BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-268J01
Chromosome5 (Build37)
Map Location 113,356,430 - 113,490,768
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAdrbk2, Crybb2
Upstream geneA230057G18Rik, Cryba4, Crybb1, Tpst2, Tfip11, 2810002G02Rik, Hps4, EG625424, Asphd2, Sez6l, EG625464, Myo18b
Downstream geneLOC100042920, Crybb3, 2900026A02Rik, Gm854, Rutbc2, Aym1, C530024P05Rik, Cmklr1, LOC381707, D5Ertd40e, Sart3, LOC100041786, Iscu, Tmem119, Selplg, Coro1c, Ssh1, Dao1, Svop
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-268J01.bB6Ng01-268J01.g
ACCGA071389GA071390
length1,151935
definitionB6Ng01-268J01.b B6Ng01-268J01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(113,489,632 - 113,490,768)(113,356,430 - 113,357,358)
sequence
gaattcccctttgatgtgtgatcttggcttccagcgtgtggaattctcac
tgaaccagagtgcatatgaagtcctaggtggatcctcaggcaatgtgtgc
tggggtggtgcatagagttggtattctctaccccacagccctgccgctga
gctttaatcaggcaggggaggaacgttctggaaacacacaaatgcatgca
cacacacacacatgtacacagacacacacacatgtacacagacacacaca
tgcacacacacatgcactcacatgcaaaaagaactacacaaacatgaaca
catatgtgcacatgcacacagtggtatacaaacatctgcacacaggtgca
catacacatgtatgtacataggtacatacatgtgcatatgcactgagagg
tacacaaacatctatacacgggtgcacatacatgtgcacatgtatacact
ggtacacaaacatatacacacataggtgcacacatgtgcatatgcacata
gaggtacacaaacatgtacacacataggtgtacacatgtgcatatgtaca
cagaggtacacaaacatgtatacacaggtgcacatacatgtgcacatgca
cactcaggtacacagacatgtacacacataggtgcatagacacacataag
ccttctaaacacagacatgctttccttttttctgtataatttttttattt
tacattttttcttttttttccctggtgctggtattttatttctttgtgta
cattaggccatgaattcgtatggaatgggctccaacagctcagctctttt
ccgttagttctcacaaagtgtgcttctctgggtggcgcaggctgggcgct
tcagctgcacccaggtgcccttctccttggcttcctttttcttctggtcg
ttctccttcacccacttcaggaagctgtctctgctctttgagtgcttgat
gtgctcaatccgcacattgatcctcttggcccagaattttgccctttaac
ctgcttgtgacaatgatgccccacggcaatgcttggggttgacattggta
agaacttcttccggttttgctgtggtagcaacttatgggggaaatttcct
ttttgaacaggtgccaattccccctgaatgtctacatatcaccctcttgt
a
gaattcttcagggagacaccccacacacacacacacacatacacatgcat
gtacactcaccctcacaccaaaccttgtccccacccctgaattctcaagt
ccccacaactagctgtgtattcaaataggagggaaagccctagaaggttt
gacatttaagaaaccaatattgccaaaaaaaacttaaaaaaaaatcaata
gatgagttagggatctaaatgctcagagagtaaaacaaagaatcaaaggg
aagagacagctgacacaggcgatcaggagcacggaggacaaaggaacatt
ctgccaatcataatcggaatggtggcgggtggagggagatggcacgactt
gtctcctgagctgaggaaggcatccagagcagcgttgacagcataaagcc
acatcctccagcttcagatgcctctgcataactgcaacattaggctggat
tgagggggagggttcaccccttagcccctctctaaggagtggctacttgg
gaacacattgcagctaaaagatagggcccaggaaagaggagggctcgggg
tcaggtaaatagcagactcaggagacccaagagatacagggatggtatct
cttggatacaaggaagagacagaggctatgcccagtgtcacagaatgtgg
taggaaaattgaaccacgcctctgtctccctctccctcctctctctctct
cctcctcttccctccctctctctccacctccctctctctctccccctctt
ccatctctcccttttctctctccctccctcttttctctccttccttctat
ccccctctctcctcccttccttctcccctcctctccctgttcccacacac
ccccctcccatcttcctccctctcttcaccaagctgtttgaacacttgtt
ttcccagctggcaataactggggggtgggggtgga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_113489632_113490768
seq2: B6Ng01-268J01.b_49_1199 (reverse)

seq1  TACAAGAAGGGTGATATTGTAGACA-TCA-GGGGAATGGGCA-CTGTTCA  47
      |||||| ||||||||| |||||||| ||| ||||||| |||| |||||||
seq2  TACAAG-AGGGTGATA-TGTAGACATTCAGGGGGAATTGGCACCTGTTCA  48

seq1  AAAAGGAA---TGCCCCATAAG-TGCTACCACAGCAAAACCGGAAGA--G  91
      ||||||||   | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||   
seq2  AAAAGGAAATTTCCCCCATAAGTTGCTACCACAGCAAAACCGGAAGAAGT  98

seq1  TCT--ACAATGTCA---CCCAGCA-TGCCGT-GGGCATCATTGTCAACAA  134
      |||   ||||||||   || |||| |||||| ||||||||||||| ||||
seq2  TCTTACCAATGTCAACCCCAAGCATTGCCGTGGGGCATCATTGTC-ACAA  147

seq1  GCAGGTT-AAGGGCAAAATTCT-GGCCAAGAGGATCAATGTGCGGATTGA  182
      ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGTTAAAGGGCAAAATTCTGGGCCAAGAGGATCAATGTGCGGATTGA  197

seq1  GCACATCAAGCACTCAAAGAGCAGAGACAGCTTCCTGAAGTGGGTGAAGG  232
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACATCAAGCACTCAAAGAGCAGAGACAGCTTCCTGAAGTGGGTGAAGG  247

seq1  AGAACGACCAGAAGAAAAAGGAAGCCAAGGAGAAGGGCACCTGGGTGCAG  282
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACGACCAGAAGAAAAAGGAAGCCAAGGAGAAGGGCACCTGGGTGCAG  297

seq1  CTGAAGCGCCCAGCCTGCGCCACCCAGAGAAGCACACTTTGTGAGAACTA  332
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAGCGCCCAGCCTGCGCCACCCAGAGAAGCACACTTTGTGAGAACTA  347

seq1  ACGGAAAAGAGCCTGAGCTGTTGGAGCCCATTCCATACGAATTCATGGCC  382
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGAAAAGAG-CTGAGCTGTTGGAGCCCATTCCATACGAATTCATGGCC  396

seq1  TAATGTACACAAAGAAATAAAATACCAGCACCAGGGAAAAAAAAGAAAAA  432
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGTACACAAAGAAATAAAATACCAGCACCAGGGAAAAAAAAGAAAAA  446

seq1  ATGTAAAATAAAAAAATTATACAGAAAAAAGGAAAGCATGTCTGTGTTTA  482
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAAAATAAAAAAATTATACAGAAAAAAGGAAAGCATGTCTGTGTTTA  496

seq1  GAAGGCTTATGTGTGTCTATGCACCTATGTGTGTACATGTCTGTGTACCT  532
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGCTTATGTGTGTCTATGCACCTATGTGTGTACATGTCTGTGTACCT  546

seq1  GAGTGTGCATGTGCACATGTATGTGCACCTGTGTATACATGTTTGTGTAC  582
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGTGCATGTGCACATGTATGTGCACCTGTGTATACATGTTTGTGTAC  596

seq1  CTCTGTGTACATATGCACATGTGTACACCTATGTGTGTACATGTTTGTGT  632
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTGTACATATGCACATGTGTACACCTATGTGTGTACATGTTTGTGT  646

seq1  ACCTCTATGTGCATATGCACATGTGTGCACCTATGTGTGTATATGTTTGT  682
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCTATGTGCATATGCACATGTGTGCACCTATGTGTGTATATGTTTGT  696

seq1  GTACCAGTGTATACATGTGCACATGTATGTGCACCCGTGTATAGATGTTT  732
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACCAGTGTATACATGTGCACATGTATGTGCACCCGTGTATAGATGTTT  746

seq1  GTGTACCTCTCAGTGCATATGCACATGTATGTACCTATGTACATACATGT  782
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTACCTCTCAGTGCATATGCACATGTATGTACCTATGTACATACATGT  796

seq1  GTATGTGCACCTGTGTGCAGATGTTTGTATACCACTGTGTGCATGTGCAC  832
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGTGCACCTGTGTGCAGATGTTTGTATACCACTGTGTGCATGTGCAC  846

seq1  ATATGTGTTCATGTTTGTGTAGTTCTTTTTGCATGTGAGTGCATGTGTGT  882
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTGTTCATGTTTGTGTAGTTCTTTTTGCATGTGAGTGCATGTGTGT  896

seq1  GTGCATGTGTGTGTCTGTGTACATGTGTGTGTGTCTGTGTACATGTGTGT  932
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCATGTGTGTGTCTGTGTACATGTGTGTGTGTCTGTGTACATGTGTGT  946

seq1  GTGTGTGCATGCATTTGTGTGTTTCCAGAACGTTCCTCCCCTGCCTGATT  982
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGCATGCATTTGTGTGTTTCCAGAACGTTCCTCCCCTGCCTGATT  996

seq1  AAAGCTCAGCGGCAGGGCTGTGGGGTAGAGAATACCAACTCTATGCACCA  1032
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTCAGCGGCAGGGCTGTGGGGTAGAGAATACCAACTCTATGCACCA  1046

seq1  CCCCAGCACACATTGCCTGAGGATCCACCTAGGACTTCATATGCACTCTG  1082
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAGCACACATTGCCTGAGGATCCACCTAGGACTTCATATGCACTCTG  1096

seq1  GTTCAGTGAGAATTCCACACGCTGGAAGCCAAGATCACACATCAAAGGGG  1132
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAGTGAGAATTCCACACGCTGGAAGCCAAGATCACACATCAAAGGGG  1146

seq1  AATTC  1137
      |||||
seq2  AATTC  1151

seq1: chr5_113356430_113357358
seq2: B6Ng01-268J01.g_66_1000

seq1  GAATTCTTCAGGGAGACACCCCACACACACACACACACATACACATGCAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCAGGGAGACACCCCACACACACACACACACATACACATGCAT  50

seq1  GTACACTCACCCTCACACCAAACCTTGTCCCCACCCCTGAATTCTCAAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACACTCACCCTCACACCAAACCTTGTCCCCACCCCTGAATTCTCAAGT  100

seq1  CCCCACAACTAGCTGTGTATTCAAATAGGAGGGAAAGCCCTAGAAGGTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCACAACTAGCTGTGTATTCAAATAGGAGGGAAAGCCCTAGAAGGTTT  150

seq1  GACATTTAAGAAACCAATATTGCCAAAAAAAACTTAAAAAAAAATCAATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATTTAAGAAACCAATATTGCCAAAAAAAACTTAAAAAAAAATCAATA  200

seq1  GATGAGTTAGGGATCTAAATGCTCAGAGAGTAAAACAAAGAATCAAAGGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAGTTAGGGATCTAAATGCTCAGAGAGTAAAACAAAGAATCAAAGGG  250

seq1  AAGAGACAGCTGACACAGGCGATCAGGAGCACGGAGGACAAAGGAACATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGACAGCTGACACAGGCGATCAGGAGCACGGAGGACAAAGGAACATT  300

seq1  CTGCCAATCATAATCGGAATGGTGGCGGGTGGAGGGAGATGGCACGACTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCAATCATAATCGGAATGGTGGCGGGTGGAGGGAGATGGCACGACTT  350

seq1  GTCTCCTGAGCTGAGGAAGGCATCCAGAGCAGCGTTGACAGCATAAAGCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCCTGAGCTGAGGAAGGCATCCAGAGCAGCGTTGACAGCATAAAGCC  400

seq1  ACATCCTCCAGCTTCAGATGCCTCTGCATAACTGCAACATTAGGCTGGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCCTCCAGCTTCAGATGCCTCTGCATAACTGCAACATTAGGCTGGAT  450

seq1  TGAGGGGGAGGGTTCACCCCTTAGCCCCTCTCTAAGGAGTGGCTACTTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGGGGAGGGTTCACCCCTTAGCCCCTCTCTAAGGAGTGGCTACTTGG  500

seq1  GAACACATTGCAGCTAAAAGATAGGGCCCAGGAAAGAGGAGGGCTCGGGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACACATTGCAGCTAAAAGATAGGGCCCAGGAAAGAGGAGGGCTCGGGG  550

seq1  TCAGGTAAATAGCAGACTCAGGAGACCCAAGAGATACAGGGATGGTATCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGTAAATAGCAGACTCAGGAGACCCAAGAGATACAGGGATGGTATCT  600

seq1  CTTGGATACAAGGAAGAGACAGAGGCTATGCCCAGTGTCACAGAATGTGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGATACAAGGAAGAGACAGAGGCTATGCCCAGTGTCACAGAATGTGG  650

seq1  TAGGAAAATTGAACCACGCCTCTGTCTCCCTCTCCCTCCTCTCTCTCTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAAAATTGAACCACGCCTCTGTCTCCCTCTCCCTCCTCTCTCTCTCT  700

seq1  CCTCCTCTTCCCTCCCTCTCTCTCCACCTCCCTCTCTCTCTCCCCCTCTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTCTTCCCTCCCTCTCTCTCCACCTCCCTCTCTCTCTCCCCCTCTT  750

seq1  CCCTCTCTCCC-TTTCTCTCTCCCTCCCTCTTTTCTCTCCTTCC-TCTAT  798
      || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CCATCTCTCCCTTTTCTCTCTCCCTCCCTCTTTTCTCTCCTTCCTTCTAT  800

seq1  CCCCCTCTCTCCTCCCTTCCTTCTCCCCTCCTCTCCCTGTTCCCACACAC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCTCTCTCCTCCCTTCCTTCTCCCCTCCTCTCCCTGTTCCCACACAC  850

seq1  CCCCCTCCCATCTTCCTCCCTCTCTTCACC-AGCTGTTTGAACAC-TGGT  896
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |
seq2  CCCCCTCCCATCTTCCTCCCTCTCTTCACCAAGCTGTTTGAACACTTGTT  900

seq1  TTCCCAGCTGGCAAT-ACT-GGGGGTGGGGGTGGA  929
      ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||
seq2  TTCCCAGCTGGCAATAACTGGGGGGTGGGGGTGGA  935