BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-240J23
Chromosome5 (Build37)
Map Location 12,930,616 - 13,036,156
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100041626, EG668059, Sema3d, LOC668015, LOC100042917, LOC668069
Downstream geneLOC433845, LOC625989, LOC670717, Sema3a, LOC208055, LOC626053, Speer3, EG626067, LOC668085, LOC384149, LOC384148, Sema3e
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-240J23.bB6Ng01-240J23.g
ACCGA050746GA050747
length1,148532
definitionB6Ng01-240J23.b B6Ng01-240J23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(13,035,007 - 13,036,156)(12,930,616 - 12,931,152)
sequence
gaattcttcaaactttacatactgcttcattcttggcatagtctaataga
tcaggactatctttggtgggcttcacattcttgatacactatcttatctc
caagggtttgttttattatactcatggcgatttaaaaaaaggaaaaccca
taaagatctgtattatattctatccttacttctcttatatctgccccagc
ctccaacatctgaccttcgttttattttcttacttcagtgttcagaagcc
tgacatcacaaactgttagtaagcttctattcacttctatgtgctttaat
ttcctacctctctctttgggaatctttctagataatattgtgaggttttt
ctttacatttctgttgaaacagttcaggattcaaacatgttttcactata
ataggaaggaggcaaggtatagacttccatactaaagattccaagcttca
ttggccttttctgcatctctccctgttcaagcctcttagtctcagaaaaa
aaaggtgattctagcaattaaaaggtattattttgtgtaattttctgtta
aaatgtcaacagatcacatcattgctattgctatcttgtaatttatcatt
tttgctctcaaagtaatgagtcagcagtgagagaatccatactaaccaac
tctaagaacattgtaaaagcaacaaaatatttgccaaactgcaagacaaa
ttctatagcatttaacaatgtacaaatggcactatgagtatgccatctct
ttaaatatgccattcatctcaaaatagtcatccagaaatcctttgctccc
tgactttcactcttaaccctgtgtattctgcaatctatctgtgctgtaat
ggaaagcttatgccctatatttcagtgtgatggatcaatcacaatgaaac
atgggtttcttattaacatgtgccaatcactttgtggtcatctaccaaca
cttatgtataggaattgtagtttacccatgtaatgtaaataaacctgtag
cttttactttccaaacagatcaaaatagtgtctggtattgaacaaaccaa
actggtgcagtggtgagaatatatttactcttacagaattggaataaata
tgacaagttattttattttaaccacaggactgttgcaagccaccatgg

agctaaatacatggatgggtgcagaaatcataaaaggagcaagggaggag
aagtaggggttgagtaagggcactgtattcaaattttgaatctatattga
cagaatatcttagaggactaccttaggcctttgtgtgtgttggacttgaa
gcattgcatatgcttgtgcgtagaggaagatagagttactctgtttcagt
ggttatgcagtcagtgaacacagtggaatagtctcatggagttaacaaaa
tgatctggttcaaggcacgtacctataatgacacatacacacaggacttc
tgttttgttggagagtaaagaaagggaaacatacatttggaggatgatta
tgtaaaccagagcaatgggcaacctagatgacaatgtgagctggtttcct
tctgtgtgttgtcttcagcaatatttatgtatgtatgtatgtatgtatgt
atgtatgcatttatgtatttatgtatttatttatttatttatttatttat
ttatgtaatggttgatgtagcatcgttgattg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_13035007_13036156
seq2: B6Ng01-240J23.b_47_1194 (reverse)

seq1  CCATGGTTGCTTGCAAAGGAGGTCTGTGG-TAAAATAAAATAACTTGGTC  49
      ||||||| ||||||||   ||  |||||| |||||||||||||||| |||
seq2  CCATGGTGGCTTGCAA--CAGTCCTGTGGTTAAAATAAAATAACTT-GTC  47

seq1  ATATTTATTC--AATCTGTAAGGAGTAAATATA-TCTCACCACTGCA-CA  95
      ||||||||||  | ||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||
seq2  ATATTTATTCCAATTCTGTAA-GAGTAAATATATTCTCACCACTGCACCA  96

seq1  GTTTGGTTTGTTCAATACCAGACACTATTTTTGATCTGTTTGGAAAAGTA  145
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||
seq2  GTTTGGTTTGTTCAATACCAGACACTA-TTTTGATCTGTTTGG-AAAGTA  144

seq1  AAAGCTACAGGTTTTATTTACATTACATGGGTAAACTACAATTCCTATAC  195
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTACAGG-TTTATTTACATTACATGGGTAAACTACAATTCCTATAC  193

seq1  ATAAGTGTTGGTAGATGACCACAAAGTGATTGGCACATGTTAATAAGAAA  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGTGTTGGTAGATGACCACAAAGTGATTGGCACATGTTAATAAGAAA  243

seq1  CCCATGTTTCATTGTGATTGATCCATCACACTGAAATATAGGGCATAAGC  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATGTTTCATTGTGATTGATCCATCACACTGAAATATAGGGCATAAGC  293

seq1  TTTCCATTACAGCACAGATAGATTGCAGAATACACAGGGTTAAGAGTGAA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCATTACAGCACAGATAGATTGCAGAATACACAGGGTTAAGAGTGAA  343

seq1  AGTCAGGGAGCAAAGGATTTCTGGATGACTATTTTGAGATGAATGGCATA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAGGGAGCAAAGGATTTCTGGATGACTATTTTGAGATGAATGGCATA  393

seq1  TTTAAAGAGATGGCATACTCATAGTGCCATTTGTACATTGTTAAATGCTA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAGAGATGGCATACTCATAGTGCCATTTGTACATTGTTAAATGCTA  443

seq1  TAGAATTTGTCTTGCAGTTTGGCAAATATTTTGTTGCTTTTACAATGTTC  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAATTTGTCTTGCAGTTTGGCAAATATTTTGTTGCTTTTACAATGTTC  493

seq1  TTAGAGTTGGTTAGTATGGATTCTCTCACTGCTGACTCATTACTTTGAGA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAGTTGGTTAGTATGGATTCTCTCACTGCTGACTCATTACTTTGAGA  543

seq1  GCAAAAATGATAAATTACAAGATAGCAATAGCAATGATGTGATCTGTTGA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAAATGATAAATTACAAGATAGCAATAGCAATGATGTGATCTGTTGA  593

seq1  CATTTTAACAGAAAATTACACAAAATAATACCTTTTAATTGCTAGAATCA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTAACAGAAAATTACACAAAATAATACCTTTTAATTGCTAGAATCA  643

seq1  CCTTTTTTTTCTGAGACTAAGAGGCTTGAACAGGGAGAGATGCAGAAAAG  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTTTTTTCTGAGACTAAGAGGCTTGAACAGGGAGAGATGCAGAAAAG  693

seq1  GCCAATGAAGCTTGGAATCTTTAGTATGGAAGTCTATACCTTGCCTCCTT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAATGAAGCTTGGAATCTTTAGTATGGAAGTCTATACCTTGCCTCCTT  743

seq1  CCTATTATAGTGAAAACATGTTTGAATCCTGAACTGTTTCAACAGAAATG  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATTATAGTGAAAACATGTTTGAATCCTGAACTGTTTCAACAGAAATG  793

seq1  TAAAGAAAAACCTCACAATATTATCTAGAAAGATTCCCAAAGAGAGAGGT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGAAAAACCTCACAATATTATCTAGAAAGATTCCCAAAGAGAGAGGT  843

seq1  AGGAAATTAAAGCACATAGAAGTGAATAGAAGCTTACTAACAGTTTGTGA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAATTAAAGCACATAGAAGTGAATAGAAGCTTACTAACAGTTTGTGA  893

seq1  TGTCAGGCTTCTGAACACTGAAGTAAGAAAATAAAACGAAGGTCAGATGT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAGGCTTCTGAACACTGAAGTAAGAAAATAAAACGAAGGTCAGATGT  943

seq1  TGGAGGCTGGGGCAGATATAAGAGAAGTAAGGATAGAATATAATACAGAT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGGCTGGGGCAGATATAAGAGAAGTAAGGATAGAATATAATACAGAT  993

seq1  CTTTATGGGTTTTCCTTTTTTTAAATCGCCATGAGTATAATAAAACAAAC  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATGGGTTTTCCTTTTTTTAAATCGCCATGAGTATAATAAAACAAAC  1043

seq1  CCTTGGAGATAAGATAGTGTATCAAGAATGTGAAGCCCACCAAAGATAGT  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGGAGATAAGATAGTGTATCAAGAATGTGAAGCCCACCAAAGATAGT  1093

seq1  CCTGATCTATTAGACTATGCCAAGAATGAAGCAGTATGTAAAGTTTGAAG  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGATCTATTAGACTATGCCAAGAATGAAGCAGTATGTAAAGTTTGAAG  1143

seq1  AATTC  1150
      |||||
seq2  AATTC  1148


seq1: chr5_12930616_12931152
seq2: B6Ng01-240J23.g_65_602

seq1  GAATTCAGCTAAATACATGGATGGGTGCAGAAATCATAAAAGGAGCAAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGCTAAATACATGGATGGGTGCAGAAATCATAAAAGGAGCAAGG  50

seq1  GAGGAGAAGTAGGGGTTGAGTAAGGGCACTGTATTCAAATTTTGAATCTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAGAAGTAGGGGTTGAGTAAGGGCACTGTATTCAAATTTTGAATCTA  100

seq1  TATTGACAGAATATCTTAGAGGACTACCTTAGGCCTTTGTGTGTGTTGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGACAGAATATCTTAGAGGACTACCTTAGGCCTTTGTGTGTGTTGGA  150

seq1  CTTGAAGCATTGCATATGCTTGTGCGTAGAGGAAGATAGAGTTACTCTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAAGCATTGCATATGCTTGTGCGTAGAGGAAGATAGAGTTACTCTGT  200

seq1  TTCAGTGGTTATGCAGTCAGTGAACACAGTGGAATAGTCTCATGGAGTTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTGGTTATGCAGTCAGTGAACACAGTGGAATAGTCTCATGGAGTTA  250

seq1  ACAAAATGATCTGGTTCAAGGCACGTACCTATAATGACACATACACACAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAATGATCTGGTTCAAGGCACGTACCTATAATGACACATACACACAG  300

seq1  GACTTCTGTTTTGTTGGAGAGTAAAGAAAGGGAAACATACATTTGGAGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTCTGTTTTGTTGGAGAGTAAAGAAAGGGAAACATACATTTGGAGGA  350

seq1  TGATTATGTAAACCAGAGCAATGGGCAACCTAGATGACAATGTGAGCTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTATGTAAACCAGAGCAATGGGCAACCTAGATGACAATGTGAGCTGG  400

seq1  TTTCCTTCTGTGTGTTGTCTTCAGCAATATTTATGTATGTATGTATGTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTTCTGTGTGTTGTCTTCAGCAATATTTATGTATGTATGTATGTAT  450

seq1  GTATGTATGTATGCATTTATGTATTTATGTATTTATTTATTTATTTATTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGTATGTATGCATTTATGTATTTATGTATTTATTTATTTATTTATTT  500

seq1  ATTTATTTATGTAATGGTT-TTGTAGCTTCTTTGATTG  537
      |||||||||||||||||||  |||||| || |||||||
seq2  ATTTATTTATGTAATGGTTGATGTAGCATCGTTGATTG  538


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |