BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-268G03
Chromosome5 (Build37)
Map Location 85,232,186 - 85,384,756
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC231368, Epha5, LOC100039489
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-268G03.bB6Ng01-268G03.g
ACCGA071253GA071254
length6931,146
definitionB6Ng01-268G03.b B6Ng01-268G03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(85,232,186 - 85,232,878)(85,383,601 - 85,384,756)
sequence
gaattcatggaattcttaggcaaattgatggaactagcaaatatcatcct
gagtgaggtaacccagtcttgaaagaacacacattgtatgcactcactga
tatgtggacattagcccagaagcttggaaaatgaagataccattcataga
ccaagtgaatatgatacagcaaagacagataagtcagtatatcccatcat
atcgctccctcatgcagatattttacccatctcttatcttattacagaat
tacagtgtgtgattaaaatgcaacatcaatggtattggagggacatgaat
agtcaacactgaaatagtgtttgagcatggatatctttttctttttgttt
gttttgttgtgttttgttttttagagacagggtttctctgtatagccctg
gctgtcctggaactcactttgtagtccaggctggccttgaactcagaaat
cctccttcctctgcttcccaagtgctgggattaaaggtgtgtgccaccat
tgctcagctcgagcatggatattttaacaaacaaaccatttatccccgga
gctcttgactctagctgcatatgtatcaaaagatggcctagtcggccatc
actggaaagagaggcccattggacaaacaaactttatatgtacagggggg
aatgccagggccaaaaaaatgggaatgggtgggtagggaagtc

gaattctttgtttcgctctgtaacccattttaataggggtttttggttct
ctggagactaacttcttgagttctttgtatattttaaatattagtcctct
atcagatataagattggtaaacatcttttccttatatgtgggttgccatt
ttgtcctattgacaacatcctttgccttacagaagattttcaatcttatg
aggtctcatttgtcaattgttgatcttagtccatgagccattggtgtttt
gttcaggaagatttttccttgtgctgatgtgtttgaggctctttcccact
ttctttattagattcagtgtatctggttttatgtggaggtccttgatcca
cttagatttgagctttggacaaggagataaaaatggaacaatttgcattc
tactacatgccatttatacaatcactgggcagggttcaccatgaacattt
tatacagtttttatataaaaatcatatgaacagcaaagataattaacatg
ctatgtctttgtaaagttaattaattttgtagatgtgtaaactattctac
ctattctactcagataattttgctttgcagattagtgccaatctgaagag
tacttttactaagttaatataaagaagttttaccatcacttctaaattat
tggttcatctagaactcataggactataaggttactataataaaataatc
atttttattgttgttaggctaaggaaatgactcaatctattaaaaattgt
tctatagttgttacactatatcagaaaaaacaataatgctcacagtatca
gattatattttcctttccatgtattcatgaaatagttttagctttcttca
agatttataattgtctgattactggtaattattttaatgtctttctgtgc
tcataccattaatgttttgaaaacaagtctgtatcttttaaacaatctgt
atttttctgcctacaatatgataaacaacattacatgtgttcagtgaatt
ttctttcacactttactgtagtagctttgttcaaataatttgctgttttc
ttttttatcagctagcttcaatatttgagactggacttgtttggatttat
atagcacaccttagcacaatactgatcaggatacctgtattaatcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_85232186_85232878
seq2: B6Ng01-268G03.b_45_737

seq1  GAATTCATGGAATTCTTAGGCAAATTGATGGAACTAGCAAATATCATCCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGGAATTCTTAGGCAAATTGATGGAACTAGCAAATATCATCCT  50

seq1  GAGTGAGGTAACCCAGTCTTGAAAGAACACACATTGTATGCACTCACTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGAGGTAACCCAGTCTTGAAAGAACACACATTGTATGCACTCACTGA  100

seq1  TATGTGGACATTAGCCCAGAAGCTTGGAAAATGAAGATACCATTCATAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGGACATTAGCCCAGAAGCTTGGAAAATGAAGATACCATTCATAGA  150

seq1  CCAAGTGAATATGATACAGCAAAGACAGATAAGTCAGTATATCCCATCAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGTGAATATGATACAGCAAAGACAGATAAGTCAGTATATCCCATCAT  200

seq1  ATCGCTCCCTCATGCAGATATTTTACCCATCTCTTATCTTATTACAGAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCGCTCCCTCATGCAGATATTTTACCCATCTCTTATCTTATTACAGAAT  250

seq1  TACAGTGTGTGATTAAAATGCAACATCAATGGTATTGGAGGGACATGAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGTGTGTGATTAAAATGCAACATCAATGGTATTGGAGGGACATGAAT  300

seq1  AGTCAACACTGAAATAGTGTTTGAGCATGGATATCTTTTTCTTTTTGTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAACACTGAAATAGTGTTTGAGCATGGATATCTTTTTCTTTTTGTTT  350

seq1  GTTTTGTTGTGTTTTGTTTTTTAGAGACAGGGTTTCTCTGTATAGCCCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGTTGTGTTTTGTTTTTTAGAGACAGGGTTTCTCTGTATAGCCCTG  400

seq1  GCTGTCCTGGAACTCACTTTGTAGTCCAGGCTGGCCTTGAACTCAGAAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTCCTGGAACTCACTTTGTAGTCCAGGCTGGCCTTGAACTCAGAAAT  450

seq1  CCTCCTTCCTCTGCTTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGTGTGTGCCACCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTTCCTCTGCTTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGTGTGTGCCACCAT  500

seq1  TGCTCAGCTCGAGCATGGATATTTTAACAAACAAACCATTTATCCCCGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCAGCTCGAGCATGGATATTTTAACAAACAAACCATTTATCCCCGGA  550

seq1  GCTCTTGACTCTAGCTGCATATGTATCAAAAGATGGCCTAGTCGGCCATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTTGACTCTAGCTGCATATGTATCAAAAGATGGCCTAGTCGGCCATC  600

seq1  ACTGGAAAGAGAGGCCCATTGGACAAACAAACTTTATATGTACAGGGGGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGAAAGAGAGGCCCATTGGACAAACAAACTTTATATGTACAGGGGGG  650

seq1  AATGCCAGGGCCAAAAAAATGGGAATGGGTGGGTAGGGAAGTC  693
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCCAGGGCCAAAAAAATGGGAATGGGTGGGTAGGGAAGTC  693


seq1: chr5_85383601_85384756
seq2: B6Ng01-268G03.g_64_1209 (reverse)

seq1  GGATTAAAATACAGTAATACTGATCAGTTATTGTGCCCTTAAGGTGTGCT  50
      |||||  |||||||  || |||||||| ||||||||   |||||||||||
seq2  GGATT--AATACAGGTATCCTGATCAG-TATTGTGC---TAAGGTGTGCT  44

seq1  ATATAAATCCAA--CAGTCCAGTCTCAAATATTGGAAGCTAGCTGGATAA  98
      ||||||||||||   |||||||||||||||||| |||||||||||   ||
seq2  ATATAAATCCAAACAAGTCCAGTCTCAAATATT-GAAGCTAGCTGATAAA  93

seq1  AAAGAAAACAGCAAAATTTATTTGAACAAAGCTACTAACAGTAAGGTGTT  148
      |||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||| ||| |
seq2  AAAGAAAACAGCAAA--TTATTTGAACAAAGCTACT-ACAGTAAAGTG-T  139

seq1  GAAAGAAAATTCACTGAACACATGTAATG-TGTTTATCATTATTGTAGGC  197
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||
seq2  GAAAGAAAATTCACTGAACACATGTAATGTTGTTTATCA-TATTGTAGGC  188

seq1  AGAAAAATACAGATTTGTTTAAAAGATACAGACTTGTTTTCAAAACATTA  247
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAATACAGA-TTGTTTAAAAGATACAGACTTGTTTTCAAAACATTA  237

seq1  ATGGTATGAGCACAGAAAGACATTAAAATAATTACCAGTAATCAGACAAT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTATGAGCACAGAAAGACATTAAAATAATTACCAGTAATCAGACAAT  287

seq1  TATAAATCTTGAAGAAAGCTAAAACTATTTCATGAATACATGGAAAGGAA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAATCTTGAAGAAAGCTAAAACTATTTCATGAATACATGGAAAGGAA  337

seq1  AATATAATCTGATACTGTGAGCATTATTGTTTTTTCTGATATAGTGTAAC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATAATCTGATACTGTGAGCATTATTGTTTTTTCTGATATAGTGTAAC  387

seq1  AACTATAGAACAATTTTTAATAGATTGAGTCATTTCCTTAGCCTAACAAC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTATAGAACAATTTTTAATAGATTGAGTCATTTCCTTAGCCTAACAAC  437

seq1  AATAAAAATGATTATTTTATTATAGTAACCTTATAGTCCTATGAGTTCTA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAAATGATTATTTTATTATAGTAACCTTATAGTCCTATGAGTTCTA  487

seq1  GATGAACCAATAATTTAGAAGTGATGGTAAAACTTCTTTATATTAACTTA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAACCAATAATTTAGAAGTGATGGTAAAACTTCTTTATATTAACTTA  537

seq1  GTAAAAGTACTCTTCAGATTGGCACTAATCTGCAAAGCAAAATTATCTGA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAAGTACTCTTCAGATTGGCACTAATCTGCAAAGCAAAATTATCTGA  587

seq1  GTAGAATAGGTAGAATAGTTTACACATCTACAAAATTAATTAACTTTACA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAATAGGTAGAATAGTTTACACATCTACAAAATTAATTAACTTTACA  637

seq1  AAGACATAGCATGTTAATTATCTTTGCTGTTCATATGATTTTTATATAAA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACATAGCATGTTAATTATCTTTGCTGTTCATATGATTTTTATATAAA  687

seq1  AACTGTATAAAATGTTCATGGTGAACCCTGCCCAGTGATTGTATAAATGG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGTATAAAATGTTCATGGTGAACCCTGCCCAGTGATTGTATAAATGG  737

seq1  CATGTAGTAGAATGCAAATTGTTCCATTTTTATCTCCTTGTCCAAAGCTC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTAGTAGAATGCAAATTGTTCCATTTTTATCTCCTTGTCCAAAGCTC  787

seq1  AAATCTAAGTGGATCAAGGACCTCCACATAAAACCAGATACACTGAATCT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTAAGTGGATCAAGGACCTCCACATAAAACCAGATACACTGAATCT  837

seq1  AATAAAGAAAGTGGGAAAGAGCCTCAAACACATCAGCACAAGGAAAAATC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAGAAAGTGGGAAAGAGCCTCAAACACATCAGCACAAGGAAAAATC  887

seq1  TTCCTGAACAAAACACCAATGGCTCATGGACTAAGATCAACAATTGACAA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGAACAAAACACCAATGGCTCATGGACTAAGATCAACAATTGACAA  937

seq1  ATGAGACCTCATAAGATTGAAAATCTTCTGTAAGGCAAAGGATGTTGTCA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGACCTCATAAGATTGAAAATCTTCTGTAAGGCAAAGGATGTTGTCA  987

seq1  ATAGGACAAAATGGCAACCCACATATAAGGAAAAGATGTTTACCAATCTT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGACAAAATGGCAACCCACATATAAGGAAAAGATGTTTACCAATCTT  1037

seq1  ATATCTGATAGAGGACTAATATTTAAAATATACAAAGAACTCAAGAAGTT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCTGATAGAGGACTAATATTTAAAATATACAAAGAACTCAAGAAGTT  1087

seq1  AGTCTCCAGAGAACCAAAAACCCCTATTAAAATGGGTTACAGAGCGAAAC  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTCCAGAGAACCAAAAACCCCTATTAAAATGGGTTACAGAGCGAAAC  1137

seq1  AAAGAATTC  1156
      |||||||||
seq2  AAAGAATTC  1146


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |