BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-261B12
Chromosome5 (Build37)
Map Location 16,711,011 - 16,778,090
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC626390
Upstream geneCacna2d1, LOC668121, Hgf, EG668131
Downstream geneLOC668142, LOC100041749, LOC100041832, Speer4f, EG630927, Sema3c, Cd36, Gnat3, Gnai1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-261B12.bB6Ng01-261B12.g
ACCGA065849GA065850
length1,1811,158
definitionB6Ng01-261B12.b B6Ng01-261B12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(16,776,913 - 16,778,090)(16,711,011 - 16,712,186)
sequence
gaattccccagattgcttcctccttaggggaaaggtaaacagtgggaaat
cctggccttggatggaaagtttcaataggagtattgaaacaagcctgagg
gatgctgcccaacaaggaggactggctgtgggggatagacatcaaggctg
tttgcttgtgtgttgagttttaaggagccactggctgcttatcagtaaac
ccccatttgttctatcctaaatgatctttctttggaaaggtcactgttta
aagtcatattaaggcaaacctttacacatcccagcaaatgatttaccaca
taatgatttaagaaagcacaggtgttgcgagctcaccctaacaaaacctg
ccccacaggtttggcaagatgtggtctagatataaatagcaaaatgaact
atcacctcgctctgggcacataaaacaaagacaaaatcaacaatgttaag
tctttacccagaaccgttggtagtggaagtagattcaagtgttgaagtgt
aaagtttggggatctgttgaggaaacactggtaacagtgctatatcttcc
attgggaggcttatacttttcaaaggattttaaagttcactagcacatgt
gaaattcagctccctggattcctggctggctagctgtcttagtatacagt
gttcagatggtttactacaatgtttgctgccaattctgttgccactcaaa
atatactattcattctccccctctaaagattgtgcacttacaggaggaat
tatggtatcaaattcagttcataattaattggagaaattgtttcatatcc
aacttcaagtgaggacctaatgtttcgctttcttgtatattttacctaat
ctttgctcttagaaaaatatctactttctgccactctctcttcaacttga
catctgctttgtggtcatatcatgtgactaatttgggctgagaaccaaat
gaggagcttgtgcagaacactgtattcagcaacacagagcatttcagact
ggtgacagggaacaaaagacatttctagatacaagagctattccaagact
gataatgacagctaggaccttcttgctgccttctttttatatcggagatt
aatctgtttttatatccttctctcttcacttcacgtctctctcttcctgg
ctggttatactcaatgtgtggcacacatggg

gaattcaagccaagtgtgaagagtagataatgaaaaataaaaagataaat
aaataaataaataaaatccattaaaaaaaaagaccataaatcaaggattt
ctagaaagatttcaaaaagtaagagtaaataaagacctaagagctgtgag
ttaggcttggttaggcttagtatatagcagatgattaattgaaagaccac
tttagcctcttactccttttgtaatcattcactgaacaaatggttactga
tctcataatttctgctctggaagatatgcatgttgcaatttacattgatg
aataatgcagatataattactgtttatacaaagagtatgtttattatact
atagaggatatagacattgaacaactgaaaaagcaaatagttacaaatgc
catgaagacaaacaaattaagaaatcagtatgaagaatgggccttatatt
ggtcatcatgcctgacttttcttggaaatatttaaccaaaaaattcaaac
caggaaaacttagtcataatgtcatttttttaaaggaagatataattcaa
ggtagaggaaagtttattggcagaggatctgagaaagcaatacaataata
ttggttttttttaatcttgggacaaaataattaaaatgaaacaatgtaac
tgttcatgtggaactcagtgtgagtaaagagtgggaaagatggttggctc
tggtctaaccatgaccttaatcaagtatttagtaaggttttacttaatta
caaggctttggtctatgtaaattgatgtaaaggtgagccaaagatcaagg
cgctaggcttgtccctactctagagatttaagatggaaacaaaaatggaa
aatgaaccatagtttttagagattagtagttgaatatatgataataaatc
atgttcaaacccagaagaagtggggcttttcttacaaatctgtatatgaa
gcaaatcacttagagtaaaatgtttgcaatgaagtgcaactagagcaagt
atagacacatatctgaaagaaattctatagcagaaagcctcctcatgaag
taaaggagtacagctttcatttaagtagcacagtgtgatgaaaaaaaatc
agaaattgggtagacgaatcagcatgaccttctactatggcaactggttt
tgcctttg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_16776913_16778090
seq2: B6Ng01-261B12.b_46_1226 (reverse)

seq1  CCCATGTGTG-CACACA-TGAGTATACACAGGCACAGGGAGAGAGAGA-G  47
      |||||||||| |||||| ||||||||  |||   |||| ||||||||| |
seq2  CCCATGTGTGCCACACATTGAGTATAACCAG--CCAGGAAGAGAGAGACG  48

seq1  TG-AGTGAGAGAGAGAGAGAATATAAAAACAGATAAAATCTTCCGATATA  96
      || ||||| ||||||| || ||||||||||||||  |||| |||||||||
seq2  TGAAGTGA-AGAGAGA-AGGATATAAAAACAGAT-TAATC-TCCGATATA  94

seq1  AAA--GAGGCAGCAAGAGGTCCCTAGCTGGTCATTATCAGTCT--GGATA  142
      |||   ||||||||||| |  ||||||| ||||||||||||||  | |||
seq2  AAAAGAAGGCAGCAAGAAGGTCCTAGCT-GTCATTATCAGTCTTGGAATA  143

seq1  GCTCTTGTATCTAGAAATGTC-TTTGTTCCCTGTCA-CAGTCTGAAATGC  190
      ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GCTCTTGTATCTAGAAATGTCTTTTGTTCCCTGTCACCAGTCTGAAATGC  193

seq1  TCTGTGTTGCTGAATACAGTGTTCTGCACAAGCTCCTCATTTGGTTCTCA  240
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGTTGCTGAATACAGTGTTCTGCACAAGCTCCTCATTTGGTTCTCA  243

seq1  GCCCAAATTAGTCACATGATATGACCACAAAGCAGATGTCAAGTTGAAGA  290
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCAAATTAGTCACATGATATGACCACAAAGCAGATGTCAAGTTGAAGA  293

seq1  GAGAGTGGCAGAAAGTAGATATTTTTCTAAGAGCAAAGATTAGGTAAAAT  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGTGGCAGAAAGTAGATATTTTTCTAAGAGCAAAGATTAGGTAAAAT  343

seq1  ATACAAGAAAGCGAAACATTAGGTCCTCACTTGAAGTTGGATATGAAACA  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAAGAAAGCGAAACATTAGGTCCTCACTTGAAGTTGGATATGAAACA  393

seq1  ATTTCTCCAATTAATTATGAACTGAATTTGATACCATAATTCCTCCTGTA  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTCCAATTAATTATGAACTGAATTTGATACCATAATTCCTCCTGTA  443

seq1  AGTGCACAATCTTTAGAGGGGGAGAATGAATAGTATATTTTGAGTGGCAA  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCACAATCTTTAGAGGGGGAGAATGAATAGTATATTTTGAGTGGCAA  493

seq1  CAGAATTGGCAGCAAACATTGTAGTAAACCATCTGAACACTGTATACTAA  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATTGGCAGCAAACATTGTAGTAAACCATCTGAACACTGTATACTAA  543

seq1  GACAGCTAGCCAGCCAGGAATCCAGGGAGCTGAATTTCACATGTGCTAGT  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGCTAGCCAGCCAGGAATCCAGGGAGCTGAATTTCACATGTGCTAGT  593

seq1  GAACTTTAAAATCCTTTGAAAAGTATAAGCCTCCCAATGGAAGATATAGC  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTTTAAAATCCTTTGAAAAGTATAAGCCTCCCAATGGAAGATATAGC  643

seq1  ACTGTTACCAGTGTTTCCTCAACAGATCCCCAAACTTTACACTTCAACAC  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTTACCAGTGTTTCCTCAACAGATCCCCAAACTTTACACTTCAACAC  693

seq1  TTGAATCTACTTCCACTACCAACGGTTCTGGGTAAAGACTTAACATTGTT  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAATCTACTTCCACTACCAACGGTTCTGGGTAAAGACTTAACATTGTT  743

seq1  GATTTTGTCTTTGTTTTATGTGCCCAGAGCGAGGTGATAGTTCATTTTGC  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTTGTCTTTGTTTTATGTGCCCAGAGCGAGGTGATAGTTCATTTTGC  793

seq1  TATTTATATCTAGACCACATCTTGCCAAACCTGTGGGGCAGGTTTTGTTA  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTATATCTAGACCACATCTTGCCAAACCTGTGGGGCAGGTTTTGTTA  843

seq1  GGGTGAGCTCGCAACACCTGTGCTTTCTTAAATCATTATGTGGTAAATCA  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGAGCTCGCAACACCTGTGCTTTCTTAAATCATTATGTGGTAAATCA  893

seq1  TTTGCTGGGATGTGTAAAGGTTTGCCTTAATATGACTTTAAACAGTGACC  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTGGGATGTGTAAAGGTTTGCCTTAATATGACTTTAAACAGTGACC  943

seq1  TTTCCAAAGAAAGATCATTTAGGATAGAACAAATGGGGGTTTACTGATAA  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCAAAGAAAGATCATTTAGGATAGAACAAATGGGGGTTTACTGATAA  993

seq1  GCAGCCAGTGGCTCCTTAAAACTCAACACACAAGCAAACAGCCTTGATGT  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCCAGTGGCTCCTTAAAACTCAACACACAAGCAAACAGCCTTGATGT  1043

seq1  CTATCCCCCACAGCCAGTCCTCCTTGTTGGGCAGCATCCCTCAGGCTTGT  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCCCCCACAGCCAGTCCTCCTTGTTGGGCAGCATCCCTCAGGCTTGT  1093

seq1  TTCAATACTCCTATTGAAACTTTCCATCCAAGGCCAGGATTTCCCACTGT  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAATACTCCTATTGAAACTTTCCATCCAAGGCCAGGATTTCCCACTGT  1143

seq1  TTACCTTTCCCCTAAGGAGGAAGCAATCTGGGGAATTC  1178
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCTTTCCCCTAAGGAGGAAGCAATCTGGGGAATTC  1181


seq1: chr5_16711011_16712186
seq2: B6Ng01-261B12.g_65_1222

seq1  GAATTCAAGCCAAGTGTGAAGAGTAGATAATGAAAAATAAAAAGATAAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGCCAAGTGTGAAGAGTAGATAATGAAAAATAAAAAGATAAAT  50

seq1  AAATAAATAAATAAAATCCATTAAAAAAAAAGACCATAAATCAAGGATTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAATAAATAAAATCCATTAAAAAAAAAGACCATAAATCAAGGATTT  100

seq1  CTAGAAAGATTTCAAAAAGTAAGAGTAAATAAAGACCTAAGAGCTGTGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAAAGATTTCAAAAAGTAAGAGTAAATAAAGACCTAAGAGCTGTGAG  150

seq1  TTAGGCTTGGTTAGGCTTAGTATATAGCAGATGATTAATTGAAAGACCAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGCTTGGTTAGGCTTAGTATATAGCAGATGATTAATTGAAAGACCAC  200

seq1  TTTAGCCTCTTACTCCTTTTGTAATCATTCACTGAACAAATGGTTACTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGCCTCTTACTCCTTTTGTAATCATTCACTGAACAAATGGTTACTGA  250

seq1  TCTCATAATTTCTGCTCTGGAAGATATGCATGTTGCAATTTACATTGATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCATAATTTCTGCTCTGGAAGATATGCATGTTGCAATTTACATTGATG  300

seq1  AATAATGCAGATATAATTACTGTTTATACAAAGAGTATGTTTATTATACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATGCAGATATAATTACTGTTTATACAAAGAGTATGTTTATTATACT  350

seq1  ATAGAGGATATAGACATTGAACAACTGAAAAAGCAAATAGTTACAAATGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAGGATATAGACATTGAACAACTGAAAAAGCAAATAGTTACAAATGC  400

seq1  CATGAAGACAAACAAATTAAGAAATCAGTATGAAGAATGGGCCTTATATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAAGACAAACAAATTAAGAAATCAGTATGAAGAATGGGCCTTATATT  450

seq1  GGTCATCATGCCTGACTTTTCTTGGAAATATTTAACCAAAAAATTCAAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCATCATGCCTGACTTTTCTTGGAAATATTTAACCAAAAAATTCAAAC  500

seq1  CAGGAAAACTTAGTCATAATGTCATTTTTTTAAAGGAAGATATAATTCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAAAACTTAGTCATAATGTCATTTTTTTAAAGGAAGATATAATTCAA  550

seq1  GGTAGAGGAAAGTTTATTGGCAGAGGATCTGAGAAAGCAATACAATAATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGAGGAAAGTTTATTGGCAGAGGATCTGAGAAAGCAATACAATAATA  600

seq1  TTGGTTTTTTTTAATCTTGGGACAAAATAATTAAAATGAAACAATGTAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTTTTTTTTAATCTTGGGACAAAATAATTAAAATGAAACAATGTAAC  650

seq1  TGTTCATGTGGAACTCAGTGTGAGTAAAGAGTGGGAAAGATGGTTGGCTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCATGTGGAACTCAGTGTGAGTAAAGAGTGGGAAAGATGGTTGGCTC  700

seq1  TGGTCTAACCATGACCTTAATCAAGTATTTAGTAAGGTTTTACTTAATTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCTAACCATGACCTTAATCAAGTATTTAGTAAGGTTTTACTTAATTA  750

seq1  CAAGGCTTTGGTCTATGTAAATTGATGTAAAGGTGAGCCAAAGATCAAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGCTTTGGTCTATGTAAATTGATGTAAAGGTGAGCCAAAGATCAAGG  800

seq1  CGCTAGGCTTGTCCCTACTCTAGAGATTTAAGATGGAAACAAAAATGGAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTAGGCTTGTCCCTACTCTAGAGATTTAAGATGGAAACAAAAATGGAA  850

seq1  AATGAACCATAGTTTTTAGAGATTAGTAGTTGAATATATGATAATAAATC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAACCATAGTTTTTAGAGATTAGTAGTTGAATATATGATAATAAATC  900

seq1  ATGTTCAAACCCAGAAGAAGGTGGGGCTTTTCTTACAAATCTGTATATGA  950
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTCAAACCCAGAAGAA-GTGGGGCTTTTCTTACAAATCTGTATATGA  949

seq1  AGCAAATCACTTAGAGTAAAATGTTTGCAATGAAGTGCAACTAGAGCAAG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAATCACTTAGAGTAAAATGTTTGCAATGAAGTGCAACTAGAGCAAG  999

seq1  TATAGACAACATATTCTGAAAAGAAATTCTATAGCAGAAAGC--TCTCAT  1048
      ||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||   |||||
seq2  TATAGAC-ACATA-TCTG-AAAGAAATTCTATAGCAGAAAGCCTCCTCAT  1046

seq1  GGAAGGTAAAGGGAGTACAGCTTTCATTTAAGTAGCAACAAGGTGTGATG  1098
      |  | ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||
seq2  G--AAGTAAA-GGAGTACAGCTTTCATTTAAGTAGC-ACA--GTGTGATG  1090

seq1  AAAAAAAATCAAGAAATGGGTAGGACCAGATCAAGCATGACCTTCTAAAC  1148
      |||||||||||  || |||||| ||| | ||| |||||||||||||  ||
seq2  AAAAAAAATCAGAAATTGGGTA-GACGA-ATC-AGCATGACCTTCT--AC  1135

seq1  TATGGCAAAACCTGGTGTTTTGCTTTTG  1176
      ||||||||   |||  ||||||| ||||
seq2  TATGGCAA---CTG--GTTTTGCCTTTG  1158


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |