BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-263N03
Chromosome5 (Build37)
Map Location 51,420,838 - 51,535,366
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC666265
Upstream geneGpr125, EG637307, LOC100041015, LOC242987, EG624734
Downstream geneLOC100041059, Ppargc1a
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-263N03.bB6Ng01-263N03.g
ACCGA067889GA067890
length9741,105
definitionB6Ng01-263N03.b B6Ng01-263N03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(51,420,838 - 51,421,809)(51,534,265 - 51,535,366)
sequence
gaattctttgctccactttaagagaaagacctgaaacacagtgtgcccag
ctatttcttagagcccccactatatgtcccaatgttattgcccttcgcac
aaacctttatacaatttttagatcgctctaaactggcacctaaagtgaca
tcaagtctgtgtttagcatatgatcctttaggtgacatgggaaatgtgga
aggttgccttatctcaataaaataatattctccaaagtaattgtgatggg
gaatgtaccattccaattccactattgactttaaaatatatttatgctca
gaaaacttttcttgcagttaactgtgatgtaattccaccctcaatatcat
gattttaggttaaaatgttttgggataaaatacgtctaagagaatgatgt
atcttagaatgtcttgtgaatacattaagattgtttactttggtgtagtg
tatttttaaataatatttgtattgtgtctttgaaaatttcattcatttac
acaatgattttatcatatttatttaccatgtcttccctttaacttccttt
agagccctaccccacttccctcccaacttcccatcctgttttttattgtt
attaataactccttgagttcaagtagtatggccaaatgcaaataagtttg
aggtcatccactgagtgatgagccatgtaccagtgtcatatcccagaagg
agagtgacttttcatcctgcagcagacaccagtctccagtacttcttcca
atatactggattaatcttgtgtaagtaaccacagttgatagaagttgatg
gcagtagccatgttatgttctgaaagcctatactgcacagtctttctcct
catccacaagctcctatattctttttttttgaagtattttccttatttac
attttcaatgctatcccaaaggttcccccataccaccccccagcccctac
ccaaccacttccccttttttggcc

gaattccagtgctcctcttagtgactgccctggccgatatgatgatcatc
tctaaatgtcacagatggagtttgggatcaaagctctagttgcagcaaca
ctaggctatgcccaggctttcatagaacttccagcaaaggagtaaatgtc
aatcaacaaggaaacgcataccatgatcagaggattttaagtcccactga
gagtcagacacagacttatgatacacaggaggagatgtgctggccaaagc
agacagagtgacaaagcattttaagagcacttaaagcttatctaagacac
gatattttatatgaaggaataggaaaaaagatggaaaaactaatttgtga
aaaaattgagatctgtggacaccacagtgaggcaaacgtgtgggtgttag
aattggctcccaaatgtaagtatcttaaccttgtcctgataaaaaaggaa
gaagttacacacagacacagatacacacacacacacacacacacacacac
acacacacacacacactacaggaagctacgtgaatacaaaggccaagttc
agggatggcaaatctgctgatcaagagtcattaagcatagcctctaaccc
tcagaagttgagaacaggcacgaaccagtcattcactcacagccctagaa
ggaactaatttgcaggtacctccatctcagcgtttccaaatgggtagaca
tgagtttttatgacttttgtcttatggtttgtcatacttagtaatagtgg
cctatgagtctagttgcgaagccagtgtcctcaaattctccaaactgtgt
gagatgctgttccatgctgctcccgcacctcgggatgctgttccctgtac
ctcaggatgctccttctgtacttcagggcttgcctcagatctttttctta
aaatagaccttgtaactagaaccaggtatggtgactgtttggggaggttg
aatttagaggagtcttgagttaaaattgtcaaaaccagcaagatgggaca
gttgcaccctttgaaccagagattatttgaaatatggatgcttgcaagta
gaaattctgtttttccttcatggagtgacatggagtgttaccaactgact
gcagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_51420838_51421809
seq2: B6Ng01-263N03.b_48_1021

seq1  GAATTCTTTGCTCCACTTTAAGAGAAAGACCTGAAACACAGTGTGCCCAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGCTCCACTTTAAGAGAAAGACCTGAAACACAGTGTGCCCAG  50

seq1  CTATTTCTTAGAGCCCCCACTATATGTCCCAATGTTATTGCCCTTCGCAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTTCTTAGAGCCCCCACTATATGTCCCAATGTTATTGCCCTTCGCAC  100

seq1  AAACCTTTATACAATTTTTAGATCGCTCTAAACTGGCACCTAAAGTGACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCTTTATACAATTTTTAGATCGCTCTAAACTGGCACCTAAAGTGACA  150

seq1  TCAAGTCTGTGTTTAGCATATGATCCTTTAGGTGACATGGGAAATGTGGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGTCTGTGTTTAGCATATGATCCTTTAGGTGACATGGGAAATGTGGA  200

seq1  AGGTTGCCTTATCTCAATAAAATAATATTCTCCAAAGTAATTGTGATGGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTGCCTTATCTCAATAAAATAATATTCTCCAAAGTAATTGTGATGGG  250

seq1  GAATGTACCATTCCAATTCCACTATTGACTTTAAAATATATTTATGCTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGTACCATTCCAATTCCACTATTGACTTTAAAATATATTTATGCTCA  300

seq1  GAAAACTTTTCTTGCAGTTAACTGTGATGTAATTCCACCCTCAATATCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAACTTTTCTTGCAGTTAACTGTGATGTAATTCCACCCTCAATATCAT  350

seq1  GATTTTAGGTTAAAATGTTTTGGGATAAAATACGTCTAAGAGAATGATGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTTAGGTTAAAATGTTTTGGGATAAAATACGTCTAAGAGAATGATGT  400

seq1  ATCTTAGAATGTCTTGTGAATACATTAAGATTGTTTACTTTGGTGTAGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTAGAATGTCTTGTGAATACATTAAGATTGTTTACTTTGGTGTAGTG  450

seq1  TATTTTTAAATAATATTTGTATTGTGTCTTTGAAAATTTCATTCATTTAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTTAAATAATATTTGTATTGTGTCTTTGAAAATTTCATTCATTTAC  500

seq1  ACAATGATTTTATCATATTTATTTACCATGTCTTCCCTTTAACTTCCTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATGATTTTATCATATTTATTTACCATGTCTTCCCTTTAACTTCCTTT  550

seq1  AGAGCCCTACCCCACTTCCCTCCCAACTTCCCATCCTGTTTTTTATTGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCCCTACCCCACTTCCCTCCCAACTTCCCATCCTGTTTTTTATTGTT  600

seq1  ATTAATAACTCCTTGAGTTCAAGTAGTATGGCCAAATGCAAATAAGTTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAATAACTCCTTGAGTTCAAGTAGTATGGCCAAATGCAAATAAGTTTG  650

seq1  AGGTCATCCACTGAGTGATGAGCCATGTACCAGTGTCATATCCCAGAAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCATCCACTGAGTGATGAGCCATGTACCAGTGTCATATCCCAGAAGG  700

seq1  AGAGTGACTTTTCATCCTGCAGCAGACACCAGTCTCCAGTACTTCTTCCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTGACTTTTCATCCTGCAGCAGACACCAGTCTCCAGTACTTCTTCCA  750

seq1  ATATACTGGATTAATCTTGTGTAAGTAACCACAGTTGATAGAAGTTGATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATACTGGATTAATCTTGTGTAAGTAACCACAGTTGATAGAAGTTGATG  800

seq1  GCAGTAGCCATGTTATGTTCTG-AAGCCTATACTGCACAGTCTTTCTCCT  849
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTAGCCATGTTATGTTCTGAAAGCCTATACTGCACAGTCTTTCTCCT  850

seq1  CATCCACAAGCTCCTATATTC-TTTTTTTTGAAGTATTTTCCTTATTTAC  898
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCACAAGCTCCTATATTCTTTTTTTTTGAAGTATTTTCCTTATTTAC  900

seq1  ATTTTCAATGCTATCCCAAAGG-TCCCCCATACCCACCCCCCAAGCCCCT  947
      |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||
seq2  ATTTTCAATGCTATCCCAAAGGTTCCCCCATA-CCACCCCCC-AGCCCCT  948

seq1  ACCCAACCAC-TCCCCCTTTTTGGCC  972
      |||||||||| ||||| |||||||||
seq2  ACCCAACCACTTCCCCTTTTTTGGCC  974


seq1: chr5_51534265_51535366
seq2: B6Ng01-263N03.g_68_1172 (reverse)

seq1  CCTGCAGTCAAGGTGGT-ACACTCAATGTCACTCCATTGAGAGAAAACAG  49
      ||||||||| || |||| |||||| ||||||||||||  ||  |||||||
seq2  CCTGCAGTC-AGTTGGTAACACTCCATGTCACTCCATGAAGGAAAAACAG  49

seq1  -ATTTCTACTTTGCAAGCATCCAATAATTTCAAAT-ATCTCCTTGGT--C  95
       |||||||| |||||||||||||   ||||||||| |||||  ||||   
seq2  AATTTCTAC-TTGCAAGCATCCA--TATTTCAAATAATCTC--TGGTTCA  94

seq1  AAGGGTGCAACTGTCCCATCTTGCTGGTTTTGACAATTTTAACTCAAGAC  145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGTGCAACTGTCCCATCTTGCTGGTTTTGACAATTTTAACTCAAGAC  144

seq1  T-CTCTAAATTCAACCT-CCCAAACAGTCACCATACCTGGTTCTAGTTAC  193
      | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTAAATTCAACCTCCCCAAACAGTCACCATACCTGGTTCTAGTTAC  194

seq1  AGGGTCTATTTTAAG-AAAAGATCTGAGGCAAGCCCTGAAGTACAGAAGG  242
      | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTCTATTTTAAGAAAAAGATCTGAGGCAAGCCCTGAAGTACAGAAGG  244

seq1  AGCATCCTGAGGTACA-GGAACAGCATCCCGAGGTGCGGGAGCAGCATGG  291
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATCCTGAGGTACAGGGAACAGCATCCCGAGGTGCGGGAGCAGCATGG  294

seq1  AACAGCATCTCACACAGTTTGGAGAATTTGAGGACACTGGCTTCGCAACT  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGCATCTCACACAGTTTGGAGAATTTGAGGACACTGGCTTCGCAACT  344

seq1  AGACTCATAGGCCACTATTACTAAGTATGACAAACCATAAGACAAAAGTC  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTCATAGGCCACTATTACTAAGTATGACAAACCATAAGACAAAAGTC  394

seq1  ATAAAAACTCATGTCTACCCATTTGGAAACGCTGAGATGGAGGTACCTGC  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAAACTCATGTCTACCCATTTGGAAACGCTGAGATGGAGGTACCTGC  444

seq1  AAATTAGTTCCTTCTAGGGCTGTGAGTGAATGACTGGTTCGTGCCTGTTC  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTAGTTCCTTCTAGGGCTGTGAGTGAATGACTGGTTCGTGCCTGTTC  494

seq1  TCAACTTCTGAGGGTTAGAGGCTATGCTTAATGACTCTTGATCAGCAGAT  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACTTCTGAGGGTTAGAGGCTATGCTTAATGACTCTTGATCAGCAGAT  544

seq1  TTGCCATCCCTGAACTTGGCCTTTGTATTCACGTAGCTTCCTGTAGTGTG  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCATCCCTGAACTTGGCCTTTGTATTCACGTAGCTTCCTGTAGTGTG  594

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATCTGTGTCTG  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATCTGTGTCTG  644

seq1  TGTGTAACTTCTTCCTTTTTTATCAGGACAAGGTTAAGATACTTACATTT  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTAACTTCTTCCTTTTTTATCAGGACAAGGTTAAGATACTTACATTT  694

seq1  GGGAGCCAATTCTAACACCCACACGTTTGCCTCACTGTGGTGTCCACAGA  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGCCAATTCTAACACCCACACGTTTGCCTCACTGTGGTGTCCACAGA  744

seq1  TCTCAATTTTTTCACAAATTAGTTTTTCCATCTTTTTTCCTATTCCTTCA  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAATTTTTTCACAAATTAGTTTTTCCATCTTTTTTCCTATTCCTTCA  794

seq1  TATAAAATATCGTGTCTTAGATAAGCTTTAAGTGCTCTTAAAATGCTTTG  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAAATATCGTGTCTTAGATAAGCTTTAAGTGCTCTTAAAATGCTTTG  844

seq1  TCACTCTGTCTGCTTTGGCCAGCACATCTCCTCCTGTGTATCATAAGTCT  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTCTGTCTGCTTTGGCCAGCACATCTCCTCCTGTGTATCATAAGTCT  894

seq1  GTGTCTGACTCTCAGTGGGACTTAAAATCCTCTGATCATGGTATGCGTTT  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCTGACTCTCAGTGGGACTTAAAATCCTCTGATCATGGTATGCGTTT  944

seq1  CCTTGTTGATTGACATTTACTCCTTTGCTGGAAGTTCTATGAAAGCCTGG  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGTTGATTGACATTTACTCCTTTGCTGGAAGTTCTATGAAAGCCTGG  994

seq1  GCATAGCCTAGTGTTGCTGCAACTAGAGCTTTGATCCCAAACTCCATCTG  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATAGCCTAGTGTTGCTGCAACTAGAGCTTTGATCCCAAACTCCATCTG  1044

seq1  TGACATTTAGAGATGATCATCATATCGGCCAGGGCAGTCACTAAGAGGAG  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATTTAGAGATGATCATCATATCGGCCAGGGCAGTCACTAAGAGGAG  1094

seq1  CACTGGAATTC  1102
      |||||||||||
seq2  CACTGGAATTC  1105


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |