BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-244A16
Chromosome5 (Build37)
Map Location 47,237,299 - 47,373,617
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLcorl, EG666103
Downstream geneLOC100040865, LOC100040876
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-244A16.bB6Ng01-244A16.g
ACCGA053273GA053274
length1,1031,032
definitionB6Ng01-244A16.b B6Ng01-244A16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(47,372,490 - 47,373,617)(47,237,299 - 47,238,332)
sequence
gaattcaggattctcatatttagatagaatatacctttaaagttagtgtt
caaaataattcactttgtaatgttcagatttttaattcataacgtgattt
ttaaactgaaaacatgaaactcatgaagtatttttatagtctacagagac
ttcaaaccatgcatttgttgtctgggtttcagaatcacatgttatcatca
acattcaaaacactgaccttcaagggacaaacaaaaacacacagtaatac
attatgttaaatataactgtgtgcaagattttgttaataaaattggcata
ttaaatcgtcttttttaaatatatttttgtgcaatcgtggaaatcctcac
agaaaccattagacacaactaacatttttttaaaaaaaatagtataattg
attccttccttttcctttccctgaatcttatcaagcactgacttgtgaac
acaataaacatgaaatctgaactcttcgtttacaaaaagtaagttgctga
tcagttccaaaggacaaatgaatcataaaatgaatttaattttaattgac
tttctcaaactaacaaaatcaaaataatcaaatcatttctctaaatgtta
agggtccattttgggggatgtaatttgattccttttgcagataaaatcat
ttcaatgtcacatttaactttagcctgaagggattacaaggtcacaaagt
tgtatattttacagtaatcaagtaaagtctgtcgtttccataactataaa
gcaaaatggttaagatctcaatctagactcaaaagaaaggtgaattttaa
attttaaattcaattcagttctttaaaagtgccatgaaaggtcagaagtt
tttagttactgtaaaatgtcccattctgacctcaaaagtatgacccaagt
gggcatgtgcctttggactgcagagatagaatgagtgagtacacaggttt
tatcattataaagaccacagacttagacaacatctttatatattgtcttt
agcagcttactgatcatagtgctattacactgtttcagtctacgtcatca
cagacgttcagtacagattccgaaagttctgtactcacgggtaactgcca
atg

gaattcatacagagtatctatacactatctagcatgctgatttcttagtg
ctagtttataatgattgccagcttgatggcgtggaaagtaaccttagaga
caaacctcttggcatgtctgaaggagtatctaagttaggttaattgtagg
aaagtccaccacaggtttaggcagcaccattgtatggacttgggttccag
acatcttgaaaaagagaaagtcagctgtccacatttgcctctcagtgctg
cttgactgtgaatggcttaacctcctgtcaccactccttctgtgccacaa
gtgatgacactcttctttcctctcataagttgcttttgtagagtatttgt
cacagcaataagaagaggaaataggatacttttcatgttacatggcctaa
gacacgaatgacaaacattacagtaattgtttcaataagcatgtaccagc
gcgtaagtgctttgatgactgctcagagccatctatatattgacttttct
aaagtggaggagaaacgcttgtcagtaactgagacaacttaacctgttcc
atgacagaagcatggctggagacatgtaacatctcagtgaatagtgcaga
ttagcaaggactttgtaaagatgaaaaccttttagatttgctctggggca
aggtagattagtgtgtgctaagttacagataggcaagagggaaaggttct
gatgtgctatcacacaatacagccatagataactatgcaatgtatatttc
aaggaaaggtttagtaagtttttactacaaaaatgattacatatatgagc
tatacatgcctaacttgacgtatattacatagtgcatatatgtattgaaa
tctcacttggtaaacccctagtatgtgcacattttaggttatatgtatca
gttactactcagttgaatagatctggaaatttattattttaagtgaaata
tcacagaaccaagagacaaataccatatgattgtgtctagcattcatctg
aatttaagttttatatggtggtgtatgtgtat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_47372490_47373617
seq2: B6Ng01-244A16.b_43_1145 (reverse)

seq1  CATTGGGCAGTTACCGCTGAGTACAGGACTCTCTGGAATTCTGTACTTGA  50
      |||| ||||||||||  ||||||||| ||| || |||| ||||||| |||
seq2  CATT-GGCAGTTACCCGTGAGTACAGAACTTTC-GGAA-TCTGTAC-TGA  46

seq1  ACCGTCCTTGGTGGATGACGTAGGACTGAAACAGTGTAATAGCACTAATG  100
      | ||||  |    ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||
seq2  A-CGTCTGT----GATGACGTA-GACTGAAACAGTGTAATAGCACT-ATG  89

seq1  ATCAGGTAAGCTTGCTAAAGGACAATATTATAAAGATGTTTGTTCTAAGT  150
      |||| |||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||   |||||||
seq2  ATCA-GTAAGC-TGCTAAA-GACAATA-TATAAAGATGTT--GTCTAAGT  133

seq1  TCCTGTTGGTCTTTATAATTGATTAAAACCCTGTGTACTCACCTCATTCT  200
        ||| |||||||||||| ||||  ||| |||||||||||| ||||||||
seq2  --CTG-TGGTCTTTATAA-TGAT--AAAACCTGTGTACTCA-CTCATTCT  176

seq1  ATCTTCCTGCAGTCCAAAGGCACATGCCCACTTGGGTCATACTTTTGAGG  250
      ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCT--CTGCAGTCCAAAGGCACATGCCCACTTGGGTCATACTTTTGAGG  224

seq1  TCAGAATGGGACATTTTACAGTAACTAAAAACTTCTGACCTTTCATGGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAATGGGACATTTTACAGTAACTAAAAACTTCTGACCTTTCATGGCA  274

seq1  CTTTTAAAGAACTGAATTGAATTTAAAATTTAAAATTCACC-TTCTTTTG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CTTTTAAAGAACTGAATTGAATTTAAAATTTAAAATTCACCTTTCTTTTG  324

seq1  AGTCTAGATTGAGATCTTAACCATTTTGCTTTATAGTTATGGAAACGACA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTAGATTGAGATCTTAACCATTTTGCTTTATAGTTATGGAAACGACA  374

seq1  GACTTTACTTGATTACTGTAAAATATACAACTTTGTGACCTTGTAATCCC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTTACTTGATTACTGTAAAATATACAACTTTGTGACCTTGTAATCCC  424

seq1  TTCAGGCTAAAGTTAAATGTGACATTGAAATGATTTTATCTGCAAAAGGA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGGCTAAAGTTAAATGTGACATTGAAATGATTTTATCTGCAAAAGGA  474

seq1  ATCAAATTACATCCCCCAAAATGGACCCTTAACATTTAGAGAAATGATTT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAATTACATCCCCCAAAATGGACCCTTAACATTTAGAGAAATGATTT  524

seq1  GATTATTTTGATTTTGTTAGTTTGAGAAAGTCAATTAAAATTAAATTCAT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTATTTTGATTTTGTTAGTTTGAGAAAGTCAATTAAAATTAAATTCAT  574

seq1  TTTATGATTCATTTGTCCTTTGGAACTGATCAGCAACTTACTTTTTGTAA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGATTCATTTGTCCTTTGGAACTGATCAGCAACTTACTTTTTGTAA  624

seq1  ACGAAGAGTTCAGATTTCATGTTTATTGTGTTCACAAGTCAGTGCTTGAT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGAAGAGTTCAGATTTCATGTTTATTGTGTTCACAAGTCAGTGCTTGAT  674

seq1  AAGATTCAGGGAAAGGAAAAGGAAGGAATCAATTATACTATTTTTTTTAA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATTCAGGGAAAGGAAAAGGAAGGAATCAATTATACTATTTTTTTTAA  724

seq1  AAAAATGTTAGTTGTGTCTAATGGTTTCTGTGAGGATTTCCACGATTGCA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATGTTAGTTGTGTCTAATGGTTTCTGTGAGGATTTCCACGATTGCA  774

seq1  CAAAAATATATTTAAAAAAGACGATTTAATATGCCAATTTTATTAACAAA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAATATATTTAAAAAAGACGATTTAATATGCCAATTTTATTAACAAA  824

seq1  ATCTTGCACACAGTTATATTTAACATAATGTATTACTGTGTGTTTTTGTT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTGCACACAGTTATATTTAACATAATGTATTACTGTGTGTTTTTGTT  874

seq1  TGTCCCTTGAAGGTCAGTGTTTTGAATGTTGATGATAACATGTGATTCTG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCCTTGAAGGTCAGTGTTTTGAATGTTGATGATAACATGTGATTCTG  924

seq1  AAACCCAGACAACAAATGCATGGTTTGAAGTCTCTGTAGACTATAAAAAT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCCAGACAACAAATGCATGGTTTGAAGTCTCTGTAGACTATAAAAAT  974

seq1  ACTTCATGAGTTTCATGTTTTCAGTTTAAAAATCACGTTATGAATTAAAA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCATGAGTTTCATGTTTTCAGTTTAAAAATCACGTTATGAATTAAAA  1024

seq1  ATCTGAACATTACAAAGTGAATTATTTTGAACACTAACTTTAAAGGTATA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGAACATTACAAAGTGAATTATTTTGAACACTAACTTTAAAGGTATA  1074

seq1  TTCTATCTAAATATGAGAATCCTGAATTC  1128
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATCTAAATATGAGAATCCTGAATTC  1103


seq1: chr5_47237299_47238332
seq2: B6Ng01-244A16.g_68_1099

seq1  GAATTCATACAGAGTATCTATACACTATCTAGCATGCTGATTTCTTAGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATACAGAGTATCTATACACTATCTAGCATGCTGATTTCTTAGTG  50

seq1  CTAGTTTATAATGATTGCCAGCTTGATGGCGTGGAAAGTAACCTTAGAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTTTATAATGATTGCCAGCTTGATGGCGTGGAAAGTAACCTTAGAGA  100

seq1  CAAACCTCTTGGCATGTCTGAAGGAGTATCTAAGTTAGGTTAATTGTAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACCTCTTGGCATGTCTGAAGGAGTATCTAAGTTAGGTTAATTGTAGG  150

seq1  AAAGTCCACCACAGGTTTAGGCAGCACCATTGTATGGACTTGGGTTCCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTCCACCACAGGTTTAGGCAGCACCATTGTATGGACTTGGGTTCCAG  200

seq1  ACATCTTGAAAAAGAGAAAGTCAGCTGTCCACATTTGCCTCTCAGTGCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCTTGAAAAAGAGAAAGTCAGCTGTCCACATTTGCCTCTCAGTGCTG  250

seq1  CTTGACTGTGAATGGCTTAACCTCCTGTCACCACTCCTTCTGTGCCACAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGACTGTGAATGGCTTAACCTCCTGTCACCACTCCTTCTGTGCCACAA  300

seq1  GTGATGACACTCTTCTTTCCTCTCATAAGTTGCTTTTGTAGAGTATTTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATGACACTCTTCTTTCCTCTCATAAGTTGCTTTTGTAGAGTATTTGT  350

seq1  CACAGCAATAAGAAGAGGAAATAGGATACTTTTCATGTTACATGGCCTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGCAATAAGAAGAGGAAATAGGATACTTTTCATGTTACATGGCCTAA  400

seq1  GACACGAATGACAAACATTACAGTAATTGTTTCAATAAGCATGTACCAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACGAATGACAAACATTACAGTAATTGTTTCAATAAGCATGTACCAGC  450

seq1  GCGTAAGTGCTTTGATGACTGCTCAGAGCCATCTATATATTGACTTTTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTAAGTGCTTTGATGACTGCTCAGAGCCATCTATATATTGACTTTTCT  500

seq1  AAAGTGGAGGAGAAACGCTTGTCAGTAACTGAGACAACTTAACCTGTTCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGGAGGAGAAACGCTTGTCAGTAACTGAGACAACTTAACCTGTTCC  550

seq1  ATGACAGAAGCATGGCTGGAGACATGTAACATCTCAGTGAATAGTGCAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACAGAAGCATGGCTGGAGACATGTAACATCTCAGTGAATAGTGCAGA  600

seq1  TTAGCAAGGACTTTGTAAAGATGAAAACCTTTTAGATTTGCTCTGGGGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCAAGGACTTTGTAAAGATGAAAACCTTTTAGATTTGCTCTGGGGCA  650

seq1  AGGTAGATTAGTGTGTGCTAAGTTACAGATAGGCAAGAGGGAAAGGTTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAGATTAGTGTGTGCTAAGTTACAGATAGGCAAGAGGGAAAGGTTCT  700

seq1  GATGTGCTATCACACAATACAGCCATAGATAACTATGCAATGTATATTTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTGCTATCACACAATACAGCCATAGATAACTATGCAATGTATATTTC  750

seq1  AAGGAAAGGTTTAGTAAGTTTTTACTACAAAAATGATTACATATATGAGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAAGGTTTAGTAAGTTTTTACTACAAAAATGATTACATATATGAGC  800

seq1  TATACATGCCTAACTTGACGTATATTACATAGTGCATATATGTATTGAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACATGCCTAACTTGACGTATATTACATAGTGCATATATGTATTGAAA  850

seq1  TCTCACTTGGTAAACCCCTAGTATGTGCACATTTTAGGTTTATATGTATC  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TCTCACTTGGTAAACCCCTAGTATGTGCACATTTTAGG-TTATATGTATC  899

seq1  AGTTACTACTCAGTTGAATAGATCTGGAAATTTATTATTTTAAGTGAAAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTACTACTCAGTTGAATAGATCTGGAAATTTATTATTTTAAGTGAAAT  949

seq1  ATCACAGAACCAAAGAGACAAATACCATATGATTGTGTCTAGCATTCATC  1000
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACAGAACC-AAGAGACAAATACCATATGATTGTGTCTAGCATTCATC  998

seq1  TTGAATTTTAAGTTTTATATG--TGTGTATGTGTAT  1034
       |||| |||||||||||||||   ||||||||||||
seq2  -TGAA-TTTAAGTTTTATATGGTGGTGTATGTGTAT  1032


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |