BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-241J11
Chromosome5 (Build37)
Map Location 46,822,928 - 46,980,984
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneQdpr, EG624224, Lap3, LOC100040762, Med28, 9630031F12Rik, 9630001P10Rik, 1600023N17Rik, Lcorl, LOC100041576, EG666103
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-241J11.bB6Ng01-241J11.g
ACCGA051467GA051468
length4691,103
definitionB6Ng01-241J11.b B6Ng01-241J11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(46,822,928 - 46,823,402)(46,979,885 - 46,980,984)
sequence
aaaggcaggaacattgaagtcttgtctgtatagctatagtcagaaatttc
cattgctctatacagagagtggattatggtctgtgaaagggcaccaaagg
catttctgcccaagtccagcctttcctcattggcggtttatggggcttgc
aatgtcaagatccatgaatttcagggactgtgcttgtccttggatcagat
ttggaagcagcttttgatcagtgaagtgaaacaattaattataagaaata
atgctagtaaaagtccttacccagtcagctaaaggagaaaggagccaagg
aaataaagcttgtctctggcagaacctcatcttcttactgtctggatcca
atcctgtttggctaaggcaatgacaactcacaactcgctaagttgccagt
gaaaggcacagttgtttggttttcttagacagtggttgtatcaggctggg
ggtggtagagggggagctg

gaattcaaggaaaccttggaaactgagcaaataggatcttctttgtgagt
cctaacctttttctaactcacattactctgaatgacccaaacctagcaca
aggtcagcctcaaacatctaagtcaaagacatattccctgcagtagacag
tgtgattgggggtcagctcaggagcctaggataagctggtgattgactgc
ccttcaatcctgctcagtggcacaaagaacacttcttttaggaatgggga
aggcatgacagcccacctgagctgcatgctgcccctcagctgaggtattc
actttgtaggagccatggtatcttaaacatcacaagcatccttactagat
aggactaacaacatgggggtatgaaagctatttcccaatgctttggatga
gtagactgcagtattgaattaatgagaataagtatgcaattgtatactca
catatacaagtgtgcagagtctagcttgcaatgctgacctctatggctta
ggcactatgcaaatgctccctggggaggcttcttggagaaaaaaaatgac
cacctgcactctgaatttcactacttcactcataactcatataccttaca
tgtatgctatatattctgtaaaagagatagcaacttgagattaggattgc
caagaccaaatgtttctgttctcatgaaattaccaatgtgaatggcagat
gcatgtacatatttgcattaacattatctgttttatacttatcacagatt
taggttgtacccataagtatcttactttacagctagcctgagatttatgt
cagttaaagtagttgcctagattttgtaaattgtaagtaaatatatacag
acttaagctaaagtgtattttgatttgagcatcttctcaattggtgattt
ttttattggttttacactatgctgccttcatacaaagtttaaaaaagcat
taaaatggaaatttttgaagagagcaacagaatagaattgtgtttttttt
ttcgagaataggaagataaaaagcctagcaactgactattactcctcatc
agtctcttgttatccccctgtctctctttcccattctctttccctctctt
ttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_46822928_46823402
seq2: B6Ng01-241J11.b_47_521

seq1  GAATTCAAAGGCAGGAACATTGAAGTCTTGTCTGTATAGCTATAGTCAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAGGCAGGAACATTGAAGTCTTGTCTGTATAGCTATAGTCAGA  50

seq1  AATTTCCATTGCTCTATACAGAGAGTGGATTATGGTCTGTGAAAGGGCAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTCCATTGCTCTATACAGAGAGTGGATTATGGTCTGTGAAAGGGCAC  100

seq1  CAAAGGCATTTCTGCCCAAGTCCAGCCTTTCCTCATTGGCGGTTTATGGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGGCATTTCTGCCCAAGTCCAGCCTTTCCTCATTGGCGGTTTATGGG  150

seq1  GCTTGCAATGTCAAGATCCATGAATTTCAGGGACTGTGCTTGTCCTTGGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGCAATGTCAAGATCCATGAATTTCAGGGACTGTGCTTGTCCTTGGA  200

seq1  TCAGATTTGGAAGCAGCTTTTGATCAGTGAAGTGAAACAATTAATTATAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGATTTGGAAGCAGCTTTTGATCAGTGAAGTGAAACAATTAATTATAA  250

seq1  GAAATAATGCTAGTAAAAGTCCTTACCCAGTCAGCTAAAGGAGAAAGGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATAATGCTAGTAAAAGTCCTTACCCAGTCAGCTAAAGGAGAAAGGAG  300

seq1  CCAAGGAAATAAAGCTTGTCTCTGGCAGAACCTCATCTTCTTACTGTCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGGAAATAAAGCTTGTCTCTGGCAGAACCTCATCTTCTTACTGTCTG  350

seq1  GATCCAATCCTGTTTGGCTAAGGCAATGACAACTCACAACTCGCTAAGTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCAATCCTGTTTGGCTAAGGCAATGACAACTCACAACTCGCTAAGTT  400

seq1  GCCAGTGAAAGGCACAGTTGTTTGGTTTTCTTAGACAGTGGTTGTATCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGTGAAAGGCACAGTTGTTTGGTTTTCTTAGACAGTGGTTGTATCAG  450

seq1  GCTGGGGGTGGTAGAGGGGGAGCTG  475
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGGGTGGTAGAGGGGGAGCTG  475


seq1: chr5_46979885_46980984
seq2: B6Ng01-241J11.g_68_1170 (reverse)

seq1  AAAAAGAGA-GGAAAGAGGATGGGAAAGAAGAGACAGGGGGATAACAGAG  49
      ||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||
seq2  AAAAAGAGAGGGAAAGAGAATGGGAAAG-AGAGACAGGGGGATAACA-AG  48

seq1  GAACTGATGAGGAAGTATAGTCAGTTGCTAGGCTTTTTATCTTCCTA-TC  98
        |||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  AGACTGATGAGGAGTAATAGTCAGTTGCTAGGCTTTTTATCTTCCTATTC  98

seq1  TCGAAAAAAAAACACA-AATTCTA-TCTGTTGCTCTCTTTCAAAAATTCC  146
      |||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||  |||| ||||
seq2  TCGAAAAAAAAA-ACACAATTCTATTCTGTTGCTCTCTTCAAAAATTTCC  147

seq1  ATTTTAATGCTTTTTTAAACTTTGTATGAAGGCAGCATAGTGTAAAA-CA  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  ATTTTAATGCTTTTTTAAACTTTGTATGAAGGCAGCATAGTGTAAAACCA  197

seq1  ATAAAAAAATCACCAATTGAGAAGATGCTCAAATC-AAATACACTTTAGC  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  ATAAAAAAATCACCAATTGAGAAGATGCTCAAATCAAAATACACTTTAGC  247

seq1  TTAAGTCTGTATATATTTACTTACAATTTACAAAATCTAGGCAACTACTT  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGTCTGTATATATTTACTTACAATTTACAAAATCTAGGCAACTACTT  297

seq1  TAACTGACATAAATCTCAGGCTAGCTGTAAAGTAAGATACTTATGGGTAC  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTGACATAAATCTCAGGCTAGCTGTAAAGTAAGATACTTATGGGTAC  347

seq1  AACCTAAATCTGTGATAAGTATAAAACAGATAATGTTAATGCAAATATGT  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTAAATCTGTGATAAGTATAAAACAGATAATGTTAATGCAAATATGT  397

seq1  ACATGCATCTGCCATTCACATTGGTAATTTCATGAGAACAGAAACATTTG  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGCATCTGCCATTCACATTGGTAATTTCATGAGAACAGAAACATTTG  447

seq1  GTCTTGGCAATCCTAATCTCAAGTTGCTATCTCTTTTACAGAATATATAG  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTGGCAATCCTAATCTCAAGTTGCTATCTCTTTTACAGAATATATAG  497

seq1  CATACATGTAAGGTATATGAGTTATGAGTGAAGTAGTGAAATTCAGAGTG  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACATGTAAGGTATATGAGTTATGAGTGAAGTAGTGAAATTCAGAGTG  547

seq1  CAGGTGGTCATTTTTTTTCTCCAAGAAGCCTCCCCAGGGAGCATTTGCAT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTGGTCATTTTTTTTCTCCAAGAAGCCTCCCCAGGGAGCATTTGCAT  597

seq1  AGTGCCTAAGCCATAGAGGTCAGCATTGCAAGCTAGACTCTGCACACTTG  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCCTAAGCCATAGAGGTCAGCATTGCAAGCTAGACTCTGCACACTTG  647

seq1  TATATGTGAGTATACAATTGCATACTTATTCTCATTAATTCAATACTGCA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGTGAGTATACAATTGCATACTTATTCTCATTAATTCAATACTGCA  697

seq1  GTCTACTCATCCAAAGCATTGGGAAATAGCTTTCATACCCCCATGTTGTT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTACTCATCCAAAGCATTGGGAAATAGCTTTCATACCCCCATGTTGTT  747

seq1  AGTCCTATCTAGTAAGGATGCTTGTGATGTTTAAGATACCATGGCTCCTA  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCTATCTAGTAAGGATGCTTGTGATGTTTAAGATACCATGGCTCCTA  797

seq1  CAAAGTGAATACCTCAGCTGAGGGGCAGCATGCAGCTCAGGTGGGCTGTC  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGTGAATACCTCAGCTGAGGGGCAGCATGCAGCTCAGGTGGGCTGTC  847

seq1  ATGCCTTCCCCATTCCTAAAAGAAGTGTTCTTTGTGCCACTGAGCAGGAT  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCTTCCCCATTCCTAAAAGAAGTGTTCTTTGTGCCACTGAGCAGGAT  897

seq1  TGAAGGGCAGTCAATCACCAGCTTATCCTAGGCTCCTGAGCTGACCCCCA  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGGGCAGTCAATCACCAGCTTATCCTAGGCTCCTGAGCTGACCCCCA  947

seq1  ATCACACTGTCTACTGCAGGGAATATGTCTTTGACTTAGATGTTTGAGGC  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACACTGTCTACTGCAGGGAATATGTCTTTGACTTAGATGTTTGAGGC  997

seq1  TGACCTTGTGCTAGGTTTGGGTCATTCAGAGTAATGTGAGTTAGAAAAAG  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCTTGTGCTAGGTTTGGGTCATTCAGAGTAATGTGAGTTAGAAAAAG  1047

seq1  GTTAGGACTCACAAAGAAGATCCTATTTGCTCAGTTTCCAAGGTTTCCTT  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGGACTCACAAAGAAGATCCTATTTGCTCAGTTTCCAAGGTTTCCTT  1097

seq1  GAATTC  1100
      ||||||
seq2  GAATTC  1103


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |