BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-242D09
Chromosome5 (Build37)
Map Location 27,676,099 - 27,782,210
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDpp6
Upstream gene4930584F24Rik, B930011P16Rik
Downstream geneSpeer4b, Paxip1, Htr5a, EG433862, LOC231069, Insig1, En2, Cnpy1, Prr8
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-242D09.bB6Ng01-242D09.g
ACCGA051916GA051917
length1,0571,157
definitionB6Ng01-242D09.b B6Ng01-242D09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(27,676,099 - 27,677,156)(27,781,053 - 27,782,210)
sequence
cataagaaaaggaaacctctctggtctgtgggtcctgaagtgcctttctg
ggactatagccagagaaagatggcacccttcattcagtaccagtgactgc
agaaaacagatttctaggtccagagcatgattaactccatgctccctggt
cttatgagcaagtttagtagtccagcacagatgaaaagagatagtctgtt
ttcaacatacggtgactagaggagaacacgagaactggctgggaaggacc
aggaagagcagagagcactgggactcatggagcctgaggcacttgcacag
tttcaaacctttgtgtttcacagattatctgcaacccccaaagccattat
tcaagcaggtcacacctagtgccctgagttggtgtgaacagaggagaatg
agtttgacaagaggtttctgctggtcatgacagcacccactttccaaaaa
gcaaatggatacaggactgaactctaaacctcattagtattatgtagcca
aaacttagcatcaggaaatagagaactggcgttacctggctctctcttct
acttagcacgccagctggcttcaggtctgcagctgaatctatgggacttc
cctgactctccagccagcctgcctttcacagctgggttagcatctcatag
tcatagaattcaagggaattctaaactggagccacaattctgaaaacact
tcccccatttatttgcttgttgccaccccacgactgccttagtatagcca
tgtaaaggacagagtagcccccacttcctctgagggccatgagttcctct
ggagggtaagcaactcacaggattgcagtgagctgttgacaaagtaacat
tacccagtcctaggtccccaggagggcctgtgctagcctccctaacaaag
ccatgaaaaggcaccaactttagctctccactgtgtggctacctcagctg
gcttctgcagagcaagtacacaaagacaaaagagagttgcaatacttttt
ttaataactccatctgaagtggccataccttctttgtcgaaacttctgag
tcataag

gaattcttgagacatcaaatacaactcatgtgaaagtttctttgggtttg
atttttatctgattagcaagggactcctccttgccttcctctgtacagca
gcagcccataccctattaggaagaagattctgccatctactattgctgcc
tgaatatccatagtcggctacctattgatgctgcctggacacttggatgg
cccagttcagcacattgttaaaaccatgctcccgtggccttggctgtctt
ctgtatcttcctgtttaaatactcccattccttttacctgcgccctgaac
actgcctaaactctccaggctagatgaacatctatctgtacgtgactcac
attttaaagaatggtatatgtgatctctcatatagcaccacgatgttcct
ggctcctgagagtcagtacttggacagacattacaaatagtaggggtcct
gtagtcctcaagccctgttccagtgggaaggcagatccaaagctcacggt
cataatcctgatgccaaatgggtcctccatatctcttattcgtacagatg
tttctagaaaactgatcacttctgttctgtcattctttaatattcattta
taagacacagctgctggctggagcaggacttacagctgagagcatggtgg
aggctacattagaaataatggactagaggctggagagaccgctcagcaat
taagagccagctgctcgtccagaggacctggatttagttcacagcccaac
acagcagcttacaactatctgtaagtccagtcccaggtgatccagtgtat
tttgtttgtttgtttgtttgtttttctggtgcctcctcaggcatcgtgca
tgcatacagacatacatgcagacacccacacccataaaataaatacatac
aaagtaaaaagtaatgaaaccaatggtctcagtgaagaaattgtggctgc
aagagcgcaaggcaatgtatcacactgggtccacagtaaagaagcagagt
ggtggaatacctgtgttccactctcctcttctgtattccacgaagtgctt
cacaccttactagcctatcttgtcgatcatgccagaacatggccagaagg
tgctttcaatgatgaattctactaggttcaacatgaacctaattagtcat
cacaagt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_27676099_27677156
seq2: B6Ng01-242D09.b_54_1110

seq1  CATAAGAAAAGGAAACCTCTCTGGTCTGTGGGTCCTGAAGTGCCTTTCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAGAAAAGGAAACCTCTCTGGTCTGTGGGTCCTGAAGTGCCTTTCTG  50

seq1  GGACTATAGCCAGAGAAAGATGGCACCCTTCATTCAGTACCAGTGACTGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTATAGCCAGAGAAAGATGGCACCCTTCATTCAGTACCAGTGACTGC  100

seq1  AGAAAACAGATTTCTAGGTCCAGAGCATGATTAACTCCATGCTCCCTGGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAACAGATTTCTAGGTCCAGAGCATGATTAACTCCATGCTCCCTGGT  150

seq1  CTTATGAGCAAGTTTAGTAGTCCAGCACAGATGAAAAGAGATAGTCTGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATGAGCAAGTTTAGTAGTCCAGCACAGATGAAAAGAGATAGTCTGTT  200

seq1  TTCAACATACGGTGACTAGAGGAGAACACGAGAACTGGCTGGGAAGGACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAACATACGGTGACTAGAGGAGAACACGAGAACTGGCTGGGAAGGACC  250

seq1  AGGAAGAGCAGAGAGCACTGGGACTCATGGAGCCTGAGGCACTTGCACAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGAGCAGAGAGCACTGGGACTCATGGAGCCTGAGGCACTTGCACAG  300

seq1  TTTCAAACCTTTGTGTTTCACAGATTATCTGCAACCCCCAAAGCCATTAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAAACCTTTGTGTTTCACAGATTATCTGCAACCCCCAAAGCCATTAT  350

seq1  TCAAGCAGGTCACACCTAGTGCCCTGAGTTGGTGTGAACAGAGGAGAATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGCAGGTCACACCTAGTGCCCTGAGTTGGTGTGAACAGAGGAGAATG  400

seq1  AGTTTGACAAGAGGTTTCTGCTGGTCATGACAGCACCCACTTTCCAAAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTGACAAGAGGTTTCTGCTGGTCATGACAGCACCCACTTTCCAAAAA  450

seq1  GCAAATGGATACAGGACTGAACTCTAAACCTCATTAGTATTATGTAGCCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAATGGATACAGGACTGAACTCTAAACCTCATTAGTATTATGTAGCCA  500

seq1  AAACTTAGCATCAGGAAATAGAGAACTGGCGTTACCTGGCTCTCTCTTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTTAGCATCAGGAAATAGAGAACTGGCGTTACCTGGCTCTCTCTTCT  550

seq1  ACTTAGCACGCCAGCTGGCTTCAGGTCTGCAGCTGAATCTATGGGACTTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAGCACGCCAGCTGGCTTCAGGTCTGCAGCTGAATCTATGGGACTTC  600

seq1  CCTGACTCTCCAGCCAGCCTGCCTTTCACAGCTGGGTTAGCATCTCATAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGACTCTCCAGCCAGCCTGCCTTTCACAGCTGGGTTAGCATCTCATAG  650

seq1  TCATAGAATTCAAGGGAATTCTAAACTGGAGCCACAATTCTGAAAACACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAGAATTCAAGGGAATTCTAAACTGGAGCCACAATTCTGAAAACACT  700

seq1  TCCCCCATTTATTTGCTTGTTGCCACCCCACGACTGCCTTAGTATAGCCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCCATTTATTTGCTTGTTGCCACCCCACGACTGCCTTAGTATAGCCA  750

seq1  TGTAAAGGACAGAGTAGCCCCCACTTCCTCTGAGGGCCATGAGTTCCTCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAAGGACAGAGTAGCCCCCACTTCCTCTGAGGGCCATGAGTTCCTCT  800

seq1  GGAGGGTAAGCAACTCACAGGATTGCAGTGAGCTGTTGACAAAGTAACAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGGTAAGCAACTCACAGGATTGCAGTGAGCTGTTGACAAAGTAACAT  850

seq1  TACCCAGTCCTAGGTCCCCAGGAGGGCCTGTGCTAGCCTCCCTAACAAAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCAGTCCTAGGTCCCCAGGAGGGCCTGTGCTAGCCTCCCTAACAAAG  900

seq1  CCATGAAAAGGCACCAACTTTAGCTCTCCACTGTGTGGCTACCTCAGCTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGAAAAGGCACCAACTTTAGCTCTCCACTGTGTGGCTACCTCAGCTG  950

seq1  GCTTCTGCAGAGCAAGTACACAAAGACAAAAGAGAGTTGCAATACTTTTT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCTGCAGAGCAAGTACACAAAGACAAAAGAGAGTTGCAATACTTTTT  1000

seq1  T--ATAACTCCATCCTGAAGTGGCCATACCTTCCTTTGTCCAAAACTTCT  1048
      |  |||||||||| |||||||||||||||||| |||||| | ||||||||
seq2  TTAATAACTCCAT-CTGAAGTGGCCATACCTT-CTTTGT-CGAAACTTCT  1047

seq1  GAGTCATAAG  1058
      ||||||||||
seq2  GAGTCATAAG  1057


seq1: chr5_27781053_27782210
seq2: B6Ng01-242D09.g_66_1222 (reverse)

seq1  ACTTGTGATGACTAAATAGTGTCAGGTTGACACTATGTA-AGATCACCAT  49
      ||||||||||||||| |||  ||| |||||  ||| ||| |  ||| |||
seq2  ACTTGTGATGACTAATTAGGTTCATGTTGAACCTA-GTAGAATTCATCAT  49

seq1  GGAAACCAACTTCTGGGCATGTCTGGGCATGATCGACAAGATTAAGCTAG  99
       |||| || ||||||| |||||   |||||||||||||||| || |||||
seq2  TGAAAGCACCTTCTGGCCATGTTCTGGCATGATCGACAAGA-TAGGCTAG  98

seq1  TTAAGGTGTGAAGGCACTTCGTGGAATACAGAGGAGGAGAGTGGAACACA  149
       ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  -TAAGGTGTGAA-GCACTTCGTGGAATACAGAAGAGGAGAGTGGAACACA  146

seq1  GGTATT-CACCACTCTGCTTCTTTACTGTGGACCCAGTGTGATACATTGC  198
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATTCCACCACTCTGCTTCTTTACTGTGGACCCAGTGTGATACATTGC  196

seq1  CTTGCGCTCTTGCAGCCACAATTTCTTCACTGAGACCATTGG-TTCATTA  247
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CTTGCGCTCTTGCAGCCACAATTTCTTCACTGAGACCATTGGTTTCATTA  246

seq1  CTTTTTACTTTGTATGTATTTATTTTATGGGTGTGGGTGTCTGCATGTAT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTACTTTGTATGTATTTATTTTATGGGTGTGGGTGTCTGCATGTAT  296

seq1  GTCTGTATGCATGCACGATGCCTGAGGAGGCACCAGAAAAACAAACAAAC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGTATGCATGCACGATGCCTGAGGAGGCACCAGAAAAACAAACAAAC  346

seq1  AAACAAACAAAATACACTGGATCACCTGGGACTGGACTTACAGATAGTTG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAACAAAATACACTGGATCACCTGGGACTGGACTTACAGATAGTTG  396

seq1  TAAGCTGCTGTGTTGGGCTGTGAACTAAATCCAGGTCCTCTGGACGAGCA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCTGCTGTGTTGGGCTGTGAACTAAATCCAGGTCCTCTGGACGAGCA  446

seq1  GCTGGCTCTTAATTGCTGAGCGGTCTCTCCAGCCTCTAGTCCATTATTTC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGCTCTTAATTGCTGAGCGGTCTCTCCAGCCTCTAGTCCATTATTTC  496

seq1  TAATGTAGCCTCCACCATGCTCTCAGCTGTAAGTCCTGCTCCAGCCAGCA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGTAGCCTCCACCATGCTCTCAGCTGTAAGTCCTGCTCCAGCCAGCA  546

seq1  GCTGTGTCTTATAAATGAATATTAAAGAATGACAGAACAGAAGTGATCAG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTGTCTTATAAATGAATATTAAAGAATGACAGAACAGAAGTGATCAG  596

seq1  TTTTCTAGAAACATCTGTACGAATAAGAGATATGGAGGACCCATTTGGCA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTAGAAACATCTGTACGAATAAGAGATATGGAGGACCCATTTGGCA  646

seq1  TCAGGATTATGACCGTGAGCTTTGGATCTGCCTTCCCACTGGAACAGGGC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGATTATGACCGTGAGCTTTGGATCTGCCTTCCCACTGGAACAGGGC  696

seq1  TTGAGGACTACAGGACCCCTACTATTTGTAATGTCTGTCCAAGTACTGAC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGGACTACAGGACCCCTACTATTTGTAATGTCTGTCCAAGTACTGAC  746

seq1  TCTCAGGAGCCAGGAACATCGTGGTGCTATATGAGAGATCACATATACCA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGGAGCCAGGAACATCGTGGTGCTATATGAGAGATCACATATACCA  796

seq1  TTCTTTAAAATGTGAGTCACGTACAGATAGATGTTCATCTAGCCTGGAGA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTAAAATGTGAGTCACGTACAGATAGATGTTCATCTAGCCTGGAGA  846

seq1  GTTTAGGCAGTGTTCAGGGCGCAGGTAAAAGGAATGGGAGTATTTAAACA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAGGCAGTGTTCAGGGCGCAGGTAAAAGGAATGGGAGTATTTAAACA  896

seq1  GGAAGATACAGAAGACAGCCAAGGCCACGGGAGCATGGTTTTAACAATGT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGATACAGAAGACAGCCAAGGCCACGGGAGCATGGTTTTAACAATGT  946

seq1  GCTGAACTGGGCCATCCAAGTGTCCAGGCAGCATCAATAGGTAGCCGACT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAACTGGGCCATCCAAGTGTCCAGGCAGCATCAATAGGTAGCCGACT  996

seq1  ATGGATATTCAGGCAGCAATAGTAGATGGCAGAATCTTCTTCCTAATAGG  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGATATTCAGGCAGCAATAGTAGATGGCAGAATCTTCTTCCTAATAGG  1046

seq1  GTATGGGCTGCTGCTGTACAGAGGAAGGCAAGGAGGAGTCCCTTGCTAAT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGGGCTGCTGCTGTACAGAGGAAGGCAAGGAGGAGTCCCTTGCTAAT  1096

seq1  CAGATAAAAATCAAACCCAAAGAAACTTTCACATGAGTTGTATTTGATGT  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATAAAAATCAAACCCAAAGAAACTTTCACATGAGTTGTATTTGATGT  1146

seq1  CTCAAGAATTC  1158
      |||||||||||
seq2  CTCAAGAATTC  1157


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |