BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-234B24
Chromosome5 (Build37)
Map Location 36,218,713 - 36,368,103
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAblim2, Afap1, LOC100040209, Sorcs2
Upstream geneHdh, A930005I04Rik, Rgs12, Hgfac, Dok7, Lrpap1, Adra2c, Hmx1, Cpz, Plk-ps1, 2310079F23Rik, Acox3, Htra3, Sh3tc1
Downstream gene2310020A21Rik, Grpel1, Ccdc96, Tbc1d14, D5Ertd579e, LOC100040278, LOC100040825, Cno, Mrfap1, Man2b2, Ppp2r2c, Wfs1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-234B24.bB6Ng01-234B24.g
ACCGA045974GA045975
length7701,132
definitionB6Ng01-234B24.b B6Ng01-234B24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(36,218,713 - 36,219,481)(36,366,975 - 36,368,103)
sequence
gaattcacatgactgaagggtcccttcaggtatgtctggatcaaggacta
agcagtatttcacaaacccagtggctgagtttcctctatactggctctag
ggagacaccttctcctgtcctgagctcaaggtttttgggggagaaaacca
tctctcttgtctgcctttgtacaacccacagtgagcctctgggtagtcat
tacccaacccctacctctaaaccaaccagttctacccagggcaatcaatg
ttctgagcagccggctttaccaggaggtaagtcggctgctggcactgcct
gagctagagagacccaggtcgttcctggaagaaactgagacctgccacct
gagatggcaagagaactgctaggcaatgggcaggtggcaagtgtccacct
agggaggggcagggaggggacagtacagcagagcaaagcccagcaagatc
acaaacaagtagttactcagtgcagccagtccacatggcacgtatcggtg
gcaccagctgaagatccacatagccaaagctatgatgcttgaaggatgtt
agcagaatgcttggagctcactgcaaacgaggaaaggccagtggagcatt
cttgtgtgtttcgatgtgtgtatcatttgcgggaagggccagaagctgga
ctctctcagaagctgtgagactggcaggtggggggtggggggctggaggc
cactcagagttaaggactctacctgtagtctaaagagtctgggccccaga
gtccctttgcctgagtgtca
gaattctagcacgtcctccatgaggctccttgaccaggagcaccttggga
actgtcgtcagagaggtccccagatgctgagtgctgagtagcctgtggga
caatggtagcttgctaggcactaggctgactgcctggtgttagtgtgtag
gaatatgttcagtgtgagcccataacaagtgtccagatggaggcaaagcc
ttctctcctccaaatgctggaattctgtgcctggcatagcttctggctct
gccccagtggatgtagctaaagtcggaatcccagagacatagccacatgg
aaatgagtgtcagagggcctcataatgggccctggacagtgactgatagg
tggtaagatacagatggtgacgggctctgatgtgtgtcatgagcctcacc
tactggccatgttatggggaatcttttgaggagggcattgtgcttgccac
ccccacccccaactcccctcataggtaggatgccctgccctgtctcatct
ttgtgagctcccacttcctagaagcttcactgaccagggtgggggacttg
tggagcactccaggtcttccagctgacacactgagactcttctctctgtt
ctgcgctggaatgagagcttgctgatggcagggcttccggcaccatcagt
ggctcctagtgaacctggctggtgggctttcatgccattccctgataagg
acactgagcatcagccagcatcccttcccagccccgagggactccagtgg
tccaggcctcagagctttcctgcctcctttgctttcagagactggcagcc
gtgcagcaggcgctgaactctcatagaatcagcttcatccttcgaggagg
gcttcgtatcctggtggagctgagggacacagacacaggtgacagactcg
ggcttagctcctccctggagcagggtgggcatgggcccaggcctgcggat
gctaaagtgactgtaggatttgaatgggcttttatctagctgccagtgac
ccttctggctgggacatctctggctagatgcacccaccctgcacagccag
ctctggtcctcacaatcctggctggatctgtggtgagcagcctccacatc
atcaggaaacctgccgtgaattccattcaaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_36218713_36219481
seq2: B6Ng01-234B24.b_42_811

seq1  GAATTCACATGACTGAAGGGTCCCTTCAGGTATGTCTGGATCAAGGACTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACATGACTGAAGGGTCCCTTCAGGTATGTCTGGATCAAGGACTA  50

seq1  AGCAGTATTTCACAAACCCAGTGGCTGAGTTTCCTCTATACTGGCTCTAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGTATTTCACAAACCCAGTGGCTGAGTTTCCTCTATACTGGCTCTAG  100

seq1  GGAGACACCTTCTCCTGTCCTGAGCTCAAGGTTTTTGGGGGAGAAAACCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGACACCTTCTCCTGTCCTGAGCTCAAGGTTTTTGGGGGAGAAAACCA  150

seq1  TCTCTCTTGTCTGCCTTTGTACAACCCACAGTGAGCCTCTGGGTAGTCAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTTGTCTGCCTTTGTACAACCCACAGTGAGCCTCTGGGTAGTCAT  200

seq1  TACCCAACCCCTACCTCTAAACCAACCAGTTCTACCCAGGGCAATCAATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCAACCCCTACCTCTAAACCAACCAGTTCTACCCAGGGCAATCAATG  250

seq1  TTCTGAGCAGCCGGCTTTACCAGGAGGTAAGTCGGCTGCTGGCACTGCCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGAGCAGCCGGCTTTACCAGGAGGTAAGTCGGCTGCTGGCACTGCCT  300

seq1  GAGCTAGAGAGACCCAGGTCGTTCCTGGAAGAAACTGAGACCTGCCACCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTAGAGAGACCCAGGTCGTTCCTGGAAGAAACTGAGACCTGCCACCT  350

seq1  GAGATGGCAAGAGAACTGCTAGGCAATGGGCAGGTGGCAAGTGTCCACCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATGGCAAGAGAACTGCTAGGCAATGGGCAGGTGGCAAGTGTCCACCT  400

seq1  AGGGAGGGGCAGGGAGGGGACAGTACAGCAGAGCAAAGCCCAGCAAGATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGGGGCAGGGAGGGGACAGTACAGCAGAGCAAAGCCCAGCAAGATC  450

seq1  ACAAACAAGTAGTTACTCAGTGCAGCCAGTCCACATGGCACGTATCGGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAACAAGTAGTTACTCAGTGCAGCCAGTCCACATGGCACGTATCGGTG  500

seq1  GCACCAGCTGAAGATCCACATAGCCAAAGCTATGATGCTTGAAGGATGTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCAGCTGAAGATCCACATAGCCAAAGCTATGATGCTTGAAGGATGTT  550

seq1  AGCAGAATGCTTGGAGCTCACTGCAAACGAGGAAAGGCCAGTGGAGCATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGAATGCTTGGAGCTCACTGCAAACGAGGAAAGGCCAGTGGAGCATT  600

seq1  CTTGTGTGTTTCGATGTGTGTATCATTTGCGGGAAGGGCCAGAAGCTGGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTGTGTTTCGATGTGTGTATCATTTGCGGGAAGGGCCAGAAGCTGGA  650

seq1  CTCTCTCAGAAGCTGTGAGACTGGCAGGTGGGGGGTGGGGGGCTGGAGGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTCAGAAGCTGTGAGACTGGCAGGTGGGGGGTGGGGGGCTGGAGGC  700

seq1  CACTCAGAGTT-AGGACTCTACCTGTAGTCTAAAGAGCCTGGGCCCCAGG  749
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
seq2  CACTCAGAGTTAAGGACTCTACCTGTAGTCTAAAGAGTCTGGGCCCCA-G  749

seq1  AGT-CCTTTGCCTGAGTGTCA  769
      ||| |||||||||||||||||
seq2  AGTCCCTTTGCCTGAGTGTCA  770

seq1: chr5_36366975_36368103
seq2: B6Ng01-234B24.g_64_1195 (reverse)

seq1  TTTTGAAT-GAAT---CAGCAGG-TTCCTGATGGTTGTGGAAGCTGCTTC  45
      |||||||| ||||   | ||||| |||||||| | |||||| ||||| ||
seq2  TTTTGAATGGAATTCACGGCAGGTTTCCTGAT-GATGTGGAGGCTGC-TC  48

seq1  CACACAGATCAAGCCA-GATGGTGAGGCCCAGAGCTGGCTGTGCAGGGGT  94
        |||||||| ||||| ||| |||||| ||||||||||||||||| ||||
seq2  ACCACAGATCCAGCCAGGATTGTGAGGACCAGAGCTGGCTGTGCA-GGGT  97

seq1  GGGTGCATCTAGCCAGAGATGTCCCAGCCAGAAGGGTCACTGGCAGCTAG  144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGCATCTAGCCAGAGATGTCCCAGCCAGAAGGGTCACTGGCAGCTAG  147

seq1  ATAAAAGCCCATTCAAATCCTACAGTCACTTTTAGCATCCGCAGGCCTGG  194
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAAGCCCATTCAAATCCTACAGTCAC-TTTAGCATCCGCAGGCCTGG  196

seq1  GCCCATGCCCACCCTGCTCCAGGGAGGAGCTAAG-CCGGGTCTGTCACCT  243
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||
seq2  GCCCATGCCCACCCTGCTCCAGGGAGGAGCTAAGCCCGAGTCTGTCACCT  246

seq1  GTGTCTGTGTCCCTCAGCTCCACCAGGATACGAAGCCCTCCTCGAAGGAT  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCTGTGTCCCTCAGCTCCACCAGGATACGAAGCCCTCCTCGAAGGAT  296

seq1  GAAGCTGATTCTATGAGAGTTCAGCGCCTGCTGCACGGCTGCCAGTCTCT  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCTGATTCTATGAGAGTTCAGCGCCTGCTGCACGGCTGCCAGTCTCT  346

seq1  GAAAGCAAAGGAGGCAGGAAAGCTCTGAGGCCTGGACCACTGGAGTCCCT  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGCAAAGGAGGCAGGAAAGCTCTGAGGCCTGGACCACTGGAGTCCCT  396

seq1  CGGGGCTGGGAAGGGATGCTGGCTGATGCTCAGTGTCCTTATCAGGGAAT  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGGCTGGGAAGGGATGCTGGCTGATGCTCAGTGTCCTTATCAGGGAAT  446

seq1  GGCATGAAAGCCCACCAGCCAGGTTCACTAGGAGCCACTGATGGTGCCGG  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATGAAAGCCCACCAGCCAGGTTCACTAGGAGCCACTGATGGTGCCGG  496

seq1  AAGCCCTGCCATCAGCAAGCTCTCATTCCAGCGCAGAACAGAGAGAAGAG  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCCTGCCATCAGCAAGCTCTCATTCCAGCGCAGAACAGAGAGAAGAG  546

seq1  TCTCAGTGTGTCAGCTGGAAGACCTGGAGTGCTCCACAAGTCCCCCACCC  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGTGTGTCAGCTGGAAGACCTGGAGTGCTCCACAAGTCCCCCACCC  596

seq1  TGGTCAGTGAAGCTTCTAGGAAGTGGGAGCTCACAAAGATGAGACAGGGC  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCAGTGAAGCTTCTAGGAAGTGGGAGCTCACAAAGATGAGACAGGGC  646

seq1  AGGGCATCCTACCTATGAGGGGAGTTGGGGGTGGGGGTGGCAAGCACAAT  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCATCCTACCTATGAGGGGAGTTGGGGGTGGGGGTGGCAAGCACAAT  696

seq1  GCCCTCCTCAAAAGATTCCCCATAACATGGCCAGTAGGTGAGGCTCATGA  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTCCTCAAAAGATTCCCCATAACATGGCCAGTAGGTGAGGCTCATGA  746

seq1  CACACATCAGAGCCCGTCACCATCTGTATCTTACCACCTATCAGTCACTG  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACATCAGAGCCCGTCACCATCTGTATCTTACCACCTATCAGTCACTG  796

seq1  TCCAGGGCCCATTATGAGGCCCTCTGACACTCATTTCCATGTGGCTATGT  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGGGCCCATTATGAGGCCCTCTGACACTCATTTCCATGTGGCTATGT  846

seq1  CTCTGGGATTCCGACTTTAGCTACATCCACTGGGGCAGAGCCAGAAGCTA  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGGATTCCGACTTTAGCTACATCCACTGGGGCAGAGCCAGAAGCTA  896

seq1  TGCCAGGCACAGAATTCCAGCATTTGGAGGAGAGAAGGCTTTGCCTCCAT  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAGGCACAGAATTCCAGCATTTGGAGGAGAGAAGGCTTTGCCTCCAT  946

seq1  CTGGACACTTGTTATGGGCTCACACTGAACATATTCCTACACACTAACAC  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGACACTTGTTATGGGCTCACACTGAACATATTCCTACACACTAACAC  996

seq1  CAGGCAGTCAGCCTAGTGCCTAGCAAGCTACCATTGTCCCACAGGCTACT  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCAGTCAGCCTAGTGCCTAGCAAGCTACCATTGTCCCACAGGCTACT  1046

seq1  CAGCACTCAGCATCTGGGGACCTCTCTGACGACAGTTCCCAAGGTGCTCC  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCACTCAGCATCTGGGGACCTCTCTGACGACAGTTCCCAAGGTGCTCC  1096

seq1  TGGTCAAGGAGCCTCATGGAGGACGTGCTAGAATTC  1129
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCAAGGAGCCTCATGGAGGACGTGCTAGAATTC  1132