BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-237F09
Chromosome5 (Build37)
Map Location 26,800,789 - 26,929,176
singlet/doubletdoublet
Overlap gene4930584F24Rik
Upstream geneLOC100038949, EG272714, EG545739, Speer4a, EG664804, LOC619645, LOC100039045, 5031410I06Rik, LOC434689, LOC664837
Downstream geneDpp6, B930011P16Rik, Speer4b
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-237F09.bB6Ng01-237F09.g
ACCGA048323GA048324
length3121,149
definitionB6Ng01-237F09.b B6Ng01-237F09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(26,800,789 - 26,801,100)(26,928,011 - 26,929,176)
sequence
tgtttctcagccctagtcttggacttggggtcaattcagtgtcaggctgt
tcttattttggccatggtcttgggggtcgagtcagggccagtgtgttttt
cctttgctcttttatcctatagtatgtcattaaaaaagacacctattttt
gatgggtatgtgtgagatcagggaggatttgggagaaatgaaggggaata
tgatcaaaatataaggtattcatgtatgaagctgtcaaaaatattaaaat
gtactatttaaaagtttaactgtttagtatatttaaaacttatgaaagct
gtttttagaaga

gaattcttagcatcctgctagctttcactaaatcaaaagttgataatgtt
gccaggaagcacctgaagcttatagcagttttccctgctttgctgtaacc
tacctacataccttgtttgatggcaactctctgttatgtgactggaaagg
tccatgtaaccatttagacagcagaatactcaggacaaccgcatccatgt
cactgggtcagagacactcatatgtgcttcttgtttcttgtgttgtgagg
gttttgcaacaacatcatgagtgagtcctgtaagtgggcatgggatgtac
ttccctgcctgtctcctgtcttctgtctcttgtcagttcatttcagcaaa
cttagatgcaactttcttatggctttcccgagatgaatgaaaaaatccta
ttgggggagcactcagcactcacaaaaaacaaaacaggagcttgctgagt
atttcaatttaagttttggctcagaacaaccctgtgtacactgtcccaca
tctgtctctactgatgctctttagtaacttttcttaacctgtaaaaagac
ctcacatgcccagtcaagtctgtttgtagccttgaaatgtatgcataaat
gtttatattacttttagagctgcatagtatccggataaagctagctagaa
cagtaacgcaggctaggctatgtactgtttattaaaaagtgttaaaactc
actgagctcctgctgtacgtgagacctgccctagccctgacatgtgctat
ctcacctcattacaatgagttcagttgctgtctgctcagcaggtattgtg
agatcaggtatcatgcatgggctgatacagtagagtctagcatggacctc
agtggcttcagtctacatccttgagtcttcaaagcaatgacacagagtta
caaaagggaaggtcagaggattaagttatgcctcaagggtagacattttc
aagacctcacaaggagcaatgggtaccacatggggtcatagtcacagata
aagcctgctttcaaacaagcagcagaagacaggccatccattttttctat
tcaatattacttacatgcaaacattacttgaacatgttcaggactaataa
agttgttctaattacggcagcagtgtctgtcttgtgcagagttctttaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_26800789_26801100
seq2: B6Ng01-237F09.b_54_365

seq1  TGTTTCTCAGCCCTAGTCTTGGACTTGGGGTCAATTCAGTGTCAGGCTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCTCAGCCCTAGTCTTGGACTTGGGGTCAATTCAGTGTCAGGCTGT  50

seq1  TCTTATTTTGGCCATGGTCTTGGGGGTCGAGTCAGGGCCAGTGTGTTTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTATTTTGGCCATGGTCTTGGGGGTCGAGTCAGGGCCAGTGTGTTTTT  100

seq1  CCTTTGCTCTTTTATCCTATAGTATGTCATTAAAAAAGACACCTATTTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTGCTCTTTTATCCTATAGTATGTCATTAAAAAAGACACCTATTTTT  150

seq1  GATGGGTATGTGTGAGATCAGGGAGGATTTGGGAGAAATGAAGGGGAATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGGTATGTGTGAGATCAGGGAGGATTTGGGAGAAATGAAGGGGAATA  200

seq1  TGATCAAAATATAAGGTATTCATGTATGAAGCTGTCAAAAATATTAAAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCAAAATATAAGGTATTCATGTATGAAGCTGTCAAAAATATTAAAAT  250

seq1  GTACTATTTAAAAGTTTAACTGTTTAGTATATTTAAAACTTATGAAAGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTATTTAAAAGTTTAACTGTTTAGTATATTTAAAACTTATGAAAGCT  300

seq1  GTTTTTAGAAGA  312
      ||||||||||||
seq2  GTTTTTAGAAGA  312


seq1: chr5_26928011_26929176
seq2: B6Ng01-237F09.g_65_1213 (reverse)

seq1  TTAAAGACTTCTTCCACAAGACAGAACCACTGCTGCCCTGTTAATTAGGA  50
      |||||||  || | |||||||||||  ||||||||||    ||||||| |
seq2  TTAAAGAACTC-TGCACAAGACAGA--CACTGCTGCC---GTAATTAGAA  44

seq1  CAAACTTTATTTTAGTCCTGGAAACAATGTTCAAGTTAAATGTTTTGCAT  100
      | |||||||  |||||||||  ||| ||||||||||  |||| |||||||
seq2  C-AACTTTA--TTAGTCCTG--AAC-ATGTTCAAGT--AATG-TTTGCAT  85

seq1  GTAAGTTAATTATTGAAATAGAAAAATGGGATTGCCTGTCTTCCTGCTGC  150
      ||||||  | ||||| ||||||||||  |||| ||||||||| |||||||
seq2  GTAAGT--AATATTG-AATAGAAAAAATGGATGGCCTGTCTT-CTGCTGC  131

seq1  TTGTTTGAAAGCAGGCTTTATCTGTGACTATGACCCCATTGTGGTACCCA  200
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TTGTTTGAAAGCAGGCTTTATCTGTGACTATGACCCCA-TGTGGTACCCA  180

seq1  TTGCT-CTTGTGAGGTCTTGAAAATGTCTA-CCTTGAGGCATAACTTAAT  248
      ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TTGCTCCTTGTGAGGTCTTGAAAATGTCTACCCTTGAGGCATAACTTAAT  230

seq1  CCTCTGACCTT-CCTTTTGTAACTCTGTGTCATTGCTTTGAAGACTCAAG  297
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGACCTTCCCTTTTGTAACTCTGTGTCATTGCTTTGAAGACTCAAG  280

seq1  GATGTAGACTGAAGCCACTGAGGTCCATGCTAGACTCTACTGTATCAGCC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTAGACTGAAGCCACTGAGGTCCATGCTAGACTCTACTGTATCAGCC  330

seq1  CATGCATGATACCTGATCTCACAATACCTGCTGAGCAGACAGCAACTGAA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCATGATACCTGATCTCACAATACCTGCTGAGCAGACAGCAACTGAA  380

seq1  CTCATTGTAATGAGGTGAGATAGCACATGTCAGGGCTAGGGCAGGTCTCA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATTGTAATGAGGTGAGATAGCACATGTCAGGGCTAGGGCAGGTCTCA  430

seq1  CGTACAGCAGGAGCTCAGTGAGTTTTAACACTTTTTAATAAACAGTACAT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTACAGCAGGAGCTCAGTGAGTTTTAACACTTTTTAATAAACAGTACAT  480

seq1  AGCCTAGCCTGCGTTACTGTTCTAGCTAGCTTTATCCGGATACTATGCAG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTAGCCTGCGTTACTGTTCTAGCTAGCTTTATCCGGATACTATGCAG  530

seq1  CTCTAAAAGTAATATAAACATTTATGCATACATTTCAAGGCTACAAACAG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAAAAGTAATATAAACATTTATGCATACATTTCAAGGCTACAAACAG  580

seq1  ACTTGACTGGGCATGTGAGGTCTTTTTACAGGTTAAGAAAAGTTACTAAA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGACTGGGCATGTGAGGTCTTTTTACAGGTTAAGAAAAGTTACTAAA  630

seq1  GAGCATCAGTAGAGACAGATGTGGGACAGTGTACACAGGGTTGTTCTGAG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCATCAGTAGAGACAGATGTGGGACAGTGTACACAGGGTTGTTCTGAG  680

seq1  CCAAAACTTAAATTGAAATACTCAGCAAGCTCCTGTTTTGTTTTTTGTGA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAACTTAAATTGAAATACTCAGCAAGCTCCTGTTTTGTTTTTTGTGA  730

seq1  GTGCTGAGTGCTCCCCCAATAGGATTTTTTCATTCATCTCGGGAAAGCCA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTGAGTGCTCCCCCAATAGGATTTTTTCATTCATCTCGGGAAAGCCA  780

seq1  TAAGAAAGTTGCATCTAAGTTTGCTGAAATGAACTGACAAGAGACAGAAG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAAAGTTGCATCTAAGTTTGCTGAAATGAACTGACAAGAGACAGAAG  830

seq1  ACAGGAGACAGGCAGGGAAGTACATCCCATGCCCACTTACAGGACTCACT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGAGACAGGCAGGGAAGTACATCCCATGCCCACTTACAGGACTCACT  880

seq1  CATGATGTTGTTGCAAAACCCTCACAACACAAGAAACAAGAAGCACATAT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGATGTTGTTGCAAAACCCTCACAACACAAGAAACAAGAAGCACATAT  930

seq1  GAGTGTCTCTGACCCAGTGACATGGATGCGGTTGTCCTGAGTATTCTGCT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGTCTCTGACCCAGTGACATGGATGCGGTTGTCCTGAGTATTCTGCT  980

seq1  GTCTAAATGGTTACATGGACCTTTCCAGTCACATAACAGAGAGTTGCCAT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTAAATGGTTACATGGACCTTTCCAGTCACATAACAGAGAGTTGCCAT  1030

seq1  CAAACAAGGTATGTAGGTAGGTTACAGCAAAGCAGGGAAAACTGCTATAA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACAAGGTATGTAGGTAGGTTACAGCAAAGCAGGGAAAACTGCTATAA  1080

seq1  GCTTCAGGTGCTTCCTGGCAACATTATCAACTTTTGATTTAGTGAAAGCT  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCAGGTGCTTCCTGGCAACATTATCAACTTTTGATTTAGTGAAAGCT  1130

seq1  AGCAGGATGCTAAGAATTC  1166
      |||||||||||||||||||
seq2  AGCAGGATGCTAAGAATTC  1149


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |