BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-263F04
Chromosome5 (Build37)
Map Location 31,499,963 - 31,665,874
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSnx17, Zfp513, Ppm1g, ENSMUSG00000055424, Nrbp1, Krtcap3, Ift172, Fndc4, Gckr
Upstream geneHadhb, Gpr113, EG384325, D5Wsu178e, Gm1060, Otof, 1700001C02Rik, 1700041E20Rik, Kcnk3, 4930471M23Rik, Cenpa, Dpysl5, Mapre3, 1110039B18Rik, 9430057O19Rik, 2310016E02Rik, Emilin1, Khk, Cgref1, Abhd1, Preb, Tcf23, Slc5a6, 0610007C21Rik, Cad, Slc30a3, Dnajc5g, Trim54, Ucn, Mpv17, Gtf3c2, Eif2b4
Downstream geneZfp512, 4930548H24Rik, Xab1, Supt7l, Slc4a1ap, Mrpl33, Rbks, LOC100040000, Bre, Fosl2, LOC672217, Plb1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-263F04.bB6Ng01-263F04.g
ACCGA067522GA067523
length1,0621,127
definitionB6Ng01-263F04.b B6Ng01-263F04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(31,664,813 - 31,665,874)(31,499,963 - 31,501,108)
sequence
gaattcctgtgacattaatacctgtgactgacccataagttcaaaatgta
ctattactttgctgactaaatcatattaacccaccatgggggcaaacaaa
gtgactcactaggccaaagggttacttagtcactatacaaaccaaccaat
gcctaaaagggttacttgctacaccaatgaaaaccctgttgttcaaatct
gccccttacaaagtgtgttctttctttgttcttggtctctcctctggcct
gtgtgctgggaggggaatccccaacagggtggatcaataaaaatcctcat
gagttttacagcgatggcggcggtctctgtggcccttgtgagtgagggtc
ttttgacgaactacaccagcacgtcagcgtttactacagcaatgttcaaa
actacgctatagaatcaactatgtcacaacagtggaggaatggattttaa
atatgtgtgcatacacaatggattctgtcatgaagaagaacaaagttaca
ccatttcagggaaagggatgcaactggagctcatattaagcaaaataagc
cagctcagaaagaccaacatcaaatgatttttctcatttgtaattcctag
atttaatatagatgtgtaaaatcacctatgtcaacaggcctttgaagtag
aaatgaaattacctagaagagtaaatggaactaatggggagcgaggagga
gcaaagtggggaggaatgggggggctgtgctcaatgttcagcctaacatc
tgaaaatgttctcctgtaacacagtgccatatacagtagatttacacagt
gaaagtaaaatagtgcatgatggtctaaacataacacaatgaccagtaca
ttataccataataataacaaagcagagaactgccatggacatatcaatgg
tgcgggaaaagaaccaatatctatgcatgttttttaaagatactcaccaa
tcagaaatacagacaacttcctttaaacatgccttggttcaaatgtgtaa
tccaaaacacaaagtaacagtagttaccatgttattggggaggtaagtta
ggtgggtagtta
gaattcagcctgacccctattcctcttctaggtgccactccctagtgggg
gcacgagcagtccaagccggggtcggggtgaggttcgcctggaactggct
tttgaatacctcatgagcaaggaccggctacagtgggtcaccatcaccag
cccacaggtatgagcccaccctcagagctcttatgaagccctcaggtccc
caagtgggagtccgtgttgtagacctgggtggggatgacttctcttcaga
ctgagtcaccttcttgcccttaggctatcatgatgagcatctgcctgcag
tccatggtagatgagctgatggtgaagaaatctgggggcagtatcaggaa
ggtaagcggcggcagagactgaacagctgagtggctgtgctctcccggtt
tggtttgtcctaggagtaagtttctcttgggaggaaggggaagtggttgg
gctctgaagtgaattttctctctgtatcagatgctgcgccggcgggtggg
gggcaccctgagacgttcagacagccagcaagcagtgaagtccccaccat
tgctcgtaagttaatgtcagctagcaccttggctcccagctcagccttgc
cttcctgctgcccctaaatctaaccgttctgcctccttccccccaggagt
caccagacgccagccgggagtccatggtgaaactctcagtgagttacagg
gttggtgaggttgactgtagggcctcacaggctgccaccctctgaccctc
ctcccacctctgttacagagtaaactgagtgctgtgagcttgcgggggat
tggcagtcccagcacagatgccagtgccagtgccgtccacggcaatttcg
ccttcgagggcattggagatgaggatctgtaatctcagctgcctggatgt
ctgccctctacctgagaggagatttatacacacttgcccttgtgcctatg
ctcccacgttaggggagtctctccctatccctcccacttctccttgttcc
tctggccagggactcctaccatacttcccttttctgggctggcttcacaa
agatccactgtctctttttaagctgtcttgatgcaataagcattagattt
ggcctaggtcagagactggctacttgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_31664813_31665874
seq2: B6Ng01-263F04.b_48_1109 (reverse)

seq1  TAACT-CCCA-CTAACTTACCT-CCCACTAACATGGTAACTACTGTTACC  47
      ||||| |||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| 
seq2  TAACTACCCACCTAACTTACCTCCCCAATAACATGGTAACTACTGTTACT  50

seq1  TTGTGGTTTTGGATTACAACATTTGAACCAAGGCATGTTT-AAGGAAGTT  96
      |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TTGT-GTTTTGGATTAC-ACATTTGAACCAAGGCATGTTTAAAGGAAGTT  98

seq1  GTCTGGTATTTCTGATTGGTGAGTATCTTTTAAAAAACATGCATAGATAT  146
      |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GTCT-GTATTTCTGATTGGTGAGTATC-TTTAAAAAACATGCATAGATAT  146

seq1  TGGGTTCTTTTCCCGCACCATTGATATGTCCATGGCAGTTCTCTGCTTTG  196
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  T-GGTTCTTTTCCCGCACCATTGATATGTCCATGGCAGTTCTCTGCTTTG  195

seq1  TTATTATTATGGTATAATGTACTGGTCATTGTGTTATGTTTAGACCATCA  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTATTATGGTATAATGTACTGGTCATTGTGTTATGTTTAGACCATCA  245

seq1  TGCACTATTTTACTTTCACTGTGTAAATCTACTGTATATGGCACTGTGTT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACTATTTTACTTTCACTGTGTAAATCTACTGTATATGGCACTGTGTT  295

seq1  ACAGGAGAACATTTTCAGATGTTAGGCTGAACATTGAGCACAG-CCCCCC  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  ACAGGAGAACATTTTCAGATGTTAGGCTGAACATTGAGCACAGCCCCCCC  345

seq1  ATTCCTCCCCACTTTGCTCCTCCTCGCTCCCCATTAGTTCCATTTACTCT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCTCCCCACTTTGCTCCTCCTCGCTCCCCATTAGTTCCATTTACTCT  395

seq1  TCTAGGTAATTTCATTTCTACTTCAAAGGCCTGTTGACATAGGTGATTTT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGGTAATTTCATTTCTACTTCAAAGGCCTGTTGACATAGGTGATTTT  445

seq1  ACACATCTATATTAAATCTAGGAATTACAAATGAGAAAAATCATTTGATG  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATCTATATTAAATCTAGGAATTACAAATGAGAAAAATCATTTGATG  495

seq1  TTGGTCTTTCTGAGCTGGCTTATTTTGCTTAATATGAGCTCCAGTTGCAT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTCTTTCTGAGCTGGCTTATTTTGCTTAATATGAGCTCCAGTTGCAT  545

seq1  CCCTTTCCCTGAAATGGTGTAACTTTGTTCTTCTTCATGACAGAATCCAT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTTCCCTGAAATGGTGTAACTTTGTTCTTCTTCATGACAGAATCCAT  595

seq1  TGTGTATGCACACATATTTAAAATCCATTCCTCCACTGTTGTGACATAGT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTATGCACACATATTTAAAATCCATTCCTCCACTGTTGTGACATAGT  645

seq1  TGATTCTATAGCGTAGTTTTGAACATTGCTGTAGTAAACGCTGACGTGCT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTCTATAGCGTAGTTTTGAACATTGCTGTAGTAAACGCTGACGTGCT  695

seq1  GGTGTAGTTCGTCAAAAGACCCTCACTCACAAGGGCCACAGAGACCGCCG  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTAGTTCGTCAAAAGACCCTCACTCACAAGGGCCACAGAGACCGCCG  745

seq1  CCATCGCTGTAAAACTCATGAGGATTTTTATTGATCCACCCTGTTGGGGA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCGCTGTAAAACTCATGAGGATTTTTATTGATCCACCCTGTTGGGGA  795

seq1  TTCCCCTCCCAGCACACAGGCCAGAGGAGAGACCAAGAACAAAGAAAGAA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCCTCCCAGCACACAGGCCAGAGGAGAGACCAAGAACAAAGAAAGAA  845

seq1  CACACTTTGTAAGGGGCAGATTTGAACAACAGGGTTTTCATTGGTGTAGC  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTTTGTAAGGGGCAGATTTGAACAACAGGGTTTTCATTGGTGTAGC  895

seq1  AAGTAACCCTTTTAGGCATTGGTTGGTTTGTATAGTGACTAAGTAACCCT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAACCCTTTTAGGCATTGGTTGGTTTGTATAGTGACTAAGTAACCCT  945

seq1  TTGGCCTAGTGAGTCACTTTGTTTGCCCCCATGGTGGGTTAATATGATTT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCCTAGTGAGTCACTTTGTTTGCCCCCATGGTGGGTTAATATGATTT  995

seq1  AGTCAGCAAAGTAATAGTACATTTTGAACTTATGGGTCAGTCACAGGTAT  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAGCAAAGTAATAGTACATTTTGAACTTATGGGTCAGTCACAGGTAT  1045

seq1  TAATGTCACAGGAATTC  1062
      |||||||||||||||||
seq2  TAATGTCACAGGAATTC  1062

seq1: chr5_31499963_31501108
seq2: B6Ng01-263F04.g_67_1193

seq1  GAATTCAGCCTGACCCCTATTCCTCTTCTAGGTGCCACTCCCTAGTGGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGCCTGACCCCTATTCCTCTTCTAGGTGCCACTCCCTAGTGGGG  50

seq1  GCACGAGCAGTCCAAGCCGGGGTCGGGGTGAGGTTCGCCTGGAACTGGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACGAGCAGTCCAAGCCGGGGTCGGGGTGAGGTTCGCCTGGAACTGGCT  100

seq1  TTTGAATACCTCATGAGCAAGGACCGGCTACAGTGGGTCACCATCACCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAATACCTCATGAGCAAGGACCGGCTACAGTGGGTCACCATCACCAG  150

seq1  CCCACAGGTATGAGCCCACCCTCAGAGCTCTTATGAAGCCCTCAGGTCCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACAGGTATGAGCCCACCCTCAGAGCTCTTATGAAGCCCTCAGGTCCC  200

seq1  CAAGTGGGAGTCCGTGTTGTAGACCTGGGTGGGGATGACTTCTCTTCAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTGGGAGTCCGTGTTGTAGACCTGGGTGGGGATGACTTCTCTTCAGA  250

seq1  CTGAGTCACCTTCTTGCCCTTAGGCTATCATGATGAGCATCTGCCTGCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGTCACCTTCTTGCCCTTAGGCTATCATGATGAGCATCTGCCTGCAG  300

seq1  TCCATGGTAGATGAGCTGATGGTGAAGAAATCTGGGGGCAGTATCAGGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATGGTAGATGAGCTGATGGTGAAGAAATCTGGGGGCAGTATCAGGAA  350

seq1  GGTAAGCGGCGGCAGAGACTGAACAGCTGAGTGGCTGTGCTCTCCCGGTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAAGCGGCGGCAGAGACTGAACAGCTGAGTGGCTGTGCTCTCCCGGTT  400

seq1  TGGTTTGTCCTAGGAGTAAGTTTCTCTTGGGAGGAAGGGGAAGTGGTTGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTGTCCTAGGAGTAAGTTTCTCTTGGGAGGAAGGGGAAGTGGTTGG  450

seq1  GCTCTGAAGTGAATTTTCTCTCTGTATCAGATGCTGCGCCGGCGGGTGGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTGAAGTGAATTTTCTCTCTGTATCAGATGCTGCGCCGGCGGGTGGG  500

seq1  GGGCACCCTGAGACGTTCAGACAGCCAGCAAGCAGTGAAGTCCCCACCAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCACCCTGAGACGTTCAGACAGCCAGCAAGCAGTGAAGTCCCCACCAT  550

seq1  TGCTCGTAAGTTAATGTCAGCTAGCACCTTGGCTCCCAGCTCAGCCTTGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCGTAAGTTAATGTCAGCTAGCACCTTGGCTCCCAGCTCAGCCTTGC  600

seq1  CTTCCTGCTGCCCCTAAATCTAACCGTTCTGCCTCCTTCCCCCCAGGAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTGCTGCCCCTAAATCTAACCGTTCTGCCTCCTTCCCCCCAGGAGT  650

seq1  CACCAGACGCCAGCCGGGAGTCCATGGTGAAACTCTCAGTGAGTTACAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAGACGCCAGCCGGGAGTCCATGGTGAAACTCTCAGTGAGTTACAGG  700

seq1  GTTGGTGAGGTTGACTGTAGGGCCTCACAGGCTGCCACCCTCTGACCCTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGTGAGGTTGACTGTAGGGCCTCACAGGCTGCCACCCTCTGACCCTC  750

seq1  CTCCCACCTCTGTTACAGAGTAAACTGAGTGCTGTGAGCTTGCGGGGGAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCACCTCTGTTACAGAGTAAACTGAGTGCTGTGAGCTTGCGGGGGAT  800

seq1  TGGCAGTCCCAGCACAGATGCCAGTGCCAGTGCCGTCCACGGCAATTTCG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAGTCCCAGCACAGATGCCAGTGCCAGTGCCGTCCACGGCAATTTCG  850

seq1  CCTTCGAGGGCATTGGAGATGAGGATCTGTAATCTCAGCTGCCTGGATGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCGAGGGCATTGGAGATGAGGATCTGTAATCTCAGCTGCCTGGATGT  900

seq1  CTGCCCTCTACCTGAGAGGAGATTTATACACACTTGCCC-TGTGCCTATG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CTGCCCTCTACCTGAGAGGAGATTTATACACACTTGCCCTTGTGCCTATG  950

seq1  CTCCCACGTTAGGGGAGTCTCTTCCTATTCCCTCCCCACTTCTCCTTGTT  999
      |||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||
seq2  CTCCCACGTTAGGGGAGTCTCTCCCTA-TCCCT-CCCACTTCTCCTTGTT  998

seq1  CCTCTTGGCCAGGGGCCTCCTAACCATACCTTCCCTTTTCCTGGGCTGGC  1049
      |||| |||||| ||| ||||| |||||| |||||||||| ||||||||||
seq2  CCTC-TGGCCA-GGGACTCCT-ACCATA-CTTCCCTTTT-CTGGGCTGGC  1043

seq1  TACACAAAAGAT-CACTGTCTCTTTTTTAGAGCTGGCCCTTGATGCCAAA  1098
      | ||| |||||| ||||||||||||||   |||||   ||||||||  ||
seq2  TTCAC-AAAGATCCACTGTCTCTTTTT--AAGCTG--TCTTGATGC--AA  1086

seq1  TTAGCATTTAGTATTTTGCACAAAGTCCAAGAGACTGTGGCTACTTGC  1146
      | |||| |||| |||| || | | |||  ||||||  |||||||||||
seq2  TAAGCA-TTAG-ATTTGGC-CTAGGTC--AGAGAC--TGGCTACTTGC  1127