BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-255M13
Chromosome5 (Build37)
Map Location 14,463,825 - 14,584,560
singlet/doubletdoublet
Overlap genePclo
Upstream geneSema3a, LOC208055, LOC626053, Speer3, EG626067, LOC668085, LOC384149, LOC384148, Sema3e, LOC100042957
Downstream geneENSMUSG00000033219, LOC624245, Speer8-ps1, Speer4c, Speer4d, 4930572O03Rik, Speer7-ps1, 4930519H02Rik, LOC100041781, Cacna2d1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-255M13.bB6Ng01-255M13.g
ACCGA061908GA061909
length1,1251,205
definitionB6Ng01-255M13.b B6Ng01-255M13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(14,583,428 - 14,584,560)(14,463,825 - 14,465,021)
sequence
gaattcaaaactgctcggtgataatcacctaaaatggagtagccagtcac
taagtatctctcacagttttatgtttcctaggtactgctataattagatt
taaaattgtttatgatactaaatatttcatgtgatatattgctaggtgat
caattaggcagagacaaaaggcaagttttggtatgtaaataaaggctatc
aagtgatttttaaaataagaaatggtttgctttactcagatcacttttaa
tgaattcaaaatatattttcttatctataaacgttaaaagttagttaaaa
atgatgttaagtaattgtctttagagactctctaaaaccatatgcctctt
taaacctcagaatgcctttctaaacatagcagtttcttagacctttagga
atgcacacattccatgattattcctccttttgtgaaattaattcagttct
catatagcatgattgaagatttacgtctcaagctttgatgaaagatgttt
gtgttttcattaatgttatttccctctggctacaaaacaaaagcaaaaac
aagaacaaggacccaagcaataaatggaaaagaacaacaacaacaacaac
aacaaaacccagaaacttacacacttttaaatctgctgttaaccagaaag
tggaaattatctagagagcatatgatagctgaggtcggttctcaagttat
agaacgctatacatagcattctatacatataggaagctatacatgtagaa
taataaatggtagtcattcaactctcaatttcaggattttctagagcact
gctcatatatctaggatatatcatccttattaaaaccaaattgaaagtat
accactttaaagctctcttaaatgttgctatatatgcactatatgaaaga
ctttaaactttcaatattcttctacttacacaaagcagagctgcactcta
caagtgaaagcctttttatagagctgatttgtctcacataacagtggctg
ccactctatctccctgagagtctcactatgtcttcagacttactgtctag
tcttcagctgctactgctttgggtgaatcccttgtgtatctcagccatgt
tactaaattggccaggaagaagaaa
gaattccattcatgtatagaaaaataattggttttgcccgaaattcagca
tcattgcatgaaaatttagcaaaagaattgggtttcattattcctttaga
caatgtgaaaagctctattactcatgaaattaaaagtatataaatcattt
tggagttattttgatatattaaaatcattactgtattaatttttaaataa
aaatgaagaggagaagagaaaaactaagcttatatgttcttatggatttg
gaataagtaccagggaccagggttctaatttctgttcattctctacctgt
tttagcccttatgtcatgtgctgtaaattcagctctatggtgataaattc
tatgtggttgagtaattgcaatagaaaaaaaaacccacaagagaaagagg
atttaaaaaaaaaggttcagtcaacagaactggtgtgcatatgcattgag
acatgaaattatgcttctagttagtgacatatcatgcatatatctatgag
tgtaaagtggagatttttagtagcttttggtgctttctgttgtgtggagc
agcctttcattccttactaaggaactcttgtattattctgggacacagat
atgtaaaacaatgtatttgaaaccaggaatctggtgtacctagccctctt
cttttgttatctggctccaataacttctgtgcttgggattgttgattagg
tttgccactgagaaagttatgaaccttgagtgtaacttggatgccacaat
gagccttcatttcagctcagatgcaaaacattcaaaattgtgtttgattc
acaagaaaacaaaaatgttttaagaagcaaaacattaacaaagattttac
tttagaaaagcaagccacaatgttcaatgaaattattcagttctatgttt
tgaattctgtgcaattgagtaatcttatagaatgaaacttatagaggagg
attttctttaaaagggtcagtgtatctcactattattgtggcttacactt
ttatttctcagaatacattaaatatgtcataaatggaataaaataatatt
ttaaggagttctagcatcatgactttttggttggactacctcagaataca
taaccaggtgtccggtactcttgtatgttacatcgaggaagagttctgtc
ttggagtagataggagctatggccatccaggtaacaggggtatctcagtg
agaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_14583428_14584560
seq2: B6Ng01-255M13.b_45_1169 (reverse)

seq1  TTTCTTCTTTCCTTGGCCCATTTTAGTTACATGGCCTGAGATACACAAGG  50
      ||||||| |||||  | ||| |||||| |||||| |||||||||||||||
seq2  TTTCTTC-TTCCT--GGCCAATTTAGTAACATGG-CTGAGATACACAAGG  46

seq1  GATATCA-CCAAAGCAGTAGCAGCCTGAGACTAGACAGTAAGTCTGAAGA  99
      ||| ||| ||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||
seq2  GAT-TCACCCAAAGCAGTAGCAGCTGAAGACTAGACAGTAAGTCTGAAGA  95

seq1  CATAGTGAGACTCTTCAGGGAGATAGAGTGGCAGCCACTTGTTATGTGAG  149
      ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  CATAGTGAGACTC-TCAGGGAGATAGAGTGGCAGCCAC-TGTTATGTGAG  143

seq1  ACAAATCAGCTTCTATAAAAAGGCTTTCACTTGTAGAGTGCAGCTCTGCT  199
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  ACAAATCAGC-TCTATAAAAAGGCTTTCACTTGTAGAGTGCAGCTCTGC-  191

seq1  TTTGTGTAAGTAGAAGAATATTGAAAGTTTAAAGTCTTTCATATAGTGCA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGTAAGTAGAAGAATATTGAAAGTTTAAAGTCTTTCATATAGTGCA  241

seq1  TATATAGCAACATTTAAGAGAGCTTTAAAGTGGTATACTTTCAATTTGGT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATAGCAACATTTAAGAGAGCTTTAAAGTGGTATACTTTCAATTTGGT  291

seq1  TTTAATAAGGATGATATATCCTAGATATATGAGCAGTGCTCTAGAAAATC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATAAGGATGATATATCCTAGATATATGAGCAGTGCTCTAGAAAATC  341

seq1  CTGAAATTGAGAGTTGAATGACTACCATTTATTATTCTACATGTATAGCT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAATTGAGAGTTGAATGACTACCATTTATTATTCTACATGTATAGCT  391

seq1  TCCTATATGTATAGAATGCTATGTATAGCGTTCTATAACTTGAGAACCGA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTATATGTATAGAATGCTATGTATAGCGTTCTATAACTTGAGAACCGA  441

seq1  CCTCAGCTATCATATGCTCTCTAGATAATTTCCACTTTCTGGTTAACAGC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAGCTATCATATGCTCTCTAGATAATTTCCACTTTCTGGTTAACAGC  491

seq1  AGATTTAAAAGTGTGTAAGTTTCTGGGTTTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTTAAAAGTGTGTAAGTTTCTGGGTTTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTG  541

seq1  TTCTTTTCCATTTATTGCTTGGGTCCTTGTTCTTGTTTTTGCTTTTGTTT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTTCCATTTATTGCTTGGGTCCTTGTTCTTGTTTTTGCTTTTGTTT  591

seq1  TGTAGCCAGAGGGAAATAACATTAATGAAAACACAAACATCTTTCATCAA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGCCAGAGGGAAATAACATTAATGAAAACACAAACATCTTTCATCAA  641

seq1  AGCTTGAGACGTAAATCTTCAATCATGCTATATGAGAACTGAATTAATTT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTGAGACGTAAATCTTCAATCATGCTATATGAGAACTGAATTAATTT  691

seq1  CACAAAAGGAGGAATAATCATGGAATGTGTGCATTCCTAAAGGTCTAAGA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAAAGGAGGAATAATCATGGAATGTGTGCATTCCTAAAGGTCTAAGA  741

seq1  AACTGCTATGTTTAGAAAGGCATTCTGAGGTTTAAAGAGGCATATGGTTT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGCTATGTTTAGAAAGGCATTCTGAGGTTTAAAGAGGCATATGGTTT  791

seq1  TAGAGAGTCTCTAAAGACAATTACTTAACATCATTTTTAACTAACTTTTA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGAGTCTCTAAAGACAATTACTTAACATCATTTTTAACTAACTTTTA  841

seq1  ACGTTTATAGATAAGAAAATATATTTTGAATTCATTAAAAGTGATCTGAG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTTTATAGATAAGAAAATATATTTTGAATTCATTAAAAGTGATCTGAG  891

seq1  TAAAGCAAACCATTTCTTATTTTAAAAATCACTTGATAGCCTTTATTTAC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGCAAACCATTTCTTATTTTAAAAATCACTTGATAGCCTTTATTTAC  941

seq1  ATACCAAAACTTGCCTTTTGTCTCTGCCTAATTGATCACCTAGCAATATA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCAAAACTTGCCTTTTGTCTCTGCCTAATTGATCACCTAGCAATATA  991

seq1  TCACATGAAATATTTAGTATCATAAACAATTTTAAATCTAATTATAGCAG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATGAAATATTTAGTATCATAAACAATTTTAAATCTAATTATAGCAG  1041

seq1  TACCTAGGAAACATAAAACTGTGAGAGATACTTAGTGACTGGCTACTCCA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTAGGAAACATAAAACTGTGAGAGATACTTAGTGACTGGCTACTCCA  1091

seq1  TTTTAGGTGATTATCACCGAGCAGTTTTGAATTC  1133
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAGGTGATTATCACCGAGCAGTTTTGAATTC  1125

seq1: chr5_14463825_14465021
seq2: B6Ng01-255M13.g_69_1273

seq1  GAATTCCATTCATGTATAGAAAAATAATTGGTTTTGCCCGAAATTCAGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATTCATGTATAGAAAAATAATTGGTTTTGCCCGAAATTCAGCA  50

seq1  TCATTGCATGAAAATTTAGCAAAAGAATTGGGTTTCATTATTCCTTTAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTGCATGAAAATTTAGCAAAAGAATTGGGTTTCATTATTCCTTTAGA  100

seq1  CAATGTGAAAAGCTCTATTACTCATGAAATTAAAAGTATATAAATCATTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGTGAAAAGCTCTATTACTCATGAAATTAAAAGTATATAAATCATTT  150

seq1  TGGAGTTATTTTGATATATTAAAATCATTACTGTATTAATTTTTAAATAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGTTATTTTGATATATTAAAATCATTACTGTATTAATTTTTAAATAA  200

seq1  AAATGAAGAGGAGAAGAGAAAAACTAAGCTTATATGTTCTTATGGATTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGAAGAGGAGAAGAGAAAAACTAAGCTTATATGTTCTTATGGATTTG  250

seq1  GAATAAGTACCAGGGACCAGGGTTCTAATTTCTGTTCATTCTCTACCTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAAGTACCAGGGACCAGGGTTCTAATTTCTGTTCATTCTCTACCTGT  300

seq1  TTTAGCCCTTATGTCATGTGCTGTAAATTCAGCTCTATGGTGATAAATTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGCCCTTATGTCATGTGCTGTAAATTCAGCTCTATGGTGATAAATTC  350

seq1  TATGTGGTTGAGTAATTGCAATAGAAAAAAAAACCCACAAGAGAAAGAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGGTTGAGTAATTGCAATAGAAAAAAAAACCCACAAGAGAAAGAGG  400

seq1  ATTTAAAAAAAAAGGTTCAGTCAACAGAACTGGTGTGCATATGCATTGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAAAAAAAAAGGTTCAGTCAACAGAACTGGTGTGCATATGCATTGAG  450

seq1  ACATGAAATTATGCTTCTAGTTAGTGACATATCATGCATATATCTATGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGAAATTATGCTTCTAGTTAGTGACATATCATGCATATATCTATGAG  500

seq1  TGTAAAGTGGAGATTTTTAGTAGCTTTTGGTGCTTTCTGTTGTGTGGAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAAGTGGAGATTTTTAGTAGCTTTTGGTGCTTTCTGTTGTGTGGAGC  550

seq1  AGCCTTTCATTCCTTACTAAGGAACTCTTGTATTATTCTGGGACACAGAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTTTCATTCCTTACTAAGGAACTCTTGTATTATTCTGGGACACAGAT  600

seq1  ATGTAAAACAATGTATTTGAAACCAGGAATCTGGTGTACCTAGCCCTCTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAAAACAATGTATTTGAAACCAGGAATCTGGTGTACCTAGCCCTCTT  650

seq1  CTTTTGTTATCTGGCTCCAATAACTTCTGTGCTTGGGATTGTTGATTAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTGTTATCTGGCTCCAATAACTTCTGTGCTTGGGATTGTTGATTAGG  700

seq1  TTTGCCACTGAGAAAGTTATGAACCTTGAGTGTAACTTGGATGCCACAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCCACTGAGAAAGTTATGAACCTTGAGTGTAACTTGGATGCCACAAT  750

seq1  GAGCCTTCATTTCAGCTCAGATGCAAAACATTCAAAATTGTGTTTGATTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCTTCATTTCAGCTCAGATGCAAAACATTCAAAATTGTGTTTGATTC  800

seq1  ACAAGAAAACAAAAATGTTTTAAGAAGCAAAACATTAACAAAGATTTTAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGAAAACAAAAATGTTTTAAGAAGCAAAACATTAACAAAGATTTTAC  850

seq1  TTTAGAAAAGCAAGCCACAATGTTCAATGAAATTATTCAGTTCTATGTTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGAAAAGCAAGCCACAATGTTCAATGAAATTATTCAGTTCTATGTTT  900

seq1  TGAATTCTGTGCAATTGAGTAATCTTATAGAATGAAAACTTATAAGAGGA  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||
seq2  TGAATTCTGTGCAATTGAGTAATCTTATAGAATG-AAACTTAT-AGAGGA  948

seq1  GGATTTTCTTTAAAAAGGTTCAGTGTATCTCACCTATATTGTTGCTTACA  1000
      ||||||||||| |||||| ||||||||||||||   |||||| |||||||
seq2  GGATTTTCTTT-AAAAGGGTCAGTGTATCTCACTATTATTGTGGCTTACA  997

seq1  CTTT--ATTCTCAGAAAATACATTAAATATGTCATAAAT-GAAT-AAATA  1046
      ||||   |||||||  ||||||||||||||||||||||| |||| |||||
seq2  CTTTTATTTCTCAG--AATACATTAAATATGTCATAAATGGAATAAAATA  1045

seq1  ATATTTTAAAGAGTCCTAGCATCATGACTTTTT-GTTTGACTACCTCAG-  1094
      ||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||| 
seq2  ATATTTTAAGGAGTTCTAGCATCATGACTTTTTGGTTGGACTACCTCAGA  1095

seq1  ATACATAACCA-GTGT-CTGTACTCTTGTATGTTTACATCGAGAAAG-TT  1141
      ||||||||||| |||| | ||||||||||||| |||||||||| |||  |
seq2  ATACATAACCAGGTGTCCGGTACTCTTGTATG-TTACATCGAGGAAGAGT  1144

seq1  CCTGTCTTTTGAGTAG-TAAGAGCCATG--CAATCAAGTAACAGGGGTAT  1188
       ||||| || |||||| || |||| |||  ||  || |||||||||||||
seq2  TCTGTC-TTGGAGTAGATAGGAGCTATGGCCATCCAGGTAACAGGGGTAT  1193

seq1  C---ATGAGAGA  1197
      |    |||||||
seq2  CTCAGTGAGAGA  1205