BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-263J17
Chromosome5 (Build37)
Map Location 133,465,788 - 133,595,345
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneAuts2
Downstream geneLOC100039731, LOC666038, LOC100039750, Gats
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-263J17.bB6Ng01-263J17.g
ACCGA067733GA067734
length7941,156
definitionB6Ng01-263J17.b B6Ng01-263J17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(133,594,314 - 133,595,345)(133,465,788 - 133,466,927)
sequence
gaattcttttcatttctcttttgtggtaaatggaatggcgttatctccaa
ggtggtgagcaatattccctttggtgagtcccatgagaagcatccagtca
tccatgcaagagcacattcttacactccatcttgacatcaaagctttatc
cttcaacatcatccactcctcaccttcacgctgccccttcacatgtctgt
gtgggtttgaggaatgggaatatacataatttagtgtgcgtgtgagaatg
tgtatacatgtatgtgctgcaaatgcatgtgtctgcaggtgcagatgtgt
gtggagtacagatgacaaccttcagtgtgactctccaggagccaagcatt
tatttgttggttggtttgtttgcatgtttctgtatgtgtgtgtaaatata
ccatgatacacatgtggaagtcataggacaacttgtaggaatcagttctc
tttttccatcatattggtccttagggattgaatccatgccatcagcaatc
ttgacttgagcagccctatcttgattttgagacatgcctttaactggcct
gaagctctccaaacgggttaagtttggagttaatactttagtttgatttc
tgttgctggggggggggggagacactgaccaaaagcaactcggcttacat
gtctacatcatggcccatcaccaaggaagtcagggtttgatgctgaaggc
agactttctggatgtggaaactgaagctgagactgtggaggaactccccc
tttctggcttgctctccatggcgtgctcagcctgcttttttata

gaattcctatttcctataatgagttctttaaaaagcccagcagatgttaa
aaatgcccccaggcttccattgattaggaataaaaattagacaattgaca
attgtgcaggtagagcatggaggagcactaatgtcaagggtgacacatca
ggatgtcattttttcatgtaaataggagcagggttgtatgtcttttaaca
ttcaaaagaattgaacagtaggcttctcaaaagactgaaaactttctaaa
aaaagggggggggaacatttgcaaatcaatgttttatacaaatagataaa
aaggaagagaccacatgagtaaccatggggggaatgaaagagagccagta
ctaatgtgtgtcagcctaaattttggcaggcaaccatctttattggttaa
gcccaagttcccttggaactcactacgtagaccaggctggccctgacttc
actaaaatatttgcttctgtctcctgagtgttgggattaaagggatgcac
caccatacccagctaattgttttaaaatgatttatttgtgtgtgtgtgcg
cgtgtgcacatgtgtgcactcagacatttgcccacagaagccagaagagg
ctatcagatctcctgcagctggaattacatgtggctgtgagttgtctatc
atcagtgctgggaacggaacttagatcctctccaagagcatcctgtgttg
attaaccctgctagacaactagacaggattgagaagtaccagagggatta
gtaggcttcacccagggtgtgtctctgtgtgatagtttacagagatgact
ggctcacgcttgatctgacctaatcatggagacctccatcactggattaa
aagtgggaatacactgttgagaagtgacgaaacctaaaagatgagcctgg
ggaggagctagtgtgtcatttgagagctatgggcttgatggccttgctgg
gtggtttaatcttcattgatcagacttagaaaacgccatgggagatgcat
tcttcttagggtgtaccctaggccaatttcccagaaagggttaaacggaa
ggagaggagacttaccttgcagattgcagcattgttcatgggtctcaaat
cttagaaaatggagaagcgagctttgaccacagcatttcatccttctctt
gcttcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_133594314_133595345
seq2: B6Ng01-263J17.b_47_840 (reverse)

seq1  TATAAAAAGGCCATGCCTGTGGTGGCCGGAGCTTGAAATCTGAGCACTGA  50
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  0

seq1  GGTTTTGGTTGTAAGTAGATCATTGAGACTTGCTGGTTAGCCAGCTGAGA  100
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  0

seq1  CATGATAGAGTCACCTAGGAAGAGGGAACCTCAGTTGGGGTATTCTTTCC  150
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  0

seq1  ATCCTATTTGCCTGTAGGCCTGTCTGTGGAGGTGTTTTCTTGATAACTAG  200
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  0

seq1  TTGTGGGTGGTGCCATCCCCGGGCTGGTGGTCCTGGGCTCTCTAAGAAAG  250
                                              | ||| ||||
seq2  ----------------------------------------TATAAAAAAG  10

seq1  CAGGCTGAGCACGCCATGGAGAGCAAGCCAGAAA-GGGGAGTTCCTCCAC  299
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CAGGCTGAGCACGCCATGGAGAGCAAGCCAGAAAGGGGGAGTTCCTCCAC  60

seq1  AGTCTCAGCTTCAGTTTCCACATCCAG-AAGTCTGCCTTCAGCATC-AAC  347
      ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||
seq2  AGTCTCAGCTTCAGTTTCCACATCCAGAAAGTCTGCCTTCAGCATCAAAC  110

seq1  CCTGGCTTCCCTTGGTGATGGGCCATGATGTAGACATGTAAGCCGAGTTG  397
      |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGACTT-CCTTGGTGATGGGCCATGATGTAGACATGTAAGCCGAGTTG  159

seq1  CTTTTGGTCAGTGTCTCCCCCCCCCCCCAGCAACAGAAATCAAACTAAAG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTGGTCAGTGTCTCCCCCCCCCCCCAGCAACAGAAATCAAACTAAAG  209

seq1  TATTAACTCCAAACTTAACCCGTTTGGAGAGCTTCAGGCCAGTTAAAGGC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAACTCCAAACTTAACCCGTTTGGAGAGCTTCAGGCCAGTTAAAGGC  259

seq1  ATGTCTCAAAATCAAGATAGGGCTGCTCAAGTCAAGATTGCTGATGGCAT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTCAAAATCAAGATAGGGCTGCTCAAGTCAAGATTGCTGATGGCAT  309

seq1  GGATTCAATCCCTAAGGACCAATATGATGGAAAAAGAGAACTGATTCCTA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTCAATCCCTAAGGACCAATATGATGGAAAAAGAGAACTGATTCCTA  359

seq1  CAAGTTGTCCTATGACTTCCACATGTGTATCATGGTATATTTACACACAC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTTGTCCTATGACTTCCACATGTGTATCATGGTATATTTACACACAC  409

seq1  ATACAGAAACATGCAAACAAACCAACCAACAAATAAATGCTTGGCTCCTG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAGAAACATGCAAACAAACCAACCAACAAATAAATGCTTGGCTCCTG  459

seq1  GAGAGTCACACTGAAGGTTGTCATCTGTACTCCACACACATCTGCACCTG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGTCACACTGAAGGTTGTCATCTGTACTCCACACACATCTGCACCTG  509

seq1  CAGACACATGCATTTGCAGCACATACATGTATACACATTCTCACACGCAC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACACATGCATTTGCAGCACATACATGTATACACATTCTCACACGCAC  559

seq1  ACTAAATTATGTATATTCCCATTCCTCAAACCCACACAGACATGTGAAGG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAATTATGTATATTCCCATTCCTCAAACCCACACAGACATGTGAAGG  609

seq1  GGCAGCGTGAAGGTGAGGAGTGGATGATGTTGAAGGATAAAGCTTTGATG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGCGTGAAGGTGAGGAGTGGATGATGTTGAAGGATAAAGCTTTGATG  659

seq1  TCAAGATGGAGTGTAAGAATGTGCTCTTGCATGGATGACTGGATGCTTCT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGATGGAGTGTAAGAATGTGCTCTTGCATGGATGACTGGATGCTTCT  709

seq1  CATGGGACTCACCAAAGGGAATATTGCTCACCACCTTGGAGATAACGCCA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGGACTCACCAAAGGGAATATTGCTCACCACCTTGGAGATAACGCCA  759

seq1  TTCCATTTACCACAAAAGAGAAATGAAAAGAATTC  1032
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCATTTACCACAAAAGAGAAATGAAAAGAATTC  794


seq1: chr5_133465788_133466927
seq2: B6Ng01-263J17.g_68_1223

seq1  GAATTCCTATTTCCTATAATGAGTTCTTTAAAAAGCCCAGCAGATGTTAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTATTTCCTATAATGAGTTCTTTAAAAAGCCCAGCAGATGTTAA  50

seq1  AAATGCCCCCAGGCTTCCATTGATTAGGAATAAAAATTAGACAATTGACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCCCCCAGGCTTCCATTGATTAGGAATAAAAATTAGACAATTGACA  100

seq1  ATTGTGCAGGTAGAGCATGGAGGAGCACTAATGTCAAGGGTGACACATCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTGCAGGTAGAGCATGGAGGAGCACTAATGTCAAGGGTGACACATCA  150

seq1  GGATGTCATTTTTTCATGTAAATAGGAGCAGGGTTGTATGTCTTTTAACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGTCATTTTTTCATGTAAATAGGAGCAGGGTTGTATGTCTTTTAACA  200

seq1  TTCAAAAGAATTGAACAGTAGGCTTCTCAAAAGACTGAAAACTTTCTAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAAAGAATTGAACAGTAGGCTTCTCAAAAGACTGAAAACTTTCTAAA  250

seq1  AAAAGGGGGGGGGAACATTTGCAAATCAATGTTTTATACAAATAGATAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGGGGGGGGGAACATTTGCAAATCAATGTTTTATACAAATAGATAAA  300

seq1  AAGGAAGAGACCACATGAGTAACCATGGGGGGAATGAAAGAGAGCCAGTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAGAGACCACATGAGTAACCATGGGGGGAATGAAAGAGAGCCAGTA  350

seq1  CTAATGTGTGTCAGCCTAAATTTTGGCAGGCAACCATCTTTATTGGTTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATGTGTGTCAGCCTAAATTTTGGCAGGCAACCATCTTTATTGGTTAA  400

seq1  GCCCAAGTTCCCTTGGAACTCACTACGTAGACCAGGCTGGCCCTGACTTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCAAGTTCCCTTGGAACTCACTACGTAGACCAGGCTGGCCCTGACTTC  450

seq1  ACTAAAATATTTGCTTCTGTCTCCTGAGTGTTGGGATTAAAGGGATGCAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAAATATTTGCTTCTGTCTCCTGAGTGTTGGGATTAAAGGGATGCAC  500

seq1  CACCATACCCAGCTAATTGTTTTAAAATGATTTATTTGTGTGTGTGTGCG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCATACCCAGCTAATTGTTTTAAAATGATTTATTTGTGTGTGTGTGCG  550

seq1  CGTGTGCACATGTGTGCACTCAGACATTTGCCCACAGAAGCCAGAAGAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGTGCACATGTGTGCACTCAGACATTTGCCCACAGAAGCCAGAAGAGG  600

seq1  CTATCAGATCTCCTGCAGCTGGAATTACATGTGGCTGTGAGTTGTCTATC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCAGATCTCCTGCAGCTGGAATTACATGTGGCTGTGAGTTGTCTATC  650

seq1  ATCAGTGCTGGGAACGGAACTTAGATCCTCTCCAAGAGCATCCTGTGTTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGTGCTGGGAACGGAACTTAGATCCTCTCCAAGAGCATCCTGTGTTG  700

seq1  ATTAACCCTGCTAGACAACTAGACAGGATTGAGAAGTACCAGAGGGATTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAACCCTGCTAGACAACTAGACAGGATTGAGAAGTACCAGAGGGATTA  750

seq1  GTAGGCTTCACCCAGGGTGTGTCTCTGTGTGATAGTTTACAGAGATGACT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGCTTCACCCAGGGTGTGTCTCTGTGTGATAGTTTACAGAGATGACT  800

seq1  GGCTCACGCTTGATCTGACCTAATCATGGAGACCTCCATCACTGGATTAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCACGCTTGATCTGACCTAATCATGGAGACCTCCATCACTGGATTAA  850

seq1  AAGTGGGAATACACTGTTGAGAAGTGACG-AACCTAAAAGATGAGCCT-G  898
      ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
seq2  AAGTGGGAATACACTGTTGAGAAGTGACGAAACCTAAAAGATGAGCCTGG  900

seq1  GGAGGAGCTAGTGTGTCA-TTGAGAGCTAT-GGCTTGATGGCC-TGCTGG  945
      |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||
seq2  GGAGGAGCTAGTGTGTCATTTGAGAGCTATGGGCTTGATGGCCTTGCTGG  950

seq1  GTGG-TTAATCTTCATTGATCAGACTTAG-AAACGCCAT-GGAGATGCA-  991
      |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| 
seq2  GTGGTTTAATCTTCATTGATCAGACTTAGAAAACGCCATGGGAGATGCAT  1000

seq1  ---TCTCTAGGTGTACCCCTAAGGCCA--TTTCCAGAAAGG--TTAACGG  1034
         |||   |||||||||   ||||||  || |||||||||  | |||||
seq2  TCTTCTTAGGGTGTACCC--TAGGCCAATTTCCCAGAAAGGGTTAAACGG  1048

seq1  -AGGAGAGGAGACTTACCCTGCAGATTGCAGCATTGTTCCATGGGTCTCA  1083
       ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  AAGGAGAGGAGACTTACCTTGCAGATTGCAGCATTGTT-CATGGGTCTCA  1097

seq1  GATCTAAGAAAAAGGAGAAAGCGAGC--TGAGCACCAGCA-TTCATCTCT  1130
       |||| |||||| |||| ||||||||  ||| || ||||| ||||||  |
seq2  AATCTTAGAAAATGGAG-AAGCGAGCTTTGACCA-CAGCATTTCATCCTT  1145

seq1  CTC-TGCTTCC  1140
      ||| |||||||
seq2  CTCTTGCTTCC  1156


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |