BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-240A16
Chromosome5 (Build37)
Map Location 99,923,222 - 100,111,209
singlet/doubletdoublet
Overlap geneA930011G23Rik
Upstream gene1700007G11Rik, Bmp3, Prkg2, LOC100041680, Rasgef1b
Downstream geneLOC100040738, LOC666364, LOC100040763, LOC100040774, Hnrpd, 4930524J08Rik, Hnrpdl, Enoph1, BC062109, LOC666417, Sec31a, LOC100041797, Lin54, Cops4, Plac8, Coq2, Hpse
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-240A16.bB6Ng01-240A16.g
ACCGA050311GA050312
length1,1261,029
definitionB6Ng01-240A16.b B6Ng01-240A16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(100,110,085 - 100,111,209)(99,923,222 - 99,924,242)
sequence
gaattctcacagtatttatctgtgcctatgagctgagtctactgaagtgt
gcgttaaaatacagccagcatctgagatagtacatttaaatcagtgtcag
tgtttgttttgcaaaatcatggtcatgctctctcctggggctgttgtgtt
aaccttggaattggaaaacgactttcgagaaaaactgtccagtagaaagc
ataaaccttaaaaaaggcagattcagtcggtttctcaataggggcaactt
tcttgcagacattctcatgggttctaagatatttgacataattaattaat
taattctattctctcactcaattatttggtggagatagtagacctccctg
actctcagcttcctctctaaggtgaaggttctgatcctgctatactgatt
tagtaagcattttatatgatgttcataaaatacagactatgtagcagtag
agatataaccaattgtgcacaacgtcacgacgtttctctttgatgtttgg
aacataaggcatagacgcattttgacatgacctcctttacgaaaaagccc
agcaaatatagtataacatcatggtgcttcatttgattggttgcatctct
gtgtcctggctgtgctgctattttagcatcattgtggcgatacgtgcaca
ggcactctgttgtatgcttattggaactatggtattttatcctaactttc
cagaagttgctactggacaggatgcaaactcacatgtctgtgaacagata
ttcctatattctcagggctgtagttttgagaatttgttatagctttcagt
caccttccagtcataagcactgttatggtgcatgtggtatgatacacaca
cacacacacacacacacacacacatacatacatatatatatatcatgatg
gtatctctctctctttatatatgtatatgtataatgtatataatgctgat
ataaccatagatatatacacatatattatatatacatgtgtgtgtaaata
aacatatgtacatatatgtacacacacacacacacacacacacacacaca
cacatgcccatgtgtgaaagctttgcccctcaatgcagttttcacaacta
ccgcttttaaaaagctgacctgaatc
gaattccagagccaaaattaagtcaggtcttaacagtcacttgctcttcc
caatatgcagaaagatcacgtgactcaagtcaggcggtggtggtggtggt
ggtgcacaccttttatcccagcactcagaaggcagaagcaggcagatttc
tgagttcaaggccagcctggtctacagagagagttccaggacagccaggg
ctacacagagaaaccctgtctcgaaaaaaaaaaaaaaaagatcacatgac
tctgactggcattgtcatagtttttctggctttgtagtctactcacccag
agatcaggatgacaaaatcaagtgcttggcatcagcgtctatcttgacgt
gcactgcaagggatgggttttgttgagattactctgttgtctagtctcca
gggatagcagcagacacgctgctggtaccaaagctgtaatttctgcctac
agcttcctgagcacccgagcatgcatgggtatctgagttcgggagacagg
gaccataataatccctcatgcaaacagattaacgacaggaacaaggtggg
aagagatcaagcggcccctgtggcttcctgtgaaccatgtttcctggtgc
agaacagcctccatttatttccaatgccttctccttgaagcgatgtcact
acagcatgtccctttacccaacccaatagcctaaggagtcctgcgttttg
cattcggaaggatctctaaaccttgtatctgtctccttgtctgtgaatta
gaaccatccatgagtggattacacccaggccaacctaacctgactccctg
gcctgctactcatgtggaaaacacacatccggaggttgggtaaggtgatg
gcagctctgctgagcatccttgctagactgaagcattgggctatttttca
ggtctttacaatacacagagaatacaaaccttagctgcagactggtatca
gtcctgagctttaccctgaatagatttaccaaaacagaatactactgcag
tagagcactttggggtcgacgggtgtaca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_100110085_100111209
seq2: B6Ng01-240A16.b_41_1166 (reverse)

seq1  GATTCA-GTCAGC-TTCTAAAAGCCGTAGTTGTGAAAACTGCATTGA-GG  47
      |||||| |||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||| ||
seq2  GATTCAGGTCAGCTTTTTAAAAGCGGTAGTTGTGAAAACTGCATTGAGGG  50

seq1  GCAAAGCTTTCAACACATGGGCCATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  97
      ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAGCTTTC-ACACATGGG-CATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  98

seq1  TGTGTGTGTACATATATGTACATATGTTTATTTACACACACATGTATATA  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTACATATATGTACATATGTTTATTTACACACACATGTATATA  148

seq1  TAATATATGTGTATATATCCTATGGTTATATCAGCATTATATACA-TATA  196
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TAATATATGTGTATATAT-CTATGGTTATATCAGCATTATATACATTATA  197

seq1  CATATACATATATAAAGAGAGAGAGATACCATCATGATATATATATATGT  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATACATATATAAAGAGAGAGAGATACCATCATGATATATATATATGT  247

seq1  ATGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATCATACCACATGC  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATCATACCACATGC  297

seq1  ACCATAACAGTGCTTATGACTGGAAGGTGACTGAAAGCTATAACAAATTC  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATAACAGTGCTTATGACTGGAAGGTGACTGAAAGCTATAACAAATTC  347

seq1  TCAAAACTACAGCCCTGAGAATATAGGAATATCTGTTCACAGACATGTGA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAACTACAGCCCTGAGAATATAGGAATATCTGTTCACAGACATGTGA  397

seq1  GTTTGCATCCTGTCCAGTAGCAACTTCTGGAAAGTTAGGATAAAATACCA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGCATCCTGTCCAGTAGCAACTTCTGGAAAGTTAGGATAAAATACCA  447

seq1  TAGTTCCAATAAGCATACAACAGAGTGCCTGTGCACGTATCGCCACAATG  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTCCAATAAGCATACAACAGAGTGCCTGTGCACGTATCGCCACAATG  497

seq1  ATGCTAAAATAGCAGCACAGCCAGGACACAGAGATGCAACCAATCAAATG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTAAAATAGCAGCACAGCCAGGACACAGAGATGCAACCAATCAAATG  547

seq1  AAGCACCATGATGTTATACTATATTTGCTGGGCTTTTTCGTAAAGGAGGT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCACCATGATGTTATACTATATTTGCTGGGCTTTTTCGTAAAGGAGGT  597

seq1  CATGTCAAAATGCGTCTATGCCTTATGTTCCAAACATCAAAGAGAAACGT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTCAAAATGCGTCTATGCCTTATGTTCCAAACATCAAAGAGAAACGT  647

seq1  CGTGACGTTGTGCACAATTGGTTATATCTCTACTGCTACATAGTCTGTAT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGACGTTGTGCACAATTGGTTATATCTCTACTGCTACATAGTCTGTAT  697

seq1  TTTATGAACATCATATAAAATGCTTACTAAATCAGTATAGCAGGATCAGA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGAACATCATATAAAATGCTTACTAAATCAGTATAGCAGGATCAGA  747

seq1  ACCTTCACCTTAGAGAGGAAGCTGAGAGTCAGGGAGGTCTACTATCTCCA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTCACCTTAGAGAGGAAGCTGAGAGTCAGGGAGGTCTACTATCTCCA  797

seq1  CCAAATAATTGAGTGAGAGAATAGAATTAATTAATTAATTATGTCAAATA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAATAATTGAGTGAGAGAATAGAATTAATTAATTAATTATGTCAAATA  847

seq1  TCTTAGAACCCATGAGAATGTCTGCAAGAAAGTTGCCCCTATTGAGAAAC  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAGAACCCATGAGAATGTCTGCAAGAAAGTTGCCCCTATTGAGAAAC  897

seq1  CGACTGAATCTGCCTTTTTTAAGGTTTATGCTTTCTACTGGACAGTTTTT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGACTGAATCTGCCTTTTTTAAGGTTTATGCTTTCTACTGGACAGTTTTT  947

seq1  CTCGAAAGTCGTTTTCCAATTCCAAGGTTAACACAACAGCCCCAGGAGAG  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGAAAGTCGTTTTCCAATTCCAAGGTTAACACAACAGCCCCAGGAGAG  997

seq1  AGCATGACCATGATTTTGCAAAACAAACACTGACACTGATTTAAATGTAC  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATGACCATGATTTTGCAAAACAAACACTGACACTGATTTAAATGTAC  1047

seq1  TATCTCAGATGCTGGCTGTATTTTAACGCACACTTCAGTAGACTCAGCTC  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTCAGATGCTGGCTGTATTTTAACGCACACTTCAGTAGACTCAGCTC  1097

seq1  ATAGGCACAGATAAATACTGTGAGAATTC  1125
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGCACAGATAAATACTGTGAGAATTC  1126

seq1: chr5_99923222_99924242
seq2: B6Ng01-240A16.g_66_1094

seq1  GAATTCCAGAGCCAAAATTAAGTCAGGTCTTAACAGTCACTTGCTCTTCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGAGCCAAAATTAAGTCAGGTCTTAACAGTCACTTGCTCTTCC  50

seq1  CAATATGCAGAAAGATCACGTGACTCAAGTCAGGCGGTGGTGGTGGTGGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATATGCAGAAAGATCACGTGACTCAAGTCAGGCGGTGGTGGTGGTGGT  100

seq1  GGTGCACACCTTTTATCCCAGCACTCAGAAGGCAGAAGCAGGCAGATTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCACACCTTTTATCCCAGCACTCAGAAGGCAGAAGCAGGCAGATTTC  150

seq1  TGAGTTCAAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGAGAGTTCCAGGACAGCCAGGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTTCAAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGAGAGTTCCAGGACAGCCAGGG  200

seq1  CTACACAGAGAAACCCTGTCTCGAAAAAAAAAAAAAAAAGATCACATGAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACACAGAGAAACCCTGTCTCGAAAAAAAAAAAAAAAAGATCACATGAC  250

seq1  TCTGACTGGCATTGTCATAGTTTTTCTGGCTTTGTAGTCTACTCACCCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGACTGGCATTGTCATAGTTTTTCTGGCTTTGTAGTCTACTCACCCAG  300

seq1  AGATCAGGATGACAAAATCAAGTGCTTGGCATCAGCGTCTATCTTGACGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCAGGATGACAAAATCAAGTGCTTGGCATCAGCGTCTATCTTGACGT  350

seq1  GCACTGCAAGGGATGGGTTTTGTTGAGATTACTCTGTTGTCTAGTCTCCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTGCAAGGGATGGGTTTTGTTGAGATTACTCTGTTGTCTAGTCTCCA  400

seq1  GGGATAGCAGCAGACACGCTGCTGGTACCAAAGCTGTAATTTCTGCCTAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATAGCAGCAGACACGCTGCTGGTACCAAAGCTGTAATTTCTGCCTAC  450

seq1  AGCTTCCTGAGCACCCGAGCATGCATGGGTATCTGAGTTCGGGAGACAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTCCTGAGCACCCGAGCATGCATGGGTATCTGAGTTCGGGAGACAGG  500

seq1  GACCATAATAATCCCTCATGCAAACAGATTAACGACAGGAACAAGGTGGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCATAATAATCCCTCATGCAAACAGATTAACGACAGGAACAAGGTGGG  550

seq1  AAGAGATCAAGCGGCCCCTGTGGCTTCCTGTGAACCATGTTTCCTGGTGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGATCAAGCGGCCCCTGTGGCTTCCTGTGAACCATGTTTCCTGGTGC  600

seq1  AGAACAGCCTCCATTTATTTCCAATGCCTTCTCCTTGAAGCGATGTCACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACAGCCTCCATTTATTTCCAATGCCTTCTCCTTGAAGCGATGTCACT  650

seq1  ACAGCATGTCCCTTTACCCAACCCAATAGCCTAAGGAGTCCTGCGTTTTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCATGTCCCTTTACCCAACCCAATAGCCTAAGGAGTCCTGCGTTTTG  700

seq1  CATTCGGAAGGATCTCTAAACCTTGTATCTGTCTCCTTGTCTGTGAATTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCGGAAGGATCTCTAAACCTTGTATCTGTCTCCTTGTCTGTGAATTA  750

seq1  GAACCATCCATGAGTGGATTACACCCAGGCCAACCTAACCTGACTCCCTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCATCCATGAGTGGATTACACCCAGGCCAACCTAACCTGACTCCCTG  800

seq1  GCCTGCTACTCATGTGGAAAACACACATCCGGAGGTTGGGTAAGGTGATG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGCTACTCATGTGGAAAACACACATCCGGAGGTTGGGTAAGGTGATG  850

seq1  GCAGCTCTGCTGAGCATCCTTGCTAGACTGAAGCATTGGGCTA-TTTTCA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GCAGCTCTGCTGAGCATCCTTGCTAGACTGAAGCATTGGGCTATTTTTCA  900

seq1  GGTC-TTACAATACACAGAGAATACAAACC-TAGCTGCAGACTGGTAATC  947
      |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||
seq2  GGTCTTTACAATACACAGAGAATACAAACCTTAGCTGCAGACTGGT-ATC  949

seq1  AGTCCTGGAGCTTTA-CCTG-ATAGATTTACC-AAACAG-ATACTACTGC  993
      |||||| |||||||| |||| ||||||||||| |||||| ||||||||||
seq2  AGTCCT-GAGCTTTACCCTGAATAGATTTACCAAAACAGAATACTACTGC  998

seq1  AGTAGAGCACTT--GGGTCGAC-GGTGTACA  1021
      ||||||||||||  |||||||| ||||||||
seq2  AGTAGAGCACTTTGGGGTCGACGGGTGTACA  1029