BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-239H24
Chromosome5 (Build37)
Map Location 17,184,923 - 17,415,232
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSema3c, Cd36
Upstream geneEG668131, LOC626390, LOC668142, LOC100041749, LOC100041832, Speer4f, EG630927
Downstream geneGnat3, Gnai1, LOC100041818, LOC668167
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-239H24.bB6Ng01-239H24.g
ACCGA049908GA049909
length1,1271,066
definitionB6Ng01-239H24.b B6Ng01-239H24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(17,184,923 - 17,186,040)(17,414,165 - 17,415,232)
sequence
gaattcttttataagtgaattttaaatgagggaagagcccgaggagatgc
cccagtgagaaagagatcttgctgtccatgagaccctgacctctatggaa
atgccaagcatgacatcacacgtttagccctgggattgttccggatgtag
agagggtgggtcctgagcagcttgctggttaactagtgtcatcaaaacgg
caagtctcgggttcattgtgaggccctatattaagggaataaggctggca
atgatagaggactgacttttgaatgtgcacaacagttgtacacacatgga
cataatatgtatagacatatgcatatgtgcagtccgtcatacaccacaca
caaaatagtttaaaaaaggagcataagatgtggtggtacaattgtaaact
gctatgatctttcaaaataaagagttggcaggaatactgatgaacaatcg
cttatgtttgccctggaagaactccagacgggcctcccggacagtgggct
cagctcctgttctagcaaatgagtagtctcacatggcttatcaagcagca
aaattgccaaaatttcaatccaatattgatttcaatataatttgttctac
ttttatatttgtcaaaagcatgatttcaattattctgaactaatgataat
ggaaatcatttttattaaggatgtaaacaaatttatggctaaatagacct
taataaaatggtcttgagttctttgggaaagcatgggtgtgcccacatgc
ctgactttgcatgcatcttgctatgtgagagtacttatgaaactctgtgt
gtgcgtgcgtgcgtgcgtggcgcacgcgcatatgtgtgtgtaagccagaa
aaatatctcagttgttcttcttcaggagtcatcatccatcttgctttttc
agacagagattttcagaagcctgcagctcacccaggctgcaggctgggac
agtttgcgggtgagacccagtgagtgtctccccctcagtgcggttatcaa
cacacttcactaagaacaccggttgttgttctttcttctggtggggtact
gcggaatgatcttaagacctctcatgtttgcaagtcagtggcctttaatc
cattgagcctctctcctcatctccttc

gaattcaatgatttactcaaatgcctcacacaggtcagattttaaaatag
ttctcttactataatcctggttatcacaaaggctgccattaaggacacaa
acatctggctatgatttatagccaggcaaaaagatttatagggcagagtc
aaatgtttaaagcataagcctatctgtactttccaagtctttgtgtgccc
cagttactgatatgtgaatatctcatacagtgtctgccacacacagctct
acccttggacgacagaagtatagaaaactgaaaatggattccaaattact
ataatatctggttgtggctgattgttgaggactgtcagactgccagccag
atttttgtttcatgaaatacctcagataatttttaatgtgtattttccat
ctgccctattttctcctagaattgatgggaatgattaaaaaaataataat
gaacaagtgaactcctgaccctgattttccctagcttcttttttggatgg
ttaatattttttgcatgcttctaccccatcccccacatactgggaattcc
ctgttcggataaacctgaacaatttactggacagctcagtattaaattgt
ggccatgaagatgttttctcatttgcttatgcttgtttatatatcaaata
tcacatctgaatttttgtttgctttactgaagagtggtagagttaatttt
atgtttcataagctataggttttaaagtcttattttgattttatttatca
gtctttaatacaacacatactcagaggatggcatggggcttaagtattta
aaacttgttcaaatgtagataattctctttcctagtacacaatcttattt
ctttcttcttggaactctaagtcttgtacacagtaaagccattaaattcc
tagtgttatgtatgttacatatgggctattttctcttcagttgtgttctt
ggaatctaagttcagacagaaaaaataaataactcttataacagtttgat
ttgttagactcttaattttttgttcattttttaggactgaatatttcatt
cttgacattctcgtga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_17184923_17186040
seq2: B6Ng01-239H24.b_45_1171

seq1  GAATTCTTTTATAAGTGAATTTTAAATGAGGGAAGAGCCCGAGGAGATGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTATAAGTGAATTTTAAATGAGGGAAGAGCCCGAGGAGATGC  50

seq1  CCCAGTGAGAAAGAGATCTTGCTGTCCATGAGACCCTGACCTCTATGGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGTGAGAAAGAGATCTTGCTGTCCATGAGACCCTGACCTCTATGGAA  100

seq1  ATGCCAAGCATGACATCACACGTTTAGCCCTGGGATTGTTCCGGATGTAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCAAGCATGACATCACACGTTTAGCCCTGGGATTGTTCCGGATGTAG  150

seq1  AGAGGGTGGGTCCTGAGCAGCTTGCTGGTTAACTAGTGTCATCAAAACGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGGTGGGTCCTGAGCAGCTTGCTGGTTAACTAGTGTCATCAAAACGG  200

seq1  CAAGTCTCGGGTTCATTGTGAGGCCCTATATTAAGGGAATAAGGCTGGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTCTCGGGTTCATTGTGAGGCCCTATATTAAGGGAATAAGGCTGGCA  250

seq1  ATGATAGAGGACTGACTTTTGAATGTGCACAACAGTTGTACACACATGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATAGAGGACTGACTTTTGAATGTGCACAACAGTTGTACACACATGGA  300

seq1  CATAATATGTATAGACATATGCATATGTGCAGTCCGTCATACACCACACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAATATGTATAGACATATGCATATGTGCAGTCCGTCATACACCACACA  350

seq1  CAAAATAGTTTAAAAAAGGAGCATAAGATGTGGTGGTACAATTGTAAACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATAGTTTAAAAAAGGAGCATAAGATGTGGTGGTACAATTGTAAACT  400

seq1  GCTATGATCTTTCAAAATAAAGAGTTGGCAGGAATACTGATGAACAATCG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATGATCTTTCAAAATAAAGAGTTGGCAGGAATACTGATGAACAATCG  450

seq1  CTTATGTTTGCCCTGGAAGAACTCCAGACGGGCCTCCCGGACAGTGGGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATGTTTGCCCTGGAAGAACTCCAGACGGGCCTCCCGGACAGTGGGCT  500

seq1  CAGCTCCTGTTCTAGCAAATGAGTAGTCTCACATGGCTTATCAAGCAGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTCCTGTTCTAGCAAATGAGTAGTCTCACATGGCTTATCAAGCAGCA  550

seq1  AAATTGCCAAAATTTCAATCCAATATTGATTTCAATATAATTTGTTCTAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTGCCAAAATTTCAATCCAATATTGATTTCAATATAATTTGTTCTAC  600

seq1  TTTTATATTTGTCAAAAGCATGATTTCAATTATTCTGAACTAATGATAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATATTTGTCAAAAGCATGATTTCAATTATTCTGAACTAATGATAAT  650

seq1  GGAAATCATTTTTATTAAGGATGTAAACAAATTTATGGCTAAATAGACCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAATCATTTTTATTAAGGATGTAAACAAATTTATGGCTAAATAGACCT  700

seq1  TAATAAAATGGTCTTGAGTTCTTTGGGAAAGCATGGGTGTGCCCACATGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAAAATGGTCTTGAGTTCTTTGGGAAAGCATGGGTGTGCCCACATGC  750

seq1  CTGACTTTGCATGCATCTTGCTATGTGAGAGTACTTATGAAACTCTGTGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACTTTGCATGCATCTTGCTATGTGAGAGTACTTATGAAACTCTGTGT  800

seq1  GTGCGTGCGTGCGTGCGT-GCGCACGCGCATATGTGTGTGTAAGCCAGAA  849
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCGTGCGTGCGTGCGTGGCGCACGCGCATATGTGTGTGTAAGCCAGAA  850

seq1  AAATATCTCAGTTGTTCTTCTTCAGGAGTCATCATCCATCTTGCTTTTTC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATCTCAGTTGTTCTTCTTCAGGAGTCATCATCCATCTTGCTTTTTC  900

seq1  AGACAGAGATTTTCAGAAGCCTGCAGCTCACCCAGGCTGCAGGCT-GGAC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  AGACAGAGATTTTCAGAAGCCTGCAGCTCACCCAGGCTGCAGGCTGGGAC  950

seq1  AGGTTGCGGGTGAGACCCAGTGAGTGTCTCCCCCTCAGTGCGGTTATCAA  998
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTGCGGGTGAGACCCAGTGAGTGTCTCCCCCTCAGTGCGGTTATCAA  1000

seq1  CACACTTCACTAAGAACAACGGTTGTTGTTCTTTCTTCTG--TGGGTACT  1046
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||   |||||||
seq2  CACACTTCACTAAGAACACCGGTTGTTGTTCTTTCTTCTGGTGGGGTACT  1050

seq1  GCGGATTGATCTT-AGA-CTCTCATGTTTGCAAAGTCAGTG--CTTT-AT  1091
      ||||| ||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||  |||| ||
seq2  GCGGAATGATCTTAAGACCTCTCATGTTTGC-AAGTCAGTGGCCTTTAAT  1099

seq1  CAATTGAG-CTCTCTCCTCATCTCCTTC  1118
      | |||||| |||||||||||||||||||
seq2  CCATTGAGCCTCTCTCCTCATCTCCTTC  1127


seq1: chr5_17414165_17415232
seq2: B6Ng01-239H24.g_69_1134 (reverse)

seq1  TCACGAGAATGTCAAGAATGAAATATTCAGTCCTAAAAAATGAAACAAAA  50
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TCACGAGAATGTCAAGAATGAAATATTCAGTCCTAAAAAATG-AACAAAA  49

seq1  ATTAAAGAGTCTAAACAATTCAAACTGTTATAAGAGTTTATTTATTTTTT  100
      | | |||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  AATTAAGAGTCT-AACAAATCAAACTGTTATAAGAG-TTATTTATTTTTT  97

seq1  CTGTCTGAACTTAGATTCCAAGAACACAACTGAAGAGAAAATAGCCCATT  150
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CTGTCTGAACTTAGATTCCAAGAACACAACTGAAGAGAAAATAGCCCA-T  146

seq1  ATGTAACATACATAACACTAGGAA-TTAATGGCTTTACTGTGTACAAGAC  199
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAACATACATAACACTAGGAATTTAATGGCTTTACTGTGTACAAGAC  196

seq1  TTAGAGTTCCAAGAAGAAAG-AATAAGATTGTGTACTAGGAAAGAGAATT  248
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAGTTCCAAGAAGAAAGAAATAAGATTGTGTACTAGGAAAGAGAATT  246

seq1  ATCTACATTTGAACAAGTTTTAAATACTTAAGCCCCATGCCATCCTCTGA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTACATTTGAACAAGTTTTAAATACTTAAGCCCCATGCCATCCTCTGA  296

seq1  GTATGTGTTGTATTAAAGACTGATAAATAAAATCAAAATAAGACTTTAAA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGTGTTGTATTAAAGACTGATAAATAAAATCAAAATAAGACTTTAAA  346

seq1  ACCTATAGCTTATGAAACATAAAATTAACTCTACCACTCTTCAGTAAAGC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTATAGCTTATGAAACATAAAATTAACTCTACCACTCTTCAGTAAAGC  396

seq1  AAACAAAAATTCAGATGTGATATTTGATATATAAACAAGCATAAGCAAAT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAAAATTCAGATGTGATATTTGATATATAAACAAGCATAAGCAAAT  446

seq1  GAGAAAACATCTTCATGGCCACAATTTAATACTGAGCTGTCCAGTAAATT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAAACATCTTCATGGCCACAATTTAATACTGAGCTGTCCAGTAAATT  496

seq1  GTTCAGGTTTATCCGAACAGGGAATTCCCAGTATGTGGGGGATGGGGTAG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAGGTTTATCCGAACAGGGAATTCCCAGTATGTGGGGGATGGGGTAG  546

seq1  AAGCATGCAAAAAATATTAACCATCCAAAAAAGAAGCTAGGGAAAATCAG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATGCAAAAAATATTAACCATCCAAAAAAGAAGCTAGGGAAAATCAG  596

seq1  GGTCAGGAGTTCACTTGTTCATTATTATTTTTTTAATCATTCCCATCAAT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAGGAGTTCACTTGTTCATTATTATTTTTTTAATCATTCCCATCAAT  646

seq1  TCTAGGAGAAAATAGGGCAGATGGAAAATACACATTAAAAATTATCTGAG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGGAGAAAATAGGGCAGATGGAAAATACACATTAAAAATTATCTGAG  696

seq1  GTATTTCATGAAACAAAAATCTGGCTGGCAGTCTGACAGTCCTCAACAAT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTTCATGAAACAAAAATCTGGCTGGCAGTCTGACAGTCCTCAACAAT  746

seq1  CAGCCACAACCAGATATTATAGTAATTTGGAATCCATTTTCAGTTTTCTA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCACAACCAGATATTATAGTAATTTGGAATCCATTTTCAGTTTTCTA  796

seq1  TACTTCTGTCGTCCAAGGGTAGAGCTGTGTGTGGCAGACACTGTATGAGA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTCTGTCGTCCAAGGGTAGAGCTGTGTGTGGCAGACACTGTATGAGA  846

seq1  TATTCACATATCAGTAACTGGGGCACACAAAGACTTGGAAAGTACAGATA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCACATATCAGTAACTGGGGCACACAAAGACTTGGAAAGTACAGATA  896

seq1  GGCTTATGCTTTAAACATTTGACTCTGCCCTATAAATCTTTTTGCCTGGC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTATGCTTTAAACATTTGACTCTGCCCTATAAATCTTTTTGCCTGGC  946

seq1  TATAAATCATAGCCAGATGTTTGTGTCCTTAATGGCAGCCTTTGTGATAA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAATCATAGCCAGATGTTTGTGTCCTTAATGGCAGCCTTTGTGATAA  996

seq1  CCAGGATTATAGTAAGAGAACTATTTTAAAATCTGACCTGTGTGAGGCAT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGATTATAGTAAGAGAACTATTTTAAAATCTGACCTGTGTGAGGCAT  1046

seq1  TTGAGTAAATCATTGAATTC  1068
      ||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGTAAATCATTGAATTC  1066


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |