BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-236L23
Chromosome5 (Build37)
Map Location 14,760,635 - 14,891,305
singlet/doubletdoublet
Overlap genePclo
Upstream geneLOC208055, LOC626053, Speer3, EG626067, LOC668085, LOC384149, LOC384148, Sema3e, LOC100042957
Downstream geneENSMUSG00000033219, LOC624245, Speer8-ps1, Speer4c, Speer4d, 4930572O03Rik, Speer7-ps1, 4930519H02Rik, LOC100041781, Cacna2d1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-236L23.bB6Ng01-236L23.g
ACCGA047890GA047891
length1,1521,081
definitionB6Ng01-236L23.b B6Ng01-236L23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(14,760,635 - 14,761,790)(14,890,236 - 14,891,305)
sequence
gaattcaaatccacttaaaatgagatagtgtcattatgcataatacatca
tttcctatggatcaatcaaattatactaacatgccaattatcttcggatt
tattcagtaaggttctgattttatcttattctgataatacacagtatgct
aagacagtagattataataataaattgacattggcatatgtatcaatcct
tccagaaagtactagacttgtaatggtgaattgttttagtgatcattgta
aactaaaagaaaagtctcaagtttgggacacacatcatagaaattttatt
cccttatcttctctgtttttgaaagcatggatttgcaatattggtactaa
agtacacacacacacacaaaaattgcttacattaattggtgttttctgtc
ctagattcagtaaaaacattatccatttaggaatcatatattctagaaca
ctgaaaatactccacaatactgaggatgccctttcaaagccagagcactt
cctccagggtaggggacttcctttctgtgccctgctgtttataagacagg
ttctgtgttcaatggcagtcatggaacctaaggacatcttgtagcaattt
tactttgaggcaatgtcatccctcatggaattacttacccaggcaaacgg
aataagagttgtttaatactttggaaaacatgacacaccattccttcact
aaaactgattctctactataatttcataaatgtttcctgtatgctttact
ttccatcagataacaggatggcatcccagcaactctgaataatatcacca
ttcttagacttagatattgcttaacactatatggttatttactgtatgca
aatagaatcttcagcagtctcctggtgttaagcaaatcatttaagctatt
atgcatctctctcttttttatatataacagattaagctagagcatccttg
ctttatcacactagtctagaaattttaaggtacctactattggatttcat
tatggcatttgcatatctatgtatcattacattcttattcaaatcatccc
ctcgaccacattgccctccctagtgcatttttatgggccccttgctccca
aactcctcttccattgatatgtcacatgtatcatgacccccttcatttcc
at
gaattcataactaaggtcagagcaacccactgggctcatgagcagacttg
gcctaaactgtatgccttctatgacgcaggcccaattctgaaactacaca
agtttcaaccaggagactaggtttgtggagagattttgctgggacatgct
ggagcacaggtggaagggacccttcaccatcctgctgatcatgccaactg
tcattaaagtggacaggatcaccgctgggtccactacactcacatgagac
cagctaatcccctctccccagaggaagattgccagacttcactgctgctg
ctggaatggaaagttcaaagggacaccaattctttcaagctaaaattaac
ctggtcttatgcttactatttctgctaactgtgtgtcctgctgcccctaa
ccccacctcactatagggcccaatcaggctctggcaaactccaaaactgc
acgggggaaaaaagctgtaccaataccactccccagactaacaacaactg
ttcctcccagggatcttcagttcctcaatttttcctgaagtgcacagaac
ccatagacccactctggtcaatgacgtgaaaagctttccaaattctgaat
gtctcccagtcagaactaaccacctcttgttggttgtgttatattgctag
atctccttttatgaaggcattggattaatatccaggtacaatgagtctga
ggacactgcatgtaggtggtcccaggaaggcccagccttaactctgcaga
ccataccaggacaaggcatggaaaagtttcccagtcacatcaacacctct
gcaatcactttttgggccatgagagaagggcaatgaagtgctcccagaca
gctgtggtgcagttcgtaaaaacaggctagttcctgatagcacccaggtc
agaggagtccccctcccagctgtatgattctgcacctctgtcctggacaa
atagtatttgagttgagatctggcttccctttgttcacctccccatcaca
taccccaagcctgaaggatcccttgtttaatgtgccatatgttgtaataa
aatcctcccagcctccttatacatgagcatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_14760635_14761790
seq2: B6Ng01-236L23.b_49_1200

seq1  GAATTCAAATCCACTTAAAATGAGATAGTGTCATTATGCATAATACATCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAATCCACTTAAAATGAGATAGTGTCATTATGCATAATACATCA  50

seq1  TTTCCTATGGATCAATCAAATTATACTAACATGCCAATTATCTTCGGATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTATGGATCAATCAAATTATACTAACATGCCAATTATCTTCGGATT  100

seq1  TATTCAGTAAGGTTCTGATTTTATCTTATTCTGATAATACACAGTATGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCAGTAAGGTTCTGATTTTATCTTATTCTGATAATACACAGTATGCT  150

seq1  AAGACAGTAGATTATAATAATAAATTGACATTGGCATATGTATCAATCCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACAGTAGATTATAATAATAAATTGACATTGGCATATGTATCAATCCT  200

seq1  TCCAGAAAGTACTAGACTTGTAATGGTGAATTGTTTTAGTGATCATTGTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGAAAGTACTAGACTTGTAATGGTGAATTGTTTTAGTGATCATTGTA  250

seq1  AACTAAAAGAAAAGTCTCAAGTTTGGGACACACATCATAGAAATTTTATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAAAAGAAAAGTCTCAAGTTTGGGACACACATCATAGAAATTTTATT  300

seq1  CCCTTATCTTCTCTGTTTTTGAAAGCATGGATTTGCAATATTGGTACTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTATCTTCTCTGTTTTTGAAAGCATGGATTTGCAATATTGGTACTAA  350

seq1  AGTACACACACACACACAAAAATTGCTTACATTAATTGGTGTTTTCTGTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACACACACACACACAAAAATTGCTTACATTAATTGGTGTTTTCTGTC  400

seq1  CTAGATTCAGTAAAAACATTATCCATTTAGGAATCATATATTCTAGAACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGATTCAGTAAAAACATTATCCATTTAGGAATCATATATTCTAGAACA  450

seq1  CTGAAAATACTCCACAATACTGAGGATGCCCTTTCAAAGCCAGAGCACTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAAATACTCCACAATACTGAGGATGCCCTTTCAAAGCCAGAGCACTT  500

seq1  CCTCCAGGGTAGGGGACTTCCTTTCTGTGCCCTGCTGTTTATAAGACAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCAGGGTAGGGGACTTCCTTTCTGTGCCCTGCTGTTTATAAGACAGG  550

seq1  TTCTGTGTTCAATGGCAGTCATGGAACCTAAGGACATCTTGTAGCAATTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTGTTCAATGGCAGTCATGGAACCTAAGGACATCTTGTAGCAATTT  600

seq1  TACTTTGAGGCAATGTCATCCCTCATGGAATTACTTACCCAGGCAAACGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTTGAGGCAATGTCATCCCTCATGGAATTACTTACCCAGGCAAACGG  650

seq1  AATAAGAGTTGTTTAATACTTTGGAAAACATGACACACCATTCCTTCACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAGAGTTGTTTAATACTTTGGAAAACATGACACACCATTCCTTCACT  700

seq1  AAAACTGATTCTCTACTATAATTTCATAAATGTTTCCTGTATGCTTTACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTGATTCTCTACTATAATTTCATAAATGTTTCCTGTATGCTTTACT  750

seq1  TTCCATCAGATAACAGGATGGCATCCCAGCAACTCTGAATAATATCACCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCATCAGATAACAGGATGGCATCCCAGCAACTCTGAATAATATCACCA  800

seq1  TTCTTAGACTTAGATATTGCTTAACACTATATGGTTATTTACTGTATGCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTAGACTTAGATATTGCTTAACACTATATGGTTATTTACTGTATGCA  850

seq1  AATAGAATCTTCAGCAGTCTCCTGGTGTTAAGCAAATCATTTAAGCTATT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGAATCTTCAGCAGTCTCCTGGTGTTAAGCAAATCATTTAAGCTATT  900

seq1  ATGCATCTCTCTCTTTTTTATATATAACAGATTAAGCTAGAGCATCCTTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATCTCTCTCTTTTTTATATATAACAGATTAAGCTAGAGCATCCTTG  950

seq1  CTTTATCACACTAGTCTAGAAATTTTAAGGTACCTACTATTGGATTTCAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATCACACTAGTCTAGAAATTTTAAGGTACCTACTATTGGATTTCAT  1000

seq1  TATGGCATTTGCATATCTATGTATCATTACATTC-TATTCAAATCAT-CC  1048
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||
seq2  TATGGCATTTGCATATCTATGTATCATTACATTCTTATTCAAATCATCCC  1050

seq1  CTCGACCACATTGCCCTCCCTAGTGCCATTTTTATGGGCCCCTTGCTCCC  1098
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGACCACATTGCCCTCCCTAGTG-CATTTTTATGGGCCCCTTGCTCCC  1099

seq1  CAAAACTCTCTTTCCATTTGTTTATGTCACATGTATTCCATGACCCTC-T  1147
        ||||||   |||||||    ||||||||||||||  |||||||| | |
seq2  --AAACTCCTCTTCCATT--GATATGTCACATGTAT--CATGACCCCCTT  1143

seq1  CCTTTCCAT  1156
      | |||||||
seq2  CATTTCCAT  1152

seq1: chr5_14890236_14891305
seq2: B6Ng01-236L23.g_68_1148 (reverse)

seq1  AATGCTCATGTATA--GGGGCTGGGA-GATTTTA-TAC-ACATAT-GCAC  44
      ||||||||||||||  | |||||||| ||||||| ||| |||||| ||||
seq2  AATGCTCATGTATAAGGAGGCTGGGAGGATTTTATTACAACATATGGCAC  50

seq1  A-TAAAC-AGGGATCC-TCAGGCTTTGGGGTTATGTGATGGGGAGGTGA-  90
      | ||||| |||||||| ||||||||  ||| |||||||||||||||||| 
seq2  ATTAAACAAGGGATCCTTCAGGCTT--GGGGTATGTGATGGGGAGGTGAA  98

seq1  -CAAGGGAAGCCAGATCTCAAACTC-AATACTATTTGTCCA-GACAGAGG  137
        ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||
seq2  CAAAGGGAAGCCAGATCTC-AACTCAAATACTATTTGTCCAGGACAGAGG  147

seq1  TGCAGAATCATACAGCTGGGAGGGGGACTCCTCTGACCTGGGTGCTATCA  187
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGAATCATACAGCTGGGAGGGGGACTCCTCTGACCTGGGTGCTATCA  197

seq1  GGAACTAGCCTGTTTTTACGAACTGCACCACAGCTGTCTGGGAGCACTTC  237
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACTAGCCTGTTTTTACGAACTGCACCACAGCTGTCTGGGAGCACTTC  247

seq1  ATTGCCCTTCTCTCATGGCCC-AAAAGTGATTGCAGAGGTGTTGATGTGA  286
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCCCTTCTCTCATGGCCCAAAAAGTGATTGCAGAGGTGTTGATGTGA  297

seq1  CTGGGAAACTTTTCCATGCCTTGTCCTGGTATGGTCTGCAGAGTTAAGGC  336
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGAAACTTTTCCATGCCTTGTCCTGGTATGGTCTGCAGAGTTAAGGC  347

seq1  TGGGCCTTCCTGGGACCACCTACATGCAGTGTCCTCAGACTCATTGTACC  386
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCCTTCCTGGGACCACCTACATGCAGTGTCCTCAGACTCATTGTACC  397

seq1  TGGATATTAATCCAATGCCTTCATAAAAGGAGATCTAGCAATATAACACA  436
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATATTAATCCAATGCCTTCATAAAAGGAGATCTAGCAATATAACACA  447

seq1  ACCAACAAGAGGTGGTTAGTTCTGACTGGGAGACATTCAGAATTTGGAAA  486
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAACAAGAGGTGGTTAGTTCTGACTGGGAGACATTCAGAATTTGGAAA  497

seq1  GCTTTTCACGTCATTGACCAGAGTGGGTCTATGGGTTCTGTGCACTTCAG  536
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTTCACGTCATTGACCAGAGTGGGTCTATGGGTTCTGTGCACTTCAG  547

seq1  GAAAAATTGAGGAACTGAAGATCCCTGGGAGGAACAGTTGTTGTTAGTCT  586
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAATTGAGGAACTGAAGATCCCTGGGAGGAACAGTTGTTGTTAGTCT  597

seq1  GGGGAGTGGTATTGGTACAGCTTTTTTCCCCCGTGCAGTTTTGGAGTTTG  636
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAGTGGTATTGGTACAGCTTTTTTCCCCCGTGCAGTTTTGGAGTTTG  647

seq1  CCAGAGCCTGATTGGGCCCTATAGTGAGGTGGGGTTAGGGGCAGCAGGAC  686
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGCCTGATTGGGCCCTATAGTGAGGTGGGGTTAGGGGCAGCAGGAC  697

seq1  ACACAGTTAGCAGAAATAGTAAGCATAAGACCAGGTTAATTTTAGCTTGA  736
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGTTAGCAGAAATAGTAAGCATAAGACCAGGTTAATTTTAGCTTGA  747

seq1  AAGAATTGGTGTCCCTTTGAACTTTCCATTCCAGCAGCAGCAGTGAAGTC  786
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATTGGTGTCCCTTTGAACTTTCCATTCCAGCAGCAGCAGTGAAGTC  797

seq1  TGGCAATCTTCCTCTGGGGAGAGGGGATTAGCTGGTCTCATGTGAGTGTA  836
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAATCTTCCTCTGGGGAGAGGGGATTAGCTGGTCTCATGTGAGTGTA  847

seq1  GTGGACCCAGCGGTGATCCTGTCCACTTTAATGACAGTTGGCATGATCAG  886
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGACCCAGCGGTGATCCTGTCCACTTTAATGACAGTTGGCATGATCAG  897

seq1  CAGGATGGTGAAGGGTCCCTTCCACCTGTGCTCCAGCATGTCCCAGCAAA  936
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGATGGTGAAGGGTCCCTTCCACCTGTGCTCCAGCATGTCCCAGCAAA  947

seq1  ATCTCTCCACAAACCTAGTCTCCTGGTTGAAACTTGTGTAGTTTCAGAAT  986
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTCCACAAACCTAGTCTCCTGGTTGAAACTTGTGTAGTTTCAGAAT  997

seq1  TGGGCCTGCGTCATAGAAGGCATACAGTTTAGGCCAAGTCTGCTCATGAG  1036
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCCTGCGTCATAGAAGGCATACAGTTTAGGCCAAGTCTGCTCATGAG  1047

seq1  CCCAGTGGGTTGCTCTGACCTTAGTTATGAATTC  1070
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGTGGGTTGCTCTGACCTTAGTTATGAATTC  1081