BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-244K22
Chromosome5 (Build37)
Map Location 98,739,183 - 98,890,031
singlet/doubletdoublet
Overlap gene1700007G11Rik
Upstream geneEG666293, C80008, Gk2, Antxr2, EG435856, LOC666315, LOC666320, LOC666326, Prdm8, Fgf5
Downstream geneBmp3, Prkg2, LOC100041680, Rasgef1b, A930011G23Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-244K22.bB6Ng01-244K22.g
ACCGA053756GA053757
length1,0741,033
definitionB6Ng01-244K22.b B6Ng01-244K22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(98,889,015 - 98,890,031)(98,739,183 - 98,740,216)
sequence
gaattctccatggacaattaatttccaatgtttatcaattatcaaagcca
tttttccacccttcttgctgcctaccaatctctcagtcatcttcccacat
ttgatgaagaatcttgttctcagcaccggttcctttacaactactcagat
cagctgggaatgtttaaggctcatacagacctcacggttttctcagcatt
cctgtgtcatcttcagtaagcttttgtcctctacatcaatggccagtgtc
atatccacatttgtcattatttaatatttttccactcctagtttgttaaa
ctcaaacaactacagctgttcattacctcagtcttggtgagagaggaagc
agagctatgataataatataatatagtataatataatataatataatgta
atgtaatataatataattaatataatatgtgcaggagagaaagactgtca
taaaagcctattcaggaaagatacaagctgaaaaaaagcaaccaaacaat
ttaaatacatttgataactttaaaataaaatttgaaatgtatagaaactt
aaaattagtaaggaaaacaattaaacaaagtgtcttgggacatagatcag
gcaacaaatggtgctggttcaactggtggttagcatgtagaagaatgcaa
atcaatccattcctatctccttgtacacagctcaagtccaagagaatcaa
gaacctccacataaaactagagacactgaaattaatagaaaggaaagtgg
ggaagaacctcgagcacatgggcacagcggaaaatttcctgaacagaaca
ccaatagcttatgctctaagatcaagaacagacaaatgggacttcataaa
attgcaaagcttctgtaaaggcaaaggacactgtcaagaggacaaaagac
caaccaatatattgggaaaaagatctttatcatccctacatctgataaag
ggctaatatttaatatattctagagctccagagagcaaataaccctatta
aaatggggtacggaactaaacaagattctcaactgaggaatatcaatgac
tgagaggtaccttaaaggaaatgt
gaattcaggcttttgtgaggttcatctccaggtggtctttatcctgccca
ctctgctggaatctctctcctgattacagttacagtgtctgtcaccttcc
ccacagagcactccaggtcctttcctttccccctactgagcaagccaact
tttaaaagtacacccttttttcccttcctatttgttaaagtctaacaaaa
gggagataaacagattagaagcaacacagaaggtttgctcaggagtatgg
cttcgctatcacaaagctgttgaaatcttaagaaacccaagttttcagta
atcatgtaagacaacagtgatttcagtgggaataggtgggagggaatagg
ggcttggagagttcagatgcaaaacaacaaagttattttaaggagcaacc
ctaatgatccttggctggaattccgggtagactgccaggtgagcttttgg
ctggcaggcttggtgcccttcaaaccatcccatagtatggcttgcacctg
tgggaaaagctgatcctttggagcgcctggggcaaaggagaagagcccgg
atgctgtgttctggctggggagactcaggcagtagcaccacccacaggaa
gttgggataagtgccttccttagagagaaagcagccaggcttatggtaaa
agacatccatccaaagaagaagcaacgggaaaggttgtagctgaaatggt
gtcagagaagccctgtgacaaaggcagacttcgaaagtatatagtacttt
gaagttctagctagagcaataagacaacacaaggagaacaaggggataca
aattggcaaaggagaagtcaaggtatcactatttgccgatgatatgaata
gtatacataagcgaacctcccttcctccccaccccaattctaccagagaa
cttctacagccgataaacaactacagcaaagtagttggatattaaagtta
ctcaaacaaatcggtagcccttctttatacatatgctaaatggtgagaaa
ggaagtaggaatacaccacacttcacaatagtc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_98889015_98890031
seq2: B6Ng01-244K22.b_106_1120 (reverse)

seq1  ACATTTC--TTTAGGTACTTCTCAGTCATTTGATATTCCTCAGTTGAGAA  48
      |||||||  || |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTCCTTTAAGGTACCTCTCAGTCA-TTGATATTCCTCAGTTGAGAA  49

seq1  TTCTTTGTTTAGTTCCGTACCCCATTTTTAATAGGGTTATTTGCTTCTCT  98
      |   |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||
seq2  T--CTTGTTTAGTTCCGTACCCCA-TTTTAATAGGGTTATTTGC-TCTCT  95

seq1  GGAGCTCTTAGAATATATTAAATATTAGCCCTTTATCAGATGTAGGGATG  148
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCTC-TAGAATATATTAAATATTAGCCCTTTATCAGATGTAGGGATG  144

seq1  ATAAAGATCTTTTT-CCAATATATTGGTTGGTCTTTTGTCCTCTTGACAG  197
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAGATCTTTTTCCCAATATATTGGTTGGTCTTTTGTCCTCTTGACAG  194

seq1  TGTCCTTTGCC-TTACAGAAGCTTTGCAATTTTATGAAGTCCCATTTGTC  246
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCTTTGCCTTTACAGAAGCTTTGCAATTTTATGAAGTCCCATTTGTC  244

seq1  TGTTCTTGATCTTAGAGCATAAGCTATTGGTGTTCTGTTCAGGAAATTTT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTTGATCTTAGAGCATAAGCTATTGGTGTTCTGTTCAGGAAATTTT  294

seq1  CCGCTGTGCCCATGTGCTCGAGGTTCTTCCCCACTTTCCTTTCTATTAAT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGCTGTGCCCATGTGCTCGAGGTTCTTCCCCACTTTCCTTTCTATTAAT  344

seq1  TTCAGTGTCTCTAGTTTTATGTGGAGGTTCTTGATTCTCTTGGACTTGAG  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTGTCTCTAGTTTTATGTGGAGGTTCTTGATTCTCTTGGACTTGAG  394

seq1  CTGTGTACAAGGAGATAGGAATGGATTGATTTGCATTCTTCTACATGCTA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTACAAGGAGATAGGAATGGATTGATTTGCATTCTTCTACATGCTA  444

seq1  ACCACCAGTTGAACCAGCACCATTTGTTGCCTGATCTATGTCCCAAGACA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACCAGTTGAACCAGCACCATTTGTTGCCTGATCTATGTCCCAAGACA  494

seq1  CTTTGTTTAATTGTTTTCCTTACTAATTTTAAGTTTCTATACATTTCAAA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTTTAATTGTTTTCCTTACTAATTTTAAGTTTCTATACATTTCAAA  544

seq1  TTTTATTTTAAAGTTATCAAATGTATTTAAATTGTTTGGTTGCTTTTTTT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATTTTAAAGTTATCAAATGTATTTAAATTGTTTGGTTGCTTTTTTT  594

seq1  CAGCTTGTATCTTTCCTGAATAGGCTTTTATGACAGTCTTTCTCTCCTGC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTTGTATCTTTCCTGAATAGGCTTTTATGACAGTCTTTCTCTCCTGC  644

seq1  ACATATTATATTAATTATATTATATTACATTACATTATATTATATTATAT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATTATATTAATTATATTATATTACATTACATTATATTATATTATAT  694

seq1  TATACTATATTATATTATTATCATAGCTCTGCTTCCTCTCTCACCAAGAC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACTATATTATATTATTATCATAGCTCTGCTTCCTCTCTCACCAAGAC  744

seq1  TGAGGTAATGAACAGCTGTAGTTGTTTGAGTTTAACAAACTAGGAGTGGA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGTAATGAACAGCTGTAGTTGTTTGAGTTTAACAAACTAGGAGTGGA  794

seq1  AAAATATTAAATAATGACAAATGTGGATATGACACTGGCCATTGATGTAG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATATTAAATAATGACAAATGTGGATATGACACTGGCCATTGATGTAG  844

seq1  AGGACAAAAGCTTACTGAAGATGACACAGGAATGCTGAGAAAACCGTGAG  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACAAAAGCTTACTGAAGATGACACAGGAATGCTGAGAAAACCGTGAG  894

seq1  GTCTGTATGAGCCTTAAACATTCCCAGCTGATCTGAGTAGTTGTAAAGGA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGTATGAGCCTTAAACATTCCCAGCTGATCTGAGTAGTTGTAAAGGA  944

seq1  ACCGGTGCTGAGAACAAGATTCTTCATCAAATGTGGGAAGATGACTGAGA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCGGTGCTGAGAACAAGATTCTTCATCAAATGTGGGAAGATGACTGAGA  994

seq1  GATTGGTAGGCAGCAAGAAGG  1017
      |||||||||||||||||||||
seq2  GATTGGTAGGCAGCAAGAAGG  1015

seq1: chr5_98739183_98740216
seq2: B6Ng01-244K22.g_66_1098

seq1  GAATTCAGGCTTTTGTGAGGTTCATCTCCAGGTGGTCTTTATCCTGCCCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGCTTTTGTGAGGTTCATCTCCAGGTGGTCTTTATCCTGCCCA  50

seq1  CTCTGCTGGAATCTCTCTCCTGATTACAGTTACAGTGTCTGTCACCTTCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGCTGGAATCTCTCTCCTGATTACAGTTACAGTGTCTGTCACCTTCC  100

seq1  CCACAGAGCACTCCAGGTCCTTTCCTTTCCCCCTACTGAGCAAGCCAACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAGAGCACTCCAGGTCCTTTCCTTTCCCCCTACTGAGCAAGCCAACT  150

seq1  TTTAAAAGTACACCCTTTTTTCCCTTCCTATTTGTTAAAGTCTAACAAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAAGTACACCCTTTTTTCCCTTCCTATTTGTTAAAGTCTAACAAAA  200

seq1  GGGAGATAAACAGATTAGAAGCAACACAGAAGGTTTGCTCAGGAGTATGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGATAAACAGATTAGAAGCAACACAGAAGGTTTGCTCAGGAGTATGG  250

seq1  CTTCGCTATCACAAAGCTGTTGAAATCTTAAGAAACCCAAGTTTTCAGTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCGCTATCACAAAGCTGTTGAAATCTTAAGAAACCCAAGTTTTCAGTA  300

seq1  ATCATGTAAGACAACAGTGATTTCAGTGGGAATAGGTGGGAGGGAATAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATGTAAGACAACAGTGATTTCAGTGGGAATAGGTGGGAGGGAATAGG  350

seq1  GGCTTGGAGAGTTCAGATGCAAAACAACAAAGTTATTTTAAGGAGCAACC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTGGAGAGTTCAGATGCAAAACAACAAAGTTATTTTAAGGAGCAACC  400

seq1  CTAATGATCCTTGGCTGGAATTCCGGGTAGACTGCCAGGTGAGCTTTTGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATGATCCTTGGCTGGAATTCCGGGTAGACTGCCAGGTGAGCTTTTGG  450

seq1  CTGGCAGGCTTGGTGCCCTTCAAACCATCCCATAGTATGGCTTGCACCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCAGGCTTGGTGCCCTTCAAACCATCCCATAGTATGGCTTGCACCTG  500

seq1  TGGGAAAAGCTGATCCTTTGGAGCGCCTGGGGCAAAGGAGAAGAGCCCGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAAAAGCTGATCCTTTGGAGCGCCTGGGGCAAAGGAGAAGAGCCCGG  550

seq1  ATGCTGTGTTCTGGCTGGGGAGACTCAGGCAGTAGCACCACCCACAGGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTGTGTTCTGGCTGGGGAGACTCAGGCAGTAGCACCACCCACAGGAA  600

seq1  GTTGGGATAAGTGCCTTCCTTAGAGAGAAAGCAGCCAGGCTTATGGTAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGGATAAGTGCCTTCCTTAGAGAGAAAGCAGCCAGGCTTATGGTAAA  650

seq1  AGACATCCATCCAAAGAAGAAGCAACGGGAAAGGTTGTAGCTGAAATGGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACATCCATCCAAAGAAGAAGCAACGGGAAAGGTTGTAGCTGAAATGGT  700

seq1  GTCAGAGAAGCCCTGTGACAAAGGCAGACTTCGAAAGTATATAGTAC-TT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GTCAGAGAAGCCCTGTGACAAAGGCAGACTTCGAAAGTATATAGTACTTT  750

seq1  GAAGTTCTAGCTAGAGCAATAAGACAACACAAGGAGAACAAGGGGATACA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTTCTAGCTAGAGCAATAAGACAACACAAGGAGAACAAGGGGATACA  800

seq1  AATTGGCAAAGGAGAAGTCAAGGTATCACTATTTGCCGATGATATG-ATA  848
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  AATTGGCAAAGGAGAAGTCAAGGTATCACTATTTGCCGATGATATGAATA  850

seq1  GTATACATAAGCGAACCTCCC-TCCTCCCCACCCCAAATTCTACCAGAGA  897
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GTATACATAAGCGAACCTCCCTTCCTCCCCACCCC-AATTCTACCAGAGA  899

seq1  ACTTCTACAGCCGATAAACAACTACAGCAAAGTAGTTGGATA-TAAAGTT  946
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  ACTTCTACAGCCGATAAACAACTACAGCAAAGTAGTTGGATATTAAAGTT  949

seq1  AACTCAAACAAATCGGTAGCCTTCCTTTTATACATATGCTAAATGGGTTG  996
       |||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||  ||
seq2  -ACTCAAACAAATCGGTAGCCCTTC-TTTATACATATGCTAAATGG--TG  995

seq1  AGAAAGGAAGTAGGAAAACAACACACTTCACAATAGTC  1034
      |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||
seq2  AGAAAGGAAGTAGGAATACACCACACTTCACAATAGTC  1033