BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-260K23
Chromosome5 (Build37)
Map Location 139,180,764 - 139,275,349
singlet/doubletdoublet
Overlap geneBC004044
Upstream gene6430598A04Rik, Tsc22d4, 2010007H12Rik, Bcdin3, Zcwpw1, Pilra, Pilrb1, Pilrb2, LOC100041016, LOC100041027, Cyp3a13, LOC666429, Gje1, Azgp1, EG243302, LOC100041050, Smok3a, Smok3b, Smok3c, Zkscan1, Zscan21, Zfp113, Cops6, Mcm7, Ap4m1, Taf6, 2610019P18Rik, BC038925, Gm454, BC055004, 0910001L09Rik, BC037034, Gal3st4, Gpc2, Stag3, Got2-ps1, 2610020C11Rik, LOC433955, EG666533, 1700123K08Rik, Zfp68, LOC665882, A430033K04Rik
Downstream geneEG384244, Pdgfa, Prkar1b, Heatr2, Unc84a, 1110007L15Rik, Centa1, Cox19, Cyp2w1, 3110082I17Rik, D830046C22Rik, Gpr146, C130050O18Rik, Gpr30, Zfand2a, Uncx4.1, LOC100041200, LOC100041209, LOC100041217, Micall2, Ints1, Mafk
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-260K23.bB6Ng01-260K23.g
ACCGA065546GA065547
length1,148997
definitionB6Ng01-260K23.b B6Ng01-260K23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(139,180,764 - 139,181,923)(139,274,356 - 139,275,349)
sequence
gaattccctgcctaggtagacatgtggctgaaagtggtgtatcactcctg
ttctggacaggacaaaagcctggatggctgggccagagaaggggtgggtc
tgctagaacatctgcccctcactccctctgtcccctcccagaactcttta
cagagtgggcaaggttagaccaagtagattacacttggtccaggaagggt
accataattgggtttttcagttctatttctgccttacctatctctcatct
taaaagtagactaggtggacagaggcgtggctcagtgagggaaggcactt
gttggcctcccaagtttgacaacctgacttcaatcctcagaacccacaaa
gttaaagccaaagaggagaactgattcctgaaagttgtctgctgacctct
acacccaggcacctaaatacgcagtattcacatacacgaacatgtcaata
agcctttttaatggagtagatggcgcttctgtggctgtataggttctgga
tcagcaagatgaccacctactaaattttgatttgtctgactagtggtatt
ctcgggtttctggcagtgttgcaagacagtttccattggccacaaataga
gagtgaagtcaagtttgtgtgactctgatgtcctaactggcgagctggct
atctataacccagtagatctgagtcactcactggtcctatgtcggaggcc
tctggtcacaagcgcgacttcttcagcttttgttccaggagcccctcatt
ggattctgggttgctggtaatcacccacagccaacaagagtaaagtgaga
caccttcagtgcgggattttccaaatccagcatccacactagagggctcc
aagctccatcagcagcatgccttcagacatgctaaagctttgatgcaaag
gttctctccctagctggaagacctacttggggatgcaattatgattatcc
atctacaacccaatatcagagttttatctgtttctttgctttgatcctac
atttatatcttttatctactttatcaggtgtctagtgactttcctattgc
tgtgacatgactaatacagctcaataaagaagcatttaattgaggccctt
gcctacgattcagatgttaagtctatgacctcatggaagaaacacacc
gaattcctgatggctgtcctaccgtccatatgttatctgagagctctggt
gggtgtattacctggccccatgactgcagcgggtgagactcttgccgcta
gcgtgagtcctgagcctgcagctctgctgtgagtaggtggtctaggtgag
tgacattctccagcctgtgtgtccctggaagggagcgttctcagcagtga
ctggcttttagacccctgtctgacctgctcagaatcatcttgatttcctg
ttctcacttgagaacccaggactgaagcctgggctgaaatagagacagag
acttgctgggtctgagaagccacaggtcagccattttgcccaacaatagt
gcccctgagaatagggtgaaaatcaggcctggggagatgacccagccagt
aagaactttgtcacacaagcatgggaacctgagcccatcccacataaaaa
cgctgatcatggtggtatgtgcttgtcatcccagagctaggctagttggg
gtaagaggatccctggggctcactggccagccagcctgatgggatccgtg
agccccaggtcccagtgagagaccctgattcaaaagacaaggtggccatc
acccaaggtaggacacctaagggtgttccctggtctccagtatgcatgta
cacatctgcaaaatgggtaagtgaacaagtatgtgaaggagtgcccacac
aagaatgagtgcacacatctatgtgaacaaatgcatacaaacatgaatga
atgcacacatctaaatgaatgagtgcatacaaacatgaatgagtgcacac
atctaaatgaatgagtgcatgcaaacatgaatgagtacacacatctatat
gaagaagtgcatacaaatatgagcaagtgccacacacctgtatgacgagt
gtatgtgaacatgaatgagtacatacatacatgtaagaatgaatacagat
gccagtattacacccattcttggatcaaactgtgcagcaaaaagaca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_139180764_139181923
seq2: B6Ng01-260K23.b_47_1194

seq1  GAATTCCCTGCCTAGGTAGACATGTGGCTGAAAGTGGTGTATCACTCCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCTGCCTAGGTAGACATGTGGCTGAAAGTGGTGTATCACTCCTG  50

seq1  TTCTGGACAGGACAAAAGCCTGGATGGCTGGGCCAGAGAAGGGGTGGGTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGACAGGACAAAAGCCTGGATGGCTGGGCCAGAGAAGGGGTGGGTC  100

seq1  TGCTAGAACATCTGCCCCTCACTCCCTCTGTCCCCTCCCAGAACTCTTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAGAACATCTGCCCCTCACTCCCTCTGTCCCCTCCCAGAACTCTTTA  150

seq1  CAGAGTGGGCAAGGTTAGACCAAGTAGATTACACTTGGTCCAGGAAGGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGTGGGCAAGGTTAGACCAAGTAGATTACACTTGGTCCAGGAAGGGT  200

seq1  ACCATAATTGGGTTTTTCAGTTCTATTTCTGCCTTACCTATCTCTCATCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATAATTGGGTTTTTCAGTTCTATTTCTGCCTTACCTATCTCTCATCT  250

seq1  TAAAAGTAGACTAGGTGGACAGAGGCGTGGCTCAGTGAGGGAAGGCACTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGTAGACTAGGTGGACAGAGGCGTGGCTCAGTGAGGGAAGGCACTT  300

seq1  GTTGGCCTCCCAAGTTTGACAACCTGACTTCAATCCTCAGAACCCACAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGCCTCCCAAGTTTGACAACCTGACTTCAATCCTCAGAACCCACAAA  350

seq1  GTTAAAGCCAAAGAGGAGAACTGATTCCTGAAAGTTGTCTGCTGACCTCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAAGCCAAAGAGGAGAACTGATTCCTGAAAGTTGTCTGCTGACCTCT  400

seq1  ACACCCAGGCACCTAAATACGCAGTATTCACATACACGAACATGTCAATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCCAGGCACCTAAATACGCAGTATTCACATACACGAACATGTCAATA  450

seq1  AGCCTTTTTAATGGAGTAGATGGCGCTTCTGTGGCTGTATAGGTTCTGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTTTTTAATGGAGTAGATGGCGCTTCTGTGGCTGTATAGGTTCTGGA  500

seq1  TCAGCAAGATGACCACCTACTAAATTTTGATTTGTCTGACTAGTGGTATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCAAGATGACCACCTACTAAATTTTGATTTGTCTGACTAGTGGTATT  550

seq1  CTCGGGTTTCTGGCAGTGTTGCAAGACAGTTTCCATTGGCCACAAATAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGGGTTTCTGGCAGTGTTGCAAGACAGTTTCCATTGGCCACAAATAGA  600

seq1  GAGTGAAGTCAAGTTTGTGTGACTCTGATGTCCTAACTGGCGAGCTGGCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGAAGTCAAGTTTGTGTGACTCTGATGTCCTAACTGGCGAGCTGGCT  650

seq1  ATCTATAACCCAGTAGATCTGAGTCACTCACTGGTCCTATGTCGGAGGCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTATAACCCAGTAGATCTGAGTCACTCACTGGTCCTATGTCGGAGGCC  700

seq1  TCTGGTCACAAGCGCGACTTCTTCAGCTTTTGTTCCAGGAGCCCCTCATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGTCACAAGCGCGACTTCTTCAGCTTTTGTTCCAGGAGCCCCTCATT  750

seq1  GGATTCTGGGTTGCTGGTAATCACCCACAGCCAACAAGAGTAAAGTGAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTCTGGGTTGCTGGTAATCACCCACAGCCAACAAGAGTAAAGTGAGA  800

seq1  CACCTTCAGTGCGGGATTTTCCAAATCCAGCATCCACACTAGAGGGCTCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTTCAGTGCGGGATTTTCCAAATCCAGCATCCACACTAGAGGGCTCC  850

seq1  AAGCTCCATCAGCAGCATGCCTTCAGACATGCTAAAGCTTTGATGCAAAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTCCATCAGCAGCATGCCTTCAGACATGCTAAAGCTTTGATGCAAAG  900

seq1  GTTCTCTCCCTAGCTGGAAGACCTACTTGGGGATGCAATTATGATTATCC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTCTCCCTAGCTGGAAGACCTACTTGGGGATGCAATTATGATTATCC  950

seq1  ATCTACAACCCAATATCAGAGTTTTATCTGTTTCTTTGCTTTGATCCTAC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTACAACCCAATATCAGAGTTTTATCTGTTTCTTTGCTTTGATCCTAC  1000

seq1  ATTTATTATCTTTTATCTTACTTTTATTCAAGGGTGTCTTAGTGACTTTC  1050
      ||||| ||||||||||| ||||||   |||  |||||| |||||||||||
seq2  ATTTA-TATCTTTTATC-TACTTT--ATCA--GGTGTC-TAGTGACTTTC  1043

seq1  CTATTGCTGTGACCATGACTAATACAGCTC-ATAAAGAAAGCATTTAATT  1099
      |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||
seq2  CTATTGCTGTGA-CATGACTAATACAGCTCAATAAAG-AAGCATTTAATT  1091

seq1  GAGG-CCTTGCTTACAGTTTCAGATGGTTAAAGTCTATGACCATCATGGA  1148
      |||| |||||| ||| | ||||||||  | |||||||||||| |||||||
seq2  GAGGCCCTTGCCTAC-GATTCAGATG--TTAAGTCTATGACC-TCATGGA  1137

seq1  GAGGAACACACC  1160
       || ||||||||
seq2  -AGAAACACACC  1148

seq1: chr5_139274356_139275349
seq2: B6Ng01-260K23.g_66_1062 (reverse)

seq1  TGTC-TTTTGCTGCACAGTTTGATCC-AGAATGTGTGT-ATACTGGCATC  47
      |||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||
seq2  TGTCTTTTTGCTGCACAGTTTGATCCAAGAATGGGTGTAATACTGGCATC  50

seq1  TGTATTCATTCTTACATGTATGTATGTACTCATTCATGTTCACATACACT  97
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATTCATTCTTACATGTATGTATGTACTCATTCATGTTCACATACACT  100

seq1  CGTTCATACAGGTGTGT-GCACTTGCTCATATTTGTATGCACTTCTTCAT  146
      || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CG-TCATACAGGTGTGTGGCACTTGCTCATATTTGTATGCACTTCTTCAT  149

seq1  ATAGATGTGTGTACTCATTCATGTTTGCATGCACTCATTCATTTAGATGT  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGATGTGTGTACTCATTCATGTTTGCATGCACTCATTCATTTAGATGT  199

seq1  GTGCACTCATTCATGTTTGTATGCACTCATTCATTTAGATGTGTGCATTC  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCACTCATTCATGTTTGTATGCACTCATTCATTTAGATGTGTGCATTC  249

seq1  ATTCATGTTTGTATGCATTTGTTCACATAGATGTGTGCACTCATTCTTGT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCATGTTTGTATGCATTTGTTCACATAGATGTGTGCACTCATTCTTGT  299

seq1  GTGGGCACTCCTTCACATACTTGTTCACTTACCCATTTTGCAGATGTGTA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGCACTCCTTCACATACTTGTTCACTTACCCATTTTGCAGATGTGTA  349

seq1  CATGCATACTGGAGACCAGGGAACACCCTTAGGTGTCCTACCTTGGGTGA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCATACTGGAGACCAGGGAACACCCTTAGGTGTCCTACCTTGGGTGA  399

seq1  TGGCCACCTTGTCTTTTGAATCAGGGTCTCTCACTGGGACCTGGGGCTCA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCACCTTGTCTTTTGAATCAGGGTCTCTCACTGGGACCTGGGGCTCA  449

seq1  CGGATCCCATCAGGCTGGCTGGCCAGTGAGCCCCAGGGATCCTCTTACCC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGATCCCATCAGGCTGGCTGGCCAGTGAGCCCCAGGGATCCTCTTACCC  499

seq1  CAACTAGCCTAGCTCTGGGATGACAAGCACATACCACCATGATCAGCGTT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTAGCCTAGCTCTGGGATGACAAGCACATACCACCATGATCAGCGTT  549

seq1  TTTATGTGGGATGGGCTCAGGTTCCCATGCTTGTGTGACAAAGTTCTTAC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGTGGGATGGGCTCAGGTTCCCATGCTTGTGTGACAAAGTTCTTAC  599

seq1  TGGCTGGGTCATCTCCCCAGGCCTGATTTTCACCCTATTCTCAGGGGCAC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTGGGTCATCTCCCCAGGCCTGATTTTCACCCTATTCTCAGGGGCAC  649

seq1  TATTGTTGGGCAAAATGGCTGACCTGTGGCTTCTCAGACCCAGCAAGTCT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGTTGGGCAAAATGGCTGACCTGTGGCTTCTCAGACCCAGCAAGTCT  699

seq1  CTGTCTCTATTTCAGCCCAGGCTTCAGTCCTGGGTTCTCAAGTGAGAACA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTCTATTTCAGCCCAGGCTTCAGTCCTGGGTTCTCAAGTGAGAACA  749

seq1  GGAAATCAAGATGATTCTGAGCAGGTCAGACAGGGGTCTAAAAGCCAGTC  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAATCAAGATGATTCTGAGCAGGTCAGACAGGGGTCTAAAAGCCAGTC  799

seq1  ACTGCTGAGAACGCTCCCTTCCAGGGACACACAGGCTGGAGAATGTCACT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTGAGAACGCTCCCTTCCAGGGACACACAGGCTGGAGAATGTCACT  849

seq1  CACCTAGACCACCTACTCACAGCAGAGCTGCAGGCTCAGGACTCACGCTA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTAGACCACCTACTCACAGCAGAGCTGCAGGCTCAGGACTCACGCTA  899

seq1  GCGGCAAGAGTCTCACCCGCTGCAGTCATGGGGCCAGGTAATACACCCAC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGGCAAGAGTCTCACCCGCTGCAGTCATGGGGCCAGGTAATACACCCAC  949

seq1  CAGAGCTCTCAGATAACATATGGACGGTAGGACAGCCATCAGGAATTC  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCTCTCAGATAACATATGGACGGTAGGACAGCCATCAGGAATTC  997