BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-251A01
Chromosome5 (Build37)
Map Location 60,421,986 - 60,568,191
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG625870, LOC100041425, LOC546866
Downstream geneCbfa2t2-ps1, LOC100041498, LOC666597
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-251A01.bB6Ng01-251A01.g
ACCGA058387GA058388
length1,2051,168
definitionB6Ng01-251A01.b B6Ng01-251A01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(60,567,006 - 60,568,191)(60,421,986 - 60,423,150)
sequence
gaattcctgtaatagaataatttcaatcagatttataaagaattctagga
attggatctaagttcacaaggatgtgtactttaaatgtactttgccttaa
ttatgtcatattgtatagcatagagtcaaatgaccaaatcaaagactttc
tttttatggataaaacaaggattaatgataagtgattgctttgaaaggta
catcagaaaaatactccagttaattaagattgtatgctaaggcaatttgc
atacttcctccccagcaattggtacaaaactgaggaggcagaaccgagac
tgagtcagtactgtgctctgactcctagaccaggtttaagcttttgaagt
ggaggcaggtctacacagtaagaacttatgtcttttcttgtaagaaaacc
agagcgaattagggccaatgaggcgagctcagagtccatagcattgttct
ccaaaccagagatcatgagtagctttctgccaaagggcaggtgttatgag
ctgctcacagtcagaggcaaagggtttgaggacgtgatgatggtgaattt
agccaggtacaaacaaactggagagtaaatgacagtacggagaatcaacc
tagaagcttgttccaatgagatggtgatgttcttgcagggtgagcttcat
gtctctaaactcttcagccttcccaatacagtgttgtatgcaattgcata
cagggggtactaaaggcattagactacatccatcacatgggctatgtgca
caggagtgttaaggccagccacgttctgttctccatggatgggaaggtcg
acctgtctggtttacatagcaaccttagcatgatttagtcacggtcagtg
gcagagtgcaatccatgatttccccaaatatagtatcaaggtcctgcctt
ggctcagcccagaagtcctctagcagaatcttcagggcttatgttgccaa
gtctgatatctacagtgtgagaatcacagcatgtgaactaaccaatggcc
atgtttccctttcaaagatattaccctgccactcgaaatgtcatccctca
taagaagaagaattcttttcttttaccaatagggtaggggacttatgcca
tggaaatatggcaactggttcaacagtaaagagaactagggtagctatgc
agcttagaccaataattcctatgacattcaagctttacctgtagggtgtc
aaaaa

gaattccactgggcattttgattacaatattcctgcatatgtgcaagttt
tttaggagaaaacagattactgtgtttctaaaaaaaaaatgttgtattgg
ggacttcaacatggattttatagtttttattcagttatcaatttctcaac
ccaaattataatatttgtggcaagtaatctgtgatgcagagaacatattc
aggtatgctctttcatccaagtcagaagagaaaataactataaattgtga
gtgaagaactagtttctactccatgactctattttattaaatgttgggaa
aaccacaaaccactttccccttcagttcttctgctaaatctggattctaa
ttagacacagatacctgtcagcataaagagagtggatagatgtaaatgtg
actttttatattcaaggatgtatatacatttcacaacataaaattataca
tgtgcactttcatcacagttggtaagcctcttcaggtattgacccactga
ctttgaaagcagcctcagaatttaattacaatcatctgacatctagtttt
gctcttttgcaaggagcctttgtgggtgacattggagagctcacactaat
ctcagaggattgtgcctcttatcatcataatgaaggctctgggaagcaac
aatgcttcagagttacttggtgaatgcatgctacattcctttatcactca
tagttttattttgatttggtttgattccatccatcactctaatgtcaaca
catcttatactactggctatgatctatcatttgtcattttctgaagaatc
tgtcattatccttatagtataaaactcaattggaaagcgtgtaaaaatgc
tgagccaatcctatggcataaaatcctgcagcccaattcaaagatcactc
acctatgtgccagacactccaaactgatttcatcatttgtcaaaacatcg
ttgccccagtgaagagcacaaataatcaactgtccaccatgattaatgct
tctgatgtacacatgtggatctgagtgatggtataaatgaaaacgcagtc
tttccaacaacacttgatataaatgacaccatccttatctcttagtgtca
ataaccacatggataattgctagctaaacatacggtcaataccatgtttg
acaatatacaatcttttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_60567006_60568191
seq2: B6Ng01-251A01.b_45_1249 (reverse)

seq1  TTTTTTACACCCTACAGTAAAAAGCTTTGATATGTCAT--GAATTA-TGT  47
      ||||| |||||||||||   ||||| |||| |||||||  |||||| || 
seq2  TTTTTGACACCCTACAG-GTAAAGC-TTGA-ATGTCATAGGAATTATTGG  47

seq1  GCTAAGCTTTGCATAG-TACCCT-GTTCT-TTTACTGTTG-ACCAGTTG-  92
       ||||||  ||||||| |||||| ||||| |||||||||| |||||||| 
seq2  TCTAAGC--TGCATAGCTACCCTAGTTCTCTTTACTGTTGAACCAGTTGC  95

seq1  CATAT---CAATGCATAAGT-CACTA-CCTATT-GTAAAAG-AAAGAA-T  134
      |||||   ||  |||||||| | ||| |||||| ||||||| |||||| |
seq2  CATATTTCCATGGCATAAGTCCCCTACCCTATTGGTAAAAGAAAAGAATT  145

seq1  CTTC-TCTTATGAGGGATGACA-TTCGAGTGGCAGG--TATATCTTTGAA  180
      |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||   |||||||||||
seq2  CTTCTTCTTATGAGGGATGACATTTCGAGTGGCAGGGTAATATCTTTGAA  195

seq1  --GGGAACATGGCCATTGGTTAGTTCACATGCTGTGATTCTCACACTGTA  228
        || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAAACATGGCCATTGGTTAGTTCACATGCTGTGATTCTCACACTGTA  245

seq1  GATATCAGACTTGGCAACAT-AGCCCTGAAGATTCTGCTAGAGGACTTCT  277
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATCAGACTTGGCAACATAAGCCCTGAAGATTCTGCTAGAGGACTTCT  295

seq1  GGGCTGAGCCAAGGCAGGACCTTGATACTATATTTGGGGAAATCATGGAT  327
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTGAGCCAAGGCAGGACCTTGATACTATATTTGGGGAAATCATGGAT  345

seq1  TGCACTCTGCCACTGACCGTGACT-AATCATGCTAAGGTTGCTATGTAAA  376
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACTCTGCCACTGACCGTGACTAAATCATGCTAAGGTTGCTATGTAAA  395

seq1  CCAGACAGGTCGACCTTCCCATCCATGGAGAACAGAACGTGGCTGGCCTT  426
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGACAGGTCGACCTTCCCATCCATGGAGAACAGAACGTGGCTGGCCTT  445

seq1  AACACTCCTGTGCACATAGCCCATGTGATGGATGTAGTCTAATGCCTTTA  476
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACTCCTGTGCACATAGCCCATGTGATGGATGTAGTCTAATGCCTTTA  495

seq1  GTACCCCCTGTATGCAATTGCATACAACACTGTATTGGGAAGGCTGAAGA  526
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACCCCCTGTATGCAATTGCATACAACACTGTATTGGGAAGGCTGAAGA  545

seq1  GTTTAGAGACATGAAGCTCACCCTGCAAGAACATCACCATCTCATTGGAA  576
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAGAGACATGAAGCTCACCCTGCAAGAACATCACCATCTCATTGGAA  595

seq1  CAAGCTTCTAGGTTGATTCTCCGTACTGTCATTTACTCTCCAGTTTGTTT  626
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCTTCTAGGTTGATTCTCCGTACTGTCATTTACTCTCCAGTTTGTTT  645

seq1  GTACCTGGCTAAATTCACCATCATCACGTCCTCAAACCCTTTGCCTCTGA  676
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACCTGGCTAAATTCACCATCATCACGTCCTCAAACCCTTTGCCTCTGA  695

seq1  CTGTGAGCAGCTCATAACACCTGCCCTTTGGCAGAAAGCTACTCATGATC  726
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGAGCAGCTCATAACACCTGCCCTTTGGCAGAAAGCTACTCATGATC  745

seq1  TCTGGTTTGGAGAACAATGCTATGGACTCTGAGCTCGCCTCATTGGCCCT  776
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGTTTGGAGAACAATGCTATGGACTCTGAGCTCGCCTCATTGGCCCT  795

seq1  AATTCGCTCTGGTTTTCTTACAAGAAAAGACATAAGTTCTTACTGTGTAG  826
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCGCTCTGGTTTTCTTACAAGAAAAGACATAAGTTCTTACTGTGTAG  845

seq1  ACCTGCCTCCACTTCAAAAGCTTAAACCTGGTCTAGGAGTCAGAGCACAG  876
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGCCTCCACTTCAAAAGCTTAAACCTGGTCTAGGAGTCAGAGCACAG  895

seq1  TACTGACTCAGTCTCGGTTCTGCCTCCTCAGTTTTGTACCAATTGCTGGG  926
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGACTCAGTCTCGGTTCTGCCTCCTCAGTTTTGTACCAATTGCTGGG  945

seq1  GAGGAAGTATGCAAATTGCCTTAGCATACAATCTTAATTAACTGGAGTAT  976
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAAGTATGCAAATTGCCTTAGCATACAATCTTAATTAACTGGAGTAT  995

seq1  TTTTCTGATGTACCTTTCAAAGCAATCACTTATCATTAATCCTTGTTTTA  1026
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTGATGTACCTTTCAAAGCAATCACTTATCATTAATCCTTGTTTTA  1045

seq1  TCCATAAAAAGAAAGTCTTTGATTTGGTCATTTGACTCTATGCTATACAA  1076
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATAAAAAGAAAGTCTTTGATTTGGTCATTTGACTCTATGCTATACAA  1095

seq1  TATGACATAATTAAGGCAAAGTACATTTAAAGTACACATCCTTGTGAACT  1126
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGACATAATTAAGGCAAAGTACATTTAAAGTACACATCCTTGTGAACT  1145

seq1  TAGATCCAATTCCTAGAATTCTTTATAAATCTGATTGAAATTATTCTATT  1176
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATCCAATTCCTAGAATTCTTTATAAATCTGATTGAAATTATTCTATT  1195

seq1  ACAGGAATTC  1186
      ||||||||||
seq2  ACAGGAATTC  1205


seq1: chr5_60421986_60423150
seq2: B6Ng01-251A01.g_66_1233

seq1  GAATTCCACTGGGCATTTTGATTACAATATTCCTGCATATGTGCAAGTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACTGGGCATTTTGATTACAATATTCCTGCATATGTGCAAGTTT  50

seq1  TTTAGGAGAAAACAGATTACTGTGTTTCTAAAAAAAAAATGTTGTATTGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGGAGAAAACAGATTACTGTGTTTCTAAAAAAAAAATGTTGTATTGG  100

seq1  GGACTTCAACATGGATTTTATAGTTTTTATTCAGTTATCAATTTCTCAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTTCAACATGGATTTTATAGTTTTTATTCAGTTATCAATTTCTCAAC  150

seq1  CCAAATTATAATATTTGTGGCAAGTAATCTGTGATGCAGAGAACATATTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAATTATAATATTTGTGGCAAGTAATCTGTGATGCAGAGAACATATTC  200

seq1  AGGTATGCTCTTTCATCCAAGTCAGAAGAGAAAATAACTATAAATTGTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTATGCTCTTTCATCCAAGTCAGAAGAGAAAATAACTATAAATTGTGA  250

seq1  GTGAAGAACTAGTTTCTACTCCATGACTCTATTTTATTAAATGTTGGGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAGAACTAGTTTCTACTCCATGACTCTATTTTATTAAATGTTGGGAA  300

seq1  AACCACAAACCACTTTCCCCTTCAGTTCTTCTGCTAAATCTGGATTCTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCACAAACCACTTTCCCCTTCAGTTCTTCTGCTAAATCTGGATTCTAA  350

seq1  TTAGACACAGATACCTGTCAGCATAAAGAGAGTGGATAGATGTAAATGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGACACAGATACCTGTCAGCATAAAGAGAGTGGATAGATGTAAATGTG  400

seq1  ACTTTTTATATTCAAGGATGTATATACATTTCACAACATAAAATTATACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTTTATATTCAAGGATGTATATACATTTCACAACATAAAATTATACA  450

seq1  TGTGCACTTTCATCACAGTTGGTAAGCCTCTTCAGGTATTGACCCACTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCACTTTCATCACAGTTGGTAAGCCTCTTCAGGTATTGACCCACTGA  500

seq1  CTTTGAAAGCAGCCTCAGAATTTAATTACAATCATCTGACATCTAGTTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGAAAGCAGCCTCAGAATTTAATTACAATCATCTGACATCTAGTTTT  550

seq1  GCTCTTTTGCAAGGAGCCTTTGTGGGTGACATTGGAGAGCTCACACTAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTTTTGCAAGGAGCCTTTGTGGGTGACATTGGAGAGCTCACACTAAT  600

seq1  CTCAGAGGATTGTGCCTCTTATCATCATAATGAAGGCTCTGGGAAGCAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGAGGATTGTGCCTCTTATCATCATAATGAAGGCTCTGGGAAGCAAC  650

seq1  AATGCTTCAGAGTTACTTGGTGAATGCATGCTACATTCCTTTATCACTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCTTCAGAGTTACTTGGTGAATGCATGCTACATTCCTTTATCACTCA  700

seq1  TAGTTTTATTTTGATTTGGTTTGATTCCATCCATCACTCTAATGTCAACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTTTATTTTGATTTGGTTTGATTCCATCCATCACTCTAATGTCAACA  750

seq1  CATCTTATACTACTGGCTATGATCTATCATTTGTCATTTTCTGAAGAATC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTTATACTACTGGCTATGATCTATCATTTGTCATTTTCTGAAGAATC  800

seq1  TGTCATTATCCTTATAGTATAAAACTCAATTGGAAAGCGTGTAAAAATGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCATTATCCTTATAGTATAAAACTCAATTGGAAAGCGTGTAAAAATGC  850

seq1  TGAGCCAATCCTATGGCATAAAATCCTGCAGCCCAATTCAAAGATCACTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCCAATCCTATGGCATAAAATCCTGCAGCCCAATTCAAAGATCACTC  900

seq1  ACCTATGTGCCAGACACTCCAAACTGATTTCATCATTTGTCAAAACATCG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTATGTGCCAGACACTCCAAACTGATTTCATCATTTGTCAAAACATCG  950

seq1  TTGCCCCAGTGAAGAGCACAAATAATCAACTGTCCACCATGATTTATGCT  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TTGCCCCAGTGAAGAGCACAAATAATCAACTGTCCACCATGATTAATGCT  1000

seq1  TCTGATGTACACATGTGGATCTGAGTGATGGTTATAAATGAAAACGCAGC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| 
seq2  TCTGATGTACACATGTGGATCTGAGTGATGG-TATAAATGAAAACGCAGT  1049

seq1  CTT--CCACACACCTTGATATTAAATGACACATTCCCTATCTCTTTAGTT  1098
      |||  | |||   ||||||| ||||||||||  ||| |||||| |||| |
seq2  CTTTCCAACAACACTTGATA-TAAATGACACCATCCTTATCTC-TTAG-T  1096

seq1  GTCAATAA-CACATGATTATTTGCCAAGCTATAACATACGGTCAATACCA  1147
      |||||||| ||||||  || ||| | ||||| ||||||||||||||||||
seq2  GTCAATAACCACATGGATAATTG-CTAGCTA-AACATACGGTCAATACCA  1144

seq1  TG--TGAC---ATAC-ATCTTTTT  1165
      ||  ||||   |||| ||||||||
seq2  TGTTTGACAATATACAATCTTTTT  1168


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |