BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-252N23
Chromosome5 (Build37)
Map Location 101,319,405 - 101,448,375
singlet/doubletdoublet
Overlap geneA230097K15Rik
Upstream geneLOC100040763, LOC100040774, Hnrpd, 4930524J08Rik, Hnrpdl, Enoph1, BC062109, LOC666417, Sec31a, LOC100041797, Lin54, Cops4, Plac8, Coq2, Hpse, Hel308, Mrps18c, Ccdc98
Downstream geneLOC100041888, LOC100040902, Cycs-ps2, LOC100040920, Nkx6-1, Cds1, Wdfy3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-252N23.bB6Ng01-252N23.g
ACCGA059752GA059753
length1,1341,077
definitionB6Ng01-252N23.b B6Ng01-252N23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(101,319,405 - 101,320,539)(101,447,300 - 101,448,375)
sequence
gaattctgtagtctgggggatagatggctgcatagaaccagactggaaag
ctcagctgttctgtgttgctatgacttaagtagggaacaatcactgaact
tttaaagtttaaaattactaccttgagggttaaaataattgataatttaa
ttgctgaataaatttttgactgtttttttgctggatgtccactgtcactt
gaatccacttaccagagtgataatcattgatggaccttcctgttgccatc
acaagacacaagaggacatcaacttcctgggggaaaggcttatgggctca
cagttctggtgtagtcagtgtgtggtcccttggctcttctgcataggctc
acggctgtgcagtaaactaaaagtctgtggcagaggaaatctgttctctt
catggggacaggggaacacacagagtggagggacagggtctcagtttttc
catcaagggcaggtacccagtctgtcttctcacctctatctcctaaaggc
tcacaggtagccgctgaactgtgaacacatggctgcagagagaacatcca
aactacaagtgctctttatggaaaggaaaggagggagtctttgtctgggg
ctctgcagagatggacccactaagacaaagctggggaaaagctttcccta
gcagggttctgatcactgctttaggcatgcagggatggcccaccttcctc
gtgaaaaccctttttctttcccaggctggccttgacttgtgatatcctcc
tatctcatcctcttgggagctgggattactataactgacttatggtattc
tgtttcatagggaagttcaccctgacacatttcagcctttttcacttaat
gggccatagcacacacagactagtatgctcagaagtcccttttttttcca
tacaaggaactatgaacacatggcccgtccagagagtagatgggaagact
tggggcttggtagtgattacttgtagtcttcagtcttgggaagtgaaaca
aggaagtcagagttggagttcattctttgctacatagccaagtcagtcag
ctgagctatgagactttgttaacaaacaacaaagtagctgaggttcacca
cttcacttcagaattagagaattgggaagtgtgc
gaattccaggctggccagggtctatacaatgtgaccctgactcaaaaata
aatgactaaaaagaaactctgaactccaggatcctcaggcactgaggggt
aagtagctgactttctgtaatggtttcaaagtcagtgttaagaatattcc
aagggctcaactgttaagagaaccggctgctcttccagagcctggagatt
gatgcttagcacccacgtggtggctaacaacagtgtgtaattccagttcc
ctggaatccagtacccctttctgtcccctgcaagcaccagacatgttcat
ggtacccagacatacagaaaaacacttatacacggctgggttttgttttt
aaagaaaagaagaatatttccagatggagttgtgagatcaagtttgaccc
agtcttgagtttgtgtgacagtcacttttgcaatgccacaagcccagaaa
aaaaaattgcttgttctgattagagttcttaccacaaatagaatggtaac
cctgaaggaaccagagaaaccattagcttgctgttccaagaccagaccac
taacagtctcaaccctgcctgacatggacacccctaacggtcagtgcaga
aagggggatcaacagtaaaggaggcagacagtcactgcttactggagggc
gggctttgacccaagtgtgcggtatcccccttagcctgcacttgtaaaat
gtggccagtgtgacttcccacccaacaccatgacatgaggtaacatatgc
aaacagcttctaatcatagctcatggttgctcactatctggtagccattt
tgaaggtaaatctaagacacgtaagcttgaaatcacctttcacctttact
tatgtgactttgggggaggggtacgcacacatgagtgcagaagtcctcag
tcagatctcctggcctgggatttaacaggtggctgtgtctgctgtgcaaa
gggaagagaggcctctgtagggaagcagcatgcccccctccaccacggga
gctgtttctctgcccagtagtacatttttaaagggatgatctgagcagat
gtcagtcagtatttttccactcagaat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_101319405_101320539
seq2: B6Ng01-252N23.b_47_1180

seq1  GAATTCTGTAGTCTGGGGGATAGATGGCTGCATAGAACCAGACTGGAAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTAGTCTGGGGGATAGATGGCTGCATAGAACCAGACTGGAAAG  50

seq1  CTCAGCTGTTCTGTGTTGCTATGACTTAAGTAGGGAACAATCACTGAACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGCTGTTCTGTGTTGCTATGACTTAAGTAGGGAACAATCACTGAACT  100

seq1  TTTAAAGTTTAAAATTACTACCTTGAGGGTTAAAATAATTGATAATTTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAGTTTAAAATTACTACCTTGAGGGTTAAAATAATTGATAATTTAA  150

seq1  TTGCTGAATAAATTTTTGACTGTTTTTTTGCTGGATGTCCACTGTCACTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGAATAAATTTTTGACTGTTTTTTTGCTGGATGTCCACTGTCACTT  200

seq1  GAATCCACTTACCAGAGTGATAATCATTGATGGACCTTCCTGTTGCCATC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCCACTTACCAGAGTGATAATCATTGATGGACCTTCCTGTTGCCATC  250

seq1  ACAAGACACAAGAGGACATCAACTTCCTGGGGGAAAGGCTTATGGGCTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGACACAAGAGGACATCAACTTCCTGGGGGAAAGGCTTATGGGCTCA  300

seq1  CAGTTCTGGTGTAGTCAGTGTGTGGTCCCTTGGCTCTTCTGCATAGGCTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTCTGGTGTAGTCAGTGTGTGGTCCCTTGGCTCTTCTGCATAGGCTC  350

seq1  ACGGCTGTGCAGTAAACTAAAAGTCTGTGGCAGAGGAAATCTGTTCTCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGCTGTGCAGTAAACTAAAAGTCTGTGGCAGAGGAAATCTGTTCTCTT  400

seq1  CATGGGGACAGGGGAACACACAGAGTGGAGGGACAGGGTCTCAGTTTTTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGGGACAGGGGAACACACAGAGTGGAGGGACAGGGTCTCAGTTTTTC  450

seq1  CATCAAGGGCAGGTACCCAGTCTGTCTTCTCACCTCTATCTCCTAAAGGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAAGGGCAGGTACCCAGTCTGTCTTCTCACCTCTATCTCCTAAAGGC  500

seq1  TCACAGGTAGCCGCTGAACTGTGAACACATGGCTGCAGAGAGAACATCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGGTAGCCGCTGAACTGTGAACACATGGCTGCAGAGAGAACATCCA  550

seq1  AACTACAAGTGCTCTTTATGGAAAGGAAAGGAGGGAGTCTTTGTCTGGGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTACAAGTGCTCTTTATGGAAAGGAAAGGAGGGAGTCTTTGTCTGGGG  600

seq1  CTCTGCAGAGATGGACCCACTAAGACAAAGCTGGGGAAAAGCTTTCCCTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGCAGAGATGGACCCACTAAGACAAAGCTGGGGAAAAGCTTTCCCTA  650

seq1  GCAGGGTTCTGATCACTGCTTTAGGCATGCAGGGATGGCCCACCTTCCTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGGTTCTGATCACTGCTTTAGGCATGCAGGGATGGCCCACCTTCCTC  700

seq1  GTGAAAACCCTTTTTCTTTCCCAGGCTGGCCTTGACTTGTGATATCCTCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAAACCCTTTTTCTTTCCCAGGCTGGCCTTGACTTGTGATATCCTCC  750

seq1  TATCTCATCCTCTTGGGAGCTGGGATTACTATAACTGACTTATGGTATTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTCATCCTCTTGGGAGCTGGGATTACTATAACTGACTTATGGTATTC  800

seq1  TGTTTCATAGGGAAGTTCACCCTGACACATTTCAGGCCTTTTTCACTTAA  850
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TGTTTCATAGGGAAGTTCACCCTGACACATTTCA-GCCTTTTTCACTTAA  849

seq1  T-GGCCATAGCACACACAGACTAGTATGCTCAGAAGTCCCTTTTTTTTCC  899
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCCATAGCACACACAGACTAGTATGCTCAGAAGTCCCTTTTTTTTCC  899

seq1  ATACAAGGAACTATGAACACATGG-CCGTCCAGAGAGTAGAT-GGAAGAC  947
      |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||
seq2  ATACAAGGAACTATGAACACATGGCCCGTCCAGAGAGTAGATGGGAAGAC  949

seq1  TT-GGGCTTGGTAGTGATTACTTGTAGTC-TCAGTTCTTGGGAAGTGAAA  995
      || |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||
seq2  TTGGGGCTTGGTAGTGATTACTTGTAGTCTTCAG-TCTTGGGAAGTGAAA  998

seq1  CAGGAAGGTCAGGAGTTGGAGTTCATTCTTTGCTACATAGCCAAGTTCAA  1045
      || | | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| 
seq2  CAAGGAAGTCA-GAGTTGGAGTTCATTCTTTGCTACATAGCCAAG-TCA-  1045

seq1  GGTCAGCCTGAGCTAATGAGACCTTGTTACAAACCAACAAAGTAGCTGAA  1095
       ||||| ||||||| ||||||| ||||||  || ||||||||||||||| 
seq2  -GTCAG-CTGAGCT-ATGAGACTTTGTTAACAAACAACAAAGTAGCTGAG  1092

seq1  G-TCACCACTTCAC-TCAGAATTAGAGAAAATGGGAGTGTGC  1135
      | |||||||||||| ||||||||||||||   || |||||||
seq2  GTTCACCACTTCACTTCAGAATTAGAGAATTGGGAAGTGTGC  1134

seq1: chr5_101447300_101448375
seq2: B6Ng01-252N23.g_70_1146 (reverse)

seq1  ATTCTTGAGTGG-AAAATACTGACTGACATCTGCTCCAGATCAATTCCTT  49
      |||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| || ||||
seq2  ATTC-TGAGTGGAAAAATACTGACTGACATCTGCT-CAGATC-ATCCCTT  47

seq1  TAAAAATGTAACTACTGGGCAGAAGAAACAGCT-CCGTGGTGGA-GGGGG  97
      ||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||
seq2  TAAAAATGT-ACTACTGGGCAG-AGAAACAGCTCCCGTGGTGGAGGGGGG  95

seq1  CATGCTGC-TCCCTACAGAGGCCTCTCTTTCCTTTGCACAGCAGACACAG  146
      |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CATGCTGCTTCCCTACAGAGGCCTCTCTTCCCTTTGCACAGCAGACACAG  145

seq1  CCACCTG-TAAAT-CCAGGCCAGGAGATCTGACTGAGGACTTCTGCACTC  194
      ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCTGTTAAATCCCAGGCCAGGAGATCTGACTGAGGACTTCTGCACTC  195

seq1  ATGTGTGCGTACCCCTCCCCCAAAGTCACATAAGTAAAGGTGAAAGGTGA  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTGCGTACCCCTCCCCCAAAGTCACATAAGTAAAGGTGAAAGGTGA  245

seq1  TTTCAAGCTTACGTGTCTTAGATTTACCTTCAAAATGGCTACCAGATAGT  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAAGCTTACGTGTCTTAGATTTACCTTCAAAATGGCTACCAGATAGT  295

seq1  GAGCAACCATGAGCTATGATTAGAAGCTGTTTGCATATGTTACCTCATGT  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAACCATGAGCTATGATTAGAAGCTGTTTGCATATGTTACCTCATGT  345

seq1  CATGGTGTTGGGTGGGAAGTCACACTGGCCACATTTTACAAGTGCAGGCT  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGTGTTGGGTGGGAAGTCACACTGGCCACATTTTACAAGTGCAGGCT  395

seq1  AAGGGGGATACCGCACACTTGGGTCAAAGCCCGCCCTCCAGTAAGCAGTG  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGGGATACCGCACACTTGGGTCAAAGCCCGCCCTCCAGTAAGCAGTG  445

seq1  ACTGTCTGCCTCCTTTACTGTTGATCCCCCTTTCTGCACTGACCGTTAGG  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTCTGCCTCCTTTACTGTTGATCCCCCTTTCTGCACTGACCGTTAGG  495

seq1  GGTGTCCATGTCAGGCAGGGTTGAGACTGTTAGTGGTCTGGTCTTGGAAC  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTCCATGTCAGGCAGGGTTGAGACTGTTAGTGGTCTGGTCTTGGAAC  545

seq1  AGCAAGCTAATGGTTTCTCTGGTTCCTTCAGGGTTACCATTCTATTTGTG  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGCTAATGGTTTCTCTGGTTCCTTCAGGGTTACCATTCTATTTGTG  595

seq1  GTAAGAACTCTAATCAGAACAAGCAATTTTTTTTTCTGGGCTTGTGGCAT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGAACTCTAATCAGAACAAGCAATTTTTTTTTCTGGGCTTGTGGCAT  645

seq1  TGCAAAAGTGACTGTCACACAAACTCAAGACTGGGTCAAACTTGATCTCA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAAAGTGACTGTCACACAAACTCAAGACTGGGTCAAACTTGATCTCA  695

seq1  CAACTCCATCTGGAAATATTCTTCTTTTCTTTAAAAACAAAACCCAGCCG  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTCCATCTGGAAATATTCTTCTTTTCTTTAAAAACAAAACCCAGCCG  745

seq1  TGTATAAGTGTTTTTCTGTATGTCTGGGTACCATGAACATGTCTGGTGCT  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATAAGTGTTTTTCTGTATGTCTGGGTACCATGAACATGTCTGGTGCT  795

seq1  TGCAGGGGACAGAAAGGGGTACTGGATTCCAGGGAACTGGAATTACACAC  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGGGGACAGAAAGGGGTACTGGATTCCAGGGAACTGGAATTACACAC  845

seq1  TGTTGTTAGCCACCACGTGGGTGCTAAGCATCAATCTCCAGGCTCTGGAA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGTTAGCCACCACGTGGGTGCTAAGCATCAATCTCCAGGCTCTGGAA  895

seq1  GAGCAGCCGGTTCTCTTAACAGTTGAGCCCTTGGAATATTCTTAACACTG  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAGCCGGTTCTCTTAACAGTTGAGCCCTTGGAATATTCTTAACACTG  945

seq1  ACTTTGAAACCATTACAGAAAGTCAGCTACTTACCCCTCAGTGCCTGAGG  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTGAAACCATTACAGAAAGTCAGCTACTTACCCCTCAGTGCCTGAGG  995

seq1  ATCCTGGAGTTCAGAGTTTCTTTTTAGTCATTTATTTTTGAGTCAGGGTC  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTGGAGTTCAGAGTTTCTTTTTAGTCATTTATTTTTGAGTCAGGGTC  1045

seq1  ACATTGTATAGACCCTGGCCAGCCTGGAATTC  1076
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTGTATAGACCCTGGCCAGCCTGGAATTC  1077