BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-250A12
Chromosome5 (Build37)
Map Location 40,109,541 - 40,259,866
singlet/doubletdoublet
Overlap geneHs3st1, EG665839
Upstream geneClnk, LOC384174
Downstream geneLOC100040502
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-250A12.bB6Ng01-250A12.g
ACCGA057691GA057692
length1,084669
definitionB6Ng01-250A12.b B6Ng01-250A12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(40,258,779 - 40,259,866)(40,109,541 - 40,110,209)
sequence
gaattctttaagggattgattcactaaagtaacactgtcatatccataaa
gactattttaaggtctttttcctgtgtgtcagctatgttggaatagtcag
ggcattctatggttgggctgatatgtttcagagatgacagtatgccttgg
atgttttttattgtatttttacatcaacttctgggcatcagggttttggg
aaattgtaattcttggtggtattatctattattggttgtactgggtgagt
gcttgttgcttggtttctgttgtcctcttcaattctggaccatgactctt
atatattgcctggtaaataatttttcagactcctgctaggtgtggcccta
cacgttccaagtaaaatgtgtgtctatgtattgggaaatgccactgagaa
atggggatgaacaggaatcagtgtctgaggggctgaaaaaggaagaagaa
aagaaaaatgttttaccaggatctgcaaggtctcccccaaatgaaggcag
attaatactcaattgtattaaactctaaaacttggggaaattccaacatc
acatgttgtttgttgcaaagaacatttataaattactccttactgttatg
aggtaggaaggtaaacatatgcaagagatttttttgtgtgtgtgacagtt
cgtctcaagaacaatatgagctctactagcctgaggctatcaccagaaac
agactcttgagtcattgagtctggggtacctgacattctgtatttccatc
aaatatccaagtgataccaataccctgcatacagctgactagaggattgc
atttggagtgcaaagatttacagcgtatgatctaaacaaaatagacaagg
ctttaacctttttaaagtcagtgctgctggggattgcattaaatagccaa
agtgacaagctcccagatcgagtatgttttagacttttctatgatagtgt
caaaatatttcccagaaaggcacatttaatttcaatttatcaccctcaat
gtagattatgggctacctataaaaatatccacagctaatatttgtcagtg
ctgtaacttttaaacatctttcatgtgcaatcta

gaattccaggacacccagggctatacagagaaaccctgtcttgaaaaacc
aaaaaaaaaaaatcttattattccccaaaccatgctctataattatagaa
taaagcagaagtaatagagagtgtacttgcttttatgaagcttttactca
gtccccagatttgtatgttgtagattatgttgggtggtagtttctgttta
ctgattctaagaaagggaattacaaagtttgattttataatttcctgaat
tgcttctattataaaatgcattttccactctgattcattggattttctag
tgttatgaaacagacaaaattcttaaatatccaacatgataaagaataca
gtttctgtgttttgatgaacacataacattgcttagaatctatttttaga
tacaagactgttttgttacatatgaagctagagacatgagctctgggggt
actgattagttcatattgttgttccacctatagggttgcagacagcaaac
cttcagctcttgggtactttctctagctcctacatttgaggccctgtgtt
ccatcttatagatgactgtgagcatccacttctgtatttgccaagcactg
gcaaatgccagggccaagaagtgggagtgagtgggtaggagagcagggca
gggggtggtataggggact
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_40258779_40259866
seq2: B6Ng01-250A12.b_50_1130 (reverse)

seq1  AGATTGCACATGAAAAGATGTTTAAAGTGTACAGCACTGACAAATATTAG  50
      |||||||||||| |||||||||||||   |||||||||||||||||||||
seq2  AGATTGCACATG-AAAGATGTTTAAAAGTTACAGCACTGACAAATATTAG  49

seq1  CTGTGGATATTTTTATAGGTAGCCAATAAATCTACATTGAGGGGTTGAAT  100
      |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||  || ||
seq2  CTGTGGATATTTTTATAGGTAGCCCAT-AATCTACATTGAGGG--TG-AT  95

seq1  AAAATGAAATTAAATGTGCCTTCTGGGGAAATAATTTTGACACTATCATA  150
      ||| ||||||||||||||||||   ||||||| |||||||||||||||||
seq2  AAATTGAAATTAAATGTGCCTTTCTGGGAAAT-ATTTTGACACTATCATA  144

seq1  GAAAAGTCTAAAACATACTCGATCTGGGAGCTTGTCACTTTGGCTATTTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGTCTAAAACATACTCGATCTGGGAGCTTGTCACTTTGGCTATTTA  194

seq1  ATGCAAATCCCCAGCAGCACTGACTTTAAAAAGGTTAAAGCCTTGTCTAT  250
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGC-AATCCCCAGCAGCACTGACTTTAAAAAGGTTAAAGCCTTGTCTAT  243

seq1  TTTGTTTAGATCATACGCTGTAAATCTTTGCACTCCAAATGCAATCCTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTTAGATCATACGCTGTAAATCTTTGCACTCCAAATGCAATCCTCT  293

seq1  AGTCAGCTGTATGCAGGGTATTGGTATCACTTGGATATTTGATGGAAATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAGCTGTATGCAGGGTATTGGTATCACTTGGATATTTGATGGAAATA  343

seq1  CAGAATGTCAGGTACCCCAGACTCAATGACTCAAGAGTCTGTTTCTGGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATGTCAGGTACCCCAGACTCAATGACTCAAGAGTCTGTTTCTGGTG  393

seq1  ATAGCCTCAGGCTAGTAGAGCTCATATTGTTCTTGAGACGAACTGTCACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCCTCAGGCTAGTAGAGCTCATATTGTTCTTGAGACGAACTGTCACA  443

seq1  CACACAAAAAAATCTCTTGCATATGTTTACCTTCCTACCTCATAACAGTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACAAAAAAATCTCTTGCATATGTTTACCTTCCTACCTCATAACAGTA  493

seq1  AGGAGTAATTTATAAATGTTCTTTGCAACAAACAACATGTGATGTTGGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGTAATTTATAAATGTTCTTTGCAACAAACAACATGTGATGTTGGAA  543

seq1  TTTCCCCAAGTTTTAGAGTTTAATACAATTGAGTATTAATCTGCCTTCAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCCAAGTTTTAGAGTTTAATACAATTGAGTATTAATCTGCCTTCAT  593

seq1  TTGGGGGAGACCTTGCAGATCCTGGTAAAACATTTTTCTTTTCTTCTTCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGGGAGACCTTGCAGATCCTGGTAAAACATTTTTCTTTTCTTCTTCC  643

seq1  TTTTTCAGCCCCTCAGACACTGATTCCTGTTCATCCCCATTTCTCAGTGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCAGCCCCTCAGACACTGATTCCTGTTCATCCCCATTTCTCAGTGG  693

seq1  CATTTCCCAATACATAGACACACATTTTACTTGGAACGTGTAGGGCCACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTCCCAATACATAGACACACATTTTACTTGGAACGTGTAGGGCCACA  743

seq1  CCTAGCAGGAGTCTGAAAAATTATTTACCAGGCAATATATAAGAGTCATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGCAGGAGTCTGAAAAATTATTTACCAGGCAATATATAAGAGTCATG  793

seq1  GTCCAGAATTGAAGAGGACAACAGAAACCAAGCAACAAGCACTCACCCAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCAGAATTGAAGAGGACAACAGAAACCAAGCAACAAGCACTCACCCAG  843

seq1  TACAACCAATAATAGATAATACCACCAAGAATTACAATTTCCCAAAACCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAACCAATAATAGATAATACCACCAAGAATTACAATTTCCCAAAACCC  893

seq1  TGATGCCCAGAAGTTGATGTAAAAATACAATAAAAAACATCCAAGGCATA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGCCCAGAAGTTGATGTAAAAATACAATAAAAAACATCCAAGGCATA  943

seq1  CTGTCATCTCTGAAACATATCAGCCCAACCATAGAATGCCCTGACTATTC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCATCTCTGAAACATATCAGCCCAACCATAGAATGCCCTGACTATTC  993

seq1  CAACATAGCTGACACACAGGAAAAAGACCTTAAAATAGTCTTTATGGATA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACATAGCTGACACACAGGAAAAAGACCTTAAAATAGTCTTTATGGATA  1043

seq1  TGACAGTGTTACTTTAGTGAATCAATCCCTTAAAGAAT  1088
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAGTGTTACTTTAGTGAATCAATCCCTTAAAGAAT  1081


seq1: chr5_40109541_40110209
seq2: B6Ng01-250A12.g_70_738

seq1  GAATTCCAGGACACCCAGGGCTATACAGAGAAACCCTGTCTTGAAAAACC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGACACCCAGGGCTATACAGAGAAACCCTGTCTTGAAAAACC  50

seq1  AAAAAAAAAAAATCTTATTATTCCCCAAACCATGCTCTATAATTATAGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAAAAATCTTATTATTCCCCAAACCATGCTCTATAATTATAGAA  100

seq1  TAAAGCAGAAGTAATAGAGAGTGTACTTGCTTTTATGAAGCTTTTACTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGCAGAAGTAATAGAGAGTGTACTTGCTTTTATGAAGCTTTTACTCA  150

seq1  GTCCCCAGATTTGTATGTTGTAGATTATGTTGGGTGGTAGTTTCTGTTTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCCAGATTTGTATGTTGTAGATTATGTTGGGTGGTAGTTTCTGTTTA  200

seq1  CTGATTCTAAGAAAGGGAATTACAAAGTTTGATTTTATAATTTCCTGAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATTCTAAGAAAGGGAATTACAAAGTTTGATTTTATAATTTCCTGAAT  250

seq1  TGCTTCTATTATAAAATGCATTTTCCACTCTGATTCATTGGATTTTCTAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTCTATTATAAAATGCATTTTCCACTCTGATTCATTGGATTTTCTAG  300

seq1  TGTTATGAAACAGACAAAATTCTTAAATATCCAACATGATAAAGAATACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTATGAAACAGACAAAATTCTTAAATATCCAACATGATAAAGAATACA  350

seq1  GTTTCTGTGTTTTGATGAACACATAACATTGCTTAGAATCTATTTTTAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTGTGTTTTGATGAACACATAACATTGCTTAGAATCTATTTTTAGA  400

seq1  TACAAGACTGTTTTGTTACATATGAAGCTAGAGACATGAGCTCTGGGGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAGACTGTTTTGTTACATATGAAGCTAGAGACATGAGCTCTGGGGGT  450

seq1  ACTGATTAGTTCATATTGTTGTTCCACCTATAGGGTTGCAGACAGCAAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGATTAGTTCATATTGTTGTTCCACCTATAGGGTTGCAGACAGCAAAC  500

seq1  CTTCAGCTCTTGGGTACTTTCTCTAGCTCCTACATTTGAGGCCCTGTGTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGCTCTTGGGTACTTTCTCTAGCTCCTACATTTGAGGCCCTGTGTT  550

seq1  CCATCTTATAGATGACTGTGAGCATCCACTTCTGTATTTGCCAAGCACTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCTTATAGATGACTGTGAGCATCCACTTCTGTATTTGCCAAGCACTG  600

seq1  GCAAATGCCAGGGCCAAGAAGTGGGAGTGAGTGGGTAGGAGAGCAGGGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAATGCCAGGGCCAAGAAGTGGGAGTGAGTGGGTAGGAGAGCAGGGCA  650

seq1  GGGGGTGGTATAGGGGACT  669
      |||||||||||||||||||
seq2  GGGGGTGGTATAGGGGACT  669


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |