BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-266I18
Chromosome5 (Build37)
Map Location 15,751,681 - 15,879,233
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCacna2d1
Upstream genePclo, ENSMUSG00000033219, LOC624245, Speer8-ps1, Speer4c, Speer4d, 4930572O03Rik, Speer7-ps1, 4930519H02Rik, LOC100041781
Downstream geneLOC668121, Hgf, EG668131, LOC626390, LOC668142, LOC100041749
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-266I18.bB6Ng01-266I18.g
ACCGA069917GA069918
length1,197249
definitionB6Ng01-266I18.b B6Ng01-266I18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(15,878,040 - 15,879,233)(15,751,681 - 15,751,929)
sequence
gaattcttttctgctactcaacaccaatgcaggacttgttttgcctttgt
ttacgtgacaaagtgcactgagctacatgagtatagtcacaattaactaa
ggaaaaacagtttaaaagctttttaaaatgatcttttctatagttttgtt
tctgggaataacaagactatactatttttgtcaacagtatttgcagaaaa
aatgtgaaatttaatatagtaattttgatgggatgagtgttactctcatt
aaaacaatgtgaaagcacaaatattcatatctgtcatgaaagcaaatttt
agtcagagggtgtgtttgtggccaatttgttaccatgcatatagttttaa
tgatgtagaactcaaaccaaacacggctctgccaagggatgccgagttca
acagtgattcatataacaataatttcattggtgttaagacactctgcaag
tgacattagccatgaaatacacagtcaatacactttaaacataacttaag
gtaggtcgttgtttaccagaagcaattcaatgtttttatgtatatcactt
ctatgtacaaactagcagttcccttcttcaacatgtgcatgatttaaaat
agcctagctaaaggtaataagatatttgaagtaattaaccaacagcatga
cttaaacatattttctctacctttacaccacctccttattttctaaaatg
tgagcagcagttataaatagattaaaaaatgacaatgcattagaagtggt
gactgatgtcatttcttaggacaatagttggcagagtcactccaattgtc
cttccatcccttatcagtttaagcaaaatattaacttacaaaatgtacac
aaatgtactcaggataccatggtggtatgaaggaattacaatggatgcaa
agctataaacaaaacaataaaacgatgttaaagtgttgactgtatcgttg
atatgtggaacatattaaagtaagctggagagtgtaaataactcagatgg
aaaaatgatatatatgaaaattcagcatatgcacacaccaatacttggca
ttgtttactaaaagaaaagaaaattcatttaccataaaaaaatatattgt
aatacttcagcttacagtaaagtaacctctccctaggaacacatttcaat
tgctttaacccattcttcaaatacctgttaattcctgagaatatttt
tgtgcaactagatgattatgggatgccttttttttaaacttgcttttgga
gtatcagtaaaagactggggtaagagaaagacaagtgagcatgagaagag
catgtgaagagtgagtgaggagagaatgtgaagagtgagtgaggagagaa
tgtgatgggtagagagagaatgtgaggcatgtatgaagagtgtgtgagtg
aaagaagagtacatgtggtgtgtatgtgatatgtgtgtgaagtgtgtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_15878040_15879233
seq2: B6Ng01-266I18.b_44_1240 (reverse)

seq1  AAAATTATTTTCAGGAATAAACA-GTATTTGAAGAATGGGTAAAAACAAT  49
       ||| |||| |||||||| |||| ||||||||||||||||| ||| ||||
seq2  -AAAATATTCTCAGGAATTAACAGGTATTTGAAGAATGGGTTAAAGCAAT  49

seq1  --GAATGTGT--CTAGGGAGA-GTAATTTTACTGTAAGCTGAAAGTA-TA  93
         |||||||  ||||||||| || | |||||||||||||| ||||| ||
seq2  TGAAATGTGTTCCTAGGGAGAGGTTACTTTACTGTAAGCTG-AAGTATTA  98

seq1  C-ATATA-TTTTTTATGGTAAATGAAATTTTCTTTTCTTTTTAGTTAAAC  141
      | ||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||  
seq2  CAATATATTTTTTTATGGTAAATG-AATTTTCTTTTC-TTTTAGTAAACA  146

seq1  ATGCCAAGTATTGGTGTGTGCATATGCTGGAAATTTTCATATATATCATT  191
      |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||
seq2  ATGCCAAGTATTGGTGTGTGCATATGCTG--AATTTTCATATATATCATT  194

seq1  TTTCCATCTGAGTTATTTACACTCTCCAGCTTACTTTAATATGTTCCACA  241
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCATCTGAGTTATTTACACTCTCCAGCTTACTTTAATATGTTCCACA  244

seq1  TATCAACGATACAGTCAACACTTTAACATCGTTTTATTGTTTTGTTTATA  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAACGATACAGTCAACACTTTAACATCGTTTTATTGTTTTGTTTATA  294

seq1  GCTTTGCATCCATTGTAATTCCTTCATACCACCATGGTATCCTGAGTACA  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTGCATCCATTGTAATTCCTTCATACCACCATGGTATCCTGAGTACA  344

seq1  TTTGTGTACATTTTGTAAGTTAATATTTTGCTTAAACTGATAAGGGATGG  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGTACATTTTGTAAGTTAATATTTTGCTTAAACTGATAAGGGATGG  394

seq1  AAGGACAATTGGAGTGACTCTGCCAACTATTGTCCTAAGAAATGACATCA  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGACAATTGGAGTGACTCTGCCAACTATTGTCCTAAGAAATGACATCA  444

seq1  GTCACCACTTCTAATGCATTGTCATTTTTTAATCTATTTATAACTGCTGC  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACCACTTCTAATGCATTGTCATTTTTTAATCTATTTATAACTGCTGC  494

seq1  TCACATTTTAGAAAATAAGGAGGTGGTGTAAAGGTAGAGAAAATATGTTT  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATTTTAGAAAATAAGGAGGTGGTGTAAAGGTAGAGAAAATATGTTT  544

seq1  AAGTCATGCTGTTGGTTAATTACTTCAAATATCTTATTACCTTTAGCTAG  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCATGCTGTTGGTTAATTACTTCAAATATCTTATTACCTTTAGCTAG  594

seq1  GCTATTTTAAATCATGCACATGTTGAAGAAGGGAACTGCTAGTTTGTACA  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATTTTAAATCATGCACATGTTGAAGAAGGGAACTGCTAGTTTGTACA  644

seq1  TAGAAGTGATATACATAAAAACATTGAATTGCTTCTGGTAAACAACGACC  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAGTGATATACATAAAAACATTGAATTGCTTCTGGTAAACAACGACC  694

seq1  TACCTTAAGTTATGTTTAAAGTGTATTGACTGTGTATTTCATGGCTAATG  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTTAAGTTATGTTTAAAGTGTATTGACTGTGTATTTCATGGCTAATG  744

seq1  TCACTTGCAGAGTGTCTTAACACCAATGAAATTATTGTTATATGAATCAC  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTTGCAGAGTGTCTTAACACCAATGAAATTATTGTTATATGAATCAC  794

seq1  TGTTGAACTCGGCATCCCTTGGCAGAGCCGTGTTTGGTTTGAGTTCTACA  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGAACTCGGCATCCCTTGGCAGAGCCGTGTTTGGTTTGAGTTCTACA  844

seq1  TCATTAAAACTATATGCATGGTAACAAATTGGCCACAAACACACCCTCTG  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTAAAACTATATGCATGGTAACAAATTGGCCACAAACACACCCTCTG  894

seq1  ACTAAAATTTGCTTTCATGACAGATATGAATATTTGTGCTTTCACATTGT  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAAATTTGCTTTCATGACAGATATGAATATTTGTGCTTTCACATTGT  944

seq1  TTTAATGAGAGTAACACTCATCCCATCAAAATTACTATATTAAATTTCAC  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATGAGAGTAACACTCATCCCATCAAAATTACTATATTAAATTTCAC  994

seq1  ATTTTTTCTGCAAATACTGTTGACAAAAATAGTATAGTCTTGTTATTCCC  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTTCTGCAAATACTGTTGACAAAAATAGTATAGTCTTGTTATTCCC  1044

seq1  AGAAACAAAACTATAGAAAAGATCATTTTAAAAAGCTTTTAAACTGTTTT  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACAAAACTATAGAAAAGATCATTTTAAAAAGCTTTTAAACTGTTTT  1094

seq1  TCCTTAGTTAATTGTGACTATACTCATGTAGCTCAGTGCACTTTGTCACG  1141
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTAGTTAATTGTGACTATACTCATGTAGCTCAGTGCACTTTGTCACG  1144

seq1  TAAACAAAGGCAAAACAAGTCCTGCATTGGTGTTGAGTAGCAGAAAAGAA  1191
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACAAAGGCAAAACAAGTCCTGCATTGGTGTTGAGTAGCAGAAAAGAA  1194

seq1  TTC  1194
      |||
seq2  TTC  1197

seq1: chr5_15751681_15751929
seq2: B6Ng01-266I18.g_74_322

seq1  TGTGCAACTAGATGATTATGGGATGCCTTTTTTTTAAACTTGCTTTTGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCAACTAGATGATTATGGGATGCCTTTTTTTTAAACTTGCTTTTGGA  50

seq1  GTATCAGTAAAAGACTGGGGTAAGAGAAAGACAAGTGAGCATGAGAAGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCAGTAAAAGACTGGGGTAAGAGAAAGACAAGTGAGCATGAGAAGAG  100

seq1  CATGTGAAGAGTGAGTGAGGAGAGAATGTGAAGAGTGAGTGAGGAGAGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGAAGAGTGAGTGAGGAGAGAATGTGAAGAGTGAGTGAGGAGAGAA  150

seq1  TGTGATGGGTAGAGAGAGAATGTGAGGCATGTATGAAGAGTGTGTGAGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGATGGGTAGAGAGAGAATGTGAGGCATGTATGAAGAGTGTGTGAGTG  200

seq1  AAAGAAGAGTACATGTGGTGTGTATGTGATATGTGTGTGAAGTGTGTGT  249
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAGAGTACATGTGGTGTGTATGTGATATGTGTGTGAAGTGTGTGT  249