BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-256O16
Chromosome5 (Build37)
Map Location 31,710,660 - 31,867,233
singlet/doubletdoublet
Overlap geneZfp512, 4930548H24Rik, Xab1, Supt7l, Slc4a1ap
Upstream geneOtof, 1700001C02Rik, 1700041E20Rik, Kcnk3, 4930471M23Rik, Cenpa, Dpysl5, Mapre3, 1110039B18Rik, 9430057O19Rik, 2310016E02Rik, Emilin1, Khk, Cgref1, Abhd1, Preb, Tcf23, Slc5a6, 0610007C21Rik, Cad, Slc30a3, Dnajc5g, Trim54, Ucn, Mpv17, Gtf3c2, Eif2b4, Snx17, Zfp513, Ppm1g, ENSMUSG00000055424, Nrbp1, Krtcap3, Ift172, Fndc4, Gckr
Downstream geneMrpl33, Rbks, LOC100040000, Bre, Fosl2, LOC672217, Plb1, EG665350, LOC545743, Ppp1cb, LOC634553, LOC675983
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-256O16.bB6Ng01-256O16.g
ACCGA062752GA062753
length1,176929
definitionB6Ng01-256O16.b B6Ng01-256O16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(31,710,660 - 31,711,842)(31,866,313 - 31,867,233)
sequence
gaattccataggtggtatacccaaattgtttgaccctggagttaattcag
acttaaaatctttcaagtgttgctcttgaagttttggagcttgtaaatgt
ggcccagggttgtagccaatagaatttacagactgagattcttgacttag
agtacatgcagaagaatttatatcttgcaaatgtattctagtattgcacc
aaacaggatatacacacagaatttgtggtgatggaaatgtacaaaaattc
acaccttgaaaaagtggcccaagattatacctattagaattttcacacag
aggatttttgccctgcagtgtatacaaaagaatttactccttggatccct
tgtgtttggctacagttacctgtttggaacttctcaggttttacactttg
aacaactggatcagtagcaaattcaaatgaggttgcacctttgaattgtg
acttagagttcatttcatctgtgggttttatatttgcaggttttggtttg
gtttggctacagtcacaggttttacactttgctgtttcaaacatagggtg
atcacaggtttcctatcttgcatttgtggcagtgaagtcagttccttggg
ttttacaccttgcagttgaggcccttgaaacacctccatagacttctctt
gaaacagcatccttggtacaaaagtcacaggactctcctcttgcttcttt
ggttcaagtttcaagtccatggcatttacatcttgaacatgtgtatcaca
ggccaaccccttgtttttcaattcttgaattcttgaacctggaatcaact
tcacagacttcatatctcctctcagtgaactacttggggattccacagta
gattttatcctcttgagacactcttctacagttaagatcacaggtttcct
atcttctatttttggccttgaagaaagtaacctatgttttaaacccttca
agctggagcctgaggcagctcctcaactttcctatctctgcctgcgtcct
ggggttgacagcatagacttgacatgctccagctctgacatgactttact
ttgtagatgtaatgtctcccaatgtagccctgtgtaattccacaagatgg
cagagcttcttgccttgagaactgtgttcttctccacaggtttatatgtc
ccgaaagctgtcttcctatcaattca
gaattccataccccactctacagaggcggaggagaaggtgaacagttcag
cgttccgttgcttaggcagactcaggcttgcaattattttgtcaatagtt
ttgttacatcttcctgctttaccagagtttcttaaaacttgactttggga
accttaaacttcctactctttgccttgctgtctaccaacaacagttttga
gccacggtctcacatatactaggctggccacagactccctattaaccaag
aatcctcctgtatctatgtcctgggtactgcgattaggtgtgtgctacaa
tgttcccagggctttgtgtgcacctggctggcacctggctgtcaccacct
gagcaagctatagtttccagccctgctcttaactggacccacactgaaag
ttaactttgggagcaggggatgggaatggctcagcatggaagagggcttg
ctcgataagcatgaggacccaggtttgaacccctagatggacacagctcc
atgtgcctgtatttccagcattgggaggggcggggaattggggcaggaac
gaacagatctagagagctcaatggccagtcagcttgcccaaaacagggtt
tctggtttagcgaggcaaactaggtgtgtcttcaaaagtcactagtttcc
aatctgtttccttcaacatcaatgacagccatgccctttttgccactcaa
gtacgacagaggacagatctggggaaggagaggtgtgaggatcctctgta
aaccataaagttgtaagagcactatgggatggcccaaatcttcccactga
ctgttctccctgtgactggcgaatgactctcaagggagaaaaacagggca
gaaacgatgggttgggaaagaagattgggggaggcagcctcttggtggga
gaaggggatttggggcacaggctgtggac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_31710660_31711842
seq2: B6Ng01-256O16.b_47_1222

seq1  GAATTCCATAGGTGGTATACCCAAATTGTTTGACCCTGGAGTTAATTCAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATAGGTGGTATACCCAAATTGTTTGACCCTGGAGTTAATTCAG  50

seq1  ACTTAAAATCTTTCAAGTGTTGCTCTTGAAGTTTTGGAGCTTGTAAATGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAAAATCTTTCAAGTGTTGCTCTTGAAGTTTTGGAGCTTGTAAATGT  100

seq1  GGCCCAGGGTTGTAGCCAATAGAATTTACAGACTGAGATTCTTGACTTAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCAGGGTTGTAGCCAATAGAATTTACAGACTGAGATTCTTGACTTAG  150

seq1  AGTACATGCAGAAGAATTTATATCTTGCAAATGTATTCTAGTATTGCACC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACATGCAGAAGAATTTATATCTTGCAAATGTATTCTAGTATTGCACC  200

seq1  AAACAGGATATACACACAGAATTTGTGGTGATGGAAATGTACAAAAATTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGGATATACACACAGAATTTGTGGTGATGGAAATGTACAAAAATTC  250

seq1  ACACCTTGAAAAAGTGGCCCAAGATTATACCTATTAGAATTTTCACACAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCTTGAAAAAGTGGCCCAAGATTATACCTATTAGAATTTTCACACAG  300

seq1  AGGATTTTTGCCCTGCAGTGTATACAAAAGAATTTACTCCTTGGATCCCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATTTTTGCCCTGCAGTGTATACAAAAGAATTTACTCCTTGGATCCCT  350

seq1  TGTGTTTGGCTACAGTTACCTGTTTGGAACTTCTCAGGTTTTACACTTTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTTGGCTACAGTTACCTGTTTGGAACTTCTCAGGTTTTACACTTTG  400

seq1  AACAACTGGATCAGTAGCAAATTCAAATGAGGTTGCACCTTTGAATTGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAACTGGATCAGTAGCAAATTCAAATGAGGTTGCACCTTTGAATTGTG  450

seq1  ACTTAGAGTTCATTTCATCTGTGGGTTTTATATTTGCAGGTTTTGGTTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAGAGTTCATTTCATCTGTGGGTTTTATATTTGCAGGTTTTGGTTTG  500

seq1  GTTTGGCTACAGTCACAGGTTTTACACTTTGCTGTTTCAAACATAGGGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGGCTACAGTCACAGGTTTTACACTTTGCTGTTTCAAACATAGGGTG  550

seq1  ATCACAGGTTTCCTATCTTGCATTTGTGGCAGTGAAGTCAGTTCCTTGGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACAGGTTTCCTATCTTGCATTTGTGGCAGTGAAGTCAGTTCCTTGGG  600

seq1  TTTTACACCTTGCAGTTGAGGCCCTTGAAACACCTCCATAGACTTCTCTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTACACCTTGCAGTTGAGGCCCTTGAAACACCTCCATAGACTTCTCTT  650

seq1  GAAACAGCATCCTTGGTACAAAAGTCACAGGACTCTCCTCTTGCTTCTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACAGCATCCTTGGTACAAAAGTCACAGGACTCTCCTCTTGCTTCTTT  700

seq1  GGTTCAAGTTTCAAGTCCATGGCATTTACATCTTGAACATGTGTATCACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCAAGTTTCAAGTCCATGGCATTTACATCTTGAACATGTGTATCACA  750

seq1  GGCCAACCCCTTGTTTTTCAATTCTTGAATTCTTGAACCTGGAATCAACT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAACCCCTTGTTTTTCAATTCTTGAATTCTTGAACCTGGAATCAACT  800

seq1  TCACAGACTTCATATCTCCTCTCAGTGAACTACTTGGGGATTCCACAGTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGACTTCATATCTCCTCTCAGTGAACTACTTGGGGATTCCACAGTA  850

seq1  GATTTTATCCTCTTGAGACACTCTTCTACAGTTAAGATCACAGGTTTCCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTTATCCTCTTGAGACACTCTTCTACAGTTAAGATCACAGGTTTCCT  900

seq1  ATCTTCTATTTTTGGCCTTGAAGAAAGTAACCTATGTTTTAAACCCTTCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTCTATTTTTGGCCTTGAAGAAAGTAACCTATGTTTTAAACCCTTCA  950

seq1  AGCTGGAGCCTGGAGGCAGCTCCTCAACTTTCCTATCTCCTGCCTGCGTC  1000
      ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| 
seq2  AGCTGGAGCCT-GAGGCAGCTCCTCAACTTTCCTATCT-CTGCCTGCGT-  997

seq1  CCTGGGGTTGACAGCATAGACTTGACATGCTCCAGCTCTGACATTGACTT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CCTGGGGTTGACAGCATAGACTTGACATGCTCCAGCTCTGACA-TGACTT  1046

seq1  TAACTTTGTAGATGTAATGTCTCCCAAATGTAGCCCTGGTGTTAATTCCA  1100
      | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||
seq2  T-ACTTTGTAGATGTAATGTCTCCC-AATGTAGCCCT-GTG-TAATTCCA  1092

seq1  C-AGATGGCAGAGCTTCTTGCTTTGAG-ACTGTGTTCTTCTCCACAGGTT  1148
      | ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |
seq2  CAAGATGGCAGAGCTTCTTGCCTTGAGAACTGTGTTCTTCTCCACAGG-T  1141

seq1  TTATATGTCCCAAAAGCTGTCCTTCTATCAATTCA  1183
      ||||||||||| ||||||||| | |||||||||||
seq2  TTATATGTCCCGAAAGCTGTCTTCCTATCAATTCA  1176

seq1: chr5_31866313_31867233
seq2: B6Ng01-256O16.g_67_995 (reverse)

seq1  GTCCAACAG-CTGTGCCCCAAATCCC--TCTCCAACC-AGAGGCTG-CTC  45
      |||| |||| ||||||||||||||||  ||||| ||| |||||||| |||
seq2  GTCC-ACAGCCTGTGCCCCAAATCCCCTTCTCCCACCAAGAGGCTGCCTC  49

seq1  CCCAAATC-TCTTT-CCAACCCATCGTTTCTGCCCTTGTTTTCT-CCTTG  92
      ||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||  |||||| |||||
seq2  CCCCAATCTTCTTTCCCAACCCATCGTTTCTGCCCTGTTTTTCTCCCTTG  99

seq1  AGAGTCATTCGCCAGTCACAGGGAGAACAGTCAGTGGG-AGATTTGGGCC  141
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  AGAGTCATTCGCCAGTCACAGGGAGAACAGTCAGTGGGAAGATTTGGGCC  149

seq1  ATCCCATAGTGCTCTTACAACTTTATGGTTTACAGAGGATTCTCACACCT  191
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  ATCCCATAGTGCTCTTACAACTTTATGGTTTACAGAGGATCCTCACACCT  199

seq1  CTCCTTCCCCAGATCTGTCCTCTGTCGTACTTGAGTGGCAAAAAGGGCAT  241
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTCCCCAGATCTGTCCTCTGTCGTACTTGAGTGGCAAAAAGGGCAT  249

seq1  GGCTGTCATTGATGTTGAAGGAAACAGATTGGAAACTAGTGACTTTTGAA  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGTCATTGATGTTGAAGGAAACAGATTGGAAACTAGTGACTTTTGAA  299

seq1  GACACACCTAGTTTGCCTCGCTAAACCAGAAACCCTGTTTTGGGCAAGCT  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACACCTAGTTTGCCTCGCTAAACCAGAAACCCTGTTTTGGGCAAGCT  349

seq1  GACTGGCCATTGAGCTCTCTAGATCTGTTCGTTCCTGCCCCAATTCCCCG  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGGCCATTGAGCTCTCTAGATCTGTTCGTTCCTGCCCCAATTCCCCG  399

seq1  CCCCTCCCAATGCTGGAAATACAGGCACATGGAGCTGTGTCCATCTAGGG  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTCCCAATGCTGGAAATACAGGCACATGGAGCTGTGTCCATCTAGGG  449

seq1  GTTCAAACCTGGGTCCTCATGCTTATCGAGCAAGCCCTCTTCCATGCTGA  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAAACCTGGGTCCTCATGCTTATCGAGCAAGCCCTCTTCCATGCTGA  499

seq1  GCCATTCCCATCCCCTGCTCCCAAAGTTAACTTTCAGTGTGGGTCCAGTT  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATTCCCATCCCCTGCTCCCAAAGTTAACTTTCAGTGTGGGTCCAGTT  549

seq1  AAGAGCAGGGCTGGAAACTATAGCTTGCTCAGGTGGTGACAGCCAGGTGC  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGCAGGGCTGGAAACTATAGCTTGCTCAGGTGGTGACAGCCAGGTGC  599

seq1  CAGCCAGGTGCACACAAAGCCCTGGGAACATTGTAGCACACACCTAATCG  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCAGGTGCACACAAAGCCCTGGGAACATTGTAGCACACACCTAATCG  649

seq1  CAGTACCCAGGACATAGATACAGGAGGATTCTTGGTTAATAGGGAGTCTG  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTACCCAGGACATAGATACAGGAGGATTCTTGGTTAATAGGGAGTCTG  699

seq1  TGGCCAGCCTAGTATATGTGAGACCGTGGCTCAAAACTGTTGTTGGTAGA  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCAGCCTAGTATATGTGAGACCGTGGCTCAAAACTGTTGTTGGTAGA  749

seq1  CAGCAAGGCAAAGAGTAGGAAGTTTAAGGTTCCCAAAGTCAAGTTTTAAG  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAAGGCAAAGAGTAGGAAGTTTAAGGTTCCCAAAGTCAAGTTTTAAG  799

seq1  AAACTCTGGTAAAGCAGGAAGATGTAACAAAACTATTGACAAAATAATTG  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTCTGGTAAAGCAGGAAGATGTAACAAAACTATTGACAAAATAATTG  849

seq1  CAAGCCTGAGTCTGCCTAAGCAACGGAACGCTGAACTGTTCACCTTCTCC  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCCTGAGTCTGCCTAAGCAACGGAACGCTGAACTGTTCACCTTCTCC  899

seq1  TCCGCCTCTGTAGAGTGGGGTATGGAATTC  921
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCGCCTCTGTAGAGTGGGGTATGGAATTC  929