BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-268H04
Chromosome5 (Build37)
Map Location 127,265,225 - 127,388,267
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040327
Upstream geneTmem132b, EG231736, LOC100039178, LOC665760
Downstream geneTmem132c, Slc15a4, Glt1d1, Tmem132d
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-268H04.bB6Ng01-268H04.g
ACCGA071301GA071302
length1,0851,089
definitionB6Ng01-268H04.b B6Ng01-268H04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(127,265,225 - 127,266,308)(127,387,180 - 127,388,267)
sequence
gaattctactaaatgtgtatggcatcaaacttctctctaaatttgtatct
ctatactagtagggtaagtctcagactcggtcataaagtgggaccttggc
actgctggtggtaatgtttcaagatgatggctctggtcccacctgggctg
gtctttgctaaaacaccaaatgcctaaatcccaacatttctcaaaagtcc
ttaacagatttctgtatgttcccgactacaaatatgtgcccccctcctct
gcctggaaagtcaccatactaacacccctggctgttccagtcctgtcatt
tatctgtataaaagtcagcaaacttttgtgcccagctgctgttctttatc
ctctgaggaagcccagcagtttgtcttcgataaactacttttctctctgt
ggagtggccttgttcagtagtttcttgctgtgcctgcttacacaaacctc
atcagagaagtccctttgtgcagtggacagaggttaacacagaaacaact
ggccaaagtgcagagaataagtacatgtggagtgttttgacctaaatagc
atatctgtaacacacacacacaccacaaacacacatacagcatataaaca
catacatcataaaagcatatgccatatatatgccacacaaatacatatat
accatacacacactacacaaatacacacacatgcacacataccacaaaca
cacatactatataaacacacacacatgcatacctaccacaacacacaaac
catataaatacaaatacatatatatcatatacacaccacacaaacatata
ctcacaaacacatactcatatcacacaaacatacacacatcacataaaca
tatactcacacacaaacacacacatcacacaaacatgcatagacacacac
cacagaaacatacacactacacaaatatacacaccacactaacacacaca
caaatacacacagcctacatatacaccatagacacaccacacaaacacac
atggcacacatatacatatatgcaaacacacatatatatatcacacacac
cacataaacacacaaaccccttcatacacacacac

gaattcagggaggaatacagaatttgctattgttacggtaacagatctcc
ataaaggttaagagttaagatagcttaagccacatatggatttacaacct
ttcaagtctctgaaggtcagaagtcctgagggcatggtgaaggctgagat
gttgccttctggggacttacaggtagaacttactcccttgcctcttccag
gttgagacaaggaagtggttccttgtatgagagaaatggttcaacctctg
tttttgccttcccagtttcctctgactcactctcctggaactctctcatt
ctgagcttatgactattatggccccactctagtactccagggggtctcct
ctttccaatgtccttggattaaggacatctatgaagcccaatctcccatg
cagaatgatgctctcaaatgctttgaagttaggttttggacatctttaag
gcatataccgttccaagcccctctctctcaaacttacccctccttccagc
tccaaatgagcagcagtgacttcacccaacacatctttaattatagaaaa
cagctccaattctgataaatcccccaagtcatggcagccttgattggcat
ttttttaaacttgcctattaagcaaatgcacattttaaaaaagagaaata
aacagatgtctctcattagcaaaataagggattttatttttcttcaactt
tttccccctcaatgctcatccataaatgagataaaatgcaggcttgagct
aaataatgagttctttaaatttctagacgtggtaactatggagttgagat
aaaggacacagcagcgtggctagactcaaggagagaacacagctgtctct
cttcacttgttctgggaacatgtgaccttccagcaccttgtcccaatgac
aggactttcccaaggaagacaagagtgatctgacaaggcacagacatggg
ccttgatttcatcttttcatgagatcttcacctgactttccagtcttggg
gaaacatgcagtgacccctctcatctcatcttgctggctgaagacccttc
tagtctttgcagagagtttagtaatgttgatggaagggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_127265225_127266308
seq2: B6Ng01-268H04.b_48_1132

seq1  GAATTCTACTAAATGTGTATGGCATCAAACTTCTCTCTAAATTTGTATCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTACTAAATGTGTATGGCATCAAACTTCTCTCTAAATTTGTATCT  50

seq1  CTATACTAGTAGGGTAAGTCTCAGACTCGGTCATAAAGTGGGACCTTGGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATACTAGTAGGGTAAGTCTCAGACTCGGTCATAAAGTGGGACCTTGGC  100

seq1  ACTGCTGGTGGTAATGTTTCAAGATGATGGCTCTGGTCCCACCTGGGCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTGGTGGTAATGTTTCAAGATGATGGCTCTGGTCCCACCTGGGCTG  150

seq1  GTCTTTGCTAAAACACCAAATGCCTAAATCCCAACATTTCTCAAAAGTCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTTGCTAAAACACCAAATGCCTAAATCCCAACATTTCTCAAAAGTCC  200

seq1  TTAACAGATTTCTGTATGTTCCCGACTACAAATATGTGCCCCCCTCCTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACAGATTTCTGTATGTTCCCGACTACAAATATGTGCCCCCCTCCTCT  250

seq1  GCCTGGAAAGTCACCATACTAACACCCCTGGCTGTTCCAGTCCTGTCATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGGAAAGTCACCATACTAACACCCCTGGCTGTTCCAGTCCTGTCATT  300

seq1  TATCTGTATAAAAGTCAGCAAACTTTTGTGCCCAGCTGCTGTTCTTTATC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTGTATAAAAGTCAGCAAACTTTTGTGCCCAGCTGCTGTTCTTTATC  350

seq1  CTCTGAGGAAGCCCAGCAGTTTGTCTTCGATAAACTACTTTTCTCTCTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGAGGAAGCCCAGCAGTTTGTCTTCGATAAACTACTTTTCTCTCTGT  400

seq1  GGAGTGGCCTTGTTCAGTAGTTTCTTGCTGTGCCTGCTTACACAAACCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTGGCCTTGTTCAGTAGTTTCTTGCTGTGCCTGCTTACACAAACCTC  450

seq1  ATCAGAGAAGTCCCTTTGTGCAGTGGACAGAGGTTAACACAGAAACAACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGAGAAGTCCCTTTGTGCAGTGGACAGAGGTTAACACAGAAACAACT  500

seq1  GGCCAAAGTGCAGAGAATAAGTACATGTGGAGTGTTTTGACCTAAATAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAAAGTGCAGAGAATAAGTACATGTGGAGTGTTTTGACCTAAATAGC  550

seq1  ATATCTGTAACACACACACACACCACAAACACACATACAGCATATAAACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCTGTAACACACACACACACCACAAACACACATACAGCATATAAACA  600

seq1  CATACATCATAAAAGCATATGCCATATATATGCCACACAAATACATATAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACATCATAAAAGCATATGCCATATATATGCCACACAAATACATATAT  650

seq1  ACCATACACACACTACACAAATACACACACATGCACACATACCACAAACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATACACACACTACACAAATACACACACATGCACACATACCACAAACA  700

seq1  CACATACTATATAAACACACACACATGCATACCTACCACAACACACAAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATACTATATAAACACACACACATGCATACCTACCACAACACACAAAC  750

seq1  CATATAAATACAAATACATATATATCATATACACACCACACAAACATATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATAAATACAAATACATATATATCATATACACACCACACAAACATATA  800

seq1  CTCACAAACACATACTCATATCACACAAACATACACACATCACATAAACA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACAAACACATACTCATATCACACAAACATACACACATCACATAAACA  850

seq1  TATACTCACACACAAACACACACATCACACAAACATGCATAGACACACAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACTCACACACAAACACACACATCACACAAACATGCATAGACACACAC  900

seq1  CACAGAAACATACACACTACACAAATATACACACCACACTAACACACACA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGAAACATACACACTACACAAATATACACACCACACTAACACACACA  950

seq1  CAAATACACACAGCCTACATATACACCATAGACACACCACACAAACACAC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATACACACAGCCTACATATACACCATAGACACACCACACAAACACAC  1000

seq1  ATGGCACACATATACATATATGCAAACACACATATATATATCACACACAC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCACACATATACATATATGCAAACACACATATATATATCACACACAC  1050

seq1  CACATAAACACACAAA-CCCTTCATACACACACAC  1084
      |||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CACATAAACACACAAACCCCTTCATACACACACAC  1085


seq1: chr5_127387180_127388267
seq2: B6Ng01-268H04.g_64_1152 (reverse)

seq1  CCCCTTCCCATC-ACATTACTAAACTCTCTGCAAAGACCTAG-AGGGTCT  48
      |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||
seq2  CCCCTT-CCATCAACATTACTAAACTCTCTGCAAAGA-CTAGAAGGGTCT  48

seq1  TCAGCCAGCAAGATGAGATGAGAGGGGTCACTGCATGTTTCCCCAAGACT  98
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCCAGCAAGATGAGATGAGAGGGGTCACTGCATGTTTCCCCAAGACT  98

seq1  GGAAAGTCAGGTGAAGATCTCATGAAAAGATGAAATCAAGG-CCATGTCT  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GGAAAGTCAGGTGAAGATCTCATGAAAAGATGAAATCAAGGCCCATGTCT  148

seq1  GTGCCTTGTCAGATCACTCTTGTCTTCCTTGGGAAAGTCCTGTCATTGGG  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCTTGTCAGATCACTCTTGTCTTCCTTGGGAAAGTCCTGTCATTGGG  198

seq1  ACAAGGTGCTGGAAGGTCACATGTTCCCAGAACAAGTGAAGAGAGACAGC  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGGTGCTGGAAGGTCACATGTTCCCAGAACAAGTGAAGAGAGACAGC  248

seq1  TGTGTTCTCTCCTTGAGTCTAGCCACGCTGCTGTGTCCTTTATCTCAACT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTCTCTCCTTGAGTCTAGCCACGCTGCTGTGTCCTTTATCTCAACT  298

seq1  CCATAGTTACCACGTCTAGAAATTTAAAGAACTCATTATTTAGCTCAAGC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATAGTTACCACGTCTAGAAATTTAAAGAACTCATTATTTAGCTCAAGC  348

seq1  CTGCATTTTATCTCATTTATGGATGAGCATTGAGGGGGAAAAAGTTGAAG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCATTTTATCTCATTTATGGATGAGCATTGAGGGGGAAAAAGTTGAAG  398

seq1  AAAAATAAAATCCCTTATTTTGCTAATGAGAGACATCTGTTTATTTCTCT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATAAAATCCCTTATTTTGCTAATGAGAGACATCTGTTTATTTCTCT  448

seq1  TTTTTAAAATGTGCATTTGCTTAATAGGCAAGTTTAAAAAAATGCCAATC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTAAAATGTGCATTTGCTTAATAGGCAAGTTTAAAAAAATGCCAATC  498

seq1  AAGGCTGCCATGACTTGGGGGATTTATCAGAATTGGAGCTGTTTTCTATA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCTGCCATGACTTGGGGGATTTATCAGAATTGGAGCTGTTTTCTATA  548

seq1  ATTAAAGATGTGTTGGGTGAAGTCACTGCTGCTCATTTGGAGCTGGAAGG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAAGATGTGTTGGGTGAAGTCACTGCTGCTCATTTGGAGCTGGAAGG  598

seq1  AGGGGTAAGTTTGAGAGAGAGGGGCTTGGAACGGTATATGCCTTAAAGAT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGTAAGTTTGAGAGAGAGGGGCTTGGAACGGTATATGCCTTAAAGAT  648

seq1  GTCCAAAACCTAACTTCAAAGCATTTGAGAGCATCATTCTGCATGGGAGA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCAAAACCTAACTTCAAAGCATTTGAGAGCATCATTCTGCATGGGAGA  698

seq1  TTGGGCTTCATAGATGTCCTTAATCCAAGGACATTGGAAAGAGGAGACCC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGCTTCATAGATGTCCTTAATCCAAGGACATTGGAAAGAGGAGACCC  748

seq1  CCTGGAGTACTAGAGTGGGGCCATAATAGTCATAAGCTCAGAATGAGAGA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGAGTACTAGAGTGGGGCCATAATAGTCATAAGCTCAGAATGAGAGA  798

seq1  GTTCCAGGAGAGTGAGTCAGAGGAAACTGGGAAGGCAAAAACAGAGGTTG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCAGGAGAGTGAGTCAGAGGAAACTGGGAAGGCAAAAACAGAGGTTG  848

seq1  AACCATTTCTCTCATACAAGGAACCACTTCCTTGTCTCAACCTGGAAGAG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCATTTCTCTCATACAAGGAACCACTTCCTTGTCTCAACCTGGAAGAG  898

seq1  GCAAGGGAGTAAGTTCTACCTGTAAGTCCCCAGAAGGCAACATCTCAGCC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGGGAGTAAGTTCTACCTGTAAGTCCCCAGAAGGCAACATCTCAGCC  948

seq1  TTCACCATGCCCTCAGGACTTCTGACCTTCAGAGACTTGAAAGGTTGTAA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACCATGCCCTCAGGACTTCTGACCTTCAGAGACTTGAAAGGTTGTAA  998

seq1  ATCCATATGTGGCTTAAGCTATCTTAACTCTTAACCTTTATGGAGATCTG  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCATATGTGGCTTAAGCTATCTTAACTCTTAACCTTTATGGAGATCTG  1048

seq1  TTACCGTAACAATAGCAAATTCTGTATTCCTCCCTGAATTC  1088
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCGTAACAATAGCAAATTCTGTATTCCTCCCTGAATTC  1089


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |