BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-259N06
Chromosome5 (Build37)
Map Location 31,563,847 - 31,746,363
singlet/doubletdoublet
Overlap geneIft172, Fndc4, Gckr
Upstream geneD5Wsu178e, Gm1060, Otof, 1700001C02Rik, 1700041E20Rik, Kcnk3, 4930471M23Rik, Cenpa, Dpysl5, Mapre3, 1110039B18Rik, 9430057O19Rik, 2310016E02Rik, Emilin1, Khk, Cgref1, Abhd1, Preb, Tcf23, Slc5a6, 0610007C21Rik, Cad, Slc30a3, Dnajc5g, Trim54, Ucn, Mpv17, Gtf3c2, Eif2b4, Snx17, Zfp513, Ppm1g, ENSMUSG00000055424, Nrbp1, Krtcap3
Downstream geneZfp512, 4930548H24Rik, Xab1, Supt7l, Slc4a1ap, Mrpl33, Rbks, LOC100040000, Bre, Fosl2, LOC672217, Plb1, EG665350, LOC545743
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-259N06.bB6Ng01-259N06.g
ACCGA064910GA064911
length1,1281,177
definitionB6Ng01-259N06.b B6Ng01-259N06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(31,745,229 - 31,746,363)(31,563,847 - 31,565,023)
sequence
gaattcttgaacctggaatcaactgcacagacttcatatctcctctcagt
gaactacttggggattccacagtagattttatcctcttgagacactcttc
tacagttaagatcacaggtttcctatcttctatttttggccttgaagaaa
gtaacctatgttttaaacctttcaagctggagcccgaaggcagctcctca
actttcctatctcttgcctgcatccctggggttgacagcatagatttgac
atgctccagctctgacattgactttaactttgtagatgtaatgtctccca
aatgtagccctggtgttaattccacagatggcagagcttcttgctttgag
actgtgttcttctccacaggttttatatgtcccaaaagctgtccttctat
caattcagaagatgctctgccttgggtctgtggtcttctgatcaactcag
aatgatctgcatttcctaagggtctcccaggagccaatttcattgtttcc
accatttgcacctgtgactctgataccattttataagactttttgtcttc
aaagcttggtacttgatttcttatgacatattttacactgtgaaatgggg
actcttgtcctagcaaatctggcttcatcccctgcctctctggctgtatt
gtcaactcaaaattttttacacattctaaatgtggccctgagtttagctc
tgaagtttccacaccttgaagtggagttcctcgtattacatccaataatt
tgacatcttgaagccatggccctgagttaaaactcacttgccttgtatcc
tgtagctctgcagtcatcatctttgctaatttggggtcatgcatccctaa
ttctagagtcatagaacttccactatcacacagcaatcctgagatttgct
ccccaaatttgatctctgaagtctctgtcttgaagccagctcagaaaatt
tggtaacttgttcccgaggtcctgtgctgacatcctcagatatcacatgt
gatgctgtagttcagaggcttgtgttgtaaattcacgttgtgaactcaga
tccttgtgtagtcagagcagcttcctatctttgactttggctctgctatt
ggcccaaaatgattcttggcataaatcc
gaattcagcttcagcctcttcaaatttgccctagacagaaggacagtcac
atatggtgagaaggagcctagtattacaagcaagtgggagacaggggggt
ctgaactggtcactgtggtctgcagcagttctcaaccctctcatgctgta
gccctttaatacagttgctcctgttgtgatgacccccaaccataaagtta
ttctcattgctacttcctaactataattttgccactgttatggttcctaa
tgtaaatatctgatctacagacatttaataccacccctaaaggggtcatg
agccccaggctgagaaccaccatgttagggatagagctggacaaatcaca
tccgcacctcatcttccaggtacatggcgtatttgagatgaatctctggg
gctttgtgcttgaaggctagccgagagagttcaaaggcaaactcaaagga
gctgaaatggacaatctggattagtttgtacttcatacttaacagaaggc
aagagaaaagagggaagacagaccctaggggaagaagaaggcagatttaa
agatggcagatagaaggggcagggcaacccttcactttccgaggctatca
aaggctcctgagctcccatccctgctccccaagcactacagagccccagc
ctccgattctgctcctggtctttgtgacataagctcaagaaatgcagacc
gctgcatttgggccgctgacctgtgctgcagtaaataacccctccccaca
ttcatacaggcatcctaagtaaacacactgggccatggacaagcaatcgc
tatctcagtaggggacactagctgtgaataagaaaggggcagcagaagcg
gaagataaaaacggtgctggggcgacatgatctcggcacactgtgtataa
atgatggaccagaaaggtcactgacttagcacagtcctagctttccaagc
tgcccctgctcaaccctttctcttcagaaccatcgataaacaccttcctt
cttactatattcccccctcccttttgagatggggttgctatttaacgtgt
ctgctctcctgggactgctgagtagaacatgctgcttgaatcttacagag
aatcttgtctggcctctgaattccatgcttggaattatgttgcacggaca
cgccctggcacgttttcactcttatct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_31745229_31746363
seq2: B6Ng01-259N06.b_44_1171 (reverse)

seq1  GGATTTATGCC-AGAATCATTTT-GGCCATTAAGCCAAGAGCCAAAGTTC  48
      ||||||||||| ||||||||||| ||||| | |||  |||||||||| ||
seq2  GGATTTATGCCAAGAATCATTTTGGGCCAAT-AGC--AGAGCCAAAG-TC  46

seq1  AAAGATAGGAAGCTTGCTCTGACTACACAAGGATCTGAGTTTCACAACGT  98
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  AAAGATAGGAAGC-TGCTCTGACTACACAAGGATCTGAG-TTCACAACGT  94

seq1  GAAATTTACAACACAAGCCTCTGAACTACAGCATCCACATGTGATATCTG  148
      | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  G-AATTTACAACACAAGCCTCTGAACTACAGCAT-CACATGTGATATCTG  142

seq1  AGGATGTCAGCACAGGACCTCGGGAACAAGTTACCAAATTTTCTGAGCTG  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATGTCAGCACAGGACCTCGGGAACAAGTTACCAAATTTTCTGAGCTG  192

seq1  GCTTCAAGACAGAGACTTCAAGAGATCAAATTTGGGGAGCAAATCTCAGG  248
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCAAGACAGAGACTTC-AGAGATCAAATTTGGGGAGCAAATCTCAGG  241

seq1  ATTGCTGTGTGATAGTGGAAGTTCTATGACTCTAGAATTAGGGATGCATG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCTGTGTGATAGTGGAAGTTCTATGACTCTAGAATTAGGGATGCATG  291

seq1  ACCCCAAATTAGCAAAGATGATGACTGCAGAGCTACAGGATACAAGGCAA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCAAATTAGCAAAGATGATGACTGCAGAGCTACAGGATACAAGGCAA  341

seq1  GTGAGTTTTAACTCAGGGCCATGGCTTCAAGATGTCAAATTATTGGATGT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGTTTTAACTCAGGGCCATGGCTTCAAGATGTCAAATTATTGGATGT  391

seq1  AATACGAGGAACTCCACTTCAAGGTGTGGAAACTTCAGAGCTAAACTCAG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACGAGGAACTCCACTTCAAGGTGTGGAAACTTCAGAGCTAAACTCAG  441

seq1  GGCCACATTTAGAATGTGTAAAAAATTTTGAGTTGACAATACAGCCAGAG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCACATTTAGAATGTGTAAAAAATTTTGAGTTGACAATACAGCCAGAG  491

seq1  AGGCAGGGGATGAAGCCAGATTTGCTAGGACAAGAGTCCCCATTTCACAG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGGGGATGAAGCCAGATTTGCTAGGACAAGAGTCCCCATTTCACAG  541

seq1  TGTAAAATATGTCATAAGAAATCAAGTACCAAGCTTTGAAGACAAAAAGT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAAATATGTCATAAGAAATCAAGTACCAAGCTTTGAAGACAAAAAGT  591

seq1  CTTATAAAATGGTATCAGAGTCACAGGTGCAAATGGTGGAAACAATGAAA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATAAAATGGTATCAGAGTCACAGGTGCAAATGGTGGAAACAATGAAA  641

seq1  TTGGCTCCTGGGAGACCCTTAGGAAATGCAGATCATTCTGAGTTGATCAG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCTCCTGGGAGACCCTTAGGAAATGCAGATCATTCTGAGTTGATCAG  691

seq1  AAGACCACAGACCCAAGGCAGAGCATCTTCTGAATTGATAGAAGGACAGC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACCACAGACCCAAGGCAGAGCATCTTCTGAATTGATAGAAGGACAGC  741

seq1  TTTTGGGACATATAAAACCTGTGGAGAAGAACACAGTCTCAAAGCAAGAA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGGGACATATAAAACCTGTGGAGAAGAACACAGTCTCAAAGCAAGAA  791

seq1  GCTCTGCCATCTGTGGAATTAACACCAGGGCTACATTTGGGAGACATTAC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTGCCATCTGTGGAATTAACACCAGGGCTACATTTGGGAGACATTAC  841

seq1  ATCTACAAAGTTAAAGTCAATGTCAGAGCTGGAGCATGTCAAATCTATGC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTACAAAGTTAAAGTCAATGTCAGAGCTGGAGCATGTCAAATCTATGC  891

seq1  TGTCAACCCCAGGGATGCAGGCAAGAGATAGGAAAGTTGAGGAGCTGCCT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAACCCCAGGGATGCAGGCAAGAGATAGGAAAGTTGAGGAGCTGCCT  941

seq1  TCGGGCTCCAGCTTGAAAGGTTTAAAACATAGGTTACTTTCTTCAAGGCC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGGCTCCAGCTTGAAAGGTTTAAAACATAGGTTACTTTCTTCAAGGCC  991

seq1  AAAAATAGAAGATAGGAAACCTGTGATCTTAACTGTAGAAGAGTGTCTCA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATAGAAGATAGGAAACCTGTGATCTTAACTGTAGAAGAGTGTCTCA  1041

seq1  AGAGGATAAAATCTACTGTGGAATCCCCAAGTAGTTCACTGAGAGGAGAT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGATAAAATCTACTGTGGAATCCCCAAGTAGTTCACTGAGAGGAGAT  1091

seq1  ATGAAGTCTGTGCAGTTGATTCCAGGTTCAAGAATTC  1135
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGTCTGTGCAGTTGATTCCAGGTTCAAGAATTC  1128

seq1: chr5_31563847_31565023
seq2: B6Ng01-259N06.g_69_1245

seq1  GAATTCAGCTTCAGCCTCTTCAAATTTGCCCTAGACAGAAGGACAGTCAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGCTTCAGCCTCTTCAAATTTGCCCTAGACAGAAGGACAGTCAC  50

seq1  ATATGGTGAGAAGGAGCCTAGTATTACAAGCAAGTGGGAGACAGGGGGGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGGTGAGAAGGAGCCTAGTATTACAAGCAAGTGGGAGACAGGGGGGT  100

seq1  CTGAACTGGTCACTGTGGTCTGCAGCAGTTCTCAACCCTCTCATGCTGTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAACTGGTCACTGTGGTCTGCAGCAGTTCTCAACCCTCTCATGCTGTA  150

seq1  GCCCTTTAATACAGTTGCTCCTGTTGTGATGACCCCCAACCATAAAGTTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTTTAATACAGTTGCTCCTGTTGTGATGACCCCCAACCATAAAGTTA  200

seq1  TTCTCATTGCTACTTCCTAACTATAATTTTGCCACTGTTATGGTTCCTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCATTGCTACTTCCTAACTATAATTTTGCCACTGTTATGGTTCCTAA  250

seq1  TGTAAATATCTGATCTACAGACATTTAATACCACCCCTAAAGGGGTCATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAATATCTGATCTACAGACATTTAATACCACCCCTAAAGGGGTCATG  300

seq1  AGCCCCAGGCTGAGAACCACCATGTTAGGGATAGAGCTGGACAAATCACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCCAGGCTGAGAACCACCATGTTAGGGATAGAGCTGGACAAATCACA  350

seq1  TCCGCACCTCATCTTCCAGGTACATGGCGTATTTGAGATGAATCTCTGGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCGCACCTCATCTTCCAGGTACATGGCGTATTTGAGATGAATCTCTGGG  400

seq1  GCTTTGTGCTTGAAGGCTAGCCGAGAGAGTTCAAAGGCAAACTCAAAGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTGTGCTTGAAGGCTAGCCGAGAGAGTTCAAAGGCAAACTCAAAGGA  450

seq1  GCTGAAATGGACAATCTGGATTAGTTTGTACTTCATACTTAACAGAAGGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAAATGGACAATCTGGATTAGTTTGTACTTCATACTTAACAGAAGGC  500

seq1  AAGAGAAAAGAGGGAAGACAGACCCTAGGGGAAGAAGAAGGCAGATTTAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGAAAAGAGGGAAGACAGACCCTAGGGGAAGAAGAAGGCAGATTTAA  550

seq1  AGATGGCAGATAGAAGGGGCAGGGCAACCCTTCACTTTCCGAGGCTATCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGGCAGATAGAAGGGGCAGGGCAACCCTTCACTTTCCGAGGCTATCA  600

seq1  AAGGCTCCTGAGCTCCCATCCCTGCTCCCCAAGCACTACAGAGCCCCAGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCTCCTGAGCTCCCATCCCTGCTCCCCAAGCACTACAGAGCCCCAGC  650

seq1  CTCCGATTCTGCTCCTGGTCTTTGTGACATAAGCTCAAGAAATGCAGACC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCGATTCTGCTCCTGGTCTTTGTGACATAAGCTCAAGAAATGCAGACC  700

seq1  GCTGCATTTGGGCCGCTGACCTGTGCTGCAGTAAATAACCCCTCCCCACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCATTTGGGCCGCTGACCTGTGCTGCAGTAAATAACCCCTCCCCACA  750

seq1  TTCATACAGGCATCCTAAGTAAACACACTGGGCCATGGACAAGCAATCGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATACAGGCATCCTAAGTAAACACACTGGGCCATGGACAAGCAATCGC  800

seq1  TATCTCAGTAGGGGACACTAGCTGTGAATAAGAAGGGGGCAGCAGAAGCG  850
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TATCTCAGTAGGGGACACTAGCTGTGAATAAGAAAGGGGCAGCAGAAGCG  850

seq1  GAAGAT-AAAACGGTGCTGGGGCGACATGATCTCGGCACACTGTGTATAA  899
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGATAAAAACGGTGCTGGGGCGACATGATCTCGGCACACTGTGTATAA  900

seq1  ATGATGGACCAGAAGGGTCACTGACTTAGCACAGTCCTAGCTTTCCAAGC  949
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATGGACCAGAAAGGTCACTGACTTAGCACAGTCCTAGCTTTCCAAGC  950

seq1  TGCCCCTGCTCAACCC-TTCTCTTCAGAACCATCGATAAACACCTTCCTT  998
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCCTGCTCAACCCTTTCTCTTCAGAACCATCGATAAACACCTTCCTT  1000

seq1  C-TACTATA-TCCCCCCTCCCTTTTTGAGATGGGGTTTTGCTATTTAACG  1046
      | ||||||| ||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||
seq2  CTTACTATATTCCCCCCTCCC-TTTTGAGATGGGG--TTGCTATTTAACG  1047

seq1  TGTCTGGCTCTCCTGGGACCTGCTGAGTAGACCATGCTGCCTTGAATC-T  1095
      ||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||| |
seq2  TGTCT-GCTCTCCTGGGA-CTGCTGAGTAGAACATGCTG-CTTGAATCTT  1094

seq1  ACAGAG-ATC-TGTCT-GCCTCTGATTCCCATGCTGGGATTAAAGTGTGC  1142
      |||||| ||| ||||| |||||||| | ||||||| ||| | | || |||
seq2  ACAGAGAATCTTGTCTGGCCTCTGAATTCCATGCTTGGAATTATGT-TGC  1143

seq1  ACTGTCACGCCTGGCCAACTTTTCACTCTTTATCT  1177
      || | ||||||  | ||  ||||||||| ||||||
seq2  ACGGACACGCCCTGGCACGTTTTCACTC-TTATCT  1177