BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-251L06
Chromosome5 (Build37)
Map Location 68,878,642 - 69,056,911
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneD830007B15Rik, Atp8a1, LOC100042458, EG330097, EG666977, AY616753
Downstream geneLOC666996, Kctd8, LOC545756, Yipf7, Guf1, Gnpda2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-251L06.bB6Ng01-251L06.g
ACCGA058891GA058892
length1,049985
definitionB6Ng01-251L06.b B6Ng01-251L06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(69,055,874 - 69,056,911)(68,878,642 - 68,879,166)
sequence
gaattcctacacagtttatgcttcacaaattatctctctttttgcaaccc
agatttgaagcatctggaattttctagctcttcaatctccatcttgttat
aatggacataagtaattaagtttcattgttaatatatcttatatttctca
agaagtagttgagctttgcctcttctgcatgccgtgtggttggttattaa
ctctttattcaatattacttgataactgagagtcttaaatggaaaatgtt
agaaagctatactgtggctccacatataagataaaattatacatttttga
catcttggacctcttttatcagtttttagactgactttttccaattgtca
atgccaaaactatttcatgatcatatgctgtctacacacacacacacaaa
cacatacctgccaaaacaatgttatgttacaaatgatgatccccagatcc
actgagtataacaacatatgcaagctctttaccatctatccataagctcc
ttgagtctaatcatataaactagagcaacagcatgctgaaggtgcaaggt
gatgtgatggctattcctgaaaaatgtcaatttgcagcaatcaaaatact
atgcaagattattttttcaaataaacttaaggatgtggttgcacatttca
aaatcttccctaatgccttgggttttacaaataaatattctacattctct
ttgtgtctttttgtttcccttggaataaacctatttaataaacaatgtct
attaaaacttggaactagaatgtatgtatgtatgtatctatctatgtatg
gatgtgcatatgcatatatatatgtatatgtacatatatacaaatacaat
tttatatatatatatatatatatatatatatatatatataattacattta
cttgcttgaatatgtgtgggtttctatgcgcataccatgggtaaaggtat
atatgtgggaagtcagaagggtaactttgagaggggttcttctttccaca
ccattttgttgtcttgggggttcaaatctcacctatttcaggcttctca

gaattctttaacaaaaaggataaattattgtttttctagtttttatttat
ttactaatttagttatgttatgtttatttattatgtattaattaattatt
cttttatttatatatcctgacatcagcttcccctccctctatgcttacca
ttcccttacacctaccccatgttcctccaaatccactctgtggtgaggtc
tgccccctctagaatagttgcacccattttgcttcatgcctgccagctat
ttcatgttgttgctgtaaaatgcctgtcagtctttgacgaagaaaaataa
cttaaatcagaacaaggtcatgctgatgacataccctgttatgttttcat
gagctttgttaatcttaagaaattccacaaagctttatgtaggacccatc
aaattaaaggtcaatatgaactgttatgtccaaaatggcttgattcagag
ctgacccccaggaaacacttcctgcacctgcatatgagctcattgtggct
tttgtgtgtttcttcttttctttcataagcctgtccttatggaacaaatg
tttattgtcatagctcagagaattctgagctgtatccctgatctgttctg
atctgatctgatctgatctgatctgatctgatctgttcagtattagggta
tgcatttaataagccatccctgtctgactgagattagtgttcctgtggtt
tgtagagtgatgctcagaccacaatactctgccttcctcagtttcctttc
agaagcaagcagtactcctagggttgtcaacgaaacatagaataaaaggc
tacaataaaactaggcatataatctcttatcaaagcagctaagtaggaca
aggttccaaagaacagtcaaaagagttcactccaatgttaggagtcccat
agtaatgtaaaattatacaatcaaaacatatatgcagtgtgtagacaaat
tttatccagcagtatgatttctctggaaaggatgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_69055874_69056911
seq2: B6Ng01-251L06.b_44_1092 (reverse)

seq1  TGAGAAGCCTGAAA-AGGTGAG-TTTG-ACCCCCAAGACA--CAAATGGT  45
      |||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||   |||||||
seq2  TGAGAAGCCTGAAATAGGTGAGATTTGAACCCCCAAGACAACAAAATGGT  50

seq1  GTGGAAAG-AGAACCCCTCTC-AAGTTACCC-TCTGAC-TCCCACATATA  91
      |||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||
seq2  GTGGAAAGAAGAACCCCTCTCAAAGTTACCCTTCTGACTTCCCACATATA  100

seq1  TACC-TTACCCATGGTATGCGCATAG-AACCCACACATATTCAAGCAAGT  139
      |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTTTACCCATGGTATGCGCATAGAAACCCACACATATTCAAGCAAGT  150

seq1  AAATGTAATTATATATATATATATATATATATATATATATATATATAAAA  189
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTAATTATATATATATATATATATATATATATATATATATATAAAA  200

seq1  TTGTATTTGTATATATGTACATATACATATATATATGCATATGCACATCC  239
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTATTTGTATATATGTACATATACATATATATATGCATATGCACATCC  250

seq1  ATACATAGATAGATACATACATACATACATTCTAGTTCCAAGTTTTAATA  289
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATAGATAGATACATACATACATACATTCTAGTTCCAAGTTTTAATA  300

seq1  GACATTGTTTATTAAATAGGTTTATTCCAAGGGAAACAAAAAGACACAAA  339
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATTGTTTATTAAATAGGTTTATTCCAAGGGAAACAAAAAGACACAAA  350

seq1  GAGAATGTAGAATATTTATTTGTAAAACCCAAGGCATTAGGGAAGATTTT  389
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAATGTAGAATATTTATTTGTAAAACCCAAGGCATTAGGGAAGATTTT  400

seq1  GAAATGTGCAACCACATCCTTAAGTTTATTTGAAAAAATAATCTTGCATA  439
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATGTGCAACCACATCCTTAAGTTTATTTGAAAAAATAATCTTGCATA  450

seq1  GTATTTTGATTGCTGCAAATTGACATTTTTCAGGAATAGCCATCACATCA  489
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTTTGATTGCTGCAAATTGACATTTTTCAGGAATAGCCATCACATCA  500

seq1  CCTTGCACCTTCAGCATGCTGTTGCTCTAGTTTATATGATTAGACTCAAG  539
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGCACCTTCAGCATGCTGTTGCTCTAGTTTATATGATTAGACTCAAG  550

seq1  GAGCTTATGGATAGATGGTAAAGAGCTTGCATATGTTGTTATACTCAGTG  589
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTTATGGATAGATGGTAAAGAGCTTGCATATGTTGTTATACTCAGTG  600

seq1  GATCTGGGGATCATCATTTGTAACATAACATTGTTTTGGCAGGTATGTGT  639
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTGGGGATCATCATTTGTAACATAACATTGTTTTGGCAGGTATGTGT  650

seq1  TTGTGTGTGTGTGTGTAGACAGCATATGATCATGAAATAGTTTTGGCATT  689
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTGTGTGTGTGTAGACAGCATATGATCATGAAATAGTTTTGGCATT  700

seq1  GACAATTGGAAAAAGTCAGTCTAAAAACTGATAAAAGAGGTCCAAGATGT  739
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAATTGGAAAAAGTCAGTCTAAAAACTGATAAAAGAGGTCCAAGATGT  750

seq1  CAAAAATGTATAATTTTATCTTATATGTGGAGCCACAGTATAGCTTTCTA  789
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAATGTATAATTTTATCTTATATGTGGAGCCACAGTATAGCTTTCTA  800

seq1  ACATTTTCCATTTAAGACTCTCAGTTATCAAGTAATATTGAATAAAGAGT  839
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTTCCATTTAAGACTCTCAGTTATCAAGTAATATTGAATAAAGAGT  850

seq1  TAATAACCAACCACACGGCATGCAGAAGAGGCAAAGCTCAACTACTTCTT  889
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAACCAACCACACGGCATGCAGAAGAGGCAAAGCTCAACTACTTCTT  900

seq1  GAGAAATATAAGATATATTAACAATGAAACTTAATTACTTATGTCCATTA  939
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAATATAAGATATATTAACAATGAAACTTAATTACTTATGTCCATTA  950

seq1  TAACAAGATGGAGATTGAAGAGCTAGAAAATTCCAGATGCTTCAAATCTG  989
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAAGATGGAGATTGAAGAGCTAGAAAATTCCAGATGCTTCAAATCTG  1000

seq1  GGTTGCAAAAAGAGAGATAATTTGTGAAGCATAAACTGTGTAGGAATTC  1038
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGCAAAAAGAGAGATAATTTGTGAAGCATAAACTGTGTAGGAATTC  1049


seq1: chr5_68878642_68879166
seq2: B6Ng01-251L06.g_63_587

seq1  GAATTCTTTAACAAAAAGGATAAATTATTGTTTTTCTAGTTTTTATTTAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTAACAAAAAGGATAAATTATTGTTTTTCTAGTTTTTATTTAT  50

seq1  TTACTAATTTAGTTATGTTATGTTTATTTATTATGTATTAATTAATTATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTAATTTAGTTATGTTATGTTTATTTATTATGTATTAATTAATTATT  100

seq1  CTTTTATTTATATATCCTGACATCAGCTTCCCCTCCCTCTATGCTTACCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTATTTATATATCCTGACATCAGCTTCCCCTCCCTCTATGCTTACCA  150

seq1  TTCCCTTACACCTACCCCATGTTCCTCCAAATCCACTCTGTGGTGAGGTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTTACACCTACCCCATGTTCCTCCAAATCCACTCTGTGGTGAGGTC  200

seq1  TGCCCCCTCTAGAATAGTTGCACCCATTTTGCTTCATGCCTGCCAGCTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCCCTCTAGAATAGTTGCACCCATTTTGCTTCATGCCTGCCAGCTAT  250

seq1  TTCATGTTGTTGCTGTAAAATGCCTGTCAGTCTTTGACGAAGAAAAATAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATGTTGTTGCTGTAAAATGCCTGTCAGTCTTTGACGAAGAAAAATAA  300

seq1  CTTAAATCAGAACAAGGTCATGCTGATGACATACCCTGTTATGTTTTCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAATCAGAACAAGGTCATGCTGATGACATACCCTGTTATGTTTTCAT  350

seq1  GAGCTTTGTTAATCTTAAGAAATTCCACAAAGCTTTATGTAGGACCCATC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTTTGTTAATCTTAAGAAATTCCACAAAGCTTTATGTAGGACCCATC  400

seq1  AAATTAAAGGTCAATATGAACTGTTATGTCCAAAATGGCTTGATTCAGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTAAAGGTCAATATGAACTGTTATGTCCAAAATGGCTTGATTCAGAG  450

seq1  CTGACCCCCAGGAAACACTTCCTGCACCTGCATATGAGCTCATTGTGGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACCCCCAGGAAACACTTCCTGCACCTGCATATGAGCTCATTGTGGCT  500

seq1  TTTGTGTGTTTCTTCTTTTCTTTCA  525
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGTGTTTCTTCTTTTCTTTCA  525


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |