTCTTT  1135

seq1  GAAGTCTTCTATTTGCAATGGAATTC  1160
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTCTTCTATTTGCAATGGAATTC  1161