BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-270D21
Chromosome5 (Build37)
Map Location 89,145,200 - 89,268,041
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMobkl1a, Dck, Mkrn1-ps1
Upstream geneCsn1s2a, Csn1s2b, 4930432K09Rik, EG654494, Odam, BC037156, Csn3, BC051076, 2310003L06Rik, 4931407G18Rik, Smr1, EG665603, Smr2, LOC100039941, LOC630942, EG665615, Muc10, Amtn, LOC100039963, EG665631, Ambn, Enam, Igj, Crlz1, Rufy3, Grsf1
Downstream geneSlc4a4, Gc, LOC622870, Npffr2, LOC631105, Adamts3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-270D21.bB6Ng01-270D21.g
ACCGA072632GA072633
length1,1261,113
definitionB6Ng01-270D21.b B6Ng01-270D21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(89,266,921 - 89,268,041)(89,145,200 - 89,146,337)
sequence
gaattcaggcgaagctgagtcacgaaacccaaactttccaactgtaggag
caggttcagaggactgggtgaatgccattgagtttgtccctgggcatccc
tactgtggccttactgccccttcctgcactgaagtacccctgcagggttc
agtgaccaaggaagagacagagaaggagccaactacggtggagacaaaga
agcagctttgcccctatgctgcagtgggagagtgttgctacggggaaaac
tgtgtatctccacggagactcatgtgacatgtgtggcctgcaggtcctac
actcagtggatgctgcccagaggtcacagcacataaaatcttgcattgag
gcccatgagaaggacatggagctctcttttgatgttcagcgcagcaagga
catggtgtgtgggatctgcatggaggtggtctatgagaaagccaacccca
gcaagcgtcactttgggatcctcttcaactgcaaccacacctactgtctc
aagtgtatttgcaagtggagaagtgctaaacaatttgagagcaagatcat
aaagtcctgccccaaatgtcagatcacatctcactttgtcattccaagta
atcactgggtggagtagaaagaagagaggcagaaactcattcagaaatac
aaggaagccatgagcaacaaggcgtgcaggtattttgatgaagaacgtgg
gagcagcccatttggagggaactgtttttacaggcacgcgtaccctgatg
gccatagagaggagccacagagacagaaagtgggaacatcaaggagatac
ccggcccaatgaaggagccacttctgggagctcattgaggagagagagaa
caacctctttgacaatgatgaagaggaggctgtcacctttgagctgggcg
agatgttgcttatgcttttggctgcaggtggggacaagctgacagactct
gaggacgagtgggacttgtttcacaatgagctggaggacttttatgactt
ggctctacagcagtgtgcgtggtgcgggcactggcctgcagagcctcaga
cagtagctgtccctgtgcttggtgtggcagtgcggtgtggcctctcctag
ggcctcctcaaactccaagatgctgt
gaattctgggaactagtgagagtataaaagagagattcaagagcataagg
aggagatagacataaaccagctagtaggagaactcagcacagactagaga
gagagactcatctgaggtgctgaggaagatgctaaagagactggaagaaa
gaagtgggctggaaccaaaggagaggtaactcatcaaatgggagacagag
aatagtttgaatgagttaagtaagttatgagctagtcagggatgagccca
agcttatggccaacacatttaaaaataattaatctcagagtggtccttct
gggagcagaggctgggaaggcaaaaccagaattaatctttacacatgtgt
ggtggtaggttgttatatatgtctcatggcctgaacacttaccagtcact
ctttgtcagtactttaactcataaccagcagttaggagtccttaactgct
ctctgggcaaggactatgggtataaacacaattcagcctcaccgggctgg
ttatcaagtattttgtcacagcaacagaaagctgaccactgtttctcctt
cagtgcctttctcttcttttgttgacggaatagggtctggcatggcttcc
ccgcattctgaattttgctgattgcatgtggtataattttaattaaaaaa
aaaagtcaacatccatttctcacctgtatttttttatgagttggtaaatt
agatctagaggcttgatgagactctttctattttgggaagagaattaaag
aaagaagaaacacagatgtttaagacttgcttggtctatttttacctggc
ataatttcctatttaaagctccctctgagcctttaaaagccattcaatta
ctggagactcctatatccatgttttgggttcagatttctcctaggcatca
caggaaggtcaaaacttgacctggtgtttacagacatctgaaagcagaca
tgcccaaccaaatggagcctttgtgtatttcctgattgactcacatcttc
tctatcacaaatgcagcactacccactattcgaaaaggaaaacccagcca
cttgacctcttcctcacttaccctactacattcagacactgatcttaggg
ggggggggggttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_89266921_89268041
seq2: B6Ng01-270D21.b_45_1170 (reverse)

seq1  ACAGCA-CCTGGAGTTTGA-GAGG-CCTAGGAGA-GCCACA-CGCACTGC  45
      |||||| | |||||||||| |||| ||||||||| |||||| ||||||||
seq2  ACAGCATCTTGGAGTTTGAGGAGGCCCTAGGAGAGGCCACACCGCACTGC  50

seq1  CACAC--AGCACAGGGGACAGCTACTGTCTGAGGCTCTGCAGGCCAGTGC  93
      |||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACCAAGCACA-GGGACAGCTACTGTCTGAGGCTCTGCAGGCCAGTGC  99

seq1  CCGCACCACGCAACACTGCTGTAGAGCCAAGTCATAAAAGTCCTCCAGCT  143
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGCACCACGC-ACACTGCTGTAGAGCCAAGTCATAAAAGTCCTCCAGCT  148

seq1  CATTGTGAAACAAGTCCCACTCGTCCTCAGAGTCTGTCAGCTTGTCCCCA  193
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGTGAAACAAGTCCCACTCGTCCTCAGAGTCTGTCAGCTTGTCCCCA  198

seq1  CCTGCAGCCAAAAGCATAAGCAACATCTCGCCCAGCTCAAAGGTGACAGC  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCAGCCAAAAGCATAAGCAACATCTCGCCCAGCTCAAAGGTGACAGC  248

seq1  CTCCTCTTCATCATTGTCAAAGAGGTTGTTCTCTCTCTCCTCAATGAGCT  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTCTTCATCATTGTCAAAGAGGTTGTTCTCTCTCTCCTCAATGAGCT  298

seq1  CCCAGAAGTGGCTCCTTCATTGGGCCGGGTATCTCCTTGATGTTCCCACT  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGAAGTGGCTCCTTCATTGGGCCGGGTATCTCCTTGATGTTCCCACT  348

seq1  TTCTGTCTCTGTGGCTCCTCTCTATGGCCATCAGGGTACGCGTGCCTGTA  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTCTCTGTGGCTCCTCTCTATGGCCATCAGGGTACGCGTGCCTGTA  398

seq1  AAAACAGTTCCCTCCAAATGGGCTGCTCCCACGTTCTTCATCAAAATACC  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAGTTCCCTCCAAATGGGCTGCTCCCACGTTCTTCATCAAAATACC  448

seq1  TGCACGCCTTGTTGCTCATGGCTTCCTTGTATTTCTGAATGAGTTTCTGC  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACGCCTTGTTGCTCATGGCTTCCTTGTATTTCTGAATGAGTTTCTGC  498

seq1  CTCTCTTCTTTCTACTCCACCCAGTGATTACTTGGAATGACAAAGTGAGA  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTTCTTTCTACTCCACCCAGTGATTACTTGGAATGACAAAGTGAGA  548

seq1  TGTGATCTGACATTTGGGGCAGGACTTTATGATCTTGCTCTCAAATTGTT  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGATCTGACATTTGGGGCAGGACTTTATGATCTTGCTCTCAAATTGTT  598

seq1  TAGCACTTCTCCACTTGCAAATACACTTGAGACAGTAGGTGTGGTTGCAG  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCACTTCTCCACTTGCAAATACACTTGAGACAGTAGGTGTGGTTGCAG  648

seq1  TTGAAGAGGATCCCAAAGTGACGCTTGCTGGGGTTGGCTTTCTCATAGAC  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAGAGGATCCCAAAGTGACGCTTGCTGGGGTTGGCTTTCTCATAGAC  698

seq1  CACCTCCATGCAGATCCCACACACCATGTCCTTGCTGCGCTGAACATCAA  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTCCATGCAGATCCCACACACCATGTCCTTGCTGCGCTGAACATCAA  748

seq1  AAGAGAGCTCCATGTCCTTCTCATGGGCCTCAATGCAAGATTTTATGTGC  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGAGCTCCATGTCCTTCTCATGGGCCTCAATGCAAGATTTTATGTGC  798

seq1  TGTGACCTCTGGGCAGCATCCACTGAGTGTAGGACCTGCAGGCCACACAT  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGACCTCTGGGCAGCATCCACTGAGTGTAGGACCTGCAGGCCACACAT  848

seq1  GTCACATGAGTCTCCGTGGAGATACACAGTTTTCCCCGTAGCAACACTCT  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACATGAGTCTCCGTGGAGATACACAGTTTTCCCCGTAGCAACACTCT  898

seq1  CCCACTGCAGCATAGGGGCAAAGCTGCTTCTTTGTCTCCACCGTAGTTGG  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACTGCAGCATAGGGGCAAAGCTGCTTCTTTGTCTCCACCGTAGTTGG  948

seq1  CTCCTTCTCTGTCTCTTCCTTGGTCACTGAACCCTGCAGGGGTACTTCAG  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTCTCTGTCTCTTCCTTGGTCACTGAACCCTGCAGGGGTACTTCAG  998

seq1  TGCAGGAAGGGGCAGTAAGGCCACAGTAGGGATGCCCAGGGACAAACTCA  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGGAAGGGGCAGTAAGGCCACAGTAGGGATGCCCAGGGACAAACTCA  1048

seq1  ATGGCATTCACCCAGTCCTCTGAACCTGCTCCTACAGTTGGAAAGTTTGG  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCATTCACCCAGTCCTCTGAACCTGCTCCTACAGTTGGAAAGTTTGG  1098

seq1  GTTTCGTGACTCAGCTTCGCCTGAATTC  1121
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCGTGACTCAGCTTCGCCTGAATTC  1126

seq1: chr5_89145200_89146337
seq2: B6Ng01-270D21.g_64_1176

seq1  GAATTCTGGGAACTAGTGAGAGTATAAAAGAGAGATTCAAGAGCATAAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGGGAACTAGTGAGAGTATAAAAGAGAGATTCAAGAGCATAAGG  50

seq1  AGGAGATAGACATAAACCAGCTAGTAGGAGAACTCAGCACAGACTAGAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGATAGACATAAACCAGCTAGTAGGAGAACTCAGCACAGACTAGAGA  100

seq1  GAGAGACTCATCTGAGGTGCTGAGGAAGATGCTAAAGAGACTGGAAGAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGACTCATCTGAGGTGCTGAGGAAGATGCTAAAGAGACTGGAAGAAA  150

seq1  GAAGTGGGCTGGAACCAAAGGAGAGGTAACTCATCAAATGGGAGACAGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTGGGCTGGAACCAAAGGAGAGGTAACTCATCAAATGGGAGACAGAG  200

seq1  AATAGTTTGAATGAGTTAAGTAAGTTATGAGCTAGTCAGGGATGAGCCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGTTTGAATGAGTTAAGTAAGTTATGAGCTAGTCAGGGATGAGCCCA  250

seq1  AGCTTATGGCCAACACATTTAAAAATAATTAATCTCAGAGTGGTCCTTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTATGGCCAACACATTTAAAAATAATTAATCTCAGAGTGGTCCTTCT  300

seq1  GGGAGCAGAGGCTGGGAAGGCAAAACCAGAATTAATCTTTACACATGTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGCAGAGGCTGGGAAGGCAAAACCAGAATTAATCTTTACACATGTGT  350

seq1  GGTGGTAGGTTGTTATATATGTCTCATGGCCTGAACACTTACCAGTCACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGTAGGTTGTTATATATGTCTCATGGCCTGAACACTTACCAGTCACT  400

seq1  CTTTGTCAGTACTTTAACTCATAACCAGCAGTTAGGAGTCCTTAACTGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTCAGTACTTTAACTCATAACCAGCAGTTAGGAGTCCTTAACTGCT  450

seq1  CTCTGGGCAAGGACTATGGGTATAAACACAATTCAGCCTCACCGGGCTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGGCAAGGACTATGGGTATAAACACAATTCAGCCTCACCGGGCTGG  500

seq1  TTATCAAGTATTTTGTCACAGCAACAGAAAGCTGACCACTGTTTCTCCTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCAAGTATTTTGTCACAGCAACAGAAAGCTGACCACTGTTTCTCCTT  550

seq1  CAGTGCCTTTCTCTTCTTTTGTTGACGGAATAGGGTCTGGCATGGCTTCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGCCTTTCTCTTCTTTTGTTGACGGAATAGGGTCTGGCATGGCTTCC  600

seq1  CCGCATTCTGAATTTTGCTGATTGCATGTGGTATAATTTTAATTAAAAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGCATTCTGAATTTTGCTGATTGCATGTGGTATAATTTTAATTAAAAAA  650

seq1  AAAAGTCAACATCCATTTCTCACCTGTATTTTTTTATGAGTTGGTAAATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTCAACATCCATTTCTCACCTGTATTTTTTTATGAGTTGGTAAATT  700

seq1  AGATCTAGAGGCTTGATGAGACTCTTTCTATTTTGGGAAGAGAATTAAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCTAGAGGCTTGATGAGACTCTTTCTATTTTGGGAAGAGAATTAAAG  750

seq1  AAAGAAGAAACACAGATGTTTAAGACTTGCTTGGTCTATTTTTACCTGGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAGAAACACAGATGTTTAAGACTTGCTTGGTCTATTTTTACCTGGC  800

seq1  ATAATTTCCTATTTAAAGCTCCCTCTGAGCCTTTAAAAGCCATTCAATTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATTTCCTATTTAAAGCTCCCTCTGAGCCTTTAAAAGCCATTCAATTA  850

seq1  CTGGAGACTCCTATATCCATGTTTTGGGTTCAGATTTCTCCTAGGCATCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAGACTCCTATATCCATGTTTTGGGTTCAGATTTCTCCTAGGCATCA  900

seq1  CAGGAAGGTCAAAACTTGACCTGGTGTTTAACAGACATCTGAAAGCAGAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAAGGTCAAAACTTGACCTGGTGTTT-ACAGACATCTGAAAGCAGAC  949

seq1  ATGCCCAACCAAAATGGAGCCTTTGGTTGTATTTCCTGATTTGACTCACA  1000
      |||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||
seq2  ATGCCCAACC-AAATGGAGCCTTTG--TGTATTTCCTGA-TTGACTCACA  995

seq1  TCTTCTCTATCACAAATGGCAGCACTACCCACTAATCGAAAAGGGAAAAA  1050
      ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||   |||
seq2  TCTTCTCTATCACAAAT-GCAGCACTACCCACTATTCGAAAAGG---AAA  1041

seq1  CCCCAGCCACCTTTGACTCCTTTCTTCCACTTACCCCTACTACCAATTTC  1100
       |||||||||  |||||  ||| ||  |||||| |||||||||    |||
seq2  ACCCAGCCAC--TTGACCTCTTCCT--CACTTA-CCCTACTAC---ATTC  1083

seq1  AAGAACACTTGTTTCTTTTTTTTGGGGGGGGGGGGTTT  1138
      |   |||||        | ||  |||||||||||||||
seq2  A--GACACT------GATCTTAGGGGGGGGGGGGGTTT  1113