BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-246J06
Chromosome5 (Build37)
Map Location 142,286,391 - 142,467,812
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSdk1
Upstream geneGna12, Card11, LOC623466
Downstream geneLOC666727, Foxk1, C330006K01Rik, D930005D10Rik, Papolb, Mmd2, Wipi2, Slc29a4, Tnrc18, LOC100038954, LOC100041004, LOC100038972, LOC100038984, LOC100042525, LOC100038888
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-246J06.bB6Ng01-246J06.g
ACCGA055158GA055159
length551919
definitionB6Ng01-246J06.b B6Ng01-246J06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(142,286,391 - 142,286,947)(142,466,901 - 142,467,812)
sequence
cattcacaacactgcatacacaaggtgtggtgctccatgcctgtaatccc
agcactctggaggtaaggggaagaggatcagaagtttaagatcaccctta
gccaatgggaagtttgaagccagcctgggttataggcaatcttgtgttaa
aaaacaaaaacaagcctatggtgctgcctacaggctacaagcacagaggc
aaaacccatcgagagcctgagggatggtgtagggtggggtagagccagga
cactgaaggcggtgaagtatacagtagcctgggacgcacacaaaacctgc
ctccagatgccctgcctagccacaagatcaccctgactctgggtaacagt
aggatatctgagatgagtctcatcaatggtccaggatttatggtgcatca
gaaatcagaacccttagaccagaacaatgagtctttgtgatgcatatttg
catgtttgagggaaaatataccatgtgatacattgcagtttccaagaggc
gggagagatggaggagcggagaggagcacgtgtggtggagaaaggtagaa
c
gaattcaattccctgaacccacaaaacaagacaatatggtgggcacagga
ggagtgctgagactttctggccagctagcctagcctacttggtgaactct
cagtccagagagagactatgtgtaaaacagtacagtgcctgaggaaggac
acccaaggttgacctctggcctgtacacacatgtacacacacaggaatct
ctttacaagtacaaacacatataccaaaaatggagagggggagacatgag
tatgtttgtgtgcacacatgcaagtgcttgaatccatgtgcatttgcata
ccagctggagcagagggcgcctgagagctccagccaaagcaggcatgctt
ggtccccatgctgtagccctggaggatagggtgggttccaagtgtggacc
gtgccgctgtgtgagggcggcatttgaggacctgctgcctctggggtaga
gtggaatcataggatgagaactatacccaccactaacagtggccaccaaa
tgtcccttttggctagaggttagtattgtcaccctgacgggatctaaagg
cagctggggcacaagccttgggggcatgtcaccgatggcgtgtctagatt
aggctagttgatgtgggcagacctaccctgaatgtgggtggtgccctttt
atgggctggaccctgaactgtatctgagtaaaagaaaaccagctgagtgg
acgcagccagcaggttagcatgggtgcatctgttctctcccactctcgac
tgttgggtgtgatgcagtgagatcctgtcttgctttccttgaaatgatgg
actctagccaaataaatggctctcctctactcaagtgctttttggtcaga
gtgttctgtcaaagcaccatggaatgagaccaggacaaattcttagaaga
gacccttttgaattgtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_142286391_142286947
seq2: B6Ng01-246J06.b_46_602

seq1  GAATTCCATTCACAACACTGCATACACAAGGTGTGGTGCTCCATGCCTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATTCACAACACTGCATACACAAGGTGTGGTGCTCCATGCCTGT  50

seq1  AATCCCAGCACTCTGGAGGTAAGGGGAAGAGGATCAGAAGTTTAAGATCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCCAGCACTCTGGAGGTAAGGGGAAGAGGATCAGAAGTTTAAGATCA  100

seq1  CCCTTAGCCAATGGGAAGTTTGAAGCCAGCCTGGGTTATAGGCAATCTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTAGCCAATGGGAAGTTTGAAGCCAGCCTGGGTTATAGGCAATCTTG  150

seq1  TGTTAAAAAACAAAAACAAGCCTATGGTGCTGCCTACAGGCTACAAGCAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAAAAAACAAAAACAAGCCTATGGTGCTGCCTACAGGCTACAAGCAC  200

seq1  AGAGGCAAAACCCATCGAGAGCCTGAGGGATGGTGTAGGGTGGGGTAGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGCAAAACCCATCGAGAGCCTGAGGGATGGTGTAGGGTGGGGTAGAG  250

seq1  CCAGGACACTGAAGGCGGTGAAGTATACAGTAGCCTGGGACGCACACAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGACACTGAAGGCGGTGAAGTATACAGTAGCCTGGGACGCACACAAA  300

seq1  ACCTGCCTCCAGATGCCCTGCCTAGCCACAAGATCACCCTGACTCTGGGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGCCTCCAGATGCCCTGCCTAGCCACAAGATCACCCTGACTCTGGGT  350

seq1  AACAGTAGGATATCTGAGATGAGTCTCATCAATGGTCCAGGATTTATGGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGTAGGATATCTGAGATGAGTCTCATCAATGGTCCAGGATTTATGGT  400

seq1  GCATCAGAAATCAGAACCCTTAGACCAGAACAATGAGTCTTTGTGATGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCAGAAATCAGAACCCTTAGACCAGAACAATGAGTCTTTGTGATGCA  450

seq1  TATTTGCATGTTTGAGGGAAAATATACCATGTGATACATTGCAGTTTCCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTGCATGTTTGAGGGAAAATATACCATGTGATACATTGCAGTTTCCA  500

seq1  AGAGGCGGGAGAGATGGAGGAGCGGAGAGGAGCACGTGTGGTGGAGAAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGCGGGAGAGATGGAGGAGCGGAGAGGAGCACGTGTGGTGGAGAAAG  550

seq1  GTAGAAC  557
      |||||||
seq2  GTAGAAC  557

seq1: chr5_142466901_142467812
seq2: B6Ng01-246J06.g_68_986 (reverse)

seq1  CACACCATTC-AAAGGGTCTCTGCTAGGACTTTGTCCTGGTCTCATTCC-  48
      ||||| |||| ||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||| 
seq2  CACACAATTCAAAAGGGTCTCTTCTAAGAATTTGTCCTGGTCTCATTCCA  50

seq1  TGTTGCTTTGACAGAACACTCTGACC-AAAAGCACCTGAGTAGAGGAGAG  97
      || ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||
seq2  TGGTGCTTTGACAGAACACTCTGACCAAAAAGCACTTGAGTAGAGGAGAG  100

seq1  -CATTTATTTGGCTTAGAGTCCATCATTTCAAGGAAAGCAAGACAGGATC  146
       |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTTATTTGGC-TAGAGTCCATCATTTCAAGGAAAGCAAGACAGGATC  149

seq1  TCACTGCATCACACCC-ACAGTCGAGAGTGGGAGAG-ACAGATGCACCCA  194
      |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TCACTGCATCACACCCAACAGTCGAGAGTGGGAGAGAACAGATGCACCCA  199

seq1  TGCT-ACCTGCTGGCTGCGTCCACTCAGCTGGTTTTC-TTTACTCAGATA  242
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TGCTAACCTGCTGGCTGCGTCCACTCAGCTGGTTTTCTTTTACTCAGATA  249

seq1  CAGTTCAGGGTCCAGCCCATAAAAGGGCACCACCCACATTCAGGGTAGGT  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTCAGGGTCCAGCCCATAAAAGGGCACCACCCACATTCAGGGTAGGT  299

seq1  CTGCCCACATCAACTAGCCTAATCTAGACACGCCATCGGTGACATGCCCC  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCCACATCAACTAGCCTAATCTAGACACGCCATCGGTGACATGCCCC  349

seq1  CAAGGCTTGTGCCCCAGCTGCCTTTAGATCCCGTCAGGGTGACAATACTA  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGCTTGTGCCCCAGCTGCCTTTAGATCCCGTCAGGGTGACAATACTA  399

seq1  ACCTCTAGCCAAAAGGGACATTTGGTGGCCACTGTTAGTGGTGGGTATAG  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCTAGCCAAAAGGGACATTTGGTGGCCACTGTTAGTGGTGGGTATAG  449

seq1  TTCTCATCCTATGATTCCACTCTACCCCAGAGGCAGCAGGTCCTCAAATG  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCATCCTATGATTCCACTCTACCCCAGAGGCAGCAGGTCCTCAAATG  499

seq1  CCGCCCTCACACAGCGGCACGGTCCACACTTGGAACCCACCCTATCCTCC  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGCCCTCACACAGCGGCACGGTCCACACTTGGAACCCACCCTATCCTCC  549

seq1  AGGGCTACAGCATGGGGACCAAGCATGCCTGCTTTGGCTGGAGCTCTCAG  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCTACAGCATGGGGACCAAGCATGCCTGCTTTGGCTGGAGCTCTCAG  599

seq1  GCGCCCTCTGCTCCAGCTGGTATGCAAATGCACATGGATTCAAGCACTTG  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGCCCTCTGCTCCAGCTGGTATGCAAATGCACATGGATTCAAGCACTTG  649

seq1  CATGTGTGCACACAAACATACTCATGTCTCCCCCTCTCCATTTTTGGTAT  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGTGCACACAAACATACTCATGTCTCCCCCTCTCCATTTTTGGTAT  699

seq1  ATGTGTTTGTACTTGTAAAGAGATTCCTGTGTGTGTACATGTGTGTACAG  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTTTGTACTTGTAAAGAGATTCCTGTGTGTGTACATGTGTGTACAG  749

seq1  GCCAGAGGTCAACCTTGGGTGTCCTTCCTCAGGCACTGTACTGTTTTACA  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGAGGTCAACCTTGGGTGTCCTTCCTCAGGCACTGTACTGTTTTACA  799

seq1  CATAGTCTCTCTCTGGACTGAGAGTTCACCAAGTAGGCTAGGCTAGCTGG  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGTCTCTCTCTGGACTGAGAGTTCACCAAGTAGGCTAGGCTAGCTGG  849

seq1  CCAGAAAGTCTCAGCACTCCTCCTGTGCCCACCATATTGTCTTGTTTTGT  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAAAGTCTCAGCACTCCTCCTGTGCCCACCATATTGTCTTGTTTTGT  899

seq1  GGGTTCAGGGAATTGAATTC  912
      ||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTCAGGGAATTGAATTC  919