BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-236E21
Chromosome5 (Build37)
Map Location 19,683,561 - 19,867,925
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMagi2
Upstream gene4921504A21Rik
Downstream geneLOC100041850, Phtf2, LOC622367, Tmem60, Rsbn1l, Ptpn12, EG626903, A530088I07Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-236E21.bB6Ng01-236E21.g
ACCGA047556GA047557
length1,125586
definitionB6Ng01-236E21.b B6Ng01-236E21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(19,866,804 - 19,867,925)(19,683,561 - 19,684,146)
sequence
gaattcactgctcactgccaccactgtcattaacagcatcagagaaccaa
tagatttcttgggcatagatttacaaagatctataaagataactttgttt
ttctcaattttatttttgatattataatttaattacatttctgtcttccc
tttcctcctataccccctcccatatgccctgccctactctccttcaattc
atggcctcttacttcacttattatttttgcatgtgtatatatatgttctt
aaatataacctgcttagtctgtagaatgttacttgcacatacatcttcag
ggcttaccatttggtaacagtattaactaaatccaaacaattttaaagat
gattccttaaaatgctccattcatactatcactgtaattatgaatgatat
gttaacataggactgtgtatttgtgtacacgcgaatgtgcactcatgtgt
gcctgtgatggtgtagactgaacctagaaccttgagtgtgccaagaaagc
actctactactgggcagagtctcaaaatgatattttctattttttaaaaa
tatctactctagagaatttgataatttaacttagactagaagtctattgc
ttttctgtataaaataatacaaaaaagtagacaactgcccccccaccccc
aaacaatgatagtgtatggattccaagctccacatgacctctgcttgtat
atctgcttggtgagtttcagagtcaatatacatctgtgccaatggcagca
tagtagggatgatacacaggttaaaaactcatgtaaaaggacatagtcca
aagaaaatatgtcacaattctctttactgtgatgggagacatttcttacg
tcaggtagcatgagtacatacacatgtatatacacacatacacactacat
acataatatatacatacatgcatatacacacatacatacacacatactaa
cttgaggtatttaaaatgtgctggcgagttttcagaagatcttgttctga
gaaatatttgggataatgttctactaatgctatctgtatgtttgaatcac
aatgcttgtggtgtttccaatttctgcttggcagagtcacaatatccagt
tacctaatatggtccctgttctgga

gaattctctgttcttgggctatttgtgagagtcagcaatatgagttataa
agagcatctattagtgctgttttctaaacacaaagacaggtcctgcttag
aagggggatcaacataaccatgagaagaaatgaggagacaaaatttgtag
cagaaactgaaggaaagaacatcggtgactgccccacctggggatccatc
ccatatacagttaccaaacccagacactatattggatgccaacaagtgct
tgttgacaggagcctaatatagctatctcctgagagtctctgccagtgtc
tgacaaatgcagaagtggatgctcatagccatccattggactgagcacag
ggtccccaatggaggagctagagaaagggccaaaggagctgaaaggttgt
gcagccccataggaggaacaacaatatgaaccaaccagtacccccagagc
tcccagggactaaaacattaaccaaagagtacacatggagagactcaaga
ctccagccatgtatgtagcagaggatggccttgtgggacatcagtgagag
gaagaggcccttggtcttgtgaagactctatacctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_19866804_19867925
seq2: B6Ng01-236E21.b_46_1170 (reverse)

seq1  TCCAG-ACAGGGACCATTATTA-GTTACTGGATA-TGTGACTCTGCCAAG  47
      ||||| |||||||||| ||||| || |||||||| |||||||||||||||
seq2  TCCAGAACAGGGACCA-TATTAGGTAACTGGATATTGTGACTCTGCCAAG  49

seq1  CAGAAAATTGAAACA-CACAAGCA-TGTGATCCAAACATACAGATAGCAT  95
      |||||| | |||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||
seq2  CAGAAATTGGAAACACCACAAGCATTGTGATTCAAACATACAGATAGCAT  99

seq1  TAAGTAGAACATTAT-CCAAATATTTCTCAGAACAAGATCTTCTGAAAAA  144
      | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  T-AGTAGAACATTATCCCAAATATTTCTCAGAACAAGATCTTCTG-AAAA  147

seq1  CTCGCCAGCACATTTTAAATACCTCAAGTTAGTATGTGTGTATGTATGTG  194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGCCAGCACATTTTAAATACCTCAAGTTAGTATGTGTGTATGTATGTG  197

seq1  TGTATATGCATGTATGTATATATTATGTATGTAGTGTGTATGTGTGTATA  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATATGCATGTATGTATATATTATGTATGTAGTGTGTATGTGTGTATA  247

seq1  TACATGTGTATGTACTCATGCTACCTGACGTAAGAAATGTCTCCCATCAC  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATGTGTATGTACTCATGCTACCTGACGTAAGAAATGTCTCCCATCAC  297

seq1  AGTAAAGAGAATTGTGACATATTTTCTTTGGACTATGTCCTTTTACATGA  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAAGAGAATTGTGACATATTTTCTTTGGACTATGTCCTTTTACATGA  347

seq1  GTTTTTAACCTGTGTATCATCCCTACTATGCTGCCATTGGCACAGATGTA  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTTAACCTGTGTATCATCCCTACTATGCTGCCATTGGCACAGATGTA  397

seq1  TATTGACTCTGAAACTCACCAAGCAGATATACAAGCAGAGGTCATGTGGA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGACTCTGAAACTCACCAAGCAGATATACAAGCAGAGGTCATGTGGA  447

seq1  GCTTGGAATCCATACACTATCATTGTTTGGGGGTGGGGGGGCAGTTGTCT  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGGAATCCATACACTATCATTGTTTGGGGGTGGGGGGGCAGTTGTCT  497

seq1  ACTTTTTTGTATTATTTTATACAGAAAAGCAATAGACTTCTAGTCTAAGT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTTTTGTATTATTTTATACAGAAAAGCAATAGACTTCTAGTCTAAGT  547

seq1  TAAATTATCAAATTCTCTAGAGTAGATATTTTTAAAAAATAGAAAATATC  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTATCAAATTCTCTAGAGTAGATATTTTTAAAAAATAGAAAATATC  597

seq1  ATTTTGAGACTCTGCCCAGTAGTAGAGTGCTTTCTTGGCACACTCAAGGT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGAGACTCTGCCCAGTAGTAGAGTGCTTTCTTGGCACACTCAAGGT  647

seq1  TCTAGGTTCAGTCTACACCATCACAGGCACACATGAGTGCACATTCGCGT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGGTTCAGTCTACACCATCACAGGCACACATGAGTGCACATTCGCGT  697

seq1  GTACACAAATACACAGTCCTATGTTAACATATCATTCATAATTACAGTGA  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACACAAATACACAGTCCTATGTTAACATATCATTCATAATTACAGTGA  747

seq1  TAGTATGAATGGAGCATTTTAAGGAATCATCTTTAAAATTGTTTGGATTT  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTATGAATGGAGCATTTTAAGGAATCATCTTTAAAATTGTTTGGATTT  797

seq1  AGTTAATACTGTTACCAAATGGTAAGCCCTGAAGATGTATGTGCAAGTAA  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAATACTGTTACCAAATGGTAAGCCCTGAAGATGTATGTGCAAGTAA  847

seq1  CATTCTACAGACTAAGCAGGTTATATTTAAGAACATATATATACACATGC  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCTACAGACTAAGCAGGTTATATTTAAGAACATATATATACACATGC  897

seq1  AAAAATAATAAGTGAAGTAAGAGGCCATGAATTGAAGGAGAGTAGGGCAG  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATAATAAGTGAAGTAAGAGGCCATGAATTGAAGGAGAGTAGGGCAG  947

seq1  GGCATATGGGAGGGGGTATAGGAGGAAAGGGAAGACAGAAATGTAATTAA  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATATGGGAGGGGGTATAGGAGGAAAGGGAAGACAGAAATGTAATTAA  997

seq1  ATTATAATATCAAAAATAAAATTGAGAAAAACAAAGTTATCTTTATAGAT  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATAATATCAAAAATAAAATTGAGAAAAACAAAGTTATCTTTATAGAT  1047

seq1  CTTTGTAAATCTATGCCCAAGAAATCTATTGGTTCTCTGATGCTGTTAAT  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTAAATCTATGCCCAAGAAATCTATTGGTTCTCTGATGCTGTTAAT  1097

seq1  GACAGTGGTGGCAGTGAGCAGTGAATTC  1122
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGTGGTGGCAGTGAGCAGTGAATTC  1125


seq1: chr5_19683561_19684146
seq2: B6Ng01-236E21.g_65_650

seq1  GAATTCTCTGTTCTTGGGCTATTTGTGAGAGTCAGCAATATGAGTTATAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTGTTCTTGGGCTATTTGTGAGAGTCAGCAATATGAGTTATAA  50

seq1  AGAGCATCTATTAGTGCTGTTTTCTAAACACAAAGACAGGTCCTGCTTAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCATCTATTAGTGCTGTTTTCTAAACACAAAGACAGGTCCTGCTTAG  100

seq1  AAGGGGGATCAACATAACCATGAGAAGAAATGAGGAGACAAAATTTGTAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGGGATCAACATAACCATGAGAAGAAATGAGGAGACAAAATTTGTAG  150

seq1  CAGAAACTGAAGGAAAGAACATCGGTGACTGCCCCACCTGGGGATCCATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAACTGAAGGAAAGAACATCGGTGACTGCCCCACCTGGGGATCCATC  200

seq1  CCATATACAGTTACCAAACCCAGACACTATATTGGATGCCAACAAGTGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATATACAGTTACCAAACCCAGACACTATATTGGATGCCAACAAGTGCT  250

seq1  TGTTGACAGGAGCCTAATATAGCTATCTCCTGAGAGTCTCTGCCAGTGTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGACAGGAGCCTAATATAGCTATCTCCTGAGAGTCTCTGCCAGTGTC  300

seq1  TGACAAATGCAGAAGTGGATGCTCATAGCCATCCATTGGACTGAGCACAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAAATGCAGAAGTGGATGCTCATAGCCATCCATTGGACTGAGCACAG  350

seq1  GGTCCCCAATGGAGGAGCTAGAGAAAGGGCCAAAGGAGCTGAAAGGTTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCCCAATGGAGGAGCTAGAGAAAGGGCCAAAGGAGCTGAAAGGTTGT  400

seq1  GCAGCCCCATAGGAGGAACAACAATATGAACCAACCAGTACCCCCAGAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCCCCATAGGAGGAACAACAATATGAACCAACCAGTACCCCCAGAGC  450

seq1  TCCCAGGGACTAAAACATTAACCAAAGAGTACACATGGAGAGACTCAAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGGGACTAAAACATTAACCAAAGAGTACACATGGAGAGACTCAAGA  500

seq1  CTCCAGCCATGTATGTAGCAGAGGATGGCCTTGTGGGACATCAGTGAGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAGCCATGTATGTAGCAGAGGATGGCCTTGTGGGACATCAGTGAGAG  550

seq1  GAAGAGGCCCTTGGTCTTGTGAAGACTCTATACCTC  586
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGGCCCTTGGTCTTGTGAAGACTCTATACCTC  586


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |