BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-266D12
Chromosome5 (Build37)
Map Location 97,181,784 - 97,312,086
singlet/doubletdoublet
Overlap geneFras1, Anxa3
Upstream geneLOC665943, LOC433921, Cxcl13, EG666231, Cnot6l, LOC100040559, Mrpl1
Downstream geneEG666266, LOC670358, Bmp2k, Paqr3, LOC100040598, EG433923, EG666293, C80008, Gk2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-266D12.bB6Ng01-266D12.g
ACCGA069668GA069669
length1,162970
definitionB6Ng01-266D12.b B6Ng01-266D12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(97,181,784 - 97,182,955)(97,311,118 - 97,312,086)
sequence
gaattcatgccaattctttgatgctacaaagaggaaaactgtcatctagg
aaaacttcctatcttgatcctcctgctacaaggctaaatatgtcttgtgt
gttggtcgtagacgaagaactgcactgtgtacatccatgatgactccatg
tttgagcctgaggagcagttcagggtctaccttggccatcctcttggaaa
tcactggagtggagccagaattgggaagaacagtgtggccactgtcacca
tatccaacgacgaagatggtaacagaagagaaagccttttggttttgctt
cggtggccgggacattaactgagagcttatcagtaatatcagtgtcttgg
aagggaaagtgctacaggagttcctagttaggtcaacctctgaatattta
tctagaatgtctgtagcaaatgaacacctactgtggggctcacaggaatc
cttaatctcactatcccctgcattgtcaaagataaagaacaaatacgttt
aaaacctagaacaggaaccttaaagcagagaatgaaagtcatgtaagttg
tcacacgtcaggaaggggctagacatacaatcagaaatatttgagtccca
agaactaagctggaacactgctgtctgcctggaaaagcctgatttctgat
tgacttctcaaaccgacagaaacaaccagcctcccgagctgtctaggggc
agagcgagaacacccctttccagggaagtggcaacacgtgttgtttgcgc
caaacagcacctgttttaaatcgaaacatcgttatttcactaaaatagat
tattttaacaggtgactatatactaatgcaaaccctgctgtttgcataat
gtttatagaccttcttacacatgttatattagcttgttttgattaatcct
ggcaataatcctgatcactatcttctatgggaagaaacagcacccacaag
ctcttaatttgcattttagttacatagcttataagcagcgacactatata
ggaccttgatttgttggattctagaatctgcactcttaactgctgtgaga
gtctagactctaacagtcctggtgaaagtcagacacttgacatcgctaga
aaaaggctggcctcagttcggcaagaatggtacaggttgtacggtttgaa
gcctcaagcatg
gaattccagttgagaaaatgctcctggcagactggcctgtggtgcatgct
cttgattgatgactgatgtgggcaaacccaactcactgtgggcagtgcca
tccctgggttgttggaactgggctccataagaaaggaggttgagcaagcc
agtaaaagcagctctcctccatggcctctgcgtcagctcctgcctccagg
ttcctgtcctgtttgactttgtgccttcctttccctcagtggaccatgac
ccaggatatataaatcaaataaacacttccctcaccaacatgcctttggc
cattgtgattttttttttttttttttttttttgccaagacagggttttat
tatgtagccttggctgtccttgaactcactctggagatcaggctggccta
agactcagagatctgctctgcctactgagttctgggataaaaggtgtgtg
gtaccaacagcctggtcatggtgttttatcacagtaatagaaatctaaac
taagacagttactcacctaatagattccgggcagaaaagagaggcaggaa
agcaactgaggaaagatataaatttccagcacatgatcccagtgacccat
gccaagttcaccctctctgcctcacagtgatgctatcataatatgaactc
acccagggattcatccaccaagtgacttacagcctgcaggcatcggccac
ttcccaatggggaccaaacctttagcacaccaaggagctttttagggact
attttatagcagatcataaatattctgctctcaagggctctcataaagca
aaacaggtcttctgagggaggtgtcacttataccattgttaactggcctc
aaattggtatgtacaccaaagcagtctcaaatttactgcaatctctctgc
tcaggtctcccgggggaataacagagtctactacaatgaaacaaaaggtc
attgtattgggcctgtagat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_97181784_97182955
seq2: B6Ng01-266D12.b_46_1207

seq1  GAATTCATGCCAATTCTTTGATGCTACAAAGAGGAAAACTGTCATCTAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGCCAATTCTTTGATGCTACAAAGAGGAAAACTGTCATCTAGG  50

seq1  AAAACTTCCTATCTTGATCCTCCTGCTACAAGGCTAAATATGTCTTGTGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTTCCTATCTTGATCCTCCTGCTACAAGGCTAAATATGTCTTGTGT  100

seq1  GTTGGTCGTAGACGAAGAACTGCACTGTGTACATCCATGATGACTCCATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGTCGTAGACGAAGAACTGCACTGTGTACATCCATGATGACTCCATG  150

seq1  TTTGAGCCTGAGGAGCAGTTCAGGGTCTACCTTGGCCATCCTCTTGGAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAGCCTGAGGAGCAGTTCAGGGTCTACCTTGGCCATCCTCTTGGAAA  200

seq1  TCACTGGAGTGGAGCCAGAATTGGGAAGAACAGTGTGGCCACTGTCACCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGGAGTGGAGCCAGAATTGGGAAGAACAGTGTGGCCACTGTCACCA  250

seq1  TATCCAACGACGAAGATGGTAACAGAAGAGAAAGCCTTTTGGTTTTGCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCAACGACGAAGATGGTAACAGAAGAGAAAGCCTTTTGGTTTTGCTT  300

seq1  CGGTGGCCGGGACATTAACTGAGAGCTTATCAGTAATATCAGTGTCTTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGTGGCCGGGACATTAACTGAGAGCTTATCAGTAATATCAGTGTCTTGG  350

seq1  AAGGGAAAGTGCTACAGGAGTTCCTAGTTAGGTCAACCTCTGAATATTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGAAAGTGCTACAGGAGTTCCTAGTTAGGTCAACCTCTGAATATTTA  400

seq1  TCTAGAATGTCTGTAGCAAATGAACACCTACTGTGGGGCTCACAGGAATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGAATGTCTGTAGCAAATGAACACCTACTGTGGGGCTCACAGGAATC  450

seq1  CTTAATCTCACTATCCCCTGCATTGTCAAAGATAAAGAACAAATACGTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAATCTCACTATCCCCTGCATTGTCAAAGATAAAGAACAAATACGTTT  500

seq1  AAAACCTAGAACAGGAACCTTAAAGCAGAGAATGAAAGTCATGTAAGTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACCTAGAACAGGAACCTTAAAGCAGAGAATGAAAGTCATGTAAGTTG  550

seq1  TCACACGTCAGGAAGGGGCTAGACATACAATCAGAAATATTTGAGTCCCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACACGTCAGGAAGGGGCTAGACATACAATCAGAAATATTTGAGTCCCA  600

seq1  AGAACTAAGCTGGAACACTGCTGTCTGCCTGGAAAAGCCTGATTTCTGAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACTAAGCTGGAACACTGCTGTCTGCCTGGAAAAGCCTGATTTCTGAT  650

seq1  TGACTTCTCAAACCGACAGAAACAACCAGCCTCCCGAGCTGTCTAGGGGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTTCTCAAACCGACAGAAACAACCAGCCTCCCGAGCTGTCTAGGGGC  700

seq1  AGAGCGAGAACACCCCTTTCCAGGGAAGTGGCAACACGTGTTGTTTGCGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCGAGAACACCCCTTTCCAGGGAAGTGGCAACACGTGTTGTTTGCGC  750

seq1  CAAACAGCACCTGTTTTAAATCGAAACATCGTTATTTCACTAAAATAGAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACAGCACCTGTTTTAAATCGAAACATCGTTATTTCACTAAAATAGAT  800

seq1  TATTTTAACAGGTGACTATATACTAATGCAAACCCTGCTGTTTGCATAAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTAACAGGTGACTATATACTAATGCAAACCCTGCTGTTTGCATAAT  850

seq1  GTTTATAGACCTTCTTACACATGTTATATTAGCTTGTTTTGATTAATCCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTATAGACCTTCTTACACATGTTATATTAGCTTGTTTTGATTAATCCT  900

seq1  GGCAATAATCCTGATCACTATCTTCTATGGGAAGAAACAGCACCCACAAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GGCAATAATCCTGATCACTATCTTCTATGGGAAGAAACAGCACCCAC-AA  949

seq1  GCTCTTAATTTGCATTTTAGTTACATAGC-TATAAGCAGCGACACTATAT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTTAATTTGCATTTTAGTTACATAGCTTATAAGCAGCGACACTATAT  999

seq1  AGGGACCTTGATTTGTTGGATTCTAGAATCTGCACTCTTAACTGCTGTGA  1049
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  A-GGACCTTGATTTGTTGGATTCTAGAATCTGCACTCTTAACTGCTGTGA  1048

seq1  GAGTCCTAAGACTCCTACAGTTCCTGGTGAAAAGTCAGGAACCAACTTGG  1099
      |||||   ||||||  |||| |||||||| ||||||||  ||  |||| |
seq2  GAGTC--TAGACTCTAACAG-TCCTGGTG-AAAGTCAG--AC--ACTT-G  1089

seq1  ACATCGCTA-AGAAAAGCTGGCCTTCAGTCCGGGAAG-ATAGTACAGTTG  1147
      ||||||||| | ||| ||||||| ||||| ||| ||| || |||||| | 
seq2  ACATCGCTAGAAAAAGGCTGGCC-TCAGTTCGGCAAGAATGGTACAGGTT  1138

seq1  GTAAAGTGTTTGAGCCTCAAGCATG  1172
      |||  || ||  |||||||||||||
seq2  GTACGGT-TTGAAGCCTCAAGCATG  1162

seq1: chr5_97311118_97312086
seq2: B6Ng01-266D12.g_76_1038 (reverse)

seq1  ATCTCACAGGCCCATATACAATGGGACCTTTTTGTCTCCATTGTAGTAGA  50
      |||| ||||||||| |||||||  |||| |||||| | ||||||||||||
seq2  ATCT-ACAGGCCCA-ATACAAT--GACC-TTTTGT-TTCATTGTAGTAGA  44

seq1  CTCTGGTAATCCCCCGGGAGACTGAAGCAGGAGGATTGCAGTAAATTTGA  100
      ||||| || |||||||||||||   |||||   |||||||||||||||||
seq2  CTCTGTTATTCCCCCGGGAGACCTGAGCAGAGAGATTGCAGTAAATTTGA  94

seq1  GACTGCCTTGGTGTACATACCAAATTTGAGGCCAGTTAACAAT-GTAT-A  148
      |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |
seq2  GACTGCTTTGGTGTACATACC-AATTTGAGGCCAGTTAACAATGGTATAA  143

seq1  GTGACACCCTCCCTCAGAAGACCTGTTTTGCCTTATGAGAGCCCTTGAGA  198
      |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GTGACA-CCTCCCTCAGAAGACCTGTTTTGCTTTATGAGAGCCCTTGAGA  192

seq1  GCAGAATATTTATGATCTGCTTATAAAATAGTCCCTAAAAAGCTCC-TGG  247
      |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GCAGAATATTTATGATCTGC-TATAAAATAGTCCCTAAAAAGCTCCTTGG  241

seq1  TGTGCTAAAGGTTTGGTCCCCATTGGGAAGTGGCCGATGCCTGCAGGCTG  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCTAAAGGTTTGGTCCCCATTGGGAAGTGGCCGATGCCTGCAGGCTG  291

seq1  TAAGTCACTTGGTGGATGAATCCCTGGGTGAGTTCATATTATGATAGCAT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTCACTTGGTGGATGAATCCCTGGGTGAGTTCATATTATGATAGCAT  341

seq1  CACTGTGAGGCAGAGAGGGTGAACTTGGCATGGGTCACTGGGATCATGTG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGTGAGGCAGAGAGGGTGAACTTGGCATGGGTCACTGGGATCATGTG  391

seq1  CTGGAAATTTATATCTTTCCTCAGTTGCTTTCCTGCCTCTCTTTTCTGCC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAAATTTATATCTTTCCTCAGTTGCTTTCCTGCCTCTCTTTTCTGCC  441

seq1  CGGAATCTATTAGGTGAGTAACTGTCTTAGTTTAGATTTCTATTACTGTG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGAATCTATTAGGTGAGTAACTGTCTTAGTTTAGATTTCTATTACTGTG  491

seq1  ATAAAACACCATGACCAGGCTGTTGGTACCACACACCTTTTATCCCAGAA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAACACCATGACCAGGCTGTTGGTACCACACACCTTTTATCCCAGAA  541

seq1  CTCAGTAGGCAGAGCAGATCTCTGAGTCTTAGGCCAGCCTGATCTCCAGA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGTAGGCAGAGCAGATCTCTGAGTCTTAGGCCAGCCTGATCTCCAGA  591

seq1  GTGAGTTCAAGGACAGCCAAGGCTACATAATAAAACCCTGTCTTGGCAAA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGTTCAAGGACAGCCAAGGCTACATAATAAAACCCTGTCTTGGCAAA  641

seq1  AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATCACAATGGCCAAAGGCATGTTGGTGAGG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATCACAATGGCCAAAGGCATGTTGGTGAGG  691

seq1  GAAGTGTTTATTTGATTTATATATCCTGGGTCATGGTCCACTGAGGGAAA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTGTTTATTTGATTTATATATCCTGGGTCATGGTCCACTGAGGGAAA  741

seq1  GGAAGGCACAAAGTCAAACAGGACAGGAACCTGGAGGCAGGAGCTGACGC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGGCACAAAGTCAAACAGGACAGGAACCTGGAGGCAGGAGCTGACGC  791

seq1  AGAGGCCATGGAGGAGAGCTGCTTTTACTGGCTTGCTCAACCTCCTTTCT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGCCATGGAGGAGAGCTGCTTTTACTGGCTTGCTCAACCTCCTTTCT  841

seq1  TATGGAGCCCAGTTCCAACAACCCAGGGATGGCACTGCCCACAGTGAGTT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGAGCCCAGTTCCAACAACCCAGGGATGGCACTGCCCACAGTGAGTT  891

seq1  GGGTTTGCCCACATCAGTCATCAATCAAGAGCATGCACCACAGGCCAGTC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTTGCCCACATCAGTCATCAATCAAGAGCATGCACCACAGGCCAGTC  941

seq1  TGCCAGGAGCATTTTCTCAACT  969
      ||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAGGAGCATTTTCTCAACT  963