BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-257G05
Chromosome5 (Build37)
Map Location 69,201,792 - 69,351,724
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneAtp8a1, EG330097, EG666977, AY616753
Downstream geneLOC666996, Kctd8, LOC545756, Yipf7, Guf1, Gnpda2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-257G05.bB6Ng01-257G05.g
ACCGA063102GA063103
length1,1671,137
definitionB6Ng01-257G05.b B6Ng01-257G05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(69,350,542 - 69,351,724)(69,201,792 - 69,202,946)
sequence
gaattcctacttttgacacagttactcagaaatgagactgataagttatc
caaattgctgtcaacatgagaggttgtcagttttgtgcatccttgagata
tttcccataaggtgggtgtgtgttatgtggtattaagttctgttccttgt
tacacaaagtcatttaaaaaatgttcttaaatcactttcctttgtcattt
aattttcctctcagcaattaggagattgttatagagttcaagaatattta
cttctctatatttctttttctcttgttgggtttagggttgaggaccaaat
gatgagaaccaagctgtacaagcagtaacaatttacttacctcagatttt
ttaatatggtttagttttattttattagatattttatcatttacatttca
aatgctatctccaaatccccctatacccttccctgccctgctccccaatc
cacccactcttgcttcctggccctggcattcccctgtactggggcatatg
atcttcgcaagaccaagggcctctcctcccattgatggctgactaggcca
tcttctgctacatatgcagctagagacacaacactgggggtactggttag
ttcatactgttattcctcctatagggttgcagatcccttcagctccttgg
gtactttttcgagctccttcattaggggccctgtgttccatccaatagat
gactgtgagcatccacttctgtatttgtcaggcattggcatagcctcaca
agagagagctatgtcagggtcctgtcagcaaaatctttctggtatatgca
atagtgtctgagtttgtatatgggatgaatccagacttgggattcagaac
caggaccacaagcaaggtcgtttaaagaaaaacaacaacaaaaaccccaa
acaaacaaaatccaacacacacactcacacacacaaacacacacacacac
acacacacacacacacacacacacacactcacacacatcgggggtggcca
aggcagtagcagcaacttgtcctttatgaggattgactgtgtccgccagc
aagaacctgatgaccccgatagctcttgtttgtttaccaggacgtatgtg
ggcaaggaaggacaagtgttagtagctaataatccagccaaatggaagtt
agaccaatgagttacct

gaattcttgacagaagatagtattcatagcaagatggattaattttcagc
actcattcaaaatggactaggatattgtattgctctgaggccagccatgg
gtccaagtcctccctcccaggggagtgggaagggtttcttctcagggtga
cctttcagtagctggagtttaaagtactgaggatgcttcttttgtgagta
gaggcatccacgaatcccaagtacttgctgggcagttcttactggggaaa
gaagtggaacttgtagctttgctgaggactactccaccttccccaggtag
agcatattgtgggtcaagctccgaagacaaggtgagagaagaggaagccc
tgttggttaaggaagtcctccattttgtgccaagcacagaggagctctcc
agtcacagctgactgagaccttaattagcagttttcccccatatttctaa
agaatcttgttatcttttctgagtttaaagaatatatcaagttcagaaaa
atagaaaatacactcttccagtttggaaatagtacctcatctatatattt
caatttaatctgaattactcacactcattttgtcccagaatagatgtaga
aactttccacaagttcacccaatgttggatgaattagaatgagttttgga
tttagactgtctgactttgaatttagtttcctttactgaaagcacacagg
aaatatgtgatttgaatagttccagggtacaagtaattaaacctttgtaa
tataatgctacaagatggatagcccaaagcaacaagaggatgcctcaatg
tggtcctacaattcatctagctatctgttacactaggcttcctttgagtc
tagttacattatcctttgcattttccttctgttgattgctacttatctat
ggcatcccttgaggtagagcagccaattctgctgtagtgttcatatgtca
ttgctatgttaattcctcatggtgatttggtttctaaaaaagacagcagc
atactggattagacacatcataacgacatcatcatattcgatatcgattc
attctttgtacaatagatcagtcatcagtccagggtcggaatcatatatc
attcaaccccagcatgcacgtctataattaattaaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_69350542_69351724
seq2: B6Ng01-257G05.b_47_1213 (reverse)

seq1  AGGTAACTCCATTTTGTCTTAAACTTCCCCATTTGGGCTCTGATTTACTT  50
      |||||||||   || ||||  |||||  ||||||||   |||  ||| ||
seq2  AGGTAACTC--ATTGGTCT--AACTT--CCATTTGG---CTGGATTA-TT  40

seq1  AGCTACTAAACAACTTGTCCTTTCCTTCCCCACATACCCTTCCTGGGTAA  100
      |||||||||   |||||||| |||||| ||||||||  | |||| |||||
seq2  AGCTACTAA--CACTTGTCC-TTCCTTGCCCACATA--CGTCCT-GGTAA  84

seq1  AC-AACAAGAGCTATCGGGGTCAATCAGTTCCTTGCTGGCAGACACAGTC  149
      || ||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||| |||||||||
seq2  ACAAACAAGAGCTATCGGGGTC-ATCAGGTTCTTGCTGGCGGACACAGTC  133

seq1  AATCCTCATAAAGGACAAGTTGCTGCTACTGCCTT-GCCACCCCCGTTGT  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||
seq2  AATCCTCATAAAGGACAAGTTGCTGCTACTGCCTTGGCCACCCCCGATGT  183

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTT  248
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTT  233

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTGGATTTTGTTTGTTTGGGGTTTTTGTTG  298
      ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGAGTGTGTGTG-TTGGATTTTGTTTGTTTGGGGTTTTTGTTG  282

seq1  TTGTTTTTCTTTAAACGACCTTGCTTGTGGTCCTGGTTCTGAATCCCAAG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTTTCTTTAAACGACCTTGCTTGTGGTCCTGGTTCTGAATCCCAAG  332

seq1  TCTGGATTCATCCCATATACAAACTCAGACACTATTGCATATACCAGAAA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGATTCATCCCATATACAAACTCAGACACTATTGCATATACCAGAAA  382

seq1  GATTTTGCTGACAGGACCCTGACATAGCTCTCTCTTGTGAGGCTATGCCA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTTGCTGACAGGACCCTGACATAGCTCTCTCTTGTGAGGCTATGCCA  432

seq1  ATGCCTGACAAATACAGAAGTGGATGCTCACAGTCATCTATTGGATGGAA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCTGACAAATACAGAAGTGGATGCTCACAGTCATCTATTGGATGGAA  482

seq1  CACAGGGCCCCTAATGAAGGAGCTCGAAAAAGTACCCAAGGAGCTGAAGG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGGGCCCCTAATGAAGGAGCTCGAAAAAGTACCCAAGGAGCTGAAGG  532

seq1  GATCTGCAACCCTATAGGAGGAATAACAGTATGAACTAACCAGTACCCCC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTGCAACCCTATAGGAGGAATAACAGTATGAACTAACCAGTACCCCC  582

seq1  AGTGTTGTGTCTCTAGCTGCATATGTAGCAGAAGATGGCCTAGTCAGCCA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTTGTGTCTCTAGCTGCATATGTAGCAGAAGATGGCCTAGTCAGCCA  632

seq1  TCAATGGGAGGAGAGGCCCTTGGTCTTGCGAAGATCATATGCCCCAGTAC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATGGGAGGAGAGGCCCTTGGTCTTGCGAAGATCATATGCCCCAGTAC  682

seq1  AGGGGAATGCCAGGGCCAGGAAGCAAGAGTGGGTGGATTGGGGAGCAGGG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGAATGCCAGGGCCAGGAAGCAAGAGTGGGTGGATTGGGGAGCAGGG  732

seq1  CAGGGAAGGGTATAGGGGGATTTGGAGATAGCATTTGAAATGTAAATGAT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGAAGGGTATAGGGGGATTTGGAGATAGCATTTGAAATGTAAATGAT  782

seq1  AAAATATCTAATAAAATAAAACTAAACCATATTAAAAAATCTGAGGTAAG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATATCTAATAAAATAAAACTAAACCATATTAAAAAATCTGAGGTAAG  832

seq1  TAAATTGTTACTGCTTGTACAGCTTGGTTCTCATCATTTGGTCCTCAACC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTGTTACTGCTTGTACAGCTTGGTTCTCATCATTTGGTCCTCAACC  882

seq1  CTAAACCCAACAAGAGAAAAAGAAATATAGAGAAGTAAATATTCTTGAAC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAACCCAACAAGAGAAAAAGAAATATAGAGAAGTAAATATTCTTGAAC  932

seq1  TCTATAACAATCTCCTAATTGCTGAGAGGAAAATTAAATGACAAAGGAAA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATAACAATCTCCTAATTGCTGAGAGGAAAATTAAATGACAAAGGAAA  982

seq1  GTGATTTAAGAACATTTTTTAAATGACTTTGTGTAACAAGGAACAGAACT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATTTAAGAACATTTTTTAAATGACTTTGTGTAACAAGGAACAGAACT  1032

seq1  TAATACCACATAACACACACCCACCTTATGGGAAATATCTCAAGGATGCA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATACCACATAACACACACCCACCTTATGGGAAATATCTCAAGGATGCA  1082

seq1  CAAAACTGACAACCTCTCATGTTGACAGCAATTTGGATAACTTATCAGTC  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAACTGACAACCTCTCATGTTGACAGCAATTTGGATAACTTATCAGTC  1132

seq1  TCATTTCTGAGTAACTGTGTCAAAAGTAGGAATTC  1183
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTCTGAGTAACTGTGTCAAAAGTAGGAATTC  1167


seq1: chr5_69201792_69202946
seq2: B6Ng01-257G05.g_68_1204

seq1  GAATTCTTGACAGAAGATAGTATTCATAGCAAGATGGATTAATTTTCAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGACAGAAGATAGTATTCATAGCAAGATGGATTAATTTTCAGC  50

seq1  ACTCATTCAAAATGGACTAGGATATTGTATTGCTCTGAGGCCAGCCATGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCATTCAAAATGGACTAGGATATTGTATTGCTCTGAGGCCAGCCATGG  100

seq1  GTCCAAGTCCTCCCTCCCAGGGGAGTGGGAAGGGTTTCTTCTCAGGGTGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCAAGTCCTCCCTCCCAGGGGAGTGGGAAGGGTTTCTTCTCAGGGTGA  150

seq1  CCTTTCAGTAGCTGGAGTTTAAAGTACTGAGGATGCTTCTTTTGTGAGTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTCAGTAGCTGGAGTTTAAAGTACTGAGGATGCTTCTTTTGTGAGTA  200

seq1  GAGGCATCCACGAATCCCAAGTACTTGCTGGGCAGTTCTTACTGGGGAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCATCCACGAATCCCAAGTACTTGCTGGGCAGTTCTTACTGGGGAAA  250

seq1  GAAGTGGAACTTGTAGCTTTGCTGAGGACTACTCCACCTTCCCCAGGTAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTGGAACTTGTAGCTTTGCTGAGGACTACTCCACCTTCCCCAGGTAG  300

seq1  AGCATATTGTGGGTCAAGCTCCGAAGACAAGGTGAGAGAAGAGGAAGCCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATATTGTGGGTCAAGCTCCGAAGACAAGGTGAGAGAAGAGGAAGCCC  350

seq1  TGTTGGTTAAGGAAGTCCTCCATTTTGTGCCAAGCACAGAGGAGCTCTCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGGTTAAGGAAGTCCTCCATTTTGTGCCAAGCACAGAGGAGCTCTCC  400

seq1  AGTCACAGCTGACTGAGACCTTAATTAGCAGTTTTCCCCCATATTTCTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCACAGCTGACTGAGACCTTAATTAGCAGTTTTCCCCCATATTTCTAA  450

seq1  AGAATCTTGTTATCTTTTCTGAGTTTAAAGAATATATCAAGTTCAGAAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATCTTGTTATCTTTTCTGAGTTTAAAGAATATATCAAGTTCAGAAAA  500

seq1  ATAGAAAATACACTCTTCCAGTTTGGAAATAGTACCTCATCTATATATTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAAAATACACTCTTCCAGTTTGGAAATAGTACCTCATCTATATATTT  550

seq1  CAATTTAATCTGAATTACTCACACTCATTTTGTCCCAGAATAGATGTAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTTAATCTGAATTACTCACACTCATTTTGTCCCAGAATAGATGTAGA  600

seq1  AACTTTCCACAAGTTCACCCAATGTTGGATGAATTAGAATGAGTTTTGGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTTCCACAAGTTCACCCAATGTTGGATGAATTAGAATGAGTTTTGGA  650

seq1  TTTAGACTGTCTGACTTTGAATTTAGTTTCCTTTACTGAAAGCACACAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGACTGTCTGACTTTGAATTTAGTTTCCTTTACTGAAAGCACACAGG  700

seq1  AAAATATGTGATTTGAATAGTTCCAGGGTACAAGTAATTAAACCTTTGTA  750
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -AAATATGTGATTTGAATAGTTCCAGGGTACAAGTAATTAAACCTTTGTA  749

seq1  ATATAATGCTACAAGATGGATAGCCCAAAGCAACAAGAGGATGCCTCAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAATGCTACAAGATGGATAGCCCAAAGCAACAAGAGGATGCCTCAAT  799

seq1  GTGGTCCTACAATTCATCTAGCTATCTGTTACACTAGGCTTCCTTTGAGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTCCTACAATTCATCTAGCTATCTGTTACACTAGGCTTCCTTTGAGT  849

seq1  CTAGTTACATTATCCTTTGCATTTTCCTTCTGTTGATTGCTACTTATCTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTTACATTATCCTTTGCATTTTCCTTCTGTTGATTGCTACTTATCTA  899

seq1  TGGCATCCCTTGAGGTAGAGCAGCCAATTCTGCTGTAGTGTTCATATGTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCATCCCTTGAGGTAGAGCAGCCAATTCTGCTGTAGTGTTCATATGTC  949

seq1  ATTGCTATGTTTAATTCCTCATGGTGATTTGGTTTCTAAAAAAGACAGCA  1000
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCTATG-TTAATTCCTCATGGTGATTTGGTTTCTAAAAAAGACAGCA  998

seq1  GGCATACTGGATTAGGACACATCATAACGACATCATCCATATTCGATATC  1050
       ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  -GCATACTGGATTA-GACACATCATAACGACATCAT-CATATTCGATATC  1045

seq1  GATTCAATTCTTTGTACAAATTAGATCAGTTCATCAGTTCCAGGGGTCAG  1100
      ||||| |||||||||||||  |||||||| ||||||| |||| ||||| |
seq2  GATTC-ATTCTTTGTACAA--TAGATCAG-TCATCAG-TCCA-GGGTCGG  1089

seq1  AAATTCAATATATCATTTCAACCCAGCATGCAACAGTCATATAATTAATT  1150
      ||  || ||||||||||  | |||||||||||   ||| |||||||||||
seq2  AA--TC-ATATATCATTCAACCCCAGCATGCA--CGTC-TATAATTAATT  1133

seq1  TAAAA  1155
       ||| 
seq2  AAAA-  1137


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |