BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-242J23
Chromosome5 (Build37)
Map Location 128,246,940 - 128,388,914
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTmem132d
Upstream geneLOC100040327, Tmem132c, Slc15a4, Glt1d1
Downstream geneFzd10, LOC100040398, Piwil1, Rimbp2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-242J23.bB6Ng01-242J23.g
ACCGA052217GA052218
length1,1431,116
definitionB6Ng01-242J23.b B6Ng01-242J23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(128,246,940 - 128,248,086)(128,387,801 - 128,388,914)
sequence
gaggtagttgggttccatgcctatgactttgactacgataccatactcct
cccatagtgtgccaatcaaccacaaggcaggccaacgagacacatccagg
ccatttagaccccacctttggtcctgttgttatttccagagcataataat
tcgtggctagtgtgttatcccagcacatagattttgactgggaaagtctg
atctcatctacatacttagactcatctgtcatagtgttctgtgccatgtg
atggagtgccctgttcctttctctacgccctctcattgggtggggctgcc
cctggagtgagacatggggaaggcatttctgctagaatgacgtcatgtct
acggatttctgcaagaggtgggcagctcagctgagacctagattgaattt
tccccccaaggcacagtgcagtgatggatgctacatggctctggtagggt
agctgtctatgccttctgtcctggagctcatcacgaagctgcagtgctga
tgaccaagcctatgtctgctccttgagtgtttctggggctccttgacatt
gatgacttcatacatacagagacaacctcaaggacaccacaaaactgcag
agcctccgggggcctatgggcaactgtaggaagtcacattgatttagaga
ttcaagcccctggtattttagctagttgttgctacagaacacaaaagcat
acagttcagtggctaatctaactaatgcttacctcttggacaggtgcctt
ggttgaactggactggactcttccagtcttgtcagggctcacagatatac
ccatgatgagttggtggtgacaatcaaaggttttttggctgactctggcc
aggcctttttatggggcactctacaaaggtgttcattgtatgtgactgat
ttatcctcaagctgacctggcttatgatttggagtcagttataagatgga
cgtggccatgtgaaagtccctggtcttgagcttgtcacatgtgactttcc
acctcgatcctgagaatagatcatgtgacaaagccatcgtagattcaaag
gcagaggggaataccatcactctcatgaaaggagaagccgagttacgttt
tcgacacacagattcccacatcatggtgcaatgattcaattca

gaattcattactcgtctccatcttacttggaggatgggtttttagaagga
caaatgcccacaccatgttgtaattctgagaatacacagagccccatcct
ggtggctcagttaattagtgagaggggcagcaggtcacgccaagttcatt
atcaccaagttgacgggcagatcatctccctatgaccctccttcagcatc
acgagaacaaatatagtttctttcagcaaacatattccgagtaatacaga
ttcctcggtgataattcttaacctcaaaatgcaaggtcaaaagtgtgtag
agttatgtgacatttcaatttcatgagagagccctttgccccctcttttg
gcaggaaaagatttaagcagtcagcttcatgacatcaagagagggtacaa
gtttagatctagctcggattgtgtgtttatggcatataaataacatctgt
gccgttggactcagctacttccctggattgtactgttgttgcttctaaat
ccctgaatgtccactttttttggagtgtcccactacataaggaccactct
tggggttgggagatgtagctcaattgcttgagagcttgcctagcatgcac
gaagccctaggttctgcccagcatctcagaaaaaaaaaactaggcatggt
gtcgtatacctgtaatcacagcattctggagctagaggcagggggatcag
aagttcaagggcatcaaccacaatatagcaagttagcccaacctagttga
gacccagtatcaacaaaatatagccaatcttatgggcaggtagcttccct
tggggggattattgtgcaccaggcaaagttaagacatatgggtgagtcat
tttctgtttctatgtagctaactcctcactttggcttaagatggtgttga
gagatacccagttgtataaggaggatgcatcatgcagtgatctttggggt
atggaacttttctatacatgagcaatagccttcccaggtaggtatagtgt
ctatcataatcctccatccgtggtgcatcctacagagtgacttgcataaa
tttggcttcctgtctctgtgcgaaaatgaataaggaccttggggcaaaac
attcccaggaaggggt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_128246940_128248086
seq2: B6Ng01-242J23.b_56_1198

seq1  GAGGTAGTTGGGTTCCATGCCTATGACTTTGACTACGATACCATACTCCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTAGTTGGGTTCCATGCCTATGACTTTGACTACGATACCATACTCCT  50

seq1  CCCATAGTGTGCCAATCAACCACAAGGCAGGCCAACGAGACACATCCAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATAGTGTGCCAATCAACCACAAGGCAGGCCAACGAGACACATCCAGG  100

seq1  CCATTTAGACCCCACCTTTGGTCCTGTTGTTATTTCCAGAGCATAATAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTTAGACCCCACCTTTGGTCCTGTTGTTATTTCCAGAGCATAATAAT  150

seq1  TCGTGGCTAGTGTGTTATCCCAGCACATAGATTTTGACTGGGAAAGTCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTGGCTAGTGTGTTATCCCAGCACATAGATTTTGACTGGGAAAGTCTG  200

seq1  ATCTCATCTACATACTTAGACTCATCTGTCATAGTGTTCTGTGCCATGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCATCTACATACTTAGACTCATCTGTCATAGTGTTCTGTGCCATGTG  250

seq1  ATGGAGTGCCCTGTTCCTTTCTCTACGCCCTCTCATTGGGTGGGGCTGCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAGTGCCCTGTTCCTTTCTCTACGCCCTCTCATTGGGTGGGGCTGCC  300

seq1  CCTGGAGTGAGACATGGGGAAGGCATTTCTGCTAGAATGACGTCATGTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGAGTGAGACATGGGGAAGGCATTTCTGCTAGAATGACGTCATGTCT  350

seq1  ACGGATTTCTGCAAGAGGTGGGCAGCTCAGCTGAGACCTAGATTGAATTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGATTTCTGCAAGAGGTGGGCAGCTCAGCTGAGACCTAGATTGAATTT  400

seq1  TCCCCCCAAGGCACAGTGCAGTGATGGATGCTACATGGCTCTGGTAGGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCCCAAGGCACAGTGCAGTGATGGATGCTACATGGCTCTGGTAGGGT  450

seq1  AGCTGTCTATGCCTTCTGTCCTGGAGCTCATCACGAAGCTGCAGTGCTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGTCTATGCCTTCTGTCCTGGAGCTCATCACGAAGCTGCAGTGCTGA  500

seq1  TGACCAAGCCTATGTCTGCTCCTTGAGTGTTTCTGGGGCTCCTTGACATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCAAGCCTATGTCTGCTCCTTGAGTGTTTCTGGGGCTCCTTGACATT  550

seq1  GATGACTTCATACATACAGAGACAACCTCAAGGACACCACAAAACTGCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGACTTCATACATACAGAGACAACCTCAAGGACACCACAAAACTGCAG  600

seq1  AGCCTCCGGGGGCCTATGGGCAACTGTAGGAAGTCACATTGATTTAGAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTCCGGGGGCCTATGGGCAACTGTAGGAAGTCACATTGATTTAGAGA  650

seq1  TTCAAGCCCCTGGTATTTTAGCTAGTTGTTGCTACAGAACACAAAAGCAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAGCCCCTGGTATTTTAGCTAGTTGTTGCTACAGAACACAAAAGCAT  700

seq1  ACAGTTCAGTGGCTAATCTAACTAATGCTTACCTCTTGGACAGGTGCCTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTTCAGTGGCTAATCTAACTAATGCTTACCTCTTGGACAGGTGCCTT  750

seq1  GGTTGAACTGGACTGGACTCTTCCAGTCTTGTCAGGGCTCACAGATATAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGAACTGGACTGGACTCTTCCAGTCTTGTCAGGGCTCACAGATATAC  800

seq1  CCATGATGAGTTGGTGGTGACAATC-AAGGTTTTTTGGCTGACTCTGGCC  849
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGATGAGTTGGTGGTGACAATCAAAGGTTTTTTGGCTGACTCTGGCC  850

seq1  AGGCCTTTTTATGGGGCACTCTACAAAGGTGTTCATTGTATGTGACTGAT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCTTTTTATGGGGCACTCTACAAAGGTGTTCATTGTATGTGACTGAT  900

seq1  TTATCCTCAAGCTGACCTGGGCTTATGATTTGGAGTCAAGTTATAAGGAT  949
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| |||
seq2  TTATCCTCAAGCTGACCT-GGCTTATGATTTGGAGTC-AGTTATAA-GAT  947

seq1  GGACGTGGCCATGTGAAAGTCCCTGGGTCTTGGAGC-TGTCACATGTGAC  998
      |||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||
seq2  GGACGTGGCCATGTGAAAGTCCCT-GGTCTT-GAGCTTGTCACATGTGAC  995

seq1  -TTCCACCTCGAT-CTGAGGAATAGATCATGTGACAAAGCCATCGTAGAT  1046
       |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCACCTCGATCCTGA-GAATAGATCATGTGACAAAGCCATCGTAGAT  1044

seq1  TCAAAGGCAGA-GGGAATACATTCCACTC-CATGAGAGGAAGAAGGCAGA  1094
      ||||||||||| ||||||||  | ||||| ||||| ||| |||| || ||
seq2  TCAAAGGCAGAGGGGAATACCAT-CACTCTCATGAAAGG-AGAA-GCCGA  1091

seq1  GTTACGTATCGAACACACAGATTCCCCACATCAT-GTGCATATAAATCAA  1143
      ||||||| |   ||||||||||| |||||||||| ||||| || | ||||
seq2  GTTACGTTTTCGACACACAGATT-CCCACATCATGGTGCA-ATGATTCAA  1139

seq1  TTCA  1147
      ||||
seq2  TTCA  1143


seq1: chr5_128387801_128388914
seq2: B6Ng01-242J23.g_67_1182 (reverse)

seq1  ACCCC-TCCTGGG-ATGTTGTG-CCCAAGTTCCTTATTCTATCTC-CACA  46
      ||||| ||||||| ||||| || |||||| |||||||||  | || ||||
seq2  ACCCCTTCCTGGGAATGTTTTGCCCCAAGGTCCTTATTCATTTTCGCACA  50

seq1  GAGACAGGAAACCCAATTTTAATGCAAGTCACTCTGTAGGATGCA-CACG  95
      |||||||||| || |||||  |||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GAGACAGGAAGCCAAATTT--ATGCAAGTCACTCTGTAGGATGCACCACG  98

seq1  GATGGAGAATTAATGATAGACACTATACCTACCTGGGAAGGCTATTGCTT  145
      ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  GATGGAGGATT-ATGATAGACACTATACCTACCTGGGAAGGCTATTGC-T  146

seq1  CATGTATAGGAAAAGTTCCATA-CCCAAAGATCACTGCATGATGCATCCT  194
      |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTATA-GAAAAGTTCCATACCCCAAAGATCACTGCATGATGCATCCT  195

seq1  -CTTATACAACTGGGTATCTCTCAACACCATCTTAAGCCAAAGTGAGGAG  243
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTATACAACTGGGTATCTCTCAACACCATCTTAAGCCAAAGTGAGGAG  245

seq1  TTAGCTACATAGAAACAGAAAATGACTCACCCATATGTCTTAACTTTGCC  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCTACATAGAAACAGAAAATGACTCACCCATATGTCTTAACTTTGCC  295

seq1  TGGTGCACAATAATCCCCCCAAGGGAAGCTACCTGCCCATAAGATTGGCT  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGCACAATAATCCCCCCAAGGGAAGCTACCTGCCCATAAGATTGGCT  345

seq1  ATATTTTGTTGATACTGGGTCTCAACTAGGTTGGGCTAACTTGCTATATT  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTTGTTGATACTGGGTCTCAACTAGGTTGGGCTAACTTGCTATATT  395

seq1  GTGGTTGATGCCCTTGAACTTCTGATCCCCCTGCCTCTAGCTCCAGAATG  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTTGATGCCCTTGAACTTCTGATCCCCCTGCCTCTAGCTCCAGAATG  445

seq1  CTGTGATTACAGGTATACGACACCATGCCTAGTTTTTTTTTTCTGAGATG  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGATTACAGGTATACGACACCATGCCTAGTTTTTTTTTTCTGAGATG  495

seq1  CTGGGCAGAACCTAGGGCTTCGTGCATGCTAGGCAAGCTCTCAAGCAATT  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGCAGAACCTAGGGCTTCGTGCATGCTAGGCAAGCTCTCAAGCAATT  545

seq1  GAGCTACATCTCCCAACCCCAAGAGTGGTCCTTATGTAGTGGGACACTCC  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTACATCTCCCAACCCCAAGAGTGGTCCTTATGTAGTGGGACACTCC  595

seq1  AAAAAAAGTGGACATTCAGGGATTTAGAAGCAACAACAGTACAATCCAGG  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAGTGGACATTCAGGGATTTAGAAGCAACAACAGTACAATCCAGG  645

seq1  GAAGTAGCTGAGTCCAACGGCACAGATGTTATTTATATGCCATAAACACA  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTAGCTGAGTCCAACGGCACAGATGTTATTTATATGCCATAAACACA  695

seq1  CAATCCGAGCTAGATCTAAACTTGTACCCTCTCTTGATGTCATGAAGCTG  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCCGAGCTAGATCTAAACTTGTACCCTCTCTTGATGTCATGAAGCTG  745

seq1  ACTGCTTAAATCTTTTCCTGCCAAAAGAGGGGGCAAAGGGCTCTCTCATG  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTTAAATCTTTTCCTGCCAAAAGAGGGGGCAAAGGGCTCTCTCATG  795

seq1  AAATTGAAATGTCACATAACTCTACACACTTTTGACCTTGCATTTTGAGG  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTGAAATGTCACATAACTCTACACACTTTTGACCTTGCATTTTGAGG  845

seq1  TTAAGAATTATCACCGAGGAATCTGTATTACTCGGAATATGTTTGCTGAA  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGAATTATCACCGAGGAATCTGTATTACTCGGAATATGTTTGCTGAA  895

seq1  AGAAACTATATTTGTTCTCGTGATGCTGAAGGAGGGTCATAGGGAGATGA  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACTATATTTGTTCTCGTGATGCTGAAGGAGGGTCATAGGGAGATGA  945

seq1  TCTGCCCGTCAACTTGGTGATAATGAACTTGGCGTGACCTGCTGCCCCTC  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCCGTCAACTTGGTGATAATGAACTTGGCGTGACCTGCTGCCCCTC  995

seq1  TCACTAATTAACTGAGCCACCAGGATGGGGCTCTGTGTATTCTCAGAATT  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTAATTAACTGAGCCACCAGGATGGGGCTCTGTGTATTCTCAGAATT  1045

seq1  ACAACATGGTGTGGGCATTTGTCCTTCTAAAAACCCATCCTCCAAGTAAG  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACATGGTGTGGGCATTTGTCCTTCTAAAAACCCATCCTCCAAGTAAG  1095

seq1  ATGGAGACGAGTAATGAATTC  1114
      |||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAGACGAGTAATGAATTC  1116


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |